# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.056 0.050 0.006 0.092 0.125 0.170 0.098 0.002 0.001 0.006 0.395 2 L 0.046 0.068 0.005 0.132 0.148 0.230 0.082 0.002 0.001 0.006 0.281 3 C 0.032 0.086 0.002 0.100 0.187 0.259 0.060 0.002 0.001 0.003 0.268 4 E 0.041 0.113 0.003 0.099 0.104 0.171 0.084 0.003 0.001 0.004 0.379 5 M 0.049 0.144 0.005 0.056 0.086 0.113 0.097 0.003 0.001 0.005 0.443 6 S 0.035 0.123 0.006 0.028 0.042 0.081 0.272 0.002 0.001 0.006 0.406 7 L 0.059 0.246 0.008 0.035 0.029 0.069 0.078 0.002 0.001 0.007 0.468 8 E 0.018 0.425 0.005 0.014 0.026 0.038 0.149 0.002 0.001 0.004 0.320 9 A 0.048 0.605 0.003 0.006 0.017 0.021 0.091 0.003 0.001 0.003 0.205 10 W 0.033 0.895 0.001 0.002 0.006 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.042 11 L 0.026 0.891 0.003 0.004 0.029 0.015 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 12 A 0.046 0.845 0.004 0.004 0.025 0.011 0.005 0.014 0.001 0.001 0.045 13 Q 0.177 0.551 0.005 0.004 0.009 0.017 0.009 0.082 0.001 0.002 0.145 14 G 0.475 0.147 0.027 0.009 0.006 0.015 0.010 0.099 0.001 0.009 0.204 15 H 0.198 0.025 0.453 0.015 0.009 0.007 0.059 0.011 0.001 0.002 0.221 16 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.981 17 L 0.042 0.006 0.007 0.078 0.040 0.107 0.156 0.001 0.001 0.002 0.563 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 19 K 0.016 0.005 0.001 0.016 0.015 0.035 0.112 0.001 0.001 0.002 0.799 20 R 0.066 0.033 0.001 0.018 0.007 0.009 0.107 0.001 0.001 0.003 0.756 21 V 0.122 0.210 0.002 0.040 0.036 0.091 0.041 0.001 0.001 0.003 0.454 22 R 0.070 0.436 0.003 0.034 0.041 0.049 0.039 0.001 0.001 0.004 0.323 23 N 0.075 0.380 0.002 0.018 0.030 0.038 0.047 0.006 0.001 0.002 0.402 24 A 0.235 0.401 0.006 0.018 0.015 0.026 0.023 0.010 0.001 0.002 0.263 25 Y 0.104 0.414 0.013 0.020 0.021 0.028 0.085 0.010 0.001 0.003 0.302 26 D 0.150 0.254 0.015 0.018 0.016 0.027 0.114 0.014 0.001 0.007 0.385 27 R 0.195 0.256 0.017 0.019 0.010 0.019 0.061 0.012 0.001 0.007 0.405 28 R 0.093 0.166 0.027 0.015 0.015 0.020 0.265 0.008 0.001 0.008 0.384 29 T 0.127 0.204 0.021 0.020 0.016 0.031 0.212 0.006 0.001 0.007 0.357 30 W 0.076 0.341 0.014 0.024 0.024 0.045 0.045 0.004 0.001 0.005 0.423 31 E 0.028 0.393 0.008 0.030 0.096 0.085 0.148 0.004 0.001 0.003 0.206 32 L 0.050 0.580 0.004 0.023 0.047 0.055 0.041 0.006 0.001 0.001 0.192 33 L 0.050 0.646 0.002 0.031 0.081 0.106 0.012 0.006 0.001 0.001 0.066 34 R 0.071 0.616 0.006 0.018 0.067 0.053 0.039 0.015 0.001 0.002 0.113 35 L 0.112 0.522 0.013 0.019 0.034 0.051 0.027 0.029 0.001 0.004 0.190 36 G 0.210 0.163 0.016 0.024 0.025 0.060 0.035 0.068 0.001 0.014 0.386 37 E 0.299 0.054 0.107 0.016 0.011 0.015 0.092 0.023 0.001 0.005 0.379 38 E 0.090 0.022 0.020 0.014 0.012 0.019 0.177 0.012 0.001 0.006 0.628 39 D 0.117 0.040 0.015 0.025 0.027 0.053 0.218 0.008 0.001 0.005 0.491 40 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 41 K 0.014 0.009 0.006 0.012 0.016 0.025 0.494 0.001 0.001 0.009 0.413 42 E 0.494 0.013 0.001 0.008 0.004 0.008 0.233 0.001 0.001 0.036 0.202 43 L 0.493 0.102 0.010 0.032 0.026 0.031 0.043 0.005 0.001 0.004 0.255 44 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.969 45 L 0.024 0.004 0.003 0.064 0.062 0.083 0.098 0.001 