# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.041 0.015 0.101 0.063 0.080 0.090 0.008 0.602 2 L 0.039 0.023 0.179 0.110 0.198 0.095 0.005 0.351 3 C 0.033 0.042 0.137 0.168 0.249 0.096 0.006 0.269 4 E 0.028 0.080 0.110 0.103 0.178 0.094 0.006 0.402 5 M 0.055 0.129 0.096 0.105 0.156 0.134 0.010 0.315 6 S 0.068 0.175 0.035 0.067 0.092 0.163 0.014 0.386 7 L 0.070 0.245 0.044 0.041 0.113 0.068 0.012 0.407 8 E 0.031 0.438 0.022 0.029 0.051 0.141 0.009 0.279 9 A 0.065 0.650 0.012 0.019 0.035 0.081 0.013 0.126 10 W 0.029 0.911 0.004 0.007 0.011 0.005 0.004 0.029 11 L 0.027 0.894 0.010 0.010 0.017 0.007 0.008 0.027 12 A 0.041 0.881 0.009 0.011 0.009 0.006 0.014 0.030 13 Q 0.220 0.591 0.017 0.013 0.014 0.007 0.080 0.058 14 G 0.488 0.156 0.023 0.009 0.009 0.008 0.184 0.122 15 H 0.330 0.064 0.189 0.030 0.027 0.047 0.037 0.277 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 L 0.024 0.008 0.033 0.030 0.078 0.135 0.004 0.688 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 19 K 0.014 0.010 0.014 0.012 0.026 0.124 0.001 0.799 20 R 0.288 0.057 0.020 0.010 0.012 0.114 0.006 0.494 21 V 0.212 0.303 0.030 0.019 0.036 0.055 0.008 0.338 22 R 0.068 0.497 0.046 0.035 0.046 0.050 0.006 0.252 23 N 0.074 0.446 0.023 0.019 0.028 0.052 0.019 0.340 24 A 0.187 0.449 0.032 0.017 0.029 0.033 0.025 0.227 25 Y 0.093 0.415 0.023 0.019 0.027 0.108 0.026 0.289 26 D 0.127 0.282 0.026 0.020 0.027 0.130 0.038 0.351 27 R 0.121 0.336 0.029 0.014 0.020 0.064 0.018 0.397 28 R 0.094 0.214 0.022 0.018 0.022 0.293 0.027 0.311 29 T 0.096 0.235 0.031 0.019 0.023 0.132 0.020 0.444 30 W 0.039 0.436 0.036 0.030 0.045 0.054 0.006 0.354 31 E 0.033 0.425 0.037 0.063 0.099 0.120 0.010 0.213 32 L 0.072 0.522 0.026 0.036 0.091 0.051 0.009 0.194 33 L 0.034 0.755 0.021 0.064 0.073 0.011 0.007 0.035 34 R 0.080 0.614 0.029 0.077 0.059 0.020 0.028 0.094 35 L 0.118 0.450 0.084 0.077 0.088 0.020 0.031 0.131 36 G 0.213 0.184 0.036 0.062 0.093 0.057 0.053 0.302 37 E 0.154 0.069 0.089 0.037 0.064 0.069 0.033 0.487 38 E 0.059 0.056 0.043 0.023 0.043 0.094 0.030 0.652 39 D 0.133 0.048 0.032 0.030 0.045 0.123 0.016 0.573 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 K 0.015 0.004 0.013 0.018 0.043 0.663 0.007 0.237 42 E 0.709 0.004 0.004 0.002 0.004 0.121 0.019 0.137 43 L 0.570 0.051 0.054 0.041 0.037 0.034 0.006 0.208 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 45 L 0.029 0.005 0.072 0.055 0.160 0.094 0.005 0.580 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 47 G 0.034 0.005 0.025 0.047 0.103 0.109 0.008 0.668 48 G 0.393 0.007 0.033 0.014 0.016 0.050 0.011 0.477 49 L 0.223 0.021 0.137 0.059 0.091 0.101 0.008 0.360 50 S 0.078 0.026 0.068 0.107 0.143 0.189 0.007 0.383 51 L 0.125 0.050 0.086 0.067 0.190 0.093 0.008 0.381 52 L 0.082 0.101 0.095 0.140 0.217 0.145 0.012 0.208 53 D 0.100 0.115 0.049 0.122 0.134 0.129 0.026 0.325 54 Y 0.130 0.135 0.088 0.083 0.190 0.071 0.015 0.288 55 H 0.096 0.149 0.030 0.095 0.187 0.163 0.017 0.264 56 A 0.122 0.161 0.059 0.074 0.135 0.099 0.030 0.321 57 S 0.099 0.228 0.036 0.055 0.078 0.144 0.031 0.328 58 K 0.185 0.108 0.050 0.037 0.056 0.066 0.045 0.453 59 G 0.169 0.118 0.043 0.057 0.048 0.087 0.048 0.430 60 R 0.230 0.038 0.102 0.056 0.100 0.156 0.031 0.287 61 L 0.067 0.057 0.063 0.120 0.152 0.092 0.008 0.441 62 Q 0.053 0.033 0.068 0.187 0.283 0.090 0.010 0.275 63 G 0.054 0.028 0.042 0.112 0.143 0.052 0.013 0.556 64 R 0.086 0.031 0.088 0.129 0.225 0.102 0.015 0.324 65 E 0.009 0.007 0.013 0.041 0.046 0.069 0.006 0.808 66 G 0.056 0.014 0.025 0.064 0.089 0.084 0.040 0.629 67 G 0.288 0.008 0.081 0.086 0.057 0.101 0.047 0.332 68 R 0.101 0.003 0.133 0.107 0.130 0.168 0.011 0.348 69 V 0.022 0.002 0.076 0.157 0.324 0.065 0.002 0.352 70 A 0.009 0.001 0.123 0.361 0.438 0.023 0.001 0.044 71 W 0.004 0.002 0.062 0.257 0.300 0.026 0.001 0.347 72 V 0.006 0.002 0.159 0.243 0.527 0.015 0.001 0.048 73 A 0.014 0.004 0.070 0.222 0.454 0.048 0.003 0.185 74 D 0.019 0.005 0.047 0.219 0.404 0.075 0.005 0.227 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 K 0.015 0.001 0.006 0.011 0.041 0.696 0.006 0.224 77 D 0.529 0.002 0.004 0.008 0.008 0.264 0.011 0.175 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 R 0.016 0.002 0.007 0.006 0.021 0.756 0.004 0.189 80 K 0.607 0.004 0.017 0.012 0.013 0.120 0.011 0.216 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 82 I 0.037 0.005 0.097 0.088 0.206 0.136 0.004 0.426 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 84 H 0.015 0.007 0.026 0.047 0.192 0.079 0.004 0.630 85 L 0.289 0.026 0.106 0.052 0.079 0.080 0.009 0.359 86 T 0.131 0.047 0.109 0.080 0.093 0.116 0.017 0.406 87 G 0.160 0.031 0.088 0.066 0.074 0.073 0.019 0.488 88 L 0.199 0.030 0.230 0.082 0.115 0.095 0.019 0.231 89 L 0.062 0.038 0.107 0.106 0.174 0.090 0.025 0.399 90 V 0.054 0.020 0.138 0.176 0.238 0.054 0.010 0.311 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998