# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 428 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.662 0.212 0.068 0.035 0.016 0.006 0.001 2 L 0.377 0.227 0.193 0.130 0.048 0.020 0.004 3 Q 0.157 0.196 0.247 0.224 0.111 0.056 0.008 4 V 0.127 0.184 0.208 0.215 0.155 0.094 0.018 5 V 0.061 0.071 0.107 0.178 0.284 0.248 0.051 6 A 0.079 0.169 0.224 0.241 0.164 0.103 0.021 7 L 0.062 0.071 0.095 0.183 0.270 0.265 0.054 8 S 0.159 0.296 0.246 0.173 0.089 0.034 0.004 9 G 0.157 0.213 0.224 0.220 0.130 0.050 0.005 10 A 0.190 0.261 0.220 0.175 0.114 0.037 0.004 11 Y 0.135 0.204 0.236 0.232 0.139 0.048 0.005 12 P 0.182 0.300 0.239 0.151 0.091 0.032 0.004 13 A 0.106 0.226 0.217 0.232 0.153 0.060 0.006 14 E 0.008 0.038 0.122 0.257 0.346 0.201 0.029 15 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.092 0.578 0.313 16 A 0.001 0.001 0.006 0.024 0.078 0.338 0.554 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.143 0.848 18 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.098 0.886 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.134 0.859 20 D 0.001 0.007 0.017 0.043 0.116 0.327 0.489 21 A 0.003 0.010 0.024 0.085 0.208 0.464 0.206 22 G 0.011 0.044 0.082 0.190 0.307 0.314 0.053 23 G 0.043 0.096 0.191 0.231 0.259 0.162 0.017 24 R 0.329 0.349 0.175 0.094 0.037 0.014 0.002 25 E 0.465 0.299 0.129 0.069 0.027 0.010 0.002 26 S 0.240 0.241 0.181 0.166 0.111 0.050 0.011 27 F 0.044 0.084 0.133 0.217 0.291 0.196 0.035 28 R 0.023 0.065 0.113 0.189 0.248 0.271 0.090 29 F 0.007 0.011 0.030 0.073 0.170 0.361 0.347 30 G 0.001 0.002 0.006 0.013 0.058 0.277 0.643 31 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.026 0.153 0.809 32 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.116 0.861 33 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.192 0.768 34 C 0.002 0.005 0.009 0.033 0.111 0.321 0.519 35 A 0.005 0.019 0.030 0.086 0.186 0.398 0.276 36 V 0.010 0.035 0.071 0.163 0.294 0.320 0.106 37 G 0.054 0.140 0.208 0.261 0.175 0.127 0.034 38 G 0.137 0.185 0.269 0.221 0.117 0.059 0.012 39 D 0.252 0.256 0.217 0.159 0.067 0.038 0.010 40 G 0.115 0.129 0.147 0.213 0.205 0.154 0.038 41 G 0.079 0.126 0.151 0.226 0.216 0.168 0.034 42 H 0.085 0.195 0.218 0.222 0.151 0.104 0.025 43 L 0.034 0.063 0.089 0.173 0.275 0.272 0.094 44 L 0.026 0.061 0.086 0.182 0.243 0.298 0.104 45 W 0.032 0.070 0.132 0.225 0.237 0.233 0.071 46 T 0.062 0.166 0.221 0.250 0.174 0.100 0.027 47 L 0.031 0.056 0.084 0.186 0.292 0.290 0.062 48 P 0.061 0.110 0.163 0.242 0.240 0.161 0.024 49 E 0.152 0.277 0.246 0.182 0.092 0.046 0.005 50 A 0.097 0.130 0.198 0.261 0.217 0.090 0.007 51 Q 0.245 0.256 0.219 0.167 0.088 0.023 0.001 52 A 0.556 0.290 0.094 0.040 0.015 0.004 0.001 53 G 0.511 0.229 0.141 0.084 0.028 0.007 0.001 54 E 0.575 0.261 0.099 0.045 0.017 