# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.093 0.044 0.057 0.082 0.111 0.130 0.116 0.106 0.092 0.075 0.046 0.026 0.015 0.007 2 L 0.074 0.045 0.051 0.088 0.131 0.128 0.128 0.117 0.095 0.060 0.038 0.025 0.013 0.006 3 C 0.073 0.039 0.047 0.090 0.102 0.135 0.136 0.092 0.087 0.081 0.062 0.034 0.016 0.007 4 E 0.141 0.113 0.125 0.144 0.145 0.105 0.089 0.050 0.045 0.019 0.014 0.007 0.002 0.002 5 M 0.106 0.063 0.078 0.113 0.128 0.146 0.113 0.090 0.061 0.049 0.032 0.012 0.006 0.002 6 S 0.131 0.107 0.106 0.147 0.158 0.116 0.089 0.065 0.046 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 7 L 0.062 0.044 0.061 0.102 0.139 0.162 0.131 0.120 0.083 0.058 0.022 0.010 0.004 0.001 8 E 0.173 0.147 0.147 0.154 0.142 0.089 0.060 0.042 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 9 A 0.148 0.111 0.122 0.142 0.138 0.116 0.082 0.058 0.038 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 10 W 0.116 0.086 0.100 0.148 0.166 0.140 0.101 0.072 0.039 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 11 L 0.098 0.070 0.087 0.135 0.154 0.146 0.120 0.085 0.054 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 12 A 0.203 0.113 0.103 0.138 0.129 0.113 0.080 0.051 0.037 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 13 Q 0.332 0.195 0.153 0.124 0.078 0.052 0.032 0.014 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 14 G 0.390 0.167 0.144 0.097 0.082 0.055 0.030 0.014 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 15 H 0.277 0.151 0.140 0.145 0.128 0.069 0.042 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 16 P 0.378 0.179 0.138 0.100 0.077 0.052 0.036 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 17 L 0.164 0.097 0.124 0.140 0.169 0.124 0.079 0.049 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 18 P 0.202 0.121 0.138 0.146 0.139 0.097 0.068 0.041 0.022 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 19 K 0.419 0.169 0.113 0.099 0.081 0.048 0.027 0.019 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 20 R 0.152 0.121 0.129 0.166 0.156 0.096 0.072 0.056 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 21 V 0.049 0.034 0.052 0.092 0.133 0.182 0.161 0.146 0.078 0.045 0.017 0.007 0.002 0.001 22 R 0.188 0.154 0.162 0.171 0.139 0.080 0.046 0.027 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 23 N 0.415 0.182 0.139 0.106 0.069 0.039 0.022 0.012 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 24 A 0.186 0.119 0.116 0.154 0.161 0.115 0.068 0.040 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 25 Y 0.114 0.102 0.138 0.186 0.170 0.125 0.083 0.047 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 26 D 0.514 0.208 0.116 0.069 0.045 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.308 0.178 0.171 0.136 0.111 0.048 0.024 0.011 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 R 0.241 0.143 0.144 0.151 0.128 0.089 0.051 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 29 T 0.157 0.111 0.130 0.139 0.178 0.118 0.070 0.045 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 30 W 0.092 0.062 0.074 0.145 0.168 0.153 0.108 0.094 0.046 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 31 E 0.238 0.189 0.131 0.146 0.109 0.071 0.046 0.028 0.020 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 32 L 0.036 0.034 0.059 0.097 0.135 0.151 0.156 0.149 0.096 0.048 0.025 0.009 0.004 0.002 33 L 0.049 0.039 0.060 0.098 0.135 0.189 0.150 0.130 0.064 0.045 0.026 0.010 0.006 0.002 34 R 0.228 0.177 0.174 0.145 0.119 0.062 0.042 0.024 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 35 L 0.070 0.047 0.071 0.158 0.179 0.171 0.121 0.077 0.052 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 36 G 0.191 0.165 0.158 0.177 0.134 0.088 0.045 0.018 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 37 E 0.505 0.220 0.107 0.089 0.044 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.610 0.229 0.102 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.547 0.193 0.140 0.056 0.037 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 P 0.391 0.156 0.146 0.121 0.113 0.040 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.647 0.177 0.074 0.051 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.472 0.219 0.123 0.083 0.059 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.106 0.070 0.094 0.169 0.189 0.151 0.101 0.072 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 44 P 0.249 0.143 0.140 0.128 0.123 0.093 0.057 0.032 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 45 L 0.147 0.076 0.095 0.141 0.150 0.138 0.089 0.067 0.040 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 