# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.308 0.425 0.150 0.021 0.027 0.047 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 2 L 0.475 0.194 0.136 0.061 0.022 0.086 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 3 C 0.430 0.279 0.085 0.073 0.084 0.027 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 4 E 0.491 0.170 0.104 0.068 0.056 0.065 0.022 0.001 0.021 0.001 0.001 5 M 0.486 0.191 0.124 0.104 0.033 0.034 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 6 S 0.521 0.116 0.138 0.082 0.047 0.057 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 7 L 0.878 0.027 0.039 0.028 0.009 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 8 E 0.912 0.023 0.017 0.029 0.006 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 9 A 0.870 0.046 0.021 0.028 0.020 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 10 W 0.849 0.040 0.031 0.035 0.007 0.027 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 11 L 0.811 0.059 0.051 0.042 0.005 0.018 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 12 A 0.740 0.038 0.033 0.153 0.007 0.013 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 13 Q 0.297 0.040 0.069 0.480 0.018 0.009 0.077 0.002 0.007 0.001 0.001 14 G 0.058 0.006 0.024 0.043 0.041 0.005 0.101 0.590 0.003 0.130 0.001 15 H 0.017 0.191 0.504 0.005 0.030 0.016 0.005 0.001 0.229 0.001 0.001 16 P 0.096 0.002 0.755 0.012 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 17 L 0.028 0.150 0.620 0.007 0.028 0.015 0.002 0.001 0.148 0.001 0.001 18 P 0.195 0.002 0.701 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 19 K 0.660 0.045 0.186 0.063 0.015 0.012 0.006 0.006 0.005 0.001 0.002 20 R 0.440 0.121 0.202 0.127 0.027 0.060 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 21 V 0.387 0.224 0.247 0.079 0.016 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 22 R 0.593 0.142 0.123 0.066 0.037 0.021 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 23 N 0.393 0.080 0.155 0.168 0.050 0.069 0.040 0.010 0.029 0.004 0.001 24 A 0.660 0.083 0.085 0.103 0.021 0.021 0.013 0.004 0.007 0.002 0.001 25 Y 0.550 0.130 0.110 0.122 0.023 0.027 0.017 0.002 0.016 0.001 0.001 26 D 0.383 0.065 0.120 0.200 0.032 0.064 0.092 0.011 0.027 0.004 0.001 27 R 0.583 0.075 0.120 0.132 0.025 0.023 0.027 0.004 0.007 0.003 0.001 28 R 0.531 0.086 0.123 0.162 0.026 0.040 0.016 0.003 0.010 0.002 0.001 29 T 0.401 0.242 0.124 0.118 0.054 0.024 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 30 W 0.556 0.135 0.147 0.044 0.062 0.028 0.013 0.002 0.010 0.002 0.001 31 E 0.616 0.163 0.105 0.035 0.023 0.040 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 32 L 0.610 0.148 0.117 0.060 0.012 0.040 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 33 L 0.515 0.206 0.135 0.067 0.029 0.022 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 34 R 0.414 0.213 0.155 0.073 0.041 0.042 0.021 0.002 0.039 0.001 0.001 35 L 0.268 0.083 0.276 0.293 0.017 0.026 0.019 0.001 0.016 0.001 0.001 36 G 0.068 0.015 0.069 0.028 0.092 0.008 0.068 0.374 0.005 0.274 0.001 37 E 0.379 0.092 0.316 0.088 0.043 0.037 0.023 0.004 0.009 0.005 0.004 38 E 0.253 0.146 0.223 0.249 0.023 0.051 0.018 0.008 0.023 0.004 0.002 39 D 0.019 0.110 0.340 0.018 0.034 0.054 0.015 0.001 0.406 0.003 0.001 40 P 0.811 0.001 0.130 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 41 K 0.810 0.015 0.022 0.130 0.004 0.004 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 42 E 0.304 0.080 0.063 0.467 0.012 0.020 0.026 0.005 0.019 0.001 0.004 43 L 0.028 0.172 0.623 0.011 0.007 0.011 0.011 0.001 0.135 0.001 0.001 44 P 0.086 0.005 0.855 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 45 L 0.019 0.185 