# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 79 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.052 0.007 0.032 0.018 0.030 0.076 0.009 0.776 2 L 0.078 0.007 0.089 0.073 0.102 0.095 0.011 0.544 3 Q 0.036 0.005 0.108 0.125 0.155 0.112 0.005 0.454 4 V 0.011 0.005 0.046 0.097 0.151 0.043 0.002 0.643 5 V 0.012 0.006 0.139 0.201 0.365 0.042 0.002 0.233 6 A 0.021 0.018 0.089 0.106 0.162 0.078 0.005 0.523 7 L 0.049 0.035 0.132 0.119 0.239 0.069 0.009 0.347 8 S 0.053 0.025 0.050 0.058 0.083 0.105 0.016 0.610 9 G 0.138 0.013 0.038 0.024 0.048 0.079 0.032 0.628 10 A 0.149 0.014 0.046 0.021 0.032 0.190 0.021 0.527 11 Y 0.069 0.008 0.038 0.024 0.032 0.168 0.008 0.654 12 P 0.007 0.001 0.005 0.004 0.006 0.018 0.001 0.959 13 A 0.017 0.003 0.018 0.020 0.028 0.170 0.003 0.742 14 E 0.189 0.020 0.093 0.047 0.064 0.129 0.011 0.448 15 L 0.195 0.081 0.238 0.079 0.087 0.076 0.008 0.236 16 A 0.032 0.033 0.438 0.114 0.173 0.067 0.003 0.139 17 V 0.008 0.019 0.504 0.158 0.206 0.015 0.003 0.087 18 G 0.014 0.023 0.352 0.126 0.257 0.032 0.005 0.191 19 F 0.013 0.017 0.385 0.152 0.178 0.076 0.005 0.174 20 D 0.006 0.018 0.290 0.139 0.231 0.070 0.005 0.241 21 A 0.025 0.028 0.103 0.059 0.201 0.063 0.008 0.513 22 G 0.038 0.026 0.090 0.063 0.101 0.332 0.017 0.332 23 G 0.121 0.015 0.053 0.033 0.046 0.124 0.029 0.580 24 R 0.085 0.029 0.029 0.030 0.043 0.109 0.010 0.665 25 E 0.021 0.007 0.011 0.015 0.020 0.113 0.005 0.808 26 S 0.069 0.009 0.012 0.012 0.019 0.167 0.015 0.698 27 F 0.297 0.013 0.020 0.020 0.031 0.103 0.024 0.492 28 R 0.129 0.016 0.024 0.028 0.025 0.241 0.013 0.525 29 F 0.105 0.017 0.045 0.048 0.061 0.189 0.012 0.524 30 G 0.079 0.024 0.088 0.089 0.158 0.126 0.008 0.429 31 G 0.026 0.017 0.114 0.189 0.268 0.111 0.004 0.272 32 A 0.010 0.018 0.127 0.231 0.387 0.049 0.003 0.175 33 A 0.014 0.041 0.116 0.248 0.408 0.034 0.003 0.136 34 C 0.009 0.056 0.140 0.245 0.434 0.021 0.003 0.091 35 A 0.007 0.057 0.124 0.330 0.411 0.013 0.003 0.054 36 V 0.017 0.071 0.085 0.264 0.426 0.015 0.008 0.113 37 G 0.035 0.058 0.071 0.265 0.421 0.017 0.012 0.121 38 G 0.034 0.049 0.055 0.220 0.239 0.077 0.020 0.305 39 D 0.040 0.021 0.039 0.074 0.141 0.099 0.020 0.565 40 G 0.079 0.017 0.033 0.033 0.089 0.174 0.028 0.548 41 G 0.186 0.010 0.025 0.028 0.048 0.249 0.038 0.416 42 H 0.172 0.014 0.047 0.055 0.067 0.228 0.020 0.397 43 L 0.067 0.021 0.056 0.132 0.161 0.120 0.007 0.437 44 L 0.036 0.018 0.039 0.158 0.256 0.068 0.004 0.421 45 W 0.033 0.015 0.043 0.230 0.365 0.049 0.005 0.260 46 T 0.043 0.023 0.033 0.179 0.338 0.045 0.011 0.327 47 L 0.069 0.022 0.034 0.185 0.259 0.051 0.007 0.374 48 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.993 49 E 0.009 0.005 0.014 0.053 0.154 0.080 0.003 0.684 50 A 0.129 0.032 0.020 0.063 0.116 0.058 0.008 0.573 51 Q 0.104 0.077 0.019 0.054 0.095 0.106 0.011 0.533 52 A 0.120 0.065 0.043 0.036 0.070 0.074 0.016 0.576 53 G 0.106 0.040 0.026 0.023 0.033 0.087 0.020 0.665 54 E 0.163 0.016 0.029 0.020 0.029 0.097 0.026 0.619 55 R 0.059 0.013 0.035 0.016 0.022 0.056 0.012 0.787 56 I 0.071 0.015 0.073 0.043 0.055 0.166 0.005 0.571 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.986 