# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.035 0.039 0.205 0.314 0.010 0.108 0.011 0.004 0.002 0.001 0.020 0.034 0.196 0.005 0.003 0.010 2 L 0.006 0.102 0.149 0.490 0.007 0.046 0.010 0.007 0.002 0.001 0.014 0.020 0.126 0.003 0.005 0.011 3 C 0.009 0.026 0.056 0.496 0.014 0.135 0.015 0.009 0.004 0.004 0.027 0.021 0.165 0.004 0.005 0.010 4 E 0.013 0.060 0.098 0.353 0.010 0.123 0.006 0.015 0.006 0.002 0.070 0.029 0.188 0.003 0.005 0.018 5 M 0.014 0.067 0.052 0.502 0.004 0.059 0.004 0.007 0.005 0.005 0.050 0.087 0.130 0.001 0.004 0.010 6 S 0.008 0.017 0.035 0.075 0.004 0.375 0.005 0.002 0.002 0.002 0.057 0.089 0.321 0.001 0.002 0.005 7 L 0.003 0.008 0.007 0.054 0.002 0.027 0.002 0.003 0.001 0.001 0.509 0.036 0.344 0.002 0.001 0.002 8 E 0.001 0.037 0.007 0.048 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.418 0.437 0.002 0.005 0.003 9 A 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.944 0.001 0.003 0.004 10 W 0.001 0.002 0.012 0.015 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.929 0.002 0.002 0.006 11 L 0.001 0.003 0.007 0.017 0.003 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.900 0.015 0.004 0.008 12 A 0.001 0.004 0.006 0.006 0.043 0.003 0.085 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.169 0.655 0.005 0.011 13 Q 0.003 0.009 0.013 0.008 0.001 0.003 0.006 0.087 0.002 0.001 0.003 0.003 0.078 0.010 0.756 0.018 14 G 0.009 0.012 0.047 0.012 0.001 0.003 0.011 0.001 0.094 0.025 0.005 0.003 0.028 0.007 0.007 0.734 15 H 0.882 0.006 0.037 0.013 0.001 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 0.001 0.010 0.006 16 P 0.030 0.115 0.538 0.123 0.004 0.055 0.005 0.006 0.006 0.004 0.036 0.012 0.027 0.001 0.003 0.036 17 L 0.034 0.082 0.061 0.318 0.014 0.325 0.009 0.007 0.004 0.004 0.037 0.062 0.034 0.002 0.002 0.004 18 P 0.008 0.044 0.057 0.143 0.012 0.314 0.008 0.015 0.003 0.002 0.198 0.071 0.114 0.003 0.003 0.003 19 K 0.007 0.077 0.025 0.209 0.002 0.031 0.002 0.009 0.007 0.001 0.287 0.233 0.096 0.001 0.004 0.007 20 R 0.011 0.032 0.081 0.160 0.005 0.038 0.009 0.002 0.007 0.002 0.036 0.338 0.252 0.003 0.004 0.020 21 V 0.010 0.010 0.084 0.062 0.013 0.086 0.038 0.003 0.001 0.001 0.032 0.033 0.588 0.019 0.007 0.012 22 R 0.003 0.075 0.044 0.093 0.001 0.042 0.007 0.019 0.003 0.001 0.057 0.068 0.541 0.003 0.029 0.015 23 N 0.007 0.012 0.013 0.072 0.004 0.097 0.010 0.002 0.015 0.004 0.045 0.057 0.603 0.008 0.005 0.046 24 A 0.035 0.026 0.054 0.033 0.006 0.020 0.020 0.005 0.002 0.001 0.113 0.051 0.565 0.029 0.013 0.028 25 Y 0.008 0.068 0.087 0.050 0.002 0.037 0.021 0.012 0.004 0.002 0.021 0.142 0.443 0.014 0.053 0.036 26 D 0.011 0.014 0.056 0.024 0.003 0.082 0.028 0.004 0.006 0.003 0.040 0.022 0.606 0.015 0.020 0.065 27 R 0.048 0.065 0.072 0.052 0.001 0.028 0.007 0.011 0.005 0.001 0.185 0.061 0.383 0.006 0.023 0.052 28 R 0.029 0.046 0.129 0.081 0.002 0.052 0.017 0.002 0.007 0.003 0.040 0.236 0.299 0.011 0.009 0.036 29 T 0.025 0.026 0.161 0.104 0.001 0.055 0.010 0.003 0.002 0.001 0.049 0.036 0.486 0.004 0.015 0.025 30 W 0.005 0.051 0.079 0.204 0.001 0.035 0.008 0.002 0.002 0.001 0.043 0.059 0.485 0.003 0.004 