0.603 0.004 0.024 0.010 0.002 0.001 0.151 0.002 0.001 46 P 0.158 0.002 0.760 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 47 G 0.173 0.023 0.166 0.132 0.069 0.009 0.085 0.248 0.006 0.090 0.001 48 G 0.089 0.021 0.125 0.058 0.164 0.024 0.064 0.215 0.009 0.230 0.001 49 L 0.141 0.347 0.351 0.081 0.043 0.019 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 50 S 0.215 0.326 0.261 0.039 0.081 0.051 0.007 0.002 0.016 0.002 0.002 51 L 0.465 0.180 0.179 0.054 0.043 0.055 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 52 L 0.480 0.244 0.139 0.059 0.024 0.027 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 53 D 0.507 0.085 0.144 0.094 0.033 0.071 0.033 0.004 0.026 0.002 0.002 54 Y 0.555 0.106 0.085 0.144 0.034 0.030 0.024 0.005 0.015 0.002 0.001 55 H 0.398 0.126 0.174 0.164 0.034 0.051 0.019 0.002 0.029 0.002 0.001 56 A 0.572 0.063 0.161 0.116 0.027 0.023 0.017 0.004 0.009 0.006 0.001 57 S 0.502 0.087 0.123 0.195 0.036 0.017 0.019 0.003 0.010 0.007 0.001 58 K 0.303 0.052 0.150 0.342 0.041 0.016 0.067 0.008 0.014 0.006 0.001 59 G 0.098 0.020 0.084 0.032 0.103 0.010 0.105 0.347 0.005 0.196 0.001 60 R 0.177 0.265 0.397 0.068 0.036 0.027 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 61 L 0.142 0.296 0.397 0.068 0.025 0.040 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 62 Q 0.138 0.307 0.259 0.159 0.069 0.030 0.016 0.002 0.018 0.002 0.001 63 G 0.060 0.028 0.126 0.020 0.126 0.021 0.047 0.247 0.013 0.313 0.001 64 R 0.204 0.329 0.284 0.065 0.069 0.019 0.006 0.001 0.017 0.006 0.001 65 E 0.134 0.113 0.330 0.243 0.035 0.040 0.067 0.005 0.021 0.009 0.003 66 G 0.017 0.006 0.032 0.027 0.062 0.004 0.157 0.490 0.003 0.202 0.001 67 G 0.035 0.020 0.116 0.020 0.200 0.007 0.050 0.286 0.005 0.260 0.001 68 R 0.059 0.398 0.367 0.046 0.061 0.042 0.009 0.001 0.013 0.002 0.002 69 V 0.045 0.659 0.194 0.021 0.034 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 70 A 0.045 0.677 0.112 0.017 0.121 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 71 W 0.043 0.621 0.175 0.027 0.059 0.047 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 72 V 0.028 0.736 0.149 0.015 0.030 0.020 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 73 A 0.059 0.457 0.284 0.046 0.065 0.044 0.006 0.001 0.034 0.002 0.001 74 D 0.007 0.166 0.411 0.004 0.039 0.044 0.008 0.001 0.318 0.002 0.001 75 P 0.639 0.004 0.284 0.013 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 76 K 0.448 0.057 0.061 0.371 0.009 0.017 0.012 0.010 0.012 0.001 0.001 77 D 0.016 0.121 0.199 0.021 0.024 0.022 0.017 0.001 0.577 0.002 0.001 78 P 0.588 0.001 0.314 0.023 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.065 79 R 0.364 0.069 0.110 0.385 0.014 0.013 0.014 0.015 0.014 0.002 0.001 80 K 0.021 0.165 0.506 0.008 0.027 0.013 0.007 0.001 0.249 0.001 0.001 81 P 0.105 0.004 0.764 0.012 0.001 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.077 82 I 0.049 0.330 0.422 0.006 0.039 0.012 0.001 0.001 0.140 0.001 0.001 83 P 0.259 0.004 0.644 0.014 0.002 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 84 H 0.320 0.196 0.199 0.134 0.047 0.040 0.031 0.011 0.017 0.003 0.001 85 L 0.340 0.204 0.245 0.129 0.022 0.036 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 86 T 0.185 0.203 0.189 0.325 0.048 0.012 0.023 0.001 0.012 0.002 0.001 87 G 0.047 0.032 0.051 0.023 0.261 0.009 0.081 0.345 0.006 0.145 0.001 88 L 0.072 0.505 0.315 0.030 0.040 0.017 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 89 L 0.061 0.426 0.336 0.044 0.022 0.080 0.005 0.001 0.020 0.001 0.004 90 V 0.008 0.494 0.269 0.002 0.045 0.019 0.002 0.001 0.161 0.001 0.001 91 P 0.088 0.007 0.826 0.009 0.003 0.026 0.002 0.001 0.005 0.001 0.033