58 Q 0.021 0.018 0.024 0.012 0.063 0.070 0.002 0.791 59 E 0.032 0.051 0.008 0.003 0.007 0.107 0.003 0.789 60 V 0.089 0.226 0.008 0.003 0.007 0.117 0.005 0.544 61 V 0.086 0.696 0.006 0.002 0.006 0.035 0.003 0.167 62 W 0.023 0.819 0.002 0.001 0.002 0.026 0.002 0.124 63 D 0.012 0.878 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.089 64 L 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 65 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 66 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 67 E 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 68 T 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 69 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 W 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 72 F 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 R 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 R 0.005 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 75 K 0.022 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 76 A 0.101 0.805 0.009 0.002 0.002 0.003 0.054 0.023 77 G 0.215 0.288 0.140 0.019 0.008 0.028 0.114 0.188 78 R 0.139 0.084 0.277 0.025 0.020 0.085 0.069 0.301 79 L 0.115 0.020 0.120 0.038 0.038 0.103 0.013 0.553 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 81 S 0.012 0.001 0.125 0.095 0.117 0.117 0.003 0.531 82 R 0.254 0.002 0.165 0.064 0.067 0.064 0.008 0.375 83 V 0.044 0.003 0.440 0.157 0.135 0.050 0.002 0.168 84 L 0.002 0.001 0.503 0.208 0.242 0.015 0.001 0.030 85 L 0.001 0.001 0.568 0.158 0.217 0.008 0.001 0.048 86 L 0.001 0.001 0.619 0.141 0.156 0.023 0.001 0.061 87 R 0.001 0.001 0.323 0.129 0.224 0.101 0.001 0.220 88 D 0.002 0.001 0.176 0.043 0.110 0.282 0.005 0.382 89 G 0.078 0.001 0.105 0.032 0.054 0.131 0.054 0.545 90 R 0.155 0.006 0.142 0.035 0.036 0.282 0.024 0.319 91 V 0.019 0.005 0.051 0.027 0.031 0.345 0.003 0.520 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 93 Q 0.004 0.002 0.004 0.003 0.013 0.203 0.001 0.770 94 D 0.261 0.011 0.005 0.005 0.008 0.174 0.010 0.527 95 E 0.313 0.165 0.008 0.007 0.010 0.123 0.006 0.368 96 F 0.063 0.493 0.009 0.010 0.023 0.105 0.003 0.295 97 A 0.026 0.689 0.007 0.006 0.017 0.063 0.003 0.189 98 L 0.020 0.849 0.004 0.002 0.006 0.021 0.003 0.095 99 A 0.007 0.955 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.024 100 L 0.005 0.964 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 101 E 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.026 102 A 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.024 103 L 0.015 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 104 A 0.045 0.901 0.004 0.001 0.001 0.005 0.010 0.033 105 R 0.077 0.796 0.006 0.002 0.003 0.004 0.043 0.069 106 E 0.352 0.383 0.015 0.005 0.005 0.009 0.126 0.105 107 G 0.255 0.093 0.060 0.013 0.006 0.037 0.083 0.453 108 I 0.070 0.019 0.346 0.034 0.018 0.069 0.017 0.427 109 A 0.049 0.003 0.290 0.092 0.064 0.097 0.006 0.398 110 Y 0.008 0.001 0.233 0.214 0.152 0.030 0.002 0.360 111 D 0.002 0.001 0.321 0.312 0.272 0.019 0.001 0.074 112 L 0.003 0.001 0.410 0.133 0.191 0.035 0.001 0.225 113 V 0.001 0.001 0.586 0.198 0.180 0.014 0.001 0.020 114 S 0.001 0.001 0.464 0.165 0.313 