0.017 31 E 0.007 0.029 0.061 0.294 0.002 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.035 0.504 0.005 0.005 0.013 32 L 0.005 0.013 0.081 0.203 0.006 0.115 0.016 0.002 0.002 0.001 0.023 0.020 0.475 0.011 0.004 0.024 33 L 0.005 0.069 0.136 0.318 0.009 0.025 0.015 0.018 0.002 0.001 0.012 0.020 0.335 0.004 0.018 0.014 34 R 0.003 0.012 0.027 0.104 0.317 0.022 0.100 0.004 0.004 0.003 0.007 0.003 0.078 0.286 0.002 0.029 35 L 0.026 0.029 0.077 0.111 0.005 0.030 0.006 0.269 0.002 0.001 0.016 0.008 0.066 0.003 0.340 0.011 36 G 0.010 0.030 0.053 0.067 0.004 0.098 0.011 0.005 0.134 0.341 0.033 0.025 0.053 0.003 0.004 0.128 37 E 0.418 0.099 0.018 0.076 0.017 0.093 0.010 0.007 0.004 0.001 0.128 0.038 0.067 0.005 0.010 0.008 38 E 0.009 0.381 0.213 0.231 0.001 0.010 0.003 0.012 0.007 0.002 0.019 0.066 0.018 0.001 0.006 0.020 39 D 0.030 0.016 0.093 0.055 0.012 0.593 0.028 0.002 0.008 0.009 0.008 0.037 0.089 0.005 0.003 0.013 40 P 0.009 0.014 0.022 0.020 0.004 0.042 0.004 0.008 0.001 0.001 0.778 0.007 0.080 0.005 0.003 0.003 41 K 0.004 0.400 0.012 0.095 0.001 0.008 0.003 0.009 0.016 0.001 0.013 0.396 0.016 0.004 0.013 0.008 42 E 0.024 0.032 0.494 0.192 0.002 0.007 0.021 0.001 0.013 0.001 0.004 0.010 0.049 0.003 0.014 0.131 43 L 0.040 0.008 0.710 0.137 0.003 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 0.001 0.003 0.022 44 P 0.015 0.055 0.297 0.472 0.029 0.070 0.005 0.009 0.002 0.003 0.007 0.003 0.021 0.002 0.001 0.011 45 L 0.003 0.011 0.008 0.129 0.609 0.146 0.026 0.008 0.002 0.003 0.019 0.004 0.006 0.024 0.001 0.001 46 P 0.003 0.050 0.015 0.058 0.196 0.055 0.026 0.478 0.003 0.003 0.055 0.013 0.005 0.015 0.023 0.001 47 G 0.007 0.058 0.014 0.142 0.005 0.032 0.004 0.200 0.196 0.128 0.075 0.062 0.013 0.001 0.043 0.020 48 G 0.268 0.032 0.067 0.099 0.005 0.027 0.005 0.004 0.189 0.072 0.052 0.080 0.044 0.001 0.003 0.051 49 L 0.277 0.050 0.228 0.207 0.003 0.031 0.003 0.006 0.003 0.003 0.042 0.070 0.065 0.001 0.004 0.008 50 S 0.013 0.040 0.148 0.251 0.008 0.257 0.006 0.004 0.004 0.005 0.025 0.080 0.145 0.003 0.002 0.010 51 L 0.008 0.044 0.055 0.337 0.016 0.090 0.010 0.006 0.002 0.001 0.160 0.033 0.216 0.007 0.003 0.011 52 L 0.004 0.109 0.055 0.367 0.005 0.033 0.012 0.011 0.005 0.002 0.025 0.144 0.202 0.004 0.010 0.010 53 D 0.007 0.025 0.096 0.171 0.012 0.094 0.028 0.004 0.008 0.003 0.024 0.022 0.450 0.009 0.006 0.041 54 Y 0.022 0.041 0.083 0.197 0.004 0.034 0.009 0.010 0.004 0.001 0.096 0.046 0.408 0.006 0.011 0.025 55 H 0.014 0.060 0.081 0.119 0.007 0.126 0.020 0.007 0.010 0.004 0.023 0.102 0.371 0.009 0.013 0.036 56 A 0.015 0.044 0.091 0.171 0.019 0.054 0.027 0.013 0.004 0.002 0.102 0.022 0.376 0.017 0.014 0.030 57 S 0.006 0.045 0.025 0.030 0.099 0.071 0.173 0.010 0.006 0.005 0.032 0.050 0.093 0.336 0.008 0.012 58 K 0.012 0.033 0.071 0.083 0.002 0.009 0.011 0.144 0.005 0.001 0.066 0.024 0.142 0.009 0.365 0.020 59 G 0.017 0.018 0.097 0.086 0.004 0.024 0.013 0.003 0.132 0.093 0.017 0.056 0.122 0.007 0.010 0.301 60 R 0.334 0.033 0.136 0.172 0.018 0.021 0.014 0.005 0.007 0.001 0.029 0.015 0.151 0.009 0.008 0.046 61 L 0.007 0.034 0.140 0.138 0.237 0.035 