# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 79 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.712 0.208 0.048 0.020 0.009 0.003 0.001 2 L 0.290 0.167 0.183 0.199 0.110 0.044 0.007 3 Q 0.246 0.282 0.227 0.148 0.065 0.029 0.003 4 V 0.166 0.204 0.207 0.199 0.138 0.074 0.010 5 V 0.129 0.150 0.176 0.220 0.209 0.101 0.014 6 A 0.125 0.177 0.198 0.213 0.173 0.101 0.013 7 L 0.114 0.125 0.181 0.254 0.208 0.104 0.012 8 S 0.355 0.340 0.167 0.085 0.039 0.013 0.001 9 G 0.281 0.240 0.192 0.168 0.086 0.030 0.003 10 A 0.311 0.273 0.181 0.128 0.078 0.026 0.002 11 Y 0.182 0.235 0.234 0.197 0.107 0.040 0.005 12 P 0.139 0.230 0.241 0.200 0.130 0.052 0.008 13 A 0.076 0.154 0.181 0.233 0.227 0.116 0.014 14 E 0.012 0.046 0.124 0.245 0.320 0.211 0.042 15 L 0.001 0.002 0.004 0.013 0.080 0.492 0.409 16 A 0.001 0.001 0.004 0.016 0.058 0.285 0.635 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.128 0.862 18 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.094 0.888 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.116 0.878 20 D 0.001 0.002 0.005 0.015 0.061 0.247 0.670 21 A 0.002 0.006 0.013 0.051 0.127 0.381 0.419 22 G 0.006 0.020 0.035 0.103 0.234 0.432 0.170 23 G 0.020 0.058 0.126 0.195 0.307 0.254 0.041 24 R 0.113 0.233 0.242 0.209 0.130 0.064 0.008 25 E 0.335 0.281 0.181 0.120 0.058 0.023 0.003 26 S 0.396 0.250 0.153 0.112 0.059 0.026 0.004 27 F 0.174 0.178 0.203 0.207 0.155 0.071 0.012 28 R 0.135 0.210 0.205 0.192 0.153 0.090 0.016 29 F 0.035 0.084 0.130 0.205 0.269 0.222 0.055 30 G 0.009 0.017 0.034 0.087 0.234 0.414 0.204 31 G 0.002 0.003 0.007 0.016 0.078 0.374 0.521 32 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.173 0.794 33 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.107 0.878 34 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.118 0.869 35 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.177 0.792 36 V 0.002 0.005 0.010 0.036 0.088 0.322 0.538 37 G 0.006 0.018 0.038 0.097 0.216 0.405 0.221 38 G 0.026 0.073 0.151 0.232 0.256 0.214 0.048 39 D 0.132 0.217 0.230 0.193 0.131 0.081 0.015 40 G 0.226 0.208 0.188 0.169 0.121 0.072 0.016 41 G 0.245 0.204 0.176 0.169 0.116 0.073 0.016 42 H 0.241 0.226 0.170 0.156 0.115 0.075 0.017 43 L 0.142 0.184 0.182 0.201 0.165 0.104 0.022 44 L 0.111 0.145 0.155 0.200 0.211 0.149 0.029 45 W 0.088 0.121 0.158 0.206 0.224 0.171 0.031 46 T 0.102 0.200 0.204 0.228 0.172 0.084 0.010 47 L 0.079 0.128 0.191 0.256 0.229 0.109 0.008 48 P 0.203 0.235 0.234 0.198 0.099 0.030 0.001 49 E 0.453 0.317 0.137 0.063 0.024 0.006 0.001 50 A 0.279 0.215 0.233 0.189 0.070 0.014 0.001 51 Q 0.549 0.277 0.108 0.048 0.016 0.003 0.001 52 A 0.696 0.231 0.049 0.018 0.005 0.001 0.001 53 G 0.660 0.218 0.077 0.034 0.010 0.002 0.001 54 E 0.582 0.263 0.099 0.041 0.013 0.002 