# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.032 0.402 0.005 0.062 0.052 0.098 0.054 0.005 0.001 0.054 0.235 2 L 0.033 0.200 0.006 0.050 0.049 0.070 0.068 0.004 0.001 0.231 0.288 3 C 0.031 0.327 0.006 0.039 0.057 0.053 0.065 0.005 0.001 0.136 0.280 4 E 0.043 0.594 0.002 0.015 0.022 0.025 0.034 0.006 0.001 0.037 0.221 5 M 0.021 0.616 0.005 0.017 0.022 0.027 0.034 0.003 0.001 0.035 0.220 6 S 0.017 0.862 0.002 0.004 0.006 0.006 0.012 0.004 0.001 0.024 0.061 7 L 0.028 0.910 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.001 0.014 0.027 8 E 0.025 0.872 0.003 0.003 0.006 0.006 0.009 0.004 0.001 0.021 0.051 9 A 0.057 0.691 0.007 0.011 0.005 0.015 0.024 0.006 0.003 0.076 0.108 10 W 0.076 0.142 0.224 0.017 0.016 0.020 0.053 0.025 0.099 0.176 0.152 11 L 0.570 0.021 0.005 0.009 0.011 0.014 0.045 0.011 0.004 0.037 0.274 12 A 0.128 0.005 0.001 0.008 0.004 0.008 0.057 0.003 0.001 0.023 0.763 13 Q 0.009 0.002 0.001 0.018 0.004 0.009 0.106 0.001 0.001 0.011 0.840 14 G 0.024 0.002 0.001 0.005 0.003 0.007 0.094 0.001 0.001 0.033 0.830 15 H 0.010 0.003 0.001 0.007 0.022 0.009 0.144 0.001 0.001 0.009 0.794 16 P 0.048 0.026 0.001 0.039 0.006 0.008 0.122 0.002 0.001 0.023 0.726 17 L 0.149 0.226 0.001 0.010 0.008 0.007 0.091 0.015 0.001 0.054 0.438 18 P 0.073 0.439 0.001 0.014 0.004 0.006 0.061 0.009 0.001 0.035 0.357 19 K 0.038 0.311 0.004 0.027 0.020 0.027 0.063 0.003 0.001 0.214 0.291 20 R 0.052 0.457 0.005 0.027 0.023 0.030 0.061 0.007 0.001 0.091 0.247 21 V 0.142 0.466 0.007 0.017 0.018 0.022 0.046 0.020 0.002 0.042 0.220 22 R 0.094 0.335 0.011 0.036 0.023 0.033 0.062 0.010 0.003 0.058 0.334 23 N 0.087 0.300 0.006 0.020 0.013 0.024 0.065 0.007 0.001 0.056 0.419 24 A 0.097 0.318 0.008 0.020 0.016 0.021 0.080 0.010 0.001 0.075 0.354 25 Y 0.055 0.086 0.006 0.015 0.011 0.014 0.084 0.004 0.001 0.452 0.273 26 D 0.040 0.262 0.003 0.013 0.009 0.015 0.111 0.005 0.001 0.142 0.400 27 R 0.052 0.401 0.003 0.012 0.016 0.017 0.068 0.007 0.001 0.034 0.390 28 R 0.023 0.580 0.004 0.015 0.017 0.025 0.044 0.005 0.001 0.026 0.259 29 T 0.035 0.795 0.001 0.006 0.006 0.013 0.021 0.010 0.001 0.020 0.093 30 W 0.047 0.667 0.007 0.010 0.022 0.020 0.030 0.008 0.001 0.042 0.145 31 E 0.075 0.563 0.010 0.016 0.025 0.037 0.034 0.008 0.002 0.050 0.180 32 L 0.099 0.169 0.066 0.027 0.028 0.047 0.088 0.019 0.025 0.134 0.299 33 L 0.290 0.043 0.014 0.031 0.038 0.055 0.087 0.010 0.007 0.070 0.354 34 R 0.142 0.016 0.002 0.014 0.015 0.028 0.066 0.004 0.001 0.025 0.689 35 L 0.027 0.007 0.002 0.019 0.013 0.020 0.111 0.002 0.001 0.019 0.779 36 G 0.070 0.005 0.001 0.016 0.015 0.028 0.113 0.002 0.001 0.067 0.683 37 E 0.010 0.004 0.001 0.009 0.016 0.018 0.135 0.001 0.001 0.024 0.783 38 E 0.014 0.008 0.001 0.028 0.012 0.011 0.095 0.002 0.001 0.015 0.815 39 D 0.670 0.031 0.002 0.010 0.007 0.008 0.039 0.026 0.001 0.039 0.167 40 P 0.181 0.010 0.001 0.009 0.003 0.006 0.077 0.007 0.001 0.045 0.661 41 K 0.037 0.006 0.001 0.019 0.012 0.038 0.099 0.002 0.001 0.034 0.752 42 E 0.018 0.001 0.001 0.013 0.021 0.030 0.093 0.001 0.001 0.040 0.784 43 L 0.005 0.001 0.001 0.034 0.054 0.058 0.181 0.001 0.001 0.044 0.622 44 P 0.015 0.005 0.001 0.022 0.030 0.041 0.105 0.001 0.001 0.041 0.738 45 L 0.377 0.014 0.001 0.012 0.011 0.013 0.088 0.006 0.001 0.056 0.421 46 P 