# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.162 0.074 0.089 0.119 0.152 0.137 0.097 0.072 0.046 0.024 0.014 0.008 0.004 0.001 2 L 0.109 0.059 0.078 0.120 0.159 0.156 0.118 0.095 0.052 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 3 C 0.104 0.060 0.062 0.095 0.134 0.137 0.131 0.114 0.070 0.045 0.026 0.013 0.005 0.002 4 E 0.178 0.125 0.131 0.151 0.145 0.101 0.071 0.044 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 5 M 0.114 0.062 0.078 0.117 0.151 0.145 0.114 0.087 0.059 0.034 0.021 0.012 0.005 0.002 6 S 0.108 0.086 0.106 0.146 0.165 0.140 0.110 0.070 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 7 L 0.080 0.050 0.070 0.106 0.148 0.149 0.130 0.112 0.070 0.042 0.023 0.012 0.005 0.002 8 E 0.210 0.166 0.136 0.141 0.126 0.086 0.061 0.035 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 9 A 0.155 0.091 0.114 0.135 0.140 0.119 0.088 0.068 0.044 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 10 W 0.117 0.080 0.101 0.145 0.170 0.138 0.096 0.071 0.042 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 11 L 0.122 0.081 0.102 0.136 0.160 0.142 0.098 0.074 0.041 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 12 A 0.189 0.117 0.130 0.137 0.138 0.111 0.082 0.046 0.026 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 13 Q 0.280 0.195 0.149 0.143 0.094 0.059 0.036 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 G 0.364 0.163 0.117 0.107 0.094 0.063 0.047 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 15 H 0.289 0.151 0.142 0.141 0.111 0.076 0.046 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 P 0.353 0.174 0.137 0.117 0.093 0.052 0.037 0.017 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.124 0.081 0.115 0.159 0.170 0.143 0.091 0.058 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 18 P 0.258 0.159 0.136 0.141 0.116 0.081 0.053 0.026 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 19 K 0.321 0.175 0.135 0.111 0.093 0.064 0.041 0.025 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 20 R 0.155 0.125 0.134 0.164 0.161 0.110 0.064 0.041 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 21 V 0.073 0.049 0.077 0.102 0.165 0.161 0.146 0.107 0.056 0.036 0.016 0.008 0.004 0.001 22 R 0.268 0.192 0.143 0.139 0.104 0.064 0.040 0.022 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 23 N 0.388 0.189 0.130 0.104 0.078 0.046 0.028 0.016 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 24 A 0.156 0.121 0.137 0.165 0.163 0.111 0.076 0.036 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 25 Y 0.132 0.099 0.136 0.173 0.185 0.126 0.076 0.039 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 26 D 0.458 0.228 0.120 0.075 0.054 0.027 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.269 0.196 0.158 0.150 0.104 0.059 0.029 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 R 0.237 0.175 0.154 0.159 0.118 0.076 0.045 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 T 0.151 0.140 0.144 0.142 0.154 0.112 0.080 0.041 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 30 W 0.125 0.087 0.105 0.146 0.169 0.136 0.082 0.068 0.043 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 31 E 0.308 0.198 0.137 0.121 0.084 0.052 0.047 0.024 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 32 L 0.061 0.035 0.063 0.109 0.153 0.162 0.123 0.126 0.077 0.045 0.023 0.014 0.006 0.002 33 L 0.082 0.065 0.081 0.106 0.137 0.138 0.135 0.112 0.062 0.045 0.023 0.009 0.004 0.001 34 R 0.227 0.190 0.151 0.145 0.095 0.067 0.053 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 35 L 0.067 0.043 0.081 0.142 0.193 0.183 0.120 0.084 0.046 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 36 G 0.216 0.141 0.154 0.165 0.131 0.086 0.066 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 37 E 0.557 0.192 0.099 0.070 0.040 0.019 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.695 0.150 0.069 0.041 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.557 0.207 0.106 0.067 0.034 0.015 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 P 0.394 0.185 0.152 0.116 0.076 0.040 0.023 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.508 0.194 0.114 0.090 0.048 0.024 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.388 0.212 0.143 0.100 0.074 0.040 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.097 0.073 0.130 0.164 0.178 0.157 0.095 0.059 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 44 P 0.217 0.156 0.147 0.140 0.128 0.086 0.057 0.033 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 45 L 0.150 0.076 0.103 0.125 0.153 0.138 0.095 0.070 0.042 