# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.343 0.217 0.170 0.149 0.085 0.032 0.004 2 L 0.221 0.186 0.169 0.187 0.146 0.079 0.013 3 C 0.127 0.139 0.190 0.243 0.194 0.095 0.011 4 E 0.344 0.343 0.180 0.089 0.031 0.012 0.001 5 M 0.197 0.175 0.195 0.219 0.149 0.058 0.007 6 S 0.241 0.264 0.191 0.159 0.093 0.045 0.008 7 L 0.092 0.101 0.161 0.248 0.233 0.143 0.023 8 E 0.227 0.309 0.225 0.144 0.065 0.026 0.003 9 A 0.131 0.181 0.201 0.229 0.168 0.081 0.009 10 W 0.076 0.112 0.158 0.230 0.250 0.154 0.020 11 L 0.079 0.122 0.175 0.255 0.233 0.124 0.012 12 A 0.192 0.229 0.244 0.190 0.106 0.036 0.003 13 Q 0.354 0.295 0.179 0.116 0.043 0.013 0.001 14 G 0.508 0.269 0.112 0.067 0.032 0.010 0.001 15 H 0.367 0.244 0.185 0.132 0.056 0.015 0.001 16 P 0.461 0.325 0.130 0.057 0.021 0.006 0.001 17 L 0.167 0.159 0.204 0.239 0.166 0.061 0.005 18 P 0.267 0.266 0.214 0.150 0.079 0.023 0.001 19 K 0.390 0.308 0.164 0.088 0.037 0.011 0.001 20 R 0.215 0.253 0.236 0.184 0.084 0.025 0.002 21 V 0.098 0.108 0.148 0.228 0.269 0.138 0.012 22 R 0.202 0.263 0.249 0.174 0.082 0.027 0.002 23 N 0.328 0.323 0.185 0.106 0.042 0.014 0.001 24 A 0.182 0.194 0.217 0.220 0.136 0.049 0.003 25 Y 0.159 0.152 0.214 0.235 0.171 0.064 0.005 26 D 0.382 0.320 0.168 0.082 0.035 0.012 0.001 27 R 0.374 0.275 0.184 0.114 0.041 0.011 0.001 28 R 0.335 0.301 0.173 0.114 0.057 0.017 0.001 29 T 0.167 0.254 0.207 0.199 0.116 0.052 0.005 30 W 0.073 0.102 0.194 0.280 0.234 0.106 0.010 31 E 0.142 0.304 0.255 0.180 0.085 0.033 0.003 32 L 0.050 0.087 0.150 0.248 0.278 0.168 0.019 33 L 0.046 0.084 0.131 0.225 0.304 0.194 0.015 34 R 0.129 0.285 0.290 0.183 0.086 0.027 0.001 35 L 0.116 0.156 0.233 0.293 0.154 0.045 0.002 36 G 0.326 0.293 0.192 0.117 0.060 0.012 0.001 37 E 0.523 0.298 0.108 0.052 0.017 0.003 0.001 38 E 0.717 0.235 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 39 D 0.538 0.289 0.110 0.049 0.012 0.002 0.001 40 P 0.516 0.236 0.155 0.071 0.018 0.002 0.001 41 K 0.603 0.274 0.085 0.029 0.007 0.001 0.001 42 E 0.402 0.329 0.170 0.075 0.019 0.004 0.001 43 L 0.123 0.126 0.231 0.292 0.182 0.045 0.002 44 P 0.342 0.360 0.181 0.079 0.029 0.008 0.001 45 L 0.170 0.162 0.204 0.244 0.158 0.058 0.005 46 P 0.341 0.291 0.184 0.113 0.053 0.017 0.001 47 G 0.319 0.276 0.192 0.133 0.056 0.022 0.003 48 G 0.295 0.272 0.178 0.131 0.081 0.036 0.007 49 L 0.093 0.108 0.163 0.238 0.235 0.139 0.024 50 S 0.112 0.221 0.227 0.204 0.145 0.077 0.013 51 L 0.058 0.087 0.125 0.193 0.245 0.237 0.055 52 L 0.058 0.089 0.128 0.214 0.274 0.203 0.035 53 D 0.150 0.261 0.243 0.189 0.105 0.047 0.006 54 Y 0.076 0.109 0.185 0.265 0.238 0.116 0.012 55 H 0.197 0.279 0.228 0.167 0.095 0.033 0.002 56 A 0.195 0.204 0.217 0.221 0.120 0.041 0.003 57 S 0.466 0.295 0.131 0.068 0.031 0.008 0.001 58 K 0.490 0.286 0.134 0.066 0.019 0.005 0.001 59 G 0.440 0.264 0.147 0.095 0.043 0.010 0.001 60 R 0.212 0.297 0.249 0.168 0.057 0.016 0.001 61 L 0.124 0.117 0.196 0.259 0.226 0.076 0.004 62 Q 0.326 0.343 0.192 0.094 0.036 0.009 0.001 63 G 0.401 0.268 0.155 0.111 0.052 0.014 0.001 64 R 0.374 0.265 0.184 0.116 0.047 0.012 0.001 65 E 0.456 0.283 0.141 0.079 0.030 0.009 0.001 66 G 0.382 0.271 0.179 0.105 0.045 0.017 0.002 67 G 0.241 0.227 0.202 0.181 0.104 0.040 0.005 68 R 0.112 0.208 0.236 0.224 0.139 0.071 0.010 69 V 0.052 0.082 0.112 0.193 0.283 0.237 0.040 70 A 0.048 0.110 0.153 0.224 0.246 0.191 0.029 71 W 0.036 0.076 0.126 0.209 0.274 0.240 0.039 72 V 0.043 0.089 0.156 0.231 0.265 0.191 0.025 73 A 0.112 0.186 0.237 0.242 0.162 0.057 0.004 74 D 0.293 0.303 0.200 0.129 0.057 0.017 0.001 75 P 0.436 0.265 0.157 0.096 0.037 0.009 0.001 76 K 0.617 0.248 0.083 0.037 0.011 0.002 0.001 77 D 0.615 0.257 0.083 0.033 0.010 0.002 0.001 78 P 0.491 0.257 0.133 0.081 0.031 0.007 0.001 79 R 0.494 0.284 0.133 0.061 0.022 0.005 0.001 80 K 0.425 0.288 0.163 0.088 0.029 0.007 0.001 81 P 0.272 0.272 0.207 0.147 0.075 0.025 0.002 82 I 0.133 0.132 0.192 0.249 0.195 0.090 0.008 83 P 0.297 0.284 0.207 0.123 0.061 0.024 0.002 84 H 0.205 0.236 0.219 0.191 0.096 0.046 0.007 85 L 0.127 0.103 0.140 0.215 0.233 0.154 0.028 86 T 0.244 0.260 0.197 0.159 0.092 0.043 0.005 87 G 0.350 0.294 0.164 0.104 0.057 0.027 0.004 88 L 0.159 0.144 0.171 0.231 0.177 0.103 0.016 89 L 0.179 0.167 0.192 0.211 0.153 0.086 0.011 90 V 0.326 0.202 0.190 0.160 0.081 0.037 0.005 91 P 0.709 0.204 0.053 0.022 0.009 0.003 0.001