# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.050 0.049 0.008 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.011 0.083 0.561 2 L 0.027 0.072 0.005 0.001 0.009 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.504 0.008 0.071 0.281 3 C 0.031 0.124 0.005 0.001 0.005 0.006 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.414 0.009 0.069 0.317 4 E 0.035 0.143 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.013 0.072 0.429 5 M 0.069 0.163 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.017 0.082 0.366 6 S 0.057 0.135 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.018 0.184 0.508 7 L 0.064 0.227 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.012 0.059 0.417 8 E 0.017 0.299 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.009 0.148 0.458 9 A 0.101 0.431 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.022 0.083 0.328 10 W 0.054 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.008 0.083 11 L 0.076 0.832 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 0.010 0.046 12 A 0.072 0.768 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.014 0.102 13 Q 0.176 0.571 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.090 0.011 0.128 14 G 0.452 0.126 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.180 0.012 0.183 15 H 0.183 0.037 0.276 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.017 0.119 0.329 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 17 L 0.022 0.006 0.003 0.003 0.008 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.004 0.240 0.499 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 19 K 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.003 0.175 0.571 20 R 0.100 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.004 0.096 0.688 21 V 0.174 0.083 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.004 0.049 0.452 22 R 0.055 0.192 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.227 0.008 0.072 0.430 23 N 0.087 0.223 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.016 0.064 0.508 24 A 0.244 0.310 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.037 0.038 0.267 25 Y 0.081 0.376 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.019 0.148 0.309 26 D 0.111 0.290 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.054 0.126 0.361 27 R 0.165 0.268 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.031 0.064 0.417 28 R 0.062 0.193 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.016 0.324 0.356 29 T 0.111 0.235 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.046 0.251 0.281 30 W 0.056 0.552 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.013 0.040 0.243 31 E 0.046 0.431 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.012 0.069 0.256 32 L 0.055 0.521 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.012 0.041 0.227 33 L 0.075 0.644 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.152 0.016 0.020 0.075 34 R 0.086 0.576 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.073 0.028 0.028 0.188 35 L 0.099 0.460 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.153 0.045 0.022 0.194 36 G 0.172 0.181 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.100 0.081 0.063 0.358 37 E 0.144 0.043 0.084 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.050 0.019 0.092 0.556 38 E 0.047 0.026 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.013 0.127 0.697 39 D 0.233 0.031 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.012 0.181 0.462 40 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.989 41 K 0.033 0.008 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.006 0.511 0.383 42 E 0.432 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.149 0.366 43 L 0.325 0.053 0.019 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.003 0.006 0.008 0.003 0.003 0.076 0.006 0.038 0.436 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 45 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.074 0.828 46 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.990 47 G 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.003 0.088 0.790 48 G 0.296 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.009 0.090 0.520 49 L 0.243 0.019 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.005 0.072 0.503 50 S 0.048 0.025 0.003 0.001 0.010 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.007 0.186 0.514 51 L 0.074 0.048 0.007 0.001 0.002 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.006 0.091 0.575 52 L 0.052 0.129 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.447 0.008 0.122 0.221 53 D 0.093 0.159 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.129 0.020 0.096 0.478 54 Y 0.123 0.215 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.130 0.020 0.058 0.420 55 H 0.108 0.284 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.012 0.005 0.002 0.001 0.119 0.021 0.114 0.316 56 A 0.106 0.218 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.023 0.084 0.392 57 S 0.071 0.331 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.029 0.125 0.295 58 K 0.208 0.178 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.065 0.061 0.386 59 G 0.188 0.102 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.067 0.062 0.143 0.399 60 R 0.211 0.049 0.103 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.077 0.029 0.145 0.360 61 L 0.049 0.102 0.010 0.009 0.005 0.004 0.007 0.003 0.008 0.003 0.003 0.005 0.014 0.031 0.023 0.010 0.137 0.017 0.094 0.465 62 Q 0.044 0.060 0.007 0.002 0.012 0.007 0.015 0.004 0.004 0.002 0.015 0.008 0.028 0.032 0.010 0.005 0.094 0.018 0.091 0.541 63 G 0.062 0.040 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.013 0.028 0.041 0.007 0.025 0.012 0.005 0.004 0.065 0.020 0.066 0.595 64 R 0.124 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.014 0.115 0.578 65 E 0.023 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 0.113 0.746 66 G 0.105 0.021 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.048 0.080 0.640 67 G 0.284 0.016 0.012 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.053 0.121 0.425 68 R 0.109 0.008 0.021 0.004 0.009 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.015 0.228 0.384 69 V 0.004 0.006 0.003 0.003 0.033 0.020 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.002 0.051 0.560 70 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.053 0.098 0.059 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.657 0.002 0.031 0.058 71 W 0.007 0.006 0.001 0.001 0.005 0.009 0.037 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.010 0.523 0.002 0.053 0.312 72 V 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.028 0.028 0.012 0.716 0.003 0.025 0.138 73 A 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.744 0.003 0.044 0.166 74 D 0.033 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.008 0.047 0.016 0.012 0.022 0.008 0.011 0.262 0.007 0.133 0.381 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.975 76 K 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.609 0.347 77 D 0.478 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.036 0.138 0.286 78 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 79 R 0.020 0.004 0.007 0.001 0.012 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.303 0.599 80 K 0.656 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.009 0.057 0.227 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 82 I 0.019 0.004 0.002 0.001 0.016 0.009 0.005 0.008 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.131 0.004 0.118 0.661 83 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 84 H 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.002 0.068 0.759 85 L 0.306 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.009 0.074 0.430 86 T 0.103 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.006 0.099 0.498 87 G 0.146 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.042 0.070 0.536 88 L 0.254 0.012 0.021 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.284 0.011 0.130 0.269 89 L 0.022 0.013 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.418 0.006 0.089 0.428 90 V 0.022 0.011 0.004 0.002 0.043 0.018 0.019 0.007 0.005 0.002 0.007 0.003 0.005 0.008 0.008 0.008 0.446 0.007 0.109 0.265 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.975