0.117 0.023 0.001 0.009 0.005 0.011 0.124 0.004 0.001 0.066 0.640 47 G 0.012 0.034 0.001 0.013 0.009 0.020 0.120 0.001 0.001 0.028 0.762 48 G 0.043 0.123 0.001 0.034 0.053 0.066 0.107 0.005 0.001 0.054 0.514 49 L 0.040 0.118 0.004 0.047 0.104 0.073 0.104 0.005 0.001 0.083 0.421 50 S 0.046 0.230 0.004 0.072 0.062 0.101 0.084 0.005 0.001 0.053 0.341 51 L 0.092 0.232 0.005 0.037 0.042 0.072 0.067 0.011 0.001 0.099 0.342 52 L 0.096 0.322 0.007 0.032 0.048 0.049 0.070 0.014 0.001 0.069 0.292 53 D 0.070 0.194 0.005 0.038 0.025 0.058 0.084 0.009 0.002 0.188 0.329 54 Y 0.054 0.166 0.011 0.038 0.033 0.046 0.093 0.007 0.005 0.135 0.413 55 H 0.181 0.105 0.038 0.033 0.044 0.045 0.086 0.027 0.015 0.104 0.323 56 A 0.256 0.051 0.004 0.019 0.011 0.017 0.086 0.010 0.002 0.051 0.492 57 S 0.177 0.093 0.004 0.023 0.014 0.027 0.094 0.011 0.001 0.040 0.515 58 K 0.036 0.058 0.002 0.024 0.008 0.024 0.120 0.005 0.001 0.024 0.698 59 G 0.057 0.068 0.015 0.035 0.042 0.083 0.114 0.012 0.006 0.086 0.482 60 R 0.211 0.034 0.001 0.029 0.073 0.088 0.091 0.008 0.001 0.054 0.410 61 L 0.098 0.021 0.002 0.051 0.047 0.068 0.107 0.005 0.001 0.052 0.547 62 Q 0.020 0.013 0.003 0.080 0.052 0.138 0.099 0.003 0.002 0.043 0.547 63 G 0.112 0.012 0.004 0.023 0.028 0.069 0.090 0.004 0.003 0.086 0.569 64 R 0.236 0.006 0.001 0.018 0.041 0.032 0.093 0.004 0.001 0.053 0.516 65 E 0.089 0.005 0.001 0.019 0.011 0.023 0.103 0.002 0.001 0.024 0.723 66 G 0.009 0.004 0.001 0.017 0.010 0.040 0.130 0.001 0.001 0.015 0.772 67 G 0.007 0.009 0.001 0.039 0.120 0.199 0.107 0.002 0.001 0.039 0.477 68 R 0.006 0.007 0.001 0.063 0.269 0.364 0.044 0.002 0.001 0.048 0.197 69 V 0.010 0.007 0.001 0.090 0.210 0.285 0.044 0.002 0.001 0.055 0.295 70 A 0.006 0.003 0.001 0.105 0.280 0.390 0.025 0.002 0.001 0.048 0.139 71 W 0.011 0.001 0.001 0.090 0.252 0.356 0.030 0.001 0.001 0.054 0.203 72 V 0.007 0.001 0.001 0.069 0.211 0.290 0.058 0.001 0.001 0.054 0.308 73 A 0.007 0.002 0.001 0.060 0.130 0.191 0.089 0.002 0.001 0.035 0.483 74 D 0.205 0.003 0.001 0.018 0.052 0.063 0.085 0.005 0.001 0.131 0.437 75 P 0.013 0.001 0.001 0.005 0.014 0.018 0.123 0.001 0.001 0.041 0.782 76 K 0.018 0.002 0.001 0.007 0.005 0.009 0.106 0.001 0.001 0.016 0.834 77 D 0.525 0.003 0.001 0.005 0.010 0.008 0.070 0.005 0.001 0.083 0.290 78 P 0.028 0.002 0.001 0.006 0.004 0.009 0.105 0.001 0.001 0.024 0.820 79 R 0.019 0.002 0.001 0.006 0.006 0.013 0.087 0.001 0.001 0.025 0.842 80 K 0.007 0.003 0.001 0.015 0.049 0.027 0.149 0.001 0.001 0.035 0.713 81 P 0.024 0.013 0.001 0.018 0.018 0.024 0.119 0.003 0.001 0.042 0.737 82 I 0.170 0.013 0.001 0.016 0.044 0.034 0.120 0.005 0.001 0.137 0.460 83 P 0.019 0.011 0.004 0.038 0.025 0.048 0.154 0.002 0.002 0.082 0.615 84 H 0.127 0.019 0.001 0.036 0.021 0.045 0.124 0.007 0.001 0.046 0.573 85 L 0.155 0.013 0.004 0.041 0.033 0.041 0.129 0.011 0.002 0.079 0.493 86 T 0.029 0.009 0.001 0.069 0.030 0.080 0.138 0.003 0.001 0.046 0.594 87 G 0.023 0.004 0.001 0.050 0.050 0.150 0.092 0.002 0.001 0.071 0.557 88 L 0.007 0.002 0.001 0.095 0.172 0.137 0.101 0.001 0.001 0.047 0.438 89 L 0.008 0.003 0.001 0.116 0.078 0.141 0.100 0.001 0.001 0.047 0.506 90 V 0.046 0.007 0.001 0.046 0.081 0.079 0.112 0.004 0.001 0.061 0.562 91 P 0.121 0.016 0.001 0.032 0.024 0.037 0.121 0.007 0.001 0.063 0.576