# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.032 0.027 0.036 0.062 0.076 0.105 0.189 0.147 0.147 0.106 0.073 2 L 0.016 0.026 0.039 0.074 0.088 0.084 0.141 0.132 0.158 0.132 0.110 3 C 0.005 0.006 0.013 0.019 0.033 0.060 0.136 0.142 0.223 0.206 0.157 4 E 0.048 0.071 0.109 0.209 0.183 0.118 0.111 0.062 0.045 0.028 0.017 5 M 0.027 0.020 0.040 0.064 0.085 0.118 0.211 0.166 0.126 0.091 0.051 6 S 0.037 0.099 0.075 0.164 0.135 0.111 0.131 0.089 0.076 0.053 0.031 7 L 0.010 0.011 0.015 0.032 0.050 0.077 0.171 0.168 0.195 0.160 0.111 8 E 0.139 0.133 0.175 0.226 0.136 0.078 0.056 0.026 0.017 0.009 0.005 9 A 0.036 0.037 0.083 0.125 0.127 0.133 0.188 0.111 0.080 0.053 0.028 10 W 0.011 0.015 0.024 0.039 0.053 0.092 0.154 0.141 0.184 0.167 0.120 11 L 0.018 0.020 0.037 0.069 0.088 0.101 0.193 0.153 0.146 0.109 0.066 12 A 0.028 0.054 0.132 0.122 0.109 0.136 0.145 0.088 0.081 0.069 0.035 13 Q 0.068 0.113 0.095 0.198 0.162 0.113 0.112 0.064 0.040 0.022 0.012 14 G 0.304 0.138 0.043 0.091 0.070 0.073 0.103 0.072 0.050 0.036 0.019 15 H 0.188 0.101 0.052 0.131 0.117 0.106 0.119 0.073 0.056 0.033 0.023 16 P 0.349 0.236 0.072 0.129 0.077 0.047 0.041 0.023 0.013 0.008 0.005 17 L 0.028 0.047 0.023 0.054 0.068 0.101 0.167 0.134 0.159 0.126 0.094 18 P 0.226 0.163 0.058 0.141 0.120 0.088 0.093 0.051 0.031 0.018 0.010 19 K 0.309 0.137 0.126 0.194 0.097 0.055 0.041 0.020 0.011 0.006 0.003 20 R 0.091 0.099 0.070 0.177 0.152 0.133 0.133 0.072 0.039 0.022 0.012 21 V 0.011 0.016 0.015 0.033 0.046 0.067 0.152 0.170 0.197 0.179 0.114 22 R 0.049 0.080 0.148 0.209 0.177 0.132 0.104 0.050 0.028 0.016 0.006 23 N 0.097 0.106 0.303 0.217 0.116 0.072 0.050 0.021 0.011 0.006 0.003 24 A 0.062 0.057 0.075 0.120 0.117 0.123 0.172 0.114 0.079 0.052 0.028 25 Y 0.046 0.040 0.034 0.065 0.079 0.108 0.205 0.155 0.130 0.095 0.044 26 D 0.094 0.159 0.227 0.220 0.124 0.070 0.053 0.025 0.014 0.008 0.004 27 R 0.098 0.088 0.180 0.179 0.145 0.110 0.099 0.050 0.026 0.017 0.008 28 R 0.117 0.100 0.078 0.128 0.118 0.130 0.152 0.088 0.048 0.029 0.011 29 T 0.063 0.137 0.091 0.166 0.128 0.116 0.132 0.077 0.048 0.029 0.012 30 W 0.030 0.018 0.039 0.058 0.084 0.134 0.204 0.147 0.132 0.098 0.056 31 E 0.155 0.176 0.204 0.236 0.110 0.051 0.039 0.016 0.008 0.004 0.002 32 L 0.005 0.008 0.024 0.038 0.055 0.091 0.183 0.163 0.188 0.153 0.091 33 L 0.008 0.009 0.019 0.031 0.051 0.101 0.180 0.150 0.185 0.163 0.104 34 R 0.034 0.087 0.224 0.244 0.163 0.099 0.078 0.036 0.020 0.011 0.005 35 L 0.016 0.019 0.046 0.050 0.069 0.129 0.211 0.162 0.133 0.109 0.056 36 G 0.126 0.161 0.060 0.140 0.101 0.094 0.137 0.075 0.056 0.035 0.016 37 E 0.393 0.166 0.093 0.145 0.080 0.044 0.040 0.020 0.011 0.005 0.003 38 E 0.443 0.180 0.092 0.114 0.068 0.042 0.031 0.016 0.008 0.005 0.003 39 D 0.112 0.218 0.058 0.147 0.107 0.099 0.112 0.067 0.042 0.027 0.012 40 P 0.156 0.131 0.044 0.107 0.112 0.120 0.125 0.087 0.056 0.042 0.021 41 K 0.340 0.192 0.133 0.169 0.075 0.039 0.026 0.014 0.007 0.004 0.001 42 E 0.146 0.172 0.099 0.226 0.125 0.092 0.071 0.034 0.019 0.011 0.005 43 L 0.016 0.011 0.008 0.020 0.031 0.065 0.128 0.150 0.217 0.196 0.158 44 P 0.171 0.267 0.100 0.207 0.117 0.056 0.037 0.022 0.012 0.007 0.004 45 L 0.028 0.026 0.035 0.062 0.079 0.113 0.179 0.151 0.139 0.111 0.078 46 P 0.350 0.230 