# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.285 0.484 0.148 0.014 0.019 0.029 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 2 L 0.409 0.246 0.210 0.044 0.016 0.055 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 3 C 0.334 0.310 0.127 0.080 0.087 0.032 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 4 E 0.563 0.138 0.124 0.065 0.021 0.049 0.028 0.002 0.009 0.001 0.001 5 M 0.449 0.275 0.097 0.080 0.053 0.019 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 6 S 0.413 0.133 0.273 0.037 0.032 0.068 0.012 0.001 0.029 0.002 0.001 7 L 0.899 0.023 0.038 0.027 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 E 0.934 0.028 0.014 0.013 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.888 0.039 0.020 0.027 0.015 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 10 W 0.859 0.038 0.044 0.036 0.005 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 11 L 0.894 0.034 0.035 0.023 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 12 A 0.830 0.033 0.032 0.071 0.010 0.005 0.008 0.002 0.008 0.002 0.001 13 Q 0.304 0.037 0.103 0.446 0.010 0.007 0.074 0.003 0.011 0.001 0.004 14 G 0.031 0.005 0.024 0.040 0.026 0.006 0.141 0.645 0.003 0.078 0.001 15 H 0.026 0.198 0.562 0.013 0.049 0.018 0.019 0.001 0.099 0.012 0.001 16 P 0.139 0.005 0.718 0.020 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.082 17 L 0.026 0.200 0.509 0.010 0.045 0.028 0.003 0.001 0.176 0.002 0.001 18 P 0.319 0.003 0.611 0.013 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 19 K 0.714 0.070 0.116 0.057 0.013 0.010 0.008 0.006 0.005 0.001 0.001 20 R 0.405 0.160 0.185 0.133 0.028 0.058 0.012 0.002 0.014 0.001 0.001 21 V 0.434 0.260 0.162 0.073 0.015 0.025 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 22 R 0.615 0.115 0.150 0.064 0.010 0.019 0.012 0.002 0.008 0.002 0.002 23 N 0.415 0.113 0.121 0.110 0.107 0.025 0.046 0.026 0.024 0.012 0.001 24 A 0.646 0.062 0.139 0.092 0.023 0.013 0.010 0.003 0.007 0.002 0.002 25 Y 0.366 0.198 0.133 0.227 0.035 0.013 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 26 D 0.300 0.095 0.208 0.148 0.048 0.072 0.079 0.015 0.023 0.011 0.002 27 R 0.591 0.065 0.121 0.159 0.020 0.015 0.018 0.004 0.006 0.002 0.001 28 R 0.588 0.114 0.110 0.123 0.015 0.022 0.016 0.003 0.008 0.001 0.001 29 T 0.569 0.130 0.102 0.137 0.018 0.020 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 30 W 0.665 0.137 0.113 0.036 0.020 0.014 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 31 E 0.778 0.122 0.043 0.026 0.007 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 32 L 0.672 0.142 0.088 0.048 0.016 0.020 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 33 L 0.580 0.214 0.092 0.061 0.013 0.017 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 34 R 0.354 0.242 0.205 0.037 0.049 0.039 0.018 0.002 0.051 0.003 0.001 35 L 0.339 0.083 0.285 0.219 0.008 0.022 0.022 0.001 0.015 0.001 0.005 36 G 0.061 0.015 0.069 0.029 0.090 0.012 0.075 0.403 0.012 0.234 0.001 37 E 0.334 0.072 0.412 0.116 0.013 0.021 0.014 0.002 0.005 0.003 0.007 38 E 0.281 0.179 0.186 0.279 0.037 0.015 0.005 0.002 0.011 0.002 0.002 39 D 0.010 0.089 0.437 0.005 0.030 0.036 0.006 0.001 0.383 0.003 0.001 40 P 0.866 0.001 0.101 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 41 K 0.758 0.060 0.061 0.097 0.006 0.004 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 42 E 0.253 0.074 0.091 0.529 0.010 0.017 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 43 L 0.033 0.329 0.374 0.007 0.026 0.013 0.016 0.001 0.199 0.001 0.001 44 P 0.127 0.008 0.766 0.010 0.002 0.044 0.003 0.001 0.002 0.003 