0.012 0.001 0.045 115 V 0.001 0.001 0.406 0.256 0.278 0.008 0.001 0.051 116 R 0.001 0.001 0.259 0.217 0.353 0.036 0.001 0.133 117 K 0.002 0.001 0.067 0.155 0.184 0.068 0.003 0.521 118 S 0.008 0.003 0.057 0.099 0.194 0.225 0.006 0.408 119 G 0.071 0.004 0.041 0.066 0.150 0.081 0.021 0.566 120 G 0.104 0.004 0.023 0.030 0.052 0.261 0.014 0.512 121 G 0.060 0.002 0.019 0.059 0.063 0.077 0.008 0.712 122 R 0.041 0.002 0.056 0.237 0.306 0.096 0.004 0.257 123 V 0.018 0.003 0.027 0.098 0.177 0.040 0.003 0.636 124 Y 0.009 0.001 0.079 0.286 0.529 0.021 0.001 0.073 125 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 126 V 0.007 0.001 0.072 0.096 0.319 0.080 0.003 0.422 127 Q 0.049 0.004 0.035 0.051 0.068 0.095 0.007 0.691 128 G 0.038 0.003 0.015 0.017 0.037 0.041 0.006 0.843 129 R 0.093 0.003 0.031 0.049 0.068 0.098 0.008 0.651 130 L 0.065 0.003 0.045 0.077 0.079 0.081 0.005 0.645 131 A 0.019 0.002 0.044 0.234 0.280 0.064 0.003 0.354 132 D 0.013 0.004 0.084 0.087 0.132 0.121 0.003 0.556 133 G 0.025 0.004 0.086 0.087 0.150 0.095 0.009 0.545 134 L 0.147 0.003 0.176 0.086 0.118 0.160 0.020 0.290 135 Y 0.019 0.002 0.102 0.103 0.128 0.037 0.007 0.602 136 V 0.005 0.001 0.144 0.392 0.348 0.045 0.001 0.064 137 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.988 138 L 0.004 0.001 0.060 0.070 0.640 0.028 0.001 0.198 139 E 0.004 0.001 0.006 0.015 0.015 0.116 0.002 0.840 140 D 0.132 0.003 0.017 0.020 0.045 0.117 0.027 0.638 141 K 0.399 0.015 0.035 0.039 0.049 0.150 0.018 0.295 142 T 0.162 0.018 0.034 0.084 0.079 0.284 0.016 0.323 143 F 0.051 0.020 0.043 0.120 0.224 0.179 0.009 0.354 144 L 0.030 0.022 0.086 0.259 0.370 0.053 0.004 0.175 145 L 0.013 0.020 0.085 0.295 0.444 0.031 0.003 0.108 146 L 0.010 0.021 0.126 0.288 0.442 0.015 0.003 0.094 147 T 0.012 0.019 0.098 0.290 0.449 0.012 0.004 0.115 148 V 0.017 0.019 0.075 0.248 0.366 0.032 0.008 0.235 149 H 0.019 0.012 0.054 0.167 0.254 0.070 0.010 0.414 150 R 0.033 0.009 0.041 0.082 0.134 0.096 0.010 0.596 151 D 0.027 0.008 0.015 0.025 0.048 0.083 0.007 0.787 152 F 0.103 0.014 0.034 0.051 0.099 0.126 0.015 0.557 153 R 0.136 0.017 0.036 0.037 0.048 0.124 0.016 0.586 154 G 0.129 0.012 0.028 0.037 0.053 0.075 0.020 0.645 155 T 0.126 0.008 0.067 0.111 0.122 0.135 0.007 0.423 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 157 R 0.016 0.001 0.042 0.165 0.290 0.125 0.002 0.360 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 L 0.008 0.001 0.072 0.268 0.437 0.041 0.001 0.172 160 K 0.044 0.002 0.178 0.185 0.313 0.048 0.003 0.225 161 L 0.018 0.005 0.144 0.301 0.308 0.014 0.002 0.208 162 V 0.003 0.001 0.138 0.287 0.512 0.008 0.001 0.050 163 H 0.005 0.002 0.095 0.355 0.277 0.026 0.002 0.238 164 E 0.003 0.002 0.113 0.218 0.450 0.048 0.002 0.163 165 A 0.011 0.008 0.067 0.089 0.194 0.086 0.005 0.540 166 G 0.021 0.007 0.055 0.028 0.079 0.205 0.016 0.589 167 D 0.186 0.004 0.048 0.016 0.030 0.112 0.050 0.554 168 T 0.108 0.009 0.029 0.011 0.012 0.248 0.008 0.576 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.970 170 L 0.018 0.007 0.009 0.004 0.024 0.131 0.002 0.804 171 E 0.025 0.027 0.005 0.002 0.007 0.220 0.002 0.712 172 A 0.051 0.229 