# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.244 0.180 0.174 0.179 0.132 0.074 0.017 2 L 0.165 0.132 0.133 0.182 0.185 0.156 0.048 3 C 0.105 0.113 0.142 0.212 0.220 0.169 0.040 4 E 0.255 0.299 0.198 0.136 0.069 0.036 0.007 5 M 0.135 0.142 0.180 0.229 0.189 0.105 0.021 6 S 0.183 0.227 0.186 0.180 0.124 0.079 0.021 7 L 0.084 0.097 0.155 0.232 0.230 0.164 0.039 8 E 0.220 0.273 0.219 0.161 0.081 0.039 0.007 9 A 0.143 0.184 0.193 0.216 0.162 0.089 0.013 10 W 0.082 0.103 0.140 0.224 0.251 0.173 0.028 11 L 0.087 0.124 0.166 0.239 0.229 0.136 0.017 12 A 0.203 0.226 0.233 0.184 0.108 0.041 0.005 13 Q 0.347 0.282 0.186 0.122 0.046 0.016 0.002 14 G 0.492 0.255 0.115 0.079 0.042 0.016 0.002 15 H 0.350 0.226 0.186 0.144 0.068 0.023 0.002 16 P 0.449 0.309 0.137 0.067 0.028 0.010 0.001 17 L 0.178 0.158 0.194 0.225 0.167 0.070 0.008 18 P 0.273 0.249 0.204 0.154 0.087 0.030 0.003 19 K 0.379 0.288 0.169 0.098 0.047 0.016 0.002 20 R 0.232 0.239 0.225 0.180 0.088 0.032 0.004 21 V 0.118 0.113 0.145 0.215 0.251 0.141 0.017 22 R 0.231 0.255 0.227 0.165 0.084 0.034 0.004 23 N 0.322 0.301 0.189 0.116 0.051 0.020 0.002 24 A 0.192 0.192 0.207 0.211 0.137 0.056 0.005 25 Y 0.173 0.149 0.205 0.226 0.166 0.073 0.008 26 D 0.381 0.298 0.172 0.092 0.040 0.016 0.002 27 R 0.380 0.262 0.184 0.116 0.043 0.013 0.002 28 R 0.341 0.290 0.167 0.117 0.062 0.021 0.002 29 T 0.170 0.245 0.191 0.201 0.124 0.061 0.008 30 W 0.081 0.103 0.187 0.271 0.227 0.117 0.014 31 E 0.153 0.297 0.252 0.177 0.083 0.034 0.003 32 L 0.061 0.095 0.152 0.246 0.267 0.158 0.021 33 L 0.052 0.088 0.130 0.228 0.294 0.190 0.018 34 R 0.139 0.283 0.277 0.177 0.090 0.031 0.002 35 L 0.131 0.165 0.228 0.275 0.150 0.048 0.003 36 G 0.336 0.289 0.187 0.115 0.061 0.013 0.001 37 E 0.503 0.287 0.123 0.063 0.021 0.004 0.001 38 E 0.710 0.233 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 39 D 0.553 0.274 0.110 0.048 0.012 0.002 0.001 40 P 0.514 0.234 0.156 0.073 0.020 0.003 0.001 41 K 0.589 0.273 0.094 0.033 0.009 0.001 0.001 42 E 0.393 0.320 0.176 0.083 0.022 0.005 0.001 43 L 0.130 0.125 0.217 0.278 0.189 0.058 0.003 44 P 0.319 0.330 0.193 0.099 0.043 0.015 0.001 45 L 0.172 0.162 0.196 0.229 0.161 0.072 0.008 46 P 0.323 0.269 0.188 0.127 0.065 0.025 0.003 47 G 0.280 0.245 0.199 0.155 0.077 0.037 0.007 48 G 0.269 0.242 0.170 0.145 0.102 0.057 0.016 49 L 0.104 0.105 0.149 0.217 0.223 0.162 0.040 50 S 0.122 0.210 0.212 0.197 0.147 0.091 0.021 51 L 0.070 0.093 0.122 0.189 0.231 0.226 0.068 52 L 0.069 0.090 0.120 0.201 0.259 0.213 0.048 53 D 0.152 0.243 0.231 0.193 0.112 0.059 0.010 54 Y 0.085 0.110 0.171 0.245 0.239 0.133 0.018 55 H 0.192 0.260 0.225 0.175 0.103 0.042 0.004 56 A 0.201 0.196 0.206 0.217 0.127 0.049 0.005 57 S 0.467 0.283 0.134 0.071 0.033 0.010 0.001 58 K 0.479 0.272 0.144 0.075 0.022 0.006 0.001 59 G 0.456 0.254 0.142 0.092 0.044 0.011 0.001 60 R 0.224 0.290 0.241 0.169 0.057 0.018 0.001 61 L 0.128 0.111 0.185 0.254 0.230 0.086 0.005 62 Q 0.312 0.331 0.201 0.104 0.040 0.012 0.001 63 G 0.385 0.254 0.159 0.119 0.062 0.019 0.001 64 R 0.384 0.266 0.175 0.113 0.047 0.014 0.001 65 E 0.444 0.269 0.147 0.087 0.038 0.013 0.001 66 G 0.365 0.259 0.184 0.114 0.051 0.022 0.004 67 G 0.237 0.211 0.199 0.187 0.111 0.049 0.008 68 R 0.123 0.206 0.229 0.216 0.135 0.077 0.014 69 V 0.058 0.083 0.109 0.191 0.273 0.239 0.047 70 A 0.056 0.118 0.154 0.226 0.232 0.184 0.030 71 W 0.040 0.076 0.123 0.209 0.266 0.242 0.044 72 V 0.045 0.090 0.152 0.225 0.265 0.195 0.028 73 A 0.116 0.189 0.240 0.235 0.159 0.057 0.005 74 D 0.298 0.297 0.197 0.130 0.059 0.018 0.001 75 P 0.438 0.256 0.159 0.097 0.039 0.010 0.001 76 K 0.603 0.239 0.095 0.045 0.014 0.003 0.001 77 D 0.625 0.249 0.081 0.032 0.010 0.002 0.001 78 P 0.471 0.252 0.139 0.091 0.037 0.009 0.001 79 R 0.460 0.271 0.151 0.078 0.031 0.008 0.001 80 K 0.427 0.277 0.163 0.090 0.032 0.010 0.001 81 P 0.281 0.255 0.196 0.148 0.083 0.033 0.004 82 I 0.153 0.136 0.181 0.231 0.183 0.102 0.014 83 P 0.284 0.248 0.200 0.140 0.080 0.041 0.007 84 H 0.205 0.220 0.206 0.185 0.105 0.063 0.016 85 L 0.142 0.102 0.129 0.199 0.213 0.166 0.049 86 T 0.237 0.238 0.186 0.162 0.102 0.062 0.013 87 G 0.287 0.240 0.160 0.137 0.096 0.063 0.016 88 L 0.159 0.135 0.142 0.204 0.181 0.142 0.037 89 L 0.170 0.150 0.165 0.196 0.165 0.125 0.030 90 V 0.285 0.180 0.177 0.168 0.108 0.066 0.016 91 P 0.600 0.224 0.089 0.050 0.023 0.012 0.003