46 P 0.225 0.131 0.119 0.125 0.129 0.097 0.062 0.042 0.032 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 47 G 0.140 0.090 0.103 0.133 0.136 0.126 0.087 0.073 0.045 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 48 G 0.117 0.098 0.098 0.137 0.153 0.128 0.097 0.059 0.054 0.029 0.017 0.008 0.002 0.002 49 L 0.075 0.061 0.077 0.111 0.131 0.147 0.122 0.088 0.074 0.051 0.039 0.015 0.007 0.003 50 S 0.161 0.116 0.113 0.135 0.112 0.105 0.090 0.063 0.044 0.024 0.023 0.009 0.003 0.002 51 L 0.059 0.045 0.062 0.083 0.122 0.145 0.138 0.116 0.100 0.057 0.040 0.019 0.009 0.004 52 L 0.075 0.047 0.056 0.086 0.115 0.146 0.132 0.128 0.077 0.061 0.041 0.021 0.011 0.003 53 D 0.225 0.181 0.165 0.135 0.106 0.059 0.052 0.031 0.020 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 54 Y 0.100 0.063 0.084 0.125 0.145 0.158 0.119 0.077 0.056 0.041 0.020 0.008 0.003 0.001 55 H 0.177 0.134 0.134 0.152 0.148 0.098 0.068 0.040 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 56 A 0.185 0.125 0.123 0.148 0.130 0.102 0.076 0.050 0.029 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 57 S 0.329 0.183 0.142 0.112 0.093 0.063 0.036 0.019 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 58 K 0.232 0.153 0.179 0.144 0.125 0.073 0.043 0.022 0.014 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 59 G 0.350 0.140 0.114 0.114 0.106 0.073 0.044 0.029 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 60 R 0.232 0.155 0.138 0.150 0.136 0.073 0.047 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 61 L 0.122 0.067 0.079 0.134 0.151 0.150 0.112 0.087 0.047 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 62 Q 0.258 0.167 0.159 0.149 0.111 0.070 0.040 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 63 G 0.381 0.148 0.121 0.111 0.092 0.059 0.036 0.022 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 64 R 0.219 0.152 0.144 0.161 0.133 0.083 0.048 0.026 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 65 E 0.336 0.178 0.160 0.107 0.081 0.058 0.035 0.022 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 66 G 0.168 0.105 0.125 0.132 0.158 0.115 0.074 0.055 0.031 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 67 G 0.112 0.081 0.077 0.126 0.142 0.129 0.106 0.090 0.055 0.044 0.022 0.009 0.004 0.002 68 R 0.059 0.065 0.074 0.113 0.147 0.133 0.119 0.104 0.076 0.050 0.033 0.017 0.006 0.004 69 V 0.023 0.019 0.028 0.051 0.071 0.110 0.130 0.152 0.129 0.111 0.091 0.051 0.022 0.010 70 A 0.035 0.029 0.042 0.063 0.081 0.115 0.137 0.121 0.120 0.089 0.080 0.054 0.022 0.012 71 W 0.025 0.025 0.034 0.062 0.084 0.110 0.117 0.160 0.118 0.104 0.091 0.041 0.020 0.009 72 V 0.031 0.028 0.038 0.068 0.097 0.133 0.147 0.141 0.118 0.083 0.058 0.035 0.015 0.007 73 A 0.061 0.058 0.081 0.126 0.143 0.145 0.129 0.096 0.070 0.045 0.028 0.012 0.004 0.002 74 D 0.194 0.159 0.148 0.163 0.130 0.080 0.051 0.029 0.026 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 75 P 0.251 0.168 0.143 0.154 0.109 0.079 0.044 0.021 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 76 K 0.487 0.223 0.126 0.077 0.046 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.538 0.205 0.137 0.058 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 P 0.438 0.153 0.140 0.094 0.087 0.047 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.380 0.160 0.130 0.121 0.109 0.045 0.025 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 80 K 0.387 0.168 0.112 0.115 0.087 0.053 0.032 0.025 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 81 P 0.224 0.131 0.122 0.136 0.139 0.101 0.060 0.042 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 82 I 0.089 0.064 0.088 0.144 0.180 0.155 0.106 0.073 0.045 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 83 P 0.223 0.123 0.118 0.137 0.113 0.099 0.071 0.044 0.032 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 84 H 0.156 0.099 0.110 0.121 0.127 0.117 0.089 0.069 0.049 0.028 0.020 0.009 0.003 0.002 85 L 0.067 0.039 0.047 0.074 0.109 0.139 0.126 0.129 0.095 0.074 0.053 0.029 0.014 0.005 86 T 0.118 0.088 0.096 0.129 0.123 0.116 0.108 0.074 0.053 0.038 0.030 0.017 0.006 0.004 87 G 0.164 0.085 0.092 0.099 0.109 0.107 0.093 0.071 0.068 0.045 0.037 0.019 0.007 0.004 88 L 0.084 0.050 0.057 0.090 0.115 0.132 0.118 0.113 0.091 0.064 0.045 0.024 0.013 0.005 89 L 0.082 0.061 0.063 0.105 0.118 0.133 0.136 0.102 0.080 0.052 0.037 0.020 0.008 0.004 90 V 0.102 0.075 0.087 0.115 0.126 0.144 0.118 0.079 0.064 0.042 0.028 0.013 0.005 0.002 91 P 0.228 0.129 0.130 0.116 0.114 0.095 0.067 0.043 0.034 0.019 0.015 0.007 0.003 0.001