0.004 0.001 55 R 0.512 0.332 0.105 0.038 0.011 0.002 0.001 56 I 0.150 0.224 0.253 0.226 0.119 0.027 0.002 57 P 0.076 0.140 0.207 0.250 0.214 0.105 0.008 58 Q 0.061 0.138 0.251 0.280 0.188 0.077 0.005 59 E 0.238 0.373 0.241 0.106 0.034 0.008 0.001 60 V 0.033 0.116 0.256 0.315 0.219 0.055 0.006 61 V 0.009 0.017 0.026 0.071 0.285 0.488 0.105 62 W 0.012 0.089 0.259 0.371 0.190 0.075 0.004 63 D 0.121 0.396 0.268 0.155 0.046 0.013 0.001 64 L 0.003 0.016 0.069 0.194 0.411 0.271 0.035 65 L 0.002 0.010 0.021 0.064 0.279 0.516 0.108 66 E 0.020 0.172 0.353 0.303 0.114 0.036 0.003 67 E 0.044 0.244 0.341 0.282 0.072 0.016 0.001 68 T 0.004 0.018 0.056 0.180 0.407 0.316 0.020 69 L 0.006 0.021 0.051 0.158 0.401 0.335 0.027 70 W 0.045 0.260 0.375 0.213 0.082 0.024 0.001 71 A 0.075 0.232 0.294 0.271 0.104 0.022 0.001 72 F 0.019 0.037 0.083 0.188 0.373 0.283 0.017 73 R 0.096 0.200 0.299 0.256 0.124 0.024 0.001 74 R 0.425 0.389 0.129 0.043 0.012 0.003 0.001 75 K 0.371 0.298 0.170 0.116 0.037 0.007 0.001 76 A 0.323 0.228 0.204 0.151 0.074 0.020 0.001 77 G 0.486 0.316 0.134 0.048 0.013 0.003 0.001 78 R 0.324 0.347 0.193 0.094 0.035 0.007 0.001 79 L 0.063 0.131 0.198 0.273 0.244 0.082 0.008 80 P 0.030 0.096 0.183 0.284 0.251 0.139 0.016 81 S 0.076 0.220 0.235 0.228 0.158 0.074 0.009 82 R 0.012 0.046 0.135 0.280 0.298 0.196 0.034 83 V 0.002 0.005 0.010 0.029 0.129 0.525 0.300 84 L 0.003 0.006 0.016 0.053 0.098 0.348 0.476 85 L 0.004 0.009 0.020 0.061 0.104 0.304 0.498 86 L 0.007 0.016 0.040 0.090 0.189 0.344 0.314 87 R 0.016 0.042 0.075 0.128 0.215 0.351 0.172 88 D 0.078 0.161 0.161 0.211 0.198 0.152 0.039 89 G 0.165 0.233 0.164 0.164 0.160 0.099 0.014 90 R 0.091 0.172 0.216 0.238 0.183 0.089 0.011 91 V 0.078 0.094 0.155 0.236 0.269 0.147 0.021 92 P 0.173 0.252 0.231 0.177 0.118 0.046 0.004 93 Q 0.469 0.333 0.124 0.050 0.020 0.005 0.001 94 D 0.230 0.339 0.214 0.150 0.055 0.011 0.001 95 E 0.030 0.069 0.118 0.213 0.307 0.235 0.028 96 F 0.014 0.044 0.127 0.272 0.349 0.181 0.013 97 A 0.209 0.451 0.220 0.083 0.029 0.007 0.001 98 L 0.025 0.090 0.253 0.369 0.205 0.052 0.005 99 A 0.005 0.011 0.017 0.041 0.244 0.585 0.098 100 L 0.020 0.117 0.334 0.370 0.131 0.027 0.001 101 E 0.173 0.515 0.211 0.077 0.018 0.004 0.001 102 A 0.014 0.058 0.201 0.412 0.259 0.055 0.001 103 L 0.033 0.059 0.192 0.332 0.317 0.066 0.001 104 A 0.522 0.409 0.056 0.011 0.003 0.001 0.001 105 R 0.631 0.308 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 106 E 0.314 0.314 0.219 0.125 0.025 0.003 0.001 107 G 0.268 0.507 0.165 0.044 0.014 0.003 0.001 108 I 0.020 0.071 0.173 0.370 0.302 0.060 0.004 109 A 0.007 0.093 0.293 0.339 0.200 0.064 0.003 110 Y 0.001 0.006 0.013 0.053 0.222 0.575 0.130 111 D 0.001 0.012 0.081 0.275 0.322 0.264 0.045 112 L 0.001 0.001 0.003 0.013 0.062 0.426 0.495 