0.001 55 R 0.453 0.336 0.141 0.053 0.015 0.003 0.001 56 I 0.146 0.195 0.255 0.240 0.131 0.032 0.002 57 P 0.117 0.169 0.226 0.237 0.175 0.072 0.005 58 Q 0.164 0.239 0.259 0.203 0.100 0.032 0.002 59 E 0.295 0.337 0.210 0.108 0.040 0.010 0.001 60 V 0.065 0.153 0.222 0.280 0.201 0.072 0.007 61 V 0.034 0.056 0.091 0.175 0.315 0.289 0.039 62 W 0.054 0.172 0.305 0.287 0.131 0.048 0.003 63 D 0.189 0.373 0.260 0.129 0.039 0.010 0.001 64 L 0.016 0.034 0.080 0.214 0.348 0.269 0.039 65 L 0.017 0.051 0.096 0.205 0.326 0.274 0.033 66 E 0.078 0.258 0.322 0.225 0.085 0.030 0.002 67 E 0.119 0.322 0.289 0.194 0.061 0.014 0.001 68 T 0.015 0.047 0.094 0.237 0.360 0.230 0.017 69 L 0.018 0.050 0.106 0.238 0.370 0.204 0.013 70 W 0.092 0.303 0.318 0.184 0.079 0.023 0.001 71 A 0.106 0.224 0.265 0.254 0.119 0.031 0.002 72 F 0.047 0.069 0.138 0.247 0.323 0.167 0.009 73 R 0.188 0.267 0.271 0.182 0.076 0.016 0.001 74 R 0.490 0.324 0.120 0.048 0.014 0.003 0.001 75 K 0.453 0.285 0.144 0.085 0.027 0.006 0.001 76 A 0.382 0.225 0.173 0.132 0.068 0.019 0.001 77 G 0.532 0.279 0.121 0.049 0.016 0.004 0.001 78 R 0.396 0.322 0.167 0.080 0.027 0.007 0.001 79 L 0.112 0.155 0.208 0.237 0.199 0.080 0.010 80 P 0.066 0.122 0.186 0.246 0.232 0.129 0.020 81 S 0.104 0.221 0.204 0.199 0.167 0.091 0.015 82 R 0.019 0.055 0.130 0.260 0.286 0.200 0.050 83 V 0.005 0.007 0.010 0.026 0.111 0.482 0.359 84 L 0.006 0.009 0.020 0.055 0.100 0.323 0.486 85 L 0.006 0.010 0.018 0.049 0.085 0.283 0.548 86 L 0.011 0.018 0.039 0.085 0.168 0.335 0.343 87 R 0.019 0.041 0.064 0.115 0.227 0.354 0.181 88 D 0.079 0.145 0.152 0.197 0.208 0.167 0.052 89 G 0.144 0.160 0.147 0.194 0.193 0.137 0.025 90 R 0.185 0.238 0.217 0.179 0.117 0.057 0.007 91 V 0.160 0.139 0.183 0.232 0.183 0.092 0.011 92 P 0.379 0.289 0.170 0.100 0.047 0.014 0.001 93 Q 0.669 0.241 0.058 0.022 0.007 0.002 0.001 94 D 0.446 0.302 0.132 0.080 0.032 0.008 0.001 95 E 0.146 0.181 0.206 0.235 0.159 0.067 0.006 96 F 0.076 0.138 0.247 0.284 0.184 0.069 0.004 97 A 0.260 0.367 0.224 0.101 0.037 0.010 0.001 98 L 0.063 0.111 0.200 0.293 0.237 0.088 0.009 99 A 0.039 0.064 0.090 0.162 0.336 0.279 0.030 100 L 0.083 0.217 0.319 0.253 0.098 0.027 0.001 101 E 0.262 0.401 0.203 0.097 0.029 0.007 0.001 102 A 0.062 0.161 0.288 0.319 0.137 0.032 0.001 103 L 0.056 0.065 0.170 0.297 0.316 0.094 0.002 104 A 0.481 0.402 0.085 0.024 0.007 0.001 0.001 105 R 0.593 0.313 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 106 E 0.361 0.301 0.195 0.111 0.028 0.004 0.001 107 G 0.400 0.412 0.138 0.039 0.010 0.002 0.001 108 I 0.063 0.123 0.256 0.330 0.192 0.033 0.002 109 A 0.055 0.249 0.310 0.237 0.113 0.034 0.002 110 Y 0.009 0.026 0.061 0.171 0.335 0.357 0.041 111 D 0.010 0.066 0.171 0.313 0.276 0.149 0.015 112 L 0.003 0.010 0.028 0.077 0.195 0.472 