0.001 0.001 0.659 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 47 G 0.021 0.002 0.001 0.021 0.026 0.039 0.087 0.001 0.001 0.002 0.800 48 G 0.300 0.010 0.002 0.059 0.027 0.041 0.119 0.001 0.001 0.007 0.435 49 L 0.200 0.017 0.003 0.082 0.104 0.127 0.072 0.001 0.001 0.006 0.389 50 S 0.039 0.021 0.002 0.096 0.151 0.152 0.187 0.001 0.001 0.007 0.345 51 L 0.043 0.035 0.002 0.089 0.104 0.189 0.110 0.001 0.001 0.005 0.423 52 L 0.040 0.102 0.002 0.108 0.138 0.223 0.145 0.001 0.001 0.010 0.231 53 D 0.056 0.110 0.003 0.036 0.085 0.126 0.191 0.003 0.001 0.014 0.377 54 Y 0.073 0.192 0.007 0.045 0.098 0.160 0.068 0.005 0.001 0.005 0.346 55 H 0.056 0.154 0.008 0.034 0.114 0.172 0.166 0.006 0.001 0.007 0.283 56 A 0.140 0.178 0.013 0.037 0.068 0.080 0.078 0.008 0.001 0.009 0.389 57 S 0.095 0.268 0.008 0.024 0.065 0.112 0.125 0.012 0.001 0.006 0.285 58 K 0.181 0.119 0.008 0.021 0.030 0.049 0.084 0.016 0.001 0.019 0.475 59 G 0.214 0.090 0.033 0.025 0.034 0.057 0.130 0.016 0.001 0.022 0.380 60 R 0.264 0.044 0.071 0.039 0.032 0.037 0.186 0.005 0.001 0.008 0.314 61 L 0.062 0.086 0.015 0.063 0.139 0.146 0.107 0.004 0.001 0.005 0.373 62 Q 0.039 0.066 0.005 0.065 0.104 0.268 0.097 0.004 0.001 0.004 0.349 63 G 0.092 0.043 0.003 0.057 0.076 0.150 0.064 0.009 0.001 0.005 0.501 64 R 0.108 0.035 0.007 0.051 0.099 0.122 0.135 0.004 0.001 0.004 0.435 65 E 0.022 0.016 0.002 0.022 0.058 0.068 0.132 0.002 0.001 0.003 0.675 66 G 0.079 0.019 0.003 0.043 0.102 0.224 0.094 0.003 0.001 0.016 0.417 67 G 0.243 0.012 0.015 0.041 0.071 0.089 0.107 0.004 0.001 0.015 0.403 68 R 0.111 0.004 0.007 0.061 0.172 0.185 0.104 0.001 0.001 0.004 0.350 69 V 0.019 0.004 0.003 0.060 0.192 0.337 0.051 0.001 0.001 0.002 0.332 70 A 0.008 0.002 0.001 0.118 0.304 0.490 0.020 0.001 0.001 0.002 0.056 71 W 0.007 0.004 0.001 0.088 0.269 0.305 0.039 0.001 0.001 0.001 0.287 72 V 0.008 0.004 0.001 0.078 0.269 0.583 0.011 0.001 0.001 0.002 0.045 73 A 0.014 0.014 0.001 0.068 0.193 0.371 0.079 0.001 0.001 0.005 0.253 74 D 0.021 0.009 0.001 0.057 0.193 0.238 0.100 0.003 0.001 0.004 0.373 75 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.975 76 K 0.014 0.002 0.002 0.015 0.007 0.017 0.678 0.001 0.001 0.014 0.250 77 D 0.447 0.010 0.002 0.010 0.011 0.014 0.130 0.001 0.001 0.135 0.238 78 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.982 79 R 0.012 0.002 0.004 0.007 0.006 0.012 0.595 0.001 0.001 0.005 0.357 80 K 0.573 0.006 0.001 0.014 0.011 0.012 0.123 0.001 0.001 0.014 0.246 81 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.981 82 I 0.053 0.009 0.004 0.224 0.086 0.167 0.081 0.001 0.001 0.002 0.373 83 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 84 H 0.023 0.008 0.001 0.062 0.099 0.211 0.063 0.001 0.001 0.002 0.529 85 L 0.191 0.059 0.002 0.151 0.067 0.084 0.082 0.001 0.001 0.006 0.358 86 T 0.070 0.058 0.001 0.100 0.113 0.156 0.081 0.001 0.001 0.007 0.413 87 G 0.123 0.049 0.003 0.101 0.103 0.122 0.074 0.002 0.001 0.023 0.400 88 L 0.144 0.042 0.011 0.113 0.101 0.106 0.108 0.002 0.001 0.005 0.369 89 L 0.041 0.025 0.007 0.111 0.098 0.192 0.111 0.002 0.001 0.008 0.404 90 V 0.040 0.018 0.006 0.121 0.184 0.262 0.063 0.001 0.001 0.003 0.302 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.989