# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.058 0.094 0.013 0.002 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.269 0.010 0.072 0.463 2 L 0.031 0.111 0.011 0.002 0.008 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.394 0.007 0.091 0.319 3 C 0.025 0.130 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.398 0.009 0.096 0.316 4 E 0.043 0.159 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.293 0.012 0.119 0.357 5 M 0.060 0.213 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.011 0.115 0.332 6 S 0.063 0.257 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.019 0.127 0.425 7 L 0.051 0.398 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.030 0.049 0.341 8 E 0.024 0.474 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.011 0.155 0.266 9 A 0.045 0.602 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.012 0.132 0.172 10 W 0.063 0.822 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.008 0.078 11 L 0.037 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.004 0.053 12 A 0.046 0.814 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.007 0.093 13 Q 0.170 0.626 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.066 0.008 0.106 14 G 0.369 0.219 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.173 0.012 0.163 15 H 0.168 0.022 0.441 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.061 0.265 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 L 0.029 0.004 0.003 0.001 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.004 0.186 0.680 18 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 19 K 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.003 0.086 0.797 20 R 0.153 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.007 0.099 0.617 21 V 0.168 0.165 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.192 0.009 0.045 0.407 22 R 0.068 0.333 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.135 0.012 0.097 0.332 23 N 0.117 0.294 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.075 0.026 0.090 0.384 24 A 0.191 0.275 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.040 0.054 0.340 25 Y 0.108 0.231 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.026 0.237 0.315 26 D 0.173 0.187 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.053 0.151 0.360 27 R 0.135 0.329 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.033 0.060 0.352 28 R 0.077 0.218 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.021 0.303 0.324 29 T 0.114 0.246 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.032 0.197 0.299 30 W 0.074 0.500 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.018 0.040 0.190 31 E 0.032 0.458 0.008 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.118 0.009 0.120 0.240 32 L 0.071 0.546 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.084 0.013 0.087 0.175 33 L 0.070 0.684 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.116 0.014 0.016 0.083 34 R 0.096 0.571 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.013 0.017 0.226 35 L 0.146 0.431 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.057 0.023 0.223 36 G 0.229 0.169 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.087 0.055 0.391 37 E 0.123 0.037 0.157 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.015 0.082 0.524 38 E 0.027 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.005 0.060 0.787 39 D 0.046 0.011 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.007 0.276 0.595 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 K 0.008 0.007 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.002 0.495 0.357 42 E 0.756 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.050 0.161 43 L 0.389 0.138 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.007 0.002 0.003 0.157 0.005 0.044 0.224 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 45 L 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.004 0.062 0.633 46 P 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.963 47 G 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 0.097 0.780 48 G 0.200 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.016 0.097 0.455 49 L 0.195 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.003 0.107 0.470 50 S 0.044 0.059 0.003 0.001 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.005 0.164 0.521 51 L 0.123 0.105 0.004 0.001 0.006 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.010 0.087 0.454 52 L 0.095 0.244 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.259 0.011 0.124 0.234 53 D 0.129 0.280 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.107 0.017 0.088 0.354 54 Y 0.131 0.331 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.151 0.017 0.048 0.299 55 H 0.111 0.333 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.081 0.023 0.134 0.278 56 A 0.144 0.270 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.024 0.092 0.336 57 S 0.107 0.399 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.040 0.068 0.284 58 K 0.189 0.243 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.059 0.048 0.397 59 G 0.083 0.189 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.047 0.108 0.476 60 R 0.218 0.081 0.155 0.010 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 0.041 0.158 0.267 61 L 0.078 0.302 0.013 0.007 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.012 0.004 0.004 0.101 0.019 0.074 0.357 62 Q 0.058 0.192 0.009 0.006 0.018 0.010 0.012 0.005 0.003 0.003 0.012 0.005 0.042 0.049 0.016 0.007 0.103 0.022 0.114 0.314 63 G 0.066 0.091 0.008 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.006 0.016 0.046 0.003 0.031 0.008 0.003 0.004 0.043 0.036 0.073 0.552 64 R 0.097 0.092 0.019 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.122 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.100 0.020 0.090 0.383 65 E 0.033 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.013 0.147 0.575 66 G 0.114 0.044 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.065 0.129 0.539 67 G 0.169 0.020 0.070 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.052 0.118 0.475 68 R 0.112 0.007 0.030 0.009 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.306 0.007 0.184 0.332 69 V 0.008 0.005 0.002 0.003 0.031 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.380 0.002 0.076 0.472 70 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.066 0.075 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.675 0.001 0.035 0.086 71 W 0.007 0.005 0.001 0.001 0.005 0.010 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.014 0.006 0.570 0.002 0.060 0.270 72 V 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.052 0.030 0.023 0.017 0.734 0.002 0.024 0.092 73 A 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.608 0.002 0.049 0.299 74 D 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.013 0.025 0.008 0.005 0.008 0.004 0.004 0.190 0.007 0.196 0.443 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.989 76 K 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.006 0.404 0.440 77 D 0.557 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.131 0.244 78 P 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.964 79 R 0.020 0.018 0.006 0.002 0.037 0.036 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.014 0.328 0.460 80 K 0.408 0.009 0.009 0.002 0.004 0.031 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 0.021 0.126 0.336 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 82 I 0.045 0.004 0.004 0.001 0.025 0.037 0.026 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.011 0.006 0.003 0.087 0.003 0.118 0.606 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 84 H 0.024 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.003 0.074 0.739 85 L 0.093 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.006 0.094 0.485 86 T 0.133 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.009 0.107 0.512 87 G 0.118 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.030 0.060 0.502 88 L 0.175 0.017 0.034 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.358 0.010 0.131 0.259 89 L 0.024 0.016 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.290 0.007 0.084 0.555 90 V 0.018 0.013 0.005 0.002 0.018 0.018 0.011 0.005 0.003 0.003 0.004 0.003 0.012 0.007 0.003 0.006 0.401 0.007 0.095 0.365 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999