0.006 0.003 0.007 0.205 0.003 0.496 173 L 0.026 0.856 0.002 0.001 0.002 0.020 0.001 0.092 174 A 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.023 175 H 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 176 Q 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 177 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 178 F 0.004 0.978 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 179 H 0.013 0.936 0.011 0.004 0.004 0.003 0.009 0.019 180 L 0.045 0.826 0.032 0.013 0.015 0.005 0.022 0.042 181 T 0.034 0.801 0.041 0.033 0.018 0.006 0.019 0.048 182 R 0.100 0.341 0.180 0.105 0.076 0.017 0.034 0.147 183 L 0.057 0.222 0.260 0.114 0.130 0.022 0.021 0.173 184 Y 0.056 0.111 0.143 0.168 0.237 0.050 0.013 0.221 185 P 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.984 186 A 0.016 0.010 0.099 0.034 0.078 0.222 0.009 0.532 187 S 0.434 0.013 0.034 0.016 0.030 0.071 0.037 0.364 188 G 0.309 0.023 0.037 0.028 0.032 0.120 0.019 0.431 189 F 0.104 0.009 0.054 0.058 0.061 0.127 0.012 0.575 190 A 0.076 0.010 0.047 0.071 0.127 0.095 0.011 0.563 191 F 0.089 0.007 0.037 0.096 0.122 0.089 0.006 0.553 192 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.989 193 R 0.023 0.002 0.036 0.033 0.093 0.056 0.004 0.753 194 L 0.175 0.004 0.107 0.094 0.122 0.104 0.005 0.390 195 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 196 A 0.014 0.001 0.119 0.091 0.174 0.205 0.002 0.394 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 198 L 0.024 0.008 0.112 0.043 0.151 0.155 0.002 0.504 199 H 0.038 0.049 0.110 0.019 0.049 0.213 0.003 0.519 200 L 0.053 0.289 0.058 0.010 0.023 0.111 0.004 0.452 201 A 0.043 0.580 0.053 0.007 0.026 0.086 0.004 0.202 202 D 0.015 0.771 0.008 0.003 0.009 0.077 0.003 0.115 203 R 0.009 0.890 0.002 0.001 0.003 0.023 0.002 0.070 204 L 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 205 V 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 206 K 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 207 E 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 208 V 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 209 G 0.013 0.954 0.009 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 210 R 0.047 0.828 0.031 0.004 0.003 0.011 0.028 0.049 211 L 0.161 0.646 0.037 0.005 0.006 0.013 0.041 0.090 212 G 0.133 0.416 0.053 0.013 0.013 0.037 0.046 0.287 213 I 0.080 0.165 0.209 0.025 0.024 0.101 0.020 0.377 214 R 0.065 0.097 0.054 0.017 0.019 0.066 0.013 0.669 215 H 0.094 0.109 0.024 0.018 0.034 0.103 0.014 0.604 216 L 0.113 0.118 0.039 0.019 0.031 0.075 0.012 0.592 217 K 0.074 0.109 0.033 0.022 0.030 0.121 0.012 0.598 218 E 0.143 0.085 0.019 0.019 0.029 0.103 0.022 0.580 219 V 0.161 0.154 0.036 0.027 0.044 0.087 0.018 0.473 220 D 0.069 0.113 0.030 0.033 0.043 0.150 0.017 0.545 221 R 0.095 0.103 0.035 0.025 0.053 0.085 0.022 0.583 222 E 0.119 0.141 0.038 0.043 0.064 0.154 0.026 0.416 223 K 0.221 0.109 0.047 0.059 0.082 0.104 0.036 0.342 224 L 0.103 0.197 0.065 0.107 0.156 0.056 0.016 0.298 225 F 0.054 0.103 0.082 0.218 0.274 0.040 0.010 0.220 226 F 0.064 0.115 0.046 0.177 0.229 0.035 0.013 0.321 227 V 0.083 0.101 0.061 0.163 0.304 0.022 0.011 0.254