0.036 45 L 0.023 0.171 0.578 0.009 0.029 0.027 0.002 0.001 0.156 0.003 0.001 46 P 0.124 0.005 0.755 0.026 0.002 0.028 0.003 0.001 0.004 0.005 0.048 47 G 0.069 0.022 0.116 0.082 0.084 0.013 0.098 0.387 0.011 0.116 0.002 48 G 0.082 0.030 0.165 0.053 0.128 0.022 0.041 0.274 0.006 0.196 0.003 49 L 0.229 0.303 0.277 0.103 0.031 0.031 0.006 0.001 0.015 0.001 0.002 50 S 0.286 0.294 0.256 0.028 0.067 0.035 0.008 0.002 0.020 0.002 0.001 51 L 0.481 0.207 0.161 0.064 0.018 0.051 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 52 L 0.445 0.303 0.109 0.073 0.034 0.015 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 53 D 0.425 0.130 0.205 0.069 0.053 0.051 0.031 0.007 0.020 0.006 0.003 54 Y 0.538 0.128 0.084 0.172 0.032 0.018 0.010 0.002 0.015 0.001 0.001 55 H 0.426 0.130 0.192 0.125 0.025 0.037 0.026 0.003 0.030 0.003 0.001 56 A 0.625 0.058 0.152 0.093 0.024 0.012 0.015 0.004 0.010 0.005 0.002 57 S 0.548 0.081 0.114 0.166 0.024 0.018 0.019 0.006 0.017 0.005 0.002 58 K 0.320 0.073 0.127 0.369 0.016 0.010 0.063 0.004 0.014 0.002 0.002 59 G 0.080 0.016 0.051 0.031 0.095 0.009 0.101 0.467 0.005 0.143 0.001 60 R 0.230 0.197 0.390 0.098 0.025 0.025 0.014 0.003 0.012 0.002 0.003 61 L 0.179 0.381 0.275 0.077 0.024 0.025 0.006 0.001 0.028 0.001 0.002 62 Q 0.147 0.303 0.287 0.111 0.044 0.027 0.038 0.003 0.034 0.003 0.003 63 G 0.054 0.034 0.153 0.030 0.160 0.026 0.043 0.261 0.009 0.227 0.005 64 R 0.143 0.265 0.410 0.052 0.050 0.025 0.007 0.003 0.033 0.008 0.004 65 E 0.184 0.202 0.339 0.169 0.018 0.019 0.029 0.001 0.027 0.002 0.009 66 G 0.020 0.024 0.063 0.039 0.136 0.007 0.144 0.380 0.007 0.176 0.001 67 G 0.043 0.056 0.229 0.036 0.212 0.012 0.044 0.213 0.006 0.146 0.003 68 R 0.064 0.412 0.355 0.050 0.058 0.035 0.009 0.002 0.013 0.001 0.002 69 V 0.034 0.649 0.223 0.021 0.032 0.025 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 70 A 0.079 0.537 0.206 0.030 0.100 0.025 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 71 W 0.046 0.589 0.189 0.029 0.090 0.031 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 72 V 0.046 0.694 0.140 0.026 0.036 0.028 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 73 A 0.075 0.411 0.301 0.060 0.092 0.025 0.005 0.001 0.025 0.003 0.002 74 D 0.005 0.146 0.375 0.004 0.027 0.037 0.009 0.001 0.393 0.004 0.001 75 P 0.586 0.003 0.315 0.024 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 76 K 0.449 0.086 0.151 0.260 0.012 0.010 0.013 0.008 0.008 0.002 0.001 77 D 0.019 0.081 0.399 0.012 0.046 0.018 0.011 0.001 0.408 0.005 0.001 78 P 0.678 0.001 0.215 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 79 R 0.445 0.083 0.127 0.256 0.006 0.019 0.039 0.014 0.009 0.001 0.001 80 K 0.035 0.217 0.457 0.010 0.056 0.011 0.010 0.001 0.201 0.003 0.001 81 P 0.097 0.004 0.801 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 82 I 0.036 0.351 0.401 0.005 0.028 0.031 0.003 0.001 0.142 0.002 0.001 83 P 0.153 0.004 0.749 0.011 0.002 0.039 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 84 H 0.252 0.182 0.220 0.137 0.061 0.048 0.031 0.035 0.028 0.005 0.002 85 L 0.295 0.230 0.283 0.094 0.023 0.040 0.006 0.001 0.026 0.001 0.002 86 T 0.182 0.172 0.171 0.385 0.026 0.013 0.028 0.001 0.019 0.001 0.002 87 G 0.051 0.033 0.063 0.028 0.242 0.012 0.075 0.370 0.008 0.118 0.001 88 L 0.117 0.395 0.329 0.065 0.033 0.031 0.008 0.001 0.019 0.001 0.002 89 L 0.061 0.429 0.367 0.047 0.020 0.046 0.009 0.001 0.018 0.001 0.002 90 V 0.014 0.465 0.276 0.002 0.026 0.034 0.003 0.001 0.178 0.001 0.001 91 P 0.056 0.005 0.848 0.006 0.006 0.035 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034