# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.062 0.053 0.058 0.109 0.118 0.144 0.191 0.112 0.080 0.047 0.024 2 L 0.032 0.051 0.066 0.107 0.101 0.099 0.149 0.115 0.125 0.101 0.057 3 C 0.006 0.010 0.025 0.030 0.036 0.071 0.166 0.187 0.198 0.161 0.111 4 E 0.044 0.080 0.210 0.269 0.192 0.077 0.060 0.029 0.020 0.015 0.005 5 M 0.024 0.023 0.053 0.063 0.077 0.114 0.201 0.155 0.135 0.095 0.060 6 S 0.060 0.126 0.117 0.194 0.145 0.097 0.109 0.050 0.049 0.039 0.016 7 L 0.008 0.009 0.019 0.030 0.037 0.085 0.180 0.194 0.194 0.145 0.100 8 E 0.099 0.086 0.231 0.271 0.155 0.063 0.043 0.022 0.015 0.011 0.004 9 A 0.022 0.035 0.089 0.156 0.145 0.165 0.189 0.082 0.065 0.036 0.016 10 W 0.016 0.023 0.046 0.058 0.057 0.076 0.161 0.136 0.174 0.139 0.112 11 L 0.011 0.015 0.046 0.058 0.066 0.096 0.196 0.153 0.164 0.115 0.081 12 A 0.023 0.050 0.215 0.165 0.132 0.097 0.110 0.071 0.062 0.049 0.026 13 Q 0.069 0.089 0.118 0.190 0.174 0.117 0.131 0.054 0.032 0.019 0.008 14 G 0.310 0.120 0.056 0.104 0.079 0.076 0.102 0.059 0.046 0.031 0.016 15 H 0.150 0.083 0.042 0.098 0.096 0.115 0.148 0.094 0.081 0.059 0.033 16 P 0.359 0.213 0.082 0.118 0.065 0.047 0.048 0.028 0.020 0.013 0.007 17 L 0.056 0.067 0.036 0.079 0.081 0.107 0.166 0.142 0.116 0.091 0.058 18 P 0.191 0.153 0.059 0.139 0.123 0.106 0.098 0.057 0.036 0.024 0.013 19 K 0.420 0.154 0.103 0.131 0.073 0.044 0.034 0.017 0.012 0.009 0.004 20 R 0.116 0.105 0.084 0.184 0.157 0.125 0.106 0.056 0.035 0.020 0.010 21 V 0.014 0.018 0.022 0.040 0.045 0.071 0.164 0.165 0.184 0.164 0.113 22 R 0.042 0.068 0.128 0.205 0.180 0.139 0.122 0.057 0.033 0.020 0.007 23 N 0.147 0.112 0.285 0.185 0.116 0.060 0.048 0.021 0.014 0.009 0.003 24 A 0.067 0.061 0.066 0.124 0.110 0.146 0.196 0.086 0.072 0.047 0.024 25 Y 0.049 0.042 0.041 0.069 0.076 0.108 0.192 0.155 0.132 0.086 0.050 26 D 0.168 0.186 0.218 0.177 0.103 0.056 0.046 0.021 0.013 0.009 0.003 27 R 0.127 0.090 0.143 0.168 0.136 0.122 0.108 0.050 0.030 0.018 0.009 28 R 0.197 0.111 0.095 0.128 0.101 0.105 0.116 0.059 0.045 0.030 0.013 29 T 0.073 0.109 0.097 0.175 0.151 0.124 0.134 0.057 0.043 0.026 0.012 30 W 0.019 0.022 0.053 0.067 0.090 0.142 0.187 0.163 0.120 0.085 0.053 31 E 0.072 0.086 0.231 0.282 0.164 0.074 0.052 0.020 0.011 0.007 0.002 32 L 0.007 0.017 0.049 0.067 0.065 0.095 0.184 0.152 0.168 0.116 0.080 33 L 0.007 0.010 0.027 0.038 0.045 0.073 0.167 0.147 0.205 0.166 0.114 34 R 0.031 0.070 0.213 0.250 0.193 0.096 0.079 0.031 0.020 0.013 0.004 35 L 0.009 0.026 0.056 0.064 0.073 0.121 0.201 0.169 0.133 0.090 0.059 36 G 0.213 0.222 0.085 0.136 0.099 0.061 0.082 0.039 0.030 0.025 0.009 37 E 0.367 0.185 0.067 0.133 0.095 0.049 0.051 0.027 0.014 0.008 0.004 38 E 0.530 0.183 0.077 0.095 0.046 0.025 0.019 0.011 0.007 0.005 0.002 39 D 0.113 0.161 0.047 0.136 0.116 0.117 0.155 0.065 0.047 0.029 0.014 40 P 0.140 0.137 0.059 0.128 0.113 0.120 0.131 0.080 0.046 0.027 0.018 41 K 0.463 0.163 0.126 0.127 0.053 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 42 E 0.194 0.145 0.100 0.226 0.129 0.095 0.062 0.024 0.013 0.007 0.004 43 L 0.020 0.015 0.013 0.029 0.043 0.069 0.159 0.200 0.186 0.142 0.124 44 P 0.181 0.215 0.142 0.202 0.119 0.064 0.041 0.016 0.010 0.007 0.003 45 L 0.031 0.030 0.073 0.073 0.067 0.102 0.147 0.126 0.139 0.123 0.088 46 P 