0.214 113 V 0.001 0.003 0.007 0.020 0.097 0.463 0.410 114 S 0.006 0.031 0.084 0.195 0.249 0.284 0.151 115 V 0.004 0.015 0.032 0.080 0.211 0.426 0.230 116 R 0.014 0.051 0.110 0.188 0.304 0.278 0.056 117 K 0.043 0.108 0.163 0.246 0.272 0.148 0.021 118 S 0.163 0.263 0.231 0.165 0.114 0.056 0.008 119 G 0.150 0.156 0.184 0.232 0.165 0.096 0.017 120 G 0.224 0.231 0.205 0.163 0.104 0.060 0.013 121 G 0.195 0.198 0.184 0.193 0.142 0.075 0.013 122 R 0.107 0.163 0.196 0.225 0.190 0.102 0.017 123 V 0.073 0.069 0.076 0.132 0.217 0.334 0.100 124 Y 0.054 0.102 0.163 0.263 0.246 0.146 0.026 125 P 0.117 0.188 0.232 0.234 0.155 0.065 0.008 126 V 0.145 0.209 0.199 0.220 0.159 0.062 0.006 127 Q 0.358 0.337 0.160 0.090 0.039 0.015 0.002 128 G 0.237 0.239 0.258 0.189 0.056 0.018 0.002 129 R 0.243 0.319 0.248 0.129 0.046 0.015 0.001 130 L 0.085 0.080 0.111 0.238 0.276 0.184 0.026 131 A 0.059 0.118 0.199 0.267 0.215 0.128 0.013 132 D 0.142 0.262 0.250 0.201 0.093 0.046 0.006 133 G 0.172 0.276 0.212 0.174 0.116 0.044 0.007 134 L 0.038 0.100 0.124 0.231 0.326 0.163 0.018 135 Y 0.032 0.109 0.189 0.261 0.242 0.151 0.016 136 V 0.033 0.063 0.115 0.211 0.278 0.261 0.040 137 P 0.061 0.188 0.276 0.252 0.161 0.057 0.005 138 L 0.055 0.112 0.205 0.308 0.243 0.072 0.004 139 E 0.316 0.373 0.168 0.085 0.047 0.011 0.001 140 D 0.305 0.327 0.182 0.124 0.047 0.013 0.001 141 K 0.163 0.259 0.291 0.189 0.074 0.022 0.002 142 T 0.070 0.177 0.278 0.311 0.119 0.042 0.003 143 F 0.019 0.065 0.162 0.286 0.282 0.171 0.016 144 L 0.013 0.015 0.025 0.067 0.184 0.497 0.200 145 L 0.009 0.020 0.037 0.088 0.177 0.419 0.250 146 L 0.013 0.026 0.050 0.111 0.209 0.325 0.266 147 T 0.011 0.027 0.049 0.074 0.171 0.388 0.281 148 V 0.023 0.061 0.112 0.207 0.249 0.254 0.093 149 H 0.075 0.140 0.180 0.228 0.210 0.137 0.029 150 R 0.202 0.236 0.217 0.175 0.112 0.051 0.007 151 D 0.380 0.313 0.138 0.088 0.048 0.027 0.005 152 F 0.114 0.116 0.168 0.231 0.232 0.120 0.020 153 R 0.235 0.251 0.205 0.166 0.085 0.051 0.008 154 G 0.179 0.151 0.147 0.165 0.166 0.150 0.042 155 T 0.110 0.096 0.107 0.165 0.190 0.223 0.109 156 P 0.109 0.111 0.130 0.164 0.202 0.197 0.087 157 R 0.129 0.185 0.177 0.166 0.154 0.129 0.060 158 P 0.075 0.102 0.120 0.165 0.195 0.216 0.126 159 L 0.040 0.049 0.074 0.138 0.237 0.312 0.150 160 K 0.070 0.155 0.198 0.225 0.182 0.130 0.040 161 L 0.033 0.057 0.086 0.163 0.299 0.293 0.070 162 V 0.048 0.116 0.162 0.223 0.262 0.167 0.022 163 H 0.074 0.156 0.219 0.255 0.204 0.085 0.007 164 E 0.133 0.206 0.247 0.226 0.137 0.048 0.003 165 A 0.244 0.209 0.242 0.199 0.081 0.024 0.001 166 G 0.494 0.257 0.136 0.077 0.028 0.008 0.001 167 D 0.563 0.255 0.115 0.050 0.014 0.003 0.001 168 T 0.499 0.253 0.133 0.081 0.028 0.006 0.001 169 P 0.451 0.324 0.132 0.062 0.024 0.007 0.001 170 L 0.156 0.174 