0.137 0.010 0.003 0.007 0.013 0.017 0.032 0.177 0.004 0.009 62 Q 0.006 0.056 0.136 0.259 0.011 0.044 0.009 0.273 0.004 0.002 0.014 0.010 0.043 0.003 0.115 0.013 63 G 0.012 0.012 0.033 0.176 0.048 0.112 0.011 0.012 0.191 0.173 0.051 0.016 0.060 0.003 0.002 0.090 64 R 0.073 0.017 0.013 0.013 0.546 0.015 0.078 0.007 0.003 0.003 0.082 0.024 0.016 0.107 0.001 0.002 65 E 0.003 0.037 0.037 0.026 0.154 0.013 0.065 0.482 0.004 0.003 0.015 0.028 0.006 0.040 0.084 0.003 66 G 0.007 0.026 0.088 0.065 0.002 0.008 0.007 0.138 0.282 0.086 0.010 0.010 0.011 0.001 0.108 0.153 67 G 0.501 0.024 0.047 0.090 0.001 0.009 0.002 0.003 0.163 0.052 0.015 0.014 0.014 0.001 0.002 0.063 68 R 0.413 0.058 0.313 0.167 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.006 0.001 0.001 0.005 69 V 0.014 0.024 0.379 0.367 0.003 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 70 A 0.002 0.100 0.087 0.778 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 71 W 0.001 0.015 0.018 0.931 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 72 V 0.004 0.033 0.155 0.672 0.023 0.082 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 73 A 0.003 0.155 0.055 0.742 0.002 0.024 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 74 D 0.003 0.008 0.003 0.027 0.003 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 75 P 0.004 0.013 0.002 0.011 0.003 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.928 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 76 K 0.001 0.451 0.004 0.024 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.492 0.003 0.001 0.003 0.004 77 D 0.021 0.009 0.191 0.025 0.006 0.124 0.096 0.003 0.004 0.003 0.007 0.034 0.365 0.009 0.062 0.041 78 P 0.017 0.050 0.155 0.022 0.004 0.043 0.016 0.014 0.003 0.001 0.346 0.012 0.215 0.018 0.014 0.069 79 R 0.041 0.316 0.059 0.211 0.001 0.009 0.007 0.009 0.032 0.002 0.016 0.178 0.035 0.009 0.025 0.050 80 K 0.035 0.006 0.647 0.152 0.003 0.021 0.016 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.045 0.003 0.011 0.047 81 P 0.032 0.067 0.446 0.325 0.005 0.037 0.005 0.004 0.002 0.001 0.010 0.003 0.030 0.001 0.002 0.029 82 I 0.013 0.029 0.039 0.647 0.039 0.159 0.009 0.007 0.003 0.003 0.014 0.009 0.020 0.005 0.001 0.002 83 P 0.008 0.094 0.087 0.509 0.017 0.123 0.003 0.053 0.003 0.002 0.049 0.017 0.025 0.001 0.006 0.004 84 H 0.011 0.085 0.030 0.490 0.021 0.135 0.004 0.012 0.047 0.007 0.057 0.049 0.028 0.001 0.002 0.021 85 L 0.039 0.033 0.091 0.188 0.222 0.089 0.066 0.012 0.006 0.004 0.088 0.048 0.039 0.066 0.004 0.005 86 T 0.007 0.305 0.113 0.174 0.006 0.045 0.006 0.163 0.005 0.003 0.012 0.033 0.033 0.002 0.084 0.009 87 G 0.012 0.033 0.091 0.481 0.004 0.022 0.004 0.004 0.122 0.020 0.022 0.007 0.029 0.002 0.003 0.143 88 L 0.325 0.028 0.243 0.300 0.005 0.029 0.003 0.003 0.004 0.001 0.007 0.016 0.020 0.001 0.003 0.010 89 L 0.007 0.059 0.375 0.490 0.008 0.020 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.012 90 V 0.005 0.017 0.056 0.557 0.209 0.101 0.018 0.007 0.001 0.003 0.005 0.003 0.009 0.006 0.001 0.002 91 P 0.006 0.068 0.045 0.287 0.040 0.280 0.007 0.172 0.004 0.004 0.051 0.008 0.015 0.002 0.008 0.003