0.274 0.205 0.073 0.147 0.106 0.063 0.059 0.028 0.022 0.015 0.008 47 G 0.230 0.157 0.044 0.112 0.108 0.089 0.098 0.060 0.049 0.034 0.019 48 G 0.193 0.134 0.055 0.153 0.145 0.090 0.082 0.053 0.044 0.031 0.020 49 L 0.037 0.030 0.024 0.063 0.076 0.112 0.170 0.138 0.151 0.119 0.082 50 S 0.078 0.142 0.083 0.236 0.182 0.100 0.088 0.044 0.027 0.014 0.006 51 L 0.018 0.025 0.028 0.060 0.058 0.072 0.145 0.139 0.180 0.157 0.118 52 L 0.015 0.017 0.022 0.058 0.067 0.103 0.179 0.157 0.170 0.122 0.089 53 D 0.071 0.114 0.137 0.262 0.165 0.089 0.075 0.037 0.026 0.017 0.007 54 Y 0.023 0.023 0.035 0.067 0.078 0.118 0.188 0.154 0.146 0.103 0.066 55 H 0.095 0.104 0.084 0.161 0.135 0.089 0.119 0.071 0.065 0.052 0.024 56 A 0.048 0.057 0.058 0.109 0.101 0.118 0.165 0.124 0.100 0.081 0.039 57 S 0.162 0.179 0.134 0.175 0.107 0.081 0.072 0.037 0.026 0.018 0.009 58 K 0.164 0.165 0.070 0.191 0.143 0.099 0.087 0.039 0.024 0.013 0.006 59 G 0.458 0.115 0.055 0.087 0.066 0.055 0.064 0.038 0.030 0.021 0.012 60 R 0.101 0.113 0.069 0.230 0.206 0.112 0.088 0.037 0.025 0.014 0.006 61 L 0.016 0.020 0.028 0.043 0.038 0.065 0.140 0.139 0.212 0.155 0.143 62 Q 0.086 0.172 0.106 0.227 0.197 0.080 0.070 0.029 0.018 0.010 0.004 63 G 0.199 0.146 0.104 0.142 0.105 0.078 0.088 0.055 0.041 0.026 0.016 64 R 0.142 0.099 0.056 0.149 0.141 0.120 0.117 0.061 0.053 0.040 0.023 65 E 0.262 0.233 0.067 0.148 0.089 0.065 0.068 0.031 0.020 0.011 0.006 66 G 0.333 0.131 0.054 0.134 0.112 0.070 0.067 0.044 0.028 0.017 0.011 67 G 0.130 0.091 0.048 0.121 0.123 0.128 0.134 0.079 0.070 0.048 0.028 68 R 0.058 0.090 0.057 0.206 0.173 0.134 0.128 0.063 0.049 0.027 0.014 69 V 0.013 0.013 0.018 0.040 0.046 0.073 0.146 0.167 0.192 0.160 0.131 70 A 0.021 0.040 0.049 0.137 0.133 0.137 0.158 0.108 0.103 0.071 0.043 71 W 0.009 0.021 0.032 0.060 0.057 0.077 0.141 0.151 0.181 0.155 0.115 72 V 0.012 0.017 0.028 0.062 0.060 0.080 0.151 0.149 0.166 0.162 0.112 73 A 0.033 0.041 0.049 0.100 0.095 0.101 0.160 0.136 0.125 0.099 0.061 74 D 0.090 0.170 0.073 0.172 0.132 0.100 0.105 0.061 0.045 0.035 0.018 75 P 0.225 0.107 0.039 0.115 0.105 0.104 0.121 0.075 0.052 0.036 0.021 76 K 0.569 0.192 0.043 0.088 0.046 0.021 0.017 0.010 0.007 0.005 0.003 77 D 0.215 0.170 0.044 0.127 0.101 0.088 0.097 0.062 0.045 0.031 0.019 78 P 0.244 0.164 0.047 0.126 0.108 0.084 0.092 0.055 0.039 0.025 0.016 79 R 0.264 0.156 0.065 0.138 0.111 0.087 0.080 0.042 0.029 0.017 0.011 80 K 0.272 0.170 0.090 0.152 0.101 0.077 0.063 0.033 0.022 0.014 0.006 81 P 0.190 0.099 0.046 0.127 0.104 0.109 0.132 0.079 0.055 0.036 0.022 82 I 0.032 0.032 0.025 0.067 0.084 0.122 0.167 0.156 0.139 0.101 0.075 83 P 0.227 0.169 0.109 0.149 0.102 0.080 0.071 0.035 0.027 0.020 0.010 84 H 0.098 0.078 0.069 0.163 0.146 0.120 0.127 0.078 0.058 0.040 0.023 85 L 0.033 0.024 0.020 0.044 0.048 0.063 0.114 0.147 0.180 0.166 0.159 86 T 0.081 0.130 0.059 0.186 0.168 0.117 0.113 0.058 0.043 0.029 0.015 87 G 0.241 0.143 0.085 0.151 0.107 0.072 0.075 0.045 0.040 0.025 0.015 88 L 0.048 0.036 0.031 0.079 0.087 0.106 0.156 0.122 0.143 0.116 0.077 89 L 0.049 0.058 0.036 0.088 0.071 0.084 0.155 0.134 0.138 0.105 0.081 90 V 0.034 0.050 0.038 0.090 0.097 0.116 0.159 0.136 0.118 0.095 0.068 91 P 0.324 0.181 0.092 0.143 0.092 0.057 0.043 0.026 0.020 0.015 0.008