0.227 0.253 0.141 0.045 0.003 171 E 0.391 0.363 0.155 0.061 0.024 0.006 0.001 172 A 0.127 0.260 0.284 0.222 0.084 0.020 0.002 173 L 0.031 0.051 0.086 0.171 0.341 0.275 0.045 174 A 0.021 0.067 0.138 0.295 0.263 0.194 0.022 175 H 0.101 0.231 0.262 0.213 0.122 0.063 0.009 176 Q 0.024 0.078 0.172 0.264 0.261 0.165 0.037 177 I 0.005 0.014 0.025 0.063 0.202 0.469 0.222 178 F 0.008 0.025 0.065 0.157 0.287 0.335 0.123 179 H 0.034 0.135 0.235 0.258 0.160 0.125 0.054 180 L 0.007 0.009 0.020 0.068 0.181 0.410 0.305 181 T 0.006 0.012 0.018 0.039 0.137 0.424 0.365 182 R 0.023 0.055 0.103 0.177 0.181 0.230 0.231 183 L 0.020 0.024 0.027 0.058 0.118 0.318 0.435 184 Y 0.025 0.035 0.041 0.081 0.137 0.306 0.374 185 P 0.046 0.047 0.052 0.099 0.168 0.284 0.304 186 A 0.071 0.105 0.097 0.136 0.159 0.231 0.202 187 S 0.095 0.078 0.078 0.133 0.151 0.233 0.232 188 G 0.096 0.084 0.079 0.126 0.163 0.233 0.219 189 F 0.121 0.147 0.157 0.171 0.151 0.145 0.108 190 A 0.083 0.091 0.097 0.132 0.184 0.240 0.173 191 F 0.073 0.110 0.124 0.163 0.175 0.192 0.163 192 P 0.038 0.041 0.047 0.094 0.180 0.332 0.267 193 R 0.042 0.086 0.116 0.162 0.197 0.229 0.169 194 L 0.011 0.017 0.025 0.058 0.152 0.382 0.354 195 P 0.017 0.033 0.051 0.105 0.185 0.318 0.290 196 A 0.006 0.010 0.018 0.041 0.126 0.361 0.439 197 P 0.005 0.010 0.017 0.036 0.083 0.266 0.583 198 L 0.003 0.006 0.013 0.032 0.105 0.348 0.495 199 H 0.009 0.033 0.084 0.155 0.223 0.264 0.233 200 L 0.003 0.007 0.018 0.038 0.149 0.362 0.423 201 A 0.001 0.002 0.004 0.013 0.051 0.332 0.597 202 D 0.007 0.036 0.117 0.225 0.262 0.257 0.095 203 R 0.009 0.051 0.193 0.299 0.219 0.170 0.060 204 L 0.002 0.006 0.013 0.037 0.155 0.544 0.243 205 V 0.006 0.016 0.035 0.137 0.269 0.401 0.135 206 K 0.048 0.203 0.290 0.243 0.138 0.069 0.009 207 E 0.029 0.101 0.191 0.301 0.246 0.117 0.014 208 V 0.018 0.030 0.048 0.125 0.283 0.425 0.070 209 G 0.073 0.176 0.249 0.269 0.172 0.057 0.004 210 R 0.223 0.337 0.226 0.136 0.055 0.022 0.002 211 L 0.105 0.126 0.193 0.270 0.215 0.084 0.006 212 G 0.168 0.185 0.196 0.214 0.168 0.065 0.004 213 I 0.309 0.294 0.206 0.117 0.057 0.016 0.001 214 R 0.529 0.283 0.112 0.053 0.019 0.004 0.001 215 H 0.504 0.283 0.117 0.065 0.025 0.007 0.001 216 L 0.319 0.205 0.203 0.170 0.080 0.022 0.001 217 K 0.463 0.272 0.146 0.078 0.033 0.008 0.001 218 E 0.509 0.315 0.111 0.045 0.016 0.004 0.001 219 V 0.232 0.183 0.212 0.218 0.117 0.035 0.003 220 D 0.278 0.247 0.226 0.151 0.071 0.025 0.002 221 R 0.275 0.236 0.231 0.169 0.063 0.023 0.003 222 E 0.438 0.279 0.143 0.085 0.040 0.014 0.002 223 K 0.153 0.227 0.229 0.226 0.109 0.050 0.006 224 L 0.102 0.095 0.125 0.214 0.234 0.193 0.037 225 F 0.109 0.123 0.161 0.248 0.186 0.142 0.031 226 F 0.141 0.122 0.151 0.206 0.185 0.154 0.042 227 V 0.205 0.155 0.162 0.183 0.144 0.118 0.032