113 V 0.001 0.001 0.005 0.016 0.070 0.346 0.561 114 S 0.001 0.004 0.010 0.033 0.101 0.341 0.509 115 V 0.002 0.009 0.021 0.055 0.153 0.388 0.372 116 R 0.013 0.049 0.086 0.170 0.269 0.307 0.106 117 K 0.027 0.071 0.107 0.189 0.320 0.238 0.047 118 S 0.147 0.215 0.189 0.169 0.151 0.105 0.024 119 G 0.148 0.153 0.178 0.217 0.158 0.115 0.030 120 G 0.261 0.212 0.184 0.157 0.093 0.069 0.024 121 G 0.259 0.164 0.141 0.164 0.142 0.102 0.028 122 R 0.203 0.203 0.181 0.172 0.130 0.087 0.024 123 V 0.116 0.091 0.099 0.168 0.206 0.241 0.079 124 Y 0.099 0.121 0.158 0.230 0.212 0.146 0.033 125 P 0.208 0.219 0.198 0.188 0.118 0.057 0.011 126 V 0.259 0.266 0.187 0.147 0.093 0.040 0.007 127 Q 0.244 0.265 0.196 0.164 0.083 0.041 0.008 128 G 0.201 0.215 0.205 0.186 0.125 0.059 0.009 129 R 0.173 0.264 0.230 0.187 0.098 0.042 0.006 130 L 0.053 0.085 0.157 0.246 0.263 0.166 0.031 131 A 0.043 0.068 0.105 0.209 0.275 0.241 0.059 132 D 0.085 0.208 0.243 0.228 0.151 0.073 0.011 133 G 0.126 0.236 0.230 0.223 0.121 0.056 0.008 134 L 0.052 0.132 0.189 0.266 0.234 0.115 0.012 135 Y 0.028 0.048 0.085 0.185 0.282 0.320 0.053 136 V 0.033 0.075 0.148 0.242 0.284 0.187 0.031 137 P 0.108 0.248 0.283 0.221 0.105 0.032 0.003 138 L 0.108 0.210 0.242 0.239 0.160 0.039 0.002 139 E 0.356 0.355 0.154 0.083 0.040 0.010 0.001 140 D 0.202 0.311 0.244 0.145 0.071 0.024 0.003 141 K 0.040 0.122 0.254 0.355 0.166 0.057 0.005 142 T 0.014 0.074 0.221 0.350 0.228 0.104 0.009 143 F 0.001 0.002 0.005 0.014 0.114 0.625 0.239 144 L 0.002 0.008 0.028 0.092 0.175 0.422 0.274 145 L 0.001 0.002 0.003 0.010 0.042 0.312 0.631 146 L 0.002 0.006 0.020 0.050 0.143 0.322 0.458 147 T 0.002 0.008 0.015 0.031 0.130 0.408 0.406 148 V 0.014 0.055 0.088 0.161 0.228 0.304 0.149 149 H 0.046 0.101 0.140 0.204 0.242 0.210 0.057 150 R 0.132 0.189 0.221 0.205 0.146 0.091 0.016 151 D 0.249 0.263 0.185 0.139 0.089 0.059 0.016 152 F 0.114 0.098 0.141 0.210 0.247 0.153 0.037 153 R 0.257 0.262 0.193 0.148 0.081 0.049 0.010 154 G 0.167 0.152 0.136 0.158 0.179 0.163 0.046 155 T 0.101 0.119 0.131 0.186 0.188 0.195 0.081 156 P 0.073 0.094 0.141 0.188 0.236 0.194 0.074 157 R 0.061 0.143 0.200 0.200 0.190 0.142 0.063 158 P 0.019 0.048 0.073 0.122 0.238 0.319 0.182 159 L 0.004 0.014 0.034 0.095 0.276 0.432 0.145 160 K 0.009 0.056 0.151 0.253 0.270 0.218 0.044 161 L 0.002 0.006 0.016 0.044 0.193 0.548 0.191 162 V 0.003 0.015 0.042 0.119 0.298 0.428 0.094 163 H 0.022 0.091 0.246 0.324 0.220 0.090 0.008 164 E 0.135 0.336 0.277 0.176 0.063 0.013 0.001 165 A 0.395 0.319 0.151 0.094 0.033 0.008 0.001 166 G 0.335 0.261 0.199 0.134 0.060 0.011 0.001 167 D 0.538 0.332 0.103 0.023 0.004 0.001 0.001 168 T 0.210 0.220 0.267 0.215 0.077 0.010 0.001 169 P 0.408 0.387 0.133 0.051 0.018 0.003 0.001 170 L 0.077 0.139 0.235 0.340 0.158 