# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.138 0.068 0.076 0.097 0.134 0.124 0.114 0.094 0.059 0.043 0.027 0.015 0.008 0.002 2 L 0.085 0.062 0.071 0.102 0.128 0.134 0.127 0.119 0.075 0.045 0.027 0.014 0.007 0.004 3 C 0.075 0.039 0.044 0.073 0.109 0.127 0.141 0.125 0.097 0.074 0.048 0.030 0.013 0.005 4 E 0.186 0.146 0.145 0.135 0.115 0.095 0.067 0.044 0.035 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 5 M 0.135 0.070 0.086 0.109 0.150 0.127 0.108 0.085 0.050 0.035 0.025 0.012 0.006 0.002 6 S 0.101 0.102 0.104 0.152 0.158 0.142 0.102 0.065 0.041 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 7 L 0.086 0.052 0.062 0.106 0.150 0.158 0.133 0.106 0.067 0.039 0.021 0.013 0.006 0.002 8 E 0.238 0.173 0.163 0.120 0.101 0.084 0.053 0.028 0.024 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 9 A 0.161 0.093 0.117 0.130 0.146 0.122 0.087 0.059 0.038 0.022 0.014 0.007 0.003 0.001 10 W 0.111 0.084 0.084 0.134 0.172 0.144 0.114 0.078 0.039 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 11 L 0.131 0.081 0.096 0.128 0.160 0.129 0.098 0.077 0.048 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 12 A 0.212 0.122 0.105 0.128 0.141 0.103 0.075 0.054 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 13 Q 0.296 0.151 0.141 0.126 0.103 0.079 0.048 0.025 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 14 G 0.305 0.138 0.128 0.118 0.112 0.085 0.057 0.025 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 15 H 0.311 0.142 0.135 0.122 0.108 0.079 0.047 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 16 P 0.391 0.167 0.123 0.102 0.080 0.056 0.039 0.018 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.156 0.094 0.097 0.139 0.158 0.135 0.093 0.061 0.036 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 18 P 0.204 0.136 0.147 0.150 0.131 0.089 0.060 0.036 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 19 K 0.363 0.172 0.125 0.112 0.080 0.061 0.036 0.023 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 20 R 0.155 0.137 0.132 0.163 0.157 0.107 0.064 0.040 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 21 V 0.066 0.045 0.053 0.091 0.139 0.155 0.144 0.133 0.081 0.045 0.027 0.012 0.007 0.002 22 R 0.219 0.168 0.166 0.147 0.114 0.078 0.047 0.026 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 23 N 0.390 0.171 0.153 0.104 0.074 0.049 0.024 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 24 A 0.143 0.119 0.114 0.161 0.169 0.121 0.082 0.045 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 25 Y 0.139 0.105 0.121 0.165 0.187 0.124 0.076 0.043 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 26 D 0.504 0.201 0.115 0.063 0.045 0.035 0.019 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.354 0.183 0.146 0.110 0.085 0.063 0.031 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 R 0.273 0.155 0.135 0.139 0.122 0.086 0.050 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 29 T 0.181 0.129 0.114 0.148 0.149 0.130 0.073 0.034 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 30 W 0.148 0.095 0.094 0.139 0.168 0.137 0.089 0.060 0.037 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 31 E 0.334 0.169 0.152 0.097 0.080 0.074 0.040 0.020 0.019 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 32 L 0.063 0.056 0.077 0.131 0.161 0.155 0.123 0.096 0.067 0.034 0.019 0.011 0.006 0.002 33 L 0.083 0.066 0.068 0.127 0.172 0.151 0.131 0.094 0.054 0.026 0.017 0.008 0.003 0.001 34 R 0.239 0.167 0.190 0.138 0.098 0.076 0.040 0.021 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 35 L 0.120 0.090 0.082 0.165 0.211 0.134 0.088 0.060 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 36 G 0.266 0.186 0.184 0.138 0.103 0.063 0.032 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.555 0.165 0.123 0.064 0.038 0.027 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.703 0.127 0.084 0.038 0.024 0.011 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.507 0.182 0.164 0.062 0.039 0.025 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 P 0.382 0.178 0.139 0.122 0.088 0.044 0.031 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.524 0.180 0.115 0.072 0.044 0.030 0.022 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.488 0.182 0.131 0.070 0.052 0.039 0.021 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.111 0.092 0.101 0.164 0.177 0.162 0.079 0.059 0.027 0.015 0.005 0.005 0.002 0.001 44 P 0.285 0.136 0.130 0.130 0.116 0.075 0.060 0.025 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 45 L 0.138 0.076 0.091 0.132 0.152 0.133 0.094 0.080 0.047 0.027 0.016 0.010 