# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.172 0.128 0.021 0.006 0.327 0.009 0.022 0.215 0.046 0.022 0.032 2 L 0.199 0.083 0.016 0.009 0.238 0.018 0.026 0.270 0.063 0.029 0.050 3 C 0.086 0.130 0.041 0.016 0.197 0.032 0.040 0.324 0.073 0.031 0.029 4 E 0.106 0.064 0.022 0.011 0.124 0.016 0.041 0.398 0.097 0.078 0.044 5 M 0.040 0.153 0.059 0.009 0.103 0.015 0.039 0.429 0.080 0.051 0.021 6 S 0.090 0.147 0.042 0.005 0.131 0.006 0.014 0.437 0.056 0.041 0.030 7 L 0.011 0.012 0.002 0.001 0.015 0.002 0.004 0.796 0.143 0.008 0.004 8 E 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.003 0.010 0.881 0.081 0.005 0.002 9 A 0.006 0.005 0.002 0.001 0.009 0.001 0.006 0.886 0.074 0.008 0.002 10 W 0.008 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.020 0.869 0.071 0.010 0.003 11 L 0.009 0.013 0.004 0.001 0.013 0.002 0.017 0.725 0.198 0.015 0.004 12 A 0.011 0.013 0.009 0.005 0.015 0.021 0.119 0.597 0.149 0.046 0.015 13 Q 0.012 0.317 0.124 0.023 0.040 0.025 0.177 0.155 0.079 0.040 0.008 14 G 0.019 0.016 0.020 0.024 0.015 0.013 0.022 0.038 0.057 0.641 0.135 15 H 0.038 0.415 0.177 0.012 0.175 0.005 0.013 0.042 0.040 0.059 0.025 16 P 0.057 0.288 0.134 0.016 0.124 0.023 0.045 0.072 0.088 0.106 0.049 17 L 0.049 0.393 0.308 0.014 0.128 0.005 0.009 0.034 0.025 0.019 0.014 18 P 0.046 0.214 0.057 0.007 0.117 0.010 0.019 0.310 0.179 0.023 0.019 19 K 0.021 0.060 0.024 0.004 0.045 0.014 0.057 0.490 0.228 0.048 0.011 20 R 0.072 0.067 0.022 0.004 0.105 0.006 0.028 0.458 0.102 0.100 0.035 21 V 0.092 0.050 0.014 0.008 0.102 0.010 0.021 0.461 0.120 0.083 0.039 22 R 0.027 0.069 0.027 0.019 0.057 0.042 0.045 0.524 0.133 0.042 0.013 23 N 0.051 0.053 0.031 0.013 0.092 0.015 0.047 0.435 0.114 0.119 0.029 24 A 0.043 0.048 0.021 0.007 0.063 0.010 0.038 0.495 0.161 0.092 0.022 25 Y 0.053 0.128 0.043 0.019 0.106 0.027 0.053 0.343 0.118 0.081 0.030 26 D 0.064 0.106 0.057 0.023 0.106 0.025 0.042 0.302 0.107 0.123 0.046 27 R 0.039 0.081 0.036 0.010 0.076 0.014 0.040 0.425 0.168 0.090 0.022 28 R 0.043 0.128 0.064 0.009 0.086 0.018 0.041 0.384 0.111 0.093 0.024 29 T 0.070 0.078 0.022 0.006 0.096 0.007 0.019 0.490 0.121 0.063 0.028 30 W 0.057 0.057 0.012 0.004 0.100 0.008 0.017 0.557 0.142 0.028 0.017 31 E 0.042 0.059 0.015 0.004 0.114 0.011 0.035 0.590 0.093 0.025 0.012 32 L 0.149 0.041 0.006 0.003 0.163 0.007 0.029 0.447 0.095 0.035 0.025 33 L 0.050 0.098 0.032 0.010 0.128 0.020 0.049 0.417 0.132 0.042 0.022 34 R 0.123 0.076 0.050 0.013 0.185 0.019 0.069 0.267 0.058 0.078 0.062 35 L 0.029 0.461 0.130 0.031 0.088 0.023 0.066 0.068 0.048 0.039 0.015 36 G 0.069 0.100 0.157 0.108 0.094 0.038 0.028 0.053 0.038 0.190 0.124 37 E 0.055 0.141 0.054 0.017 0.125 0.011 0.036 0.248 0.192 0.085 0.036 38 E 0.050 0.166 0.083 0.021 0.104 0.047 0.059 0.140 0.108 0.180 0.041 39 D 0.135 0.255 0.132 0.010 0.314 0.006 0.009 0.048 0.031 0.031 0.030 40 P 0.022 0.043 0.012 0.004 0.040 0.013 0.030 0.342 0.433 0.047 0.014 41 K 0.018 0.062 0.037 0.012 0.039 0.022 0.112 0.321 0.279 0.087 0.012 42 E 0.059 0.074 0.037 0.011 0.088 0.010 0.042 0.123 0.135 0.365 0.057 43 L 0.059 0.403 0.159 0.010 0.203 0.006 0.016 0.031 0.032 0.055 0.024 44 P 0.075 0.336 0.221 0.021 0.172 0.018 0.024 0.026 0.024 0.046 0.035 45 L 0.039 0.337 0.353 0.030 0.121 0.015 0.026 0.027 0.023 0.016 