0.050 0.002 171 E 0.419 0.400 0.120 0.042 0.016 0.003 0.001 172 A 0.090 0.245 0.311 0.245 0.087 0.019 0.002 173 L 0.029 0.043 0.074 0.170 0.370 0.265 0.048 174 A 0.022 0.095 0.195 0.330 0.223 0.124 0.012 175 H 0.103 0.224 0.256 0.218 0.118 0.068 0.013 176 Q 0.015 0.040 0.093 0.187 0.287 0.293 0.085 177 I 0.009 0.022 0.038 0.090 0.222 0.389 0.229 178 F 0.013 0.031 0.070 0.129 0.238 0.330 0.191 179 H 0.031 0.103 0.199 0.241 0.182 0.148 0.094 180 L 0.009 0.010 0.018 0.054 0.141 0.379 0.390 181 T 0.007 0.014 0.021 0.042 0.123 0.366 0.427 182 R 0.021 0.042 0.073 0.130 0.171 0.254 0.309 183 L 0.017 0.021 0.021 0.044 0.099 0.318 0.480 184 Y 0.020 0.027 0.031 0.064 0.119 0.301 0.438 185 P 0.036 0.042 0.043 0.079 0.140 0.283 0.377 186 A 0.057 0.081 0.088 0.131 0.159 0.249 0.234 187 S 0.087 0.103 0.104 0.144 0.154 0.211 0.197 188 G 0.075 0.074 0.072 0.111 0.163 0.257 0.247 189 F 0.098 0.100 0.101 0.136 0.176 0.208 0.182 190 A 0.085 0.119 0.126 0.152 0.167 0.201 0.150 191 F 0.057 0.074 0.081 0.123 0.176 0.253 0.236 192 P 0.042 0.046 0.057 0.108 0.178 0.301 0.267 193 R 0.061 0.106 0.128 0.156 0.179 0.205 0.165 194 L 0.012 0.022 0.034 0.072 0.170 0.356 0.334 195 P 0.015 0.028 0.043 0.090 0.186 0.341 0.298 196 A 0.009 0.020 0.037 0.071 0.170 0.342 0.351 197 P 0.003 0.007 0.013 0.031 0.085 0.291 0.569 198 L 0.002 0.004 0.011 0.028 0.103 0.356 0.495 199 H 0.005 0.021 0.066 0.134 0.229 0.288 0.257 200 L 0.002 0.005 0.016 0.035 0.147 0.353 0.442 201 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.036 0.321 0.634 202 D 0.004 0.027 0.111 0.235 0.267 0.261 0.095 203 R 0.005 0.044 0.203 0.326 0.215 0.155 0.053 204 L 0.001 0.002 0.006 0.022 0.136 0.581 0.252 205 V 0.002 0.008 0.022 0.100 0.268 0.462 0.138 206 K 0.027 0.181 0.294 0.265 0.150 0.073 0.009 207 E 0.011 0.059 0.172 0.328 0.286 0.127 0.017 208 V 0.005 0.010 0.018 0.055 0.212 0.563 0.137 209 G 0.030 0.120 0.245 0.329 0.199 0.071 0.006 210 R 0.146 0.346 0.261 0.162 0.058 0.025 0.002 211 L 0.039 0.080 0.158 0.295 0.291 0.126 0.010 212 G 0.058 0.081 0.122 0.221 0.308 0.193 0.017 213 I 0.158 0.269 0.268 0.181 0.095 0.027 0.002 214 R 0.444 0.369 0.119 0.047 0.016 0.004 0.001 215 H 0.251 0.270 0.213 0.174 0.073 0.018 0.001 216 L 0.184 0.154 0.224 0.245 0.151 0.040 0.002 217 K 0.500 0.287 0.130 0.057 0.021 0.005 0.001 218 E 0.605 0.274 0.083 0.029 0.008 0.002 0.001 219 V 0.386 0.253 0.181 0.127 0.043 0.010 0.001 220 D 0.395 0.241 0.195 0.115 0.042 0.012 0.001 221 R 0.499 0.233 0.156 0.081 0.024 0.007 0.001 222 E 0.670 0.236 0.061 0.022 0.008 0.002 0.001 223 K 0.277 0.293 0.198 0.149 0.059 0.021 0.003 224 L 0.111 0.138 0.178 0.235 0.215 0.110 0.012 225 F 0.113 0.177 0.212 0.236 0.152 0.096 0.013 226 F 0.144 0.125 0.158 0.201 0.182 0.153 0.038 227 V 0.164 0.118 0.141 0.191 0.170 0.166 0.050