0.058 0.142 0.085 0.047 0.039 0.023 0.014 0.009 0.005 47 G 0.216 0.105 0.031 0.120 0.103 0.095 0.121 0.088 0.064 0.037 0.020 48 G 0.215 0.137 0.044 0.142 0.108 0.082 0.091 0.069 0.051 0.038 0.023 49 L 0.016 0.016 0.013 0.044 0.060 0.099 0.162 0.149 0.183 0.154 0.104 50 S 0.069 0.115 0.082 0.195 0.164 0.127 0.107 0.064 0.041 0.024 0.013 51 L 0.008 0.011 0.016 0.036 0.050 0.074 0.137 0.152 0.198 0.184 0.134 52 L 0.012 0.011 0.013 0.041 0.059 0.095 0.176 0.158 0.182 0.154 0.098 53 D 0.079 0.113 0.113 0.224 0.150 0.100 0.097 0.050 0.038 0.025 0.011 54 Y 0.026 0.019 0.029 0.058 0.077 0.132 0.197 0.144 0.143 0.113 0.064 55 H 0.088 0.108 0.059 0.142 0.115 0.109 0.145 0.089 0.071 0.049 0.026 56 A 0.064 0.055 0.051 0.104 0.110 0.113 0.160 0.120 0.100 0.075 0.048 57 S 0.121 0.198 0.107 0.153 0.113 0.098 0.091 0.049 0.033 0.024 0.012 58 K 0.151 0.134 0.065 0.196 0.151 0.101 0.088 0.053 0.032 0.019 0.010 59 G 0.386 0.107 0.052 0.086 0.071 0.068 0.088 0.062 0.040 0.027 0.015 60 R 0.073 0.103 0.081 0.241 0.169 0.119 0.102 0.052 0.032 0.018 0.009 61 L 0.014 0.015 0.017 0.020 0.028 0.065 0.131 0.129 0.199 0.225 0.157 62 Q 0.063 0.162 0.106 0.261 0.185 0.092 0.062 0.033 0.020 0.011 0.006 63 G 0.269 0.112 0.080 0.116 0.090 0.073 0.097 0.069 0.046 0.032 0.018 64 R 0.149 0.128 0.063 0.162 0.128 0.111 0.103 0.061 0.044 0.032 0.019 65 E 0.192 0.233 0.061 0.155 0.104 0.084 0.077 0.045 0.026 0.015 0.008 66 G 0.285 0.132 0.044 0.127 0.103 0.078 0.083 0.062 0.040 0.028 0.018 67 G 0.161 0.095 0.041 0.096 0.091 0.097 0.138 0.101 0.086 0.062 0.033 68 R 0.065 0.106 0.060 0.211 0.164 0.125 0.107 0.068 0.048 0.030 0.015 69 V 0.012 0.014 0.018 0.043 0.062 0.109 0.171 0.160 0.174 0.139 0.098 70 A 0.029 0.040 0.047 0.118 0.131 0.128 0.164 0.127 0.100 0.070 0.045 71 W 0.010 0.013 0.023 0.045 0.057 0.094 0.160 0.142 0.185 0.162 0.109 72 V 0.020 0.020 0.026 0.068 0.091 0.104 0.169 0.138 0.153 0.122 0.089 73 A 0.056 0.049 0.044 0.088 0.094 0.108 0.178 0.124 0.119 0.090 0.050 74 D 0.079 0.199 0.087 0.199 0.137 0.100 0.085 0.046 0.033 0.021 0.013 75 P 0.269 0.139 0.042 0.108 0.095 0.082 0.106 0.067 0.046 0.029 0.018 76 K 0.587 0.195 0.036 0.082 0.039 0.022 0.018 0.010 0.006 0.003 0.002 77 D 0.209 0.236 0.056 0.149 0.101 0.082 0.068 0.040 0.029 0.019 0.011 78 P 0.258 0.152 0.038 0.119 0.098 0.078 0.090 0.069 0.047 0.032 0.018 79 R 0.170 0.146 0.062 0.134 0.100 0.116 0.115 0.063 0.046 0.033 0.015 80 K 0.116 0.198 0.143 0.239 0.137 0.077 0.042 0.024 0.014 0.008 0.004 81 P 0.202 0.133 0.048 0.137 0.105 0.098 0.109 0.078 0.046 0.029 0.014 82 I 0.034 0.029 0.016 0.048 0.058 0.090 0.155 0.148 0.171 0.148 0.101 83 P 0.202 0.196 0.120 0.206 0.121 0.060 0.042 0.026 0.015 0.009 0.004 84 H 0.122 0.084 0.073 0.175 0.141 0.123 0.117 0.072 0.047 0.029 0.016 85 L 0.024 0.026 0.017 0.037 0.046 0.067 0.138 0.152 0.180 0.165 0.148 86 T 0.103 0.128 0.059 0.192 0.162 0.102 0.101 0.068 0.045 0.026 0.015 87 G 0.236 0.104 0.077 0.146 0.111 0.084 0.089 0.062 0.044 0.030 0.019 88 L 0.064 0.039 0.030 0.082 0.088 0.102 0.162 0.137 0.130 0.098 0.068 89 L 0.047 0.065 0.033 0.090 0.089 0.103 0.156 0.129 0.128 0.096 0.062 90 V 0.061 0.075 0.055 0.112 0.118 0.110 0.139 0.111 0.099 0.068 0.053 91 P 0.318 0.155 0.071 0.134 0.097 0.060 0.067 0.042 0.029 0.017 0.011