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 46 P 0.188 0.140 0.121 0.131 0.122 0.098 0.078 0.050 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 47 G 0.143 0.108 0.120 0.124 0.134 0.113 0.090 0.068 0.044 0.026 0.015 0.010 0.004 0.002 48 G 0.156 0.116 0.100 0.128 0.139 0.112 0.094 0.063 0.045 0.023 0.014 0.006 0.003 0.002 49 L 0.073 0.043 0.057 0.082 0.132 0.139 0.131 0.125 0.089 0.054 0.036 0.025 0.010 0.004 50 S 0.117 0.092 0.104 0.137 0.141 0.115 0.096 0.074 0.055 0.032 0.020 0.009 0.004 0.002 51 L 0.058 0.035 0.052 0.081 0.113 0.128 0.120 0.132 0.107 0.075 0.053 0.030 0.012 0.005 52 L 0.075 0.065 0.074 0.089 0.119 0.135 0.127 0.108 0.078 0.058 0.039 0.020 0.009 0.004 53 D 0.173 0.152 0.149 0.144 0.118 0.084 0.071 0.046 0.030 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 54 Y 0.075 0.059 0.085 0.126 0.172 0.148 0.100 0.094 0.067 0.039 0.019 0.009 0.005 0.002 55 H 0.160 0.133 0.137 0.164 0.146 0.111 0.072 0.038 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 56 A 0.200 0.140 0.157 0.151 0.118 0.095 0.064 0.034 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 57 S 0.347 0.180 0.126 0.109 0.093 0.059 0.045 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.361 0.209 0.135 0.114 0.076 0.044 0.030 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 G 0.355 0.152 0.129 0.117 0.097 0.062 0.043 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 60 R 0.253 0.155 0.134 0.147 0.123 0.079 0.051 0.029 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 61 L 0.095 0.056 0.096 0.132 0.176 0.161 0.120 0.083 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 62 Q 0.238 0.166 0.149 0.165 0.119 0.074 0.040 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 63 G 0.365 0.139 0.113 0.111 0.095 0.070 0.047 0.025 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 64 R 0.276 0.146 0.131 0.142 0.109 0.082 0.058 0.026 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 65 E 0.285 0.176 0.154 0.133 0.098 0.063 0.041 0.021 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 66 G 0.222 0.131 0.125 0.141 0.121 0.100 0.069 0.038 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 67 G 0.139 0.102 0.115 0.132 0.133 0.120 0.109 0.063 0.040 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 68 R 0.093 0.081 0.097 0.134 0.154 0.130 0.106 0.085 0.059 0.029 0.017 0.008 0.005 0.002 69 V 0.036 0.023 0.035 0.050 0.084 0.118 0.141 0.148 0.121 0.097 0.072 0.047 0.020 0.008 70 A 0.055 0.043 0.058 0.080 0.105 0.113 0.117 0.127 0.107 0.086 0.059 0.030 0.015 0.007 71 W 0.040 0.028 0.042 0.063 0.091 0.099 0.102 0.132 0.123 0.121 0.081 0.047 0.021 0.009 72 V 0.031 0.038 0.058 0.083 0.114 0.136 0.129 0.133 0.101 0.087 0.050 0.024 0.011 0.006 73 A 0.074 0.084 0.114 0.128 0.142 0.135 0.114 0.085 0.055 0.036 0.019 0.008 0.004 0.002 74 D 0.232 0.223 0.151 0.128 0.099 0.063 0.048 0.023 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 75 P 0.238 0.176 0.159 0.134 0.115 0.076 0.054 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 76 K 0.433 0.207 0.134 0.095 0.066 0.031 0.019 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.573 0.237 0.091 0.051 0.026 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 P 0.337 0.198 0.164 0.127 0.081 0.049 0.028 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.309 0.185 0.155 0.129 0.102 0.058 0.037 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.351 0.238 0.150 0.106 0.073 0.039 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 P 0.183 0.141 0.153 0.157 0.148 0.099 0.058 0.032 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 82 I 0.080 0.069 0.098 0.142 0.187 0.160 0.114 0.076 0.039 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 83 P 0.232 0.150 0.128 0.122 0.111 0.089 0.065 0.044 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 84 H 0.163 0.122 0.121 0.135 0.123 0.099 0.077 0.063 0.044 0.024 0.015 0.007 0.005 0.002 85 L 0.054 0.038 0.054 0.079 0.129 0.140 0.136 0.127 0.093 0.065 0.042 0.027 0.012 0.004 86 T 0.098 0.081 0.093 0.122 0.139 0.131 0.108 0.089 0.060 0.038 0.022 0.011 0.006 0.003 87 G 0.174 0.101 0.093 0.108 0.111 0.098 0.087 0.077 0.066 0.039 0.024 0.012 0.007 0.004 88 L 0.088 0.048 0.061 0.085 0.119 0.129 0.119 0.114 0.087 0.059 0.046 0.029 0.011 0.005 89 L 0.071 0.052 0.073 0.099 0.138 0.143 0.125 0.109 0.072 0.052 0.036 0.019 0.008 0.004 90 V 0.097 0.073 0.087 0.121 0.150 0.137 0.105 0.094 0.062 0.036 0.021 0.010 0.004 0.002 91 P 0.249 0.156 0.128 0.119 0.111 0.082 0.063 0.039 0.025 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001