0.004 0.001 46 P 0.183 0.111 0.112 0.122 0.134 0.102 0.077 0.056 0.043 0.030 0.018 0.008 0.003 0.002 47 G 0.134 0.082 0.089 0.117 0.123 0.124 0.104 0.088 0.054 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 48 G 0.103 0.081 0.087 0.127 0.156 0.124 0.111 0.085 0.055 0.037 0.021 0.009 0.003 0.003 49 L 0.080 0.051 0.060 0.079 0.105 0.119 0.111 0.112 0.099 0.079 0.053 0.030 0.017 0.006 50 S 0.110 0.082 0.098 0.123 0.141 0.117 0.106 0.088 0.055 0.040 0.024 0.010 0.003 0.003 51 L 0.049 0.041 0.052 0.077 0.113 0.116 0.125 0.124 0.112 0.076 0.059 0.030 0.017 0.008 52 L 0.054 0.047 0.056 0.088 0.123 0.133 0.127 0.126 0.096 0.069 0.043 0.023 0.010 0.004 53 D 0.179 0.158 0.140 0.141 0.113 0.097 0.065 0.043 0.031 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 54 Y 0.098 0.076 0.083 0.126 0.163 0.148 0.101 0.090 0.053 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 55 H 0.151 0.126 0.132 0.160 0.159 0.108 0.072 0.044 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 56 A 0.200 0.134 0.122 0.151 0.136 0.109 0.067 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 57 S 0.372 0.170 0.163 0.095 0.075 0.051 0.036 0.014 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 58 K 0.312 0.187 0.174 0.114 0.082 0.062 0.034 0.014 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 G 0.294 0.154 0.132 0.129 0.102 0.079 0.057 0.024 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 60 R 0.248 0.165 0.145 0.149 0.119 0.081 0.046 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 61 L 0.146 0.091 0.090 0.138 0.165 0.133 0.088 0.072 0.039 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 62 Q 0.244 0.155 0.146 0.147 0.116 0.078 0.048 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 63 G 0.313 0.154 0.113 0.132 0.103 0.072 0.052 0.026 0.015 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 64 R 0.313 0.157 0.139 0.116 0.094 0.068 0.054 0.026 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 65 E 0.284 0.146 0.143 0.121 0.102 0.080 0.053 0.028 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 66 G 0.184 0.126 0.101 0.143 0.134 0.112 0.082 0.049 0.031 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 67 G 0.125 0.103 0.103 0.140 0.138 0.120 0.094 0.068 0.045 0.032 0.019 0.009 0.003 0.002 68 R 0.069 0.071 0.094 0.135 0.165 0.132 0.104 0.095 0.058 0.038 0.022 0.011 0.004 0.003 69 V 0.030 0.025 0.035 0.058 0.096 0.114 0.131 0.142 0.126 0.101 0.072 0.042 0.021 0.009 70 A 0.045 0.039 0.052 0.073 0.109 0.116 0.134 0.130 0.106 0.085 0.061 0.029 0.014 0.007 71 W 0.037 0.032 0.047 0.069 0.106 0.110 0.134 0.141 0.108 0.087 0.068 0.036 0.016 0.009 72 V 0.035 0.037 0.044 0.073 0.104 0.127 0.131 0.135 0.123 0.083 0.058 0.028 0.015 0.007 73 A 0.075 0.083 0.087 0.144 0.155 0.139 0.113 0.092 0.052 0.030 0.017 0.007 0.003 0.002 74 D 0.201 0.164 0.155 0.149 0.119 0.087 0.056 0.033 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 75 P 0.205 0.155 0.157 0.157 0.128 0.094 0.050 0.027 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 76 K 0.394 0.181 0.144 0.109 0.073 0.046 0.031 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.533 0.196 0.137 0.056 0.031 0.024 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 P 0.346 0.175 0.147 0.122 0.090 0.056 0.038 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.329 0.181 0.167 0.121 0.087 0.053 0.033 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 80 K 0.353 0.182 0.153 0.116 0.080 0.057 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 P 0.231 0.139 0.131 0.146 0.132 0.094 0.055 0.031 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 82 I 0.110 0.082 0.090 0.147 0.173 0.140 0.097 0.073 0.043 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 83 P 0.290 0.142 0.138 0.111 0.093 0.080 0.053 0.033 0.028 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 84 H 0.182 0.116 0.117 0.137 0.138 0.108 0.072 0.053 0.035 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 85 L 0.077 0.048 0.056 0.088 0.123 0.136 0.128 0.120 0.085 0.060 0.041 0.023 0.011 0.004 86 T 0.121 0.084 0.100 0.132 0.141 0.126 0.100 0.080 0.050 0.032 0.019 0.009 0.003 0.002 87 G 0.169 0.087 0.087 0.106 0.119 0.108 0.094 0.079 0.058 0.041 0.029 0.015 0.006 0.003 88 L 0.095 0.057 0.065 0.089 0.131 0.129 0.125 0.110 0.073 0.053 0.038 0.020 0.011 0.005 89 L 0.094 0.053 0.068 0.087 0.121 0.126 0.120 0.111 0.083 0.062 0.039 0.023 0.010 0.005 90 V 0.122 0.075 0.077 0.104 0.134 0.118 0.114 0.096 0.063 0.044 0.029 0.013 0.006 0.003 91 P 0.214 0.118 0.117 0.124 0.121 0.093 0.074 0.053 0.036 0.024 0.015 0.006 0.002 0.002