0.012 46 P 0.042 0.066 0.048 0.064 0.038 0.074 0.198 0.180 0.166 0.087 0.037 47 G 0.023 0.086 0.092 0.120 0.043 0.048 0.061 0.090 0.086 0.313 0.039 48 G 0.070 0.132 0.069 0.059 0.103 0.020 0.022 0.129 0.074 0.230 0.092 49 L 0.128 0.164 0.047 0.012 0.266 0.014 0.017 0.108 0.084 0.096 0.063 50 S 0.088 0.203 0.083 0.017 0.233 0.035 0.047 0.163 0.060 0.038 0.032 51 L 0.230 0.090 0.025 0.011 0.200 0.011 0.022 0.205 0.083 0.067 0.056 52 L 0.064 0.127 0.045 0.023 0.136 0.033 0.034 0.339 0.119 0.052 0.029 53 D 0.107 0.081 0.041 0.016 0.150 0.018 0.034 0.343 0.102 0.065 0.043 54 Y 0.052 0.100 0.038 0.011 0.108 0.015 0.039 0.391 0.147 0.073 0.026 55 H 0.087 0.114 0.040 0.013 0.155 0.020 0.062 0.310 0.083 0.083 0.032 56 A 0.065 0.092 0.050 0.015 0.095 0.017 0.046 0.341 0.153 0.092 0.035 57 S 0.051 0.101 0.105 0.036 0.097 0.051 0.101 0.271 0.092 0.066 0.029 58 K 0.038 0.201 0.085 0.061 0.066 0.046 0.112 0.175 0.102 0.085 0.031 59 G 0.054 0.074 0.078 0.057 0.071 0.027 0.030 0.104 0.067 0.333 0.105 60 R 0.119 0.194 0.061 0.010 0.241 0.008 0.026 0.144 0.067 0.079 0.050 61 L 0.180 0.128 0.049 0.026 0.239 0.036 0.040 0.104 0.058 0.059 0.080 62 Q 0.043 0.201 0.133 0.176 0.093 0.105 0.083 0.066 0.033 0.046 0.022 63 G 0.083 0.107 0.152 0.113 0.103 0.025 0.025 0.062 0.036 0.197 0.097 64 R 0.073 0.123 0.238 0.064 0.099 0.035 0.043 0.129 0.083 0.072 0.041 65 E 0.038 0.083 0.087 0.103 0.057 0.111 0.188 0.141 0.092 0.072 0.028 66 G 0.041 0.065 0.076 0.360 0.039 0.067 0.037 0.030 0.042 0.188 0.055 67 G 0.050 0.144 0.152 0.184 0.098 0.043 0.024 0.039 0.044 0.157 0.065 68 R 0.209 0.172 0.040 0.011 0.411 0.009 0.021 0.027 0.023 0.031 0.045 69 V 0.346 0.104 0.014 0.005 0.429 0.006 0.007 0.014 0.013 0.010 0.053 70 A 0.173 0.197 0.031 0.008 0.476 0.019 0.025 0.020 0.014 0.009 0.029 71 W 0.308 0.086 0.017 0.005 0.492 0.006 0.009 0.010 0.008 0.013 0.045 72 V 0.285 0.110 0.024 0.018 0.305 0.014 0.021 0.034 0.022 0.048 0.118 73 A 0.096 0.267 0.116 0.038 0.248 0.041 0.044 0.022 0.025 0.061 0.042 74 D 0.098 0.249 0.207 0.010 0.403 0.003 0.002 0.004 0.004 0.007 0.014 75 P 0.061 0.108 0.023 0.008 0.094 0.017 0.051 0.264 0.313 0.037 0.024 76 K 0.035 0.094 0.055 0.023 0.064 0.054 0.172 0.157 0.159 0.162 0.025 77 D 0.133 0.223 0.107 0.011 0.327 0.007 0.009 0.046 0.037 0.057 0.044 78 P 0.044 0.094 0.024 0.008 0.075 0.016 0.053 0.317 0.266 0.074 0.028 79 R 0.037 0.108 0.064 0.024 0.075 0.031 0.094 0.152 0.130 0.241 0.043 80 K 0.062 0.381 0.180 0.017 0.210 0.009 0.018 0.036 0.021 0.042 0.024 81 P 0.084 0.302 0.150 0.017 0.167 0.011 0.018 0.060 0.054 0.087 0.050 82 I 0.079 0.389 0.139 0.011 0.202 0.009 0.013 0.069 0.050 0.020 0.019 83 P 0.057 0.203 0.048 0.011 0.161 0.037 0.062 0.236 0.130 0.037 0.020 84 H 0.150 0.090 0.057 0.012 0.164 0.014 0.056 0.207 0.102 0.102 0.046 85 L 0.130 0.046 0.026 0.025 0.111 0.049 0.067 0.223 0.113 0.137 0.071 86 T 0.023 0.245 0.095 0.203 0.057 0.086 0.092 0.076 0.063 0.046 0.014 87 G 0.030 0.025 0.043 0.160 0.029 0.027 0.019 0.059 0.082 0.424 0.102 88 L 0.064 0.280 0.054 0.011 0.371 0.005 0.019 0.058 0.052 0.060 0.025 89 L 0.174 0.172 0.046 0.009 0.332 0.014 0.025 0.030 0.045 0.078 0.075 90 V 0.038 0.407 0.364 0.013 0.139 0.006 0.007 0.007 0.005 0.006 0.008 91 P 0.071 0.462 0.190 0.008 0.180 0.006 0.012 0.027 0.022 0.008 0.014