# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 427 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.011 0.007 0.024 0.033 0.051 0.147 0.028 0.698 2 L 0.014 0.010 0.026 0.049 0.082 0.130 0.032 0.657 3 Q 0.028 0.032 0.084 0.169 0.192 0.094 0.081 0.321 4 V 0.029 0.013 0.061 0.078 0.125 0.089 0.069 0.535 5 V 0.019 0.015 0.126 0.202 0.245 0.063 0.086 0.244 6 A 0.049 0.009 0.105 0.097 0.182 0.079 0.040 0.439 7 L 0.057 0.009 0.094 0.123 0.150 0.074 0.051 0.442 8 S 0.072 0.005 0.045 0.033 0.061 0.095 0.042 0.646 9 G 0.029 0.003 0.040 0.032 0.055 0.119 0.039 0.684 10 A 0.014 0.001 0.023 0.010 0.014 0.112 0.016 0.809 11 Y 0.187 0.010 0.017 0.012 0.012 0.111 0.047 0.605 12 P 0.068 0.012 0.022 0.007 0.010 0.143 0.058 0.680 13 A 0.005 0.017 0.220 0.028 0.054 0.147 0.095 0.435 14 E 0.002 0.007 0.313 0.064 0.151 0.079 0.067 0.318 15 L 0.001 0.003 0.698 0.113 0.124 0.013 0.018 0.031 16 A 0.001 0.002 0.724 0.065 0.124 0.013 0.019 0.053 17 V 0.002 0.003 0.741 0.088 0.087 0.012 0.033 0.034 18 G 0.015 0.006 0.519 0.069 0.134 0.042 0.046 0.168 19 F 0.038 0.011 0.371 0.090 0.099 0.073 0.069 0.248 20 D 0.089 0.019 0.151 0.038 0.092 0.120 0.085 0.406 21 A 0.042 0.007 0.086 0.030 0.057 0.167 0.055 0.556 22 G 0.031 0.004 0.063 0.026 0.051 0.161 0.079 0.585 23 G 0.071 0.006 0.023 0.012 0.019 0.151 0.058 0.659 24 R 0.120 0.013 0.010 0.008 0.010 0.130 0.059 0.650 25 E 0.055 0.019 0.010 0.006 0.013 0.151 0.044 0.702 26 S 0.027 0.035 0.008 0.011 0.020 0.152 0.051 0.697 27 F 0.018 0.044 0.026 0.037 0.066 0.165 0.122 0.521 28 R 0.018 0.129 0.080 0.138 0.192 0.077 0.157 0.208 29 F 0.023 0.074 0.087 0.107 0.318 0.071 0.088 0.234 30 G 0.006 0.042 0.119 0.209 0.348 0.055 0.063 0.157 31 G 0.006 0.030 0.094 0.185 0.511 0.025 0.074 0.075 32 A 0.009 0.027 0.105 0.299 0.398 0.024 0.070 0.068 33 A 0.007 0.013 0.100 0.301 0.343 0.038 0.063 0.136 34 C 0.014 0.007 0.095 0.272 0.359 0.044 0.049 0.157 35 A 0.030 0.004 0.081 0.158 0.344 0.073 0.068 0.241 36 V 0.033 0.003 0.065 0.073 0.104 0.115 0.042 0.565 37 G 0.143 0.006 0.012 0.023 0.034 0.101 0.064 0.616 38 G 0.071 0.005 0.013 0.017 0.025 0.121 0.041 0.707 39 D 0.046 0.010 0.012 0.029 0.051 0.105 0.031 0.718 40 G 0.031 0.007 0.013 0.036 0.077 0.119 0.024 0.693 41 G 0.025 0.013 0.036 0.165 0.264 0.091 0.050 0.354 42 H 0.017 0.007 0.048 0.180 0.352 0.071 0.093 0.232 43 L 0.020 0.009 0.059 0.224 0.367 0.059 0.049 0.213 44 L 0.016 0.005 0.037 0.182 0.366 0.067 0.038 0.288 45 W 0.005 0.009 0.078 0.249 0.384 0.058 0.030 0.187 46 T 0.027 0.031 0.031 0.172 0.211 0.087 0.055 0.387 47 L 0.073 0.048 0.034 0.200 0.146 0.075 0.095 0.328 48 P 0.123 0.043 0.027 0.113 0.170 0.076 0.072 0.376 49 E 0.066 0.012 0.029 0.065 0.096 0.091 0.077 0.565 50 A 0.243 0.007 0.009 0.044 0.048 0.071 0.027 0.552 51 Q 0.433 0.013 0.009 0.014 0.034 0.050 0.026 0.421 52 A 0.029 0.005 0.008 0.008 0.014 0.093 0.010 0.833 53 G 0.068 0.014 0.007 0.016 0.034 0.099 0.050 0.711 54 E 0.007 0.014 0.025 0.090 0.062 0.135 0.028 0.639 55 R 0.024 0.031 0.027 0.031 0.046 0.080 0.022 0.739 56 I 0.061 0.244 0.030 0.041 0.027 0.071 0.119 0.407 57 P 0.133 0.611 0.012 0.004 0.006 0.018 0.119 0.098 58 Q 0.024 0.817 0.004 0.004 0.002 0.008 0.086 0.055 59 E 0.013 0.881 0.004 0.002 0.002 0.004 0.048 0.046 60 V 0.012 0.924 0.003 0.001 0.001 0.004 0.028 0.027 61 V 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 62 W 0.021 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.012 63 D 0.035 0.826 0.002 0.001 0.001 0.005 0.103 0.029 64 L 0.002 0.061 0.009 0.001 0.001 0.014 0.881 0.032 65 L 0.001 0.907 0.003 0.001 0.001 0.006 0.067 0.015 66 E 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.010 67 E 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.017 68 T 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 69 L 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 70 W 0.006 0.894 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.013 71 A 0.006 0.809 0.005 0.002 0.002 0.010 0.093 0.074 72 F 0.048 0.477 0.093 0.011 0.013 0.027 0.260 0.071 73 R 0.206 0.034 0.128 0.025 0.011 0.045 0.332 0.219 74 R 0.356 0.003 0.007 0.003 0.002 0.030 0.011 0.588 75 K 0.282 0.003 0.015 0.002 0.004 0.043 0.014 0.637 76 A 0.008 0.001 0.010 0.001 0.002 0.080 0.005 0.893 77 G 0.004 0.001 0.004 0.002 0.004 0.098 0.006 0.882 78 R 0.007 0.001 0.037 0.021 0.018 0.155 0.016 0.746 79 L 0.083 0.006 0.064 0.020 0.016 0.132 0.035 0.644 80 P 0.026 0.006 0.051 0.015 0.018 0.123 0.047 0.714 81 S 0.001 0.003 0.560 0.028 0.081 0.065 0.074 0.188 82 R 0.001 0.002 0.536 0.126 0.237 0.012 0.054 0.033 83 V 0.001 0.001 0.419 0.273 0.242 0.008 0.012 0.045 84 L 0.001 0.001 0.583 0.257 0.140 0.002 0.015 0.003 85 L 0.002 0.001 0.388 0.231 0.264 0.012 0.037 0.066 86 L 0.068 0.001 0.497 0.090 0.152 0.034 0.057 0.101 87 R 0.331 0.002 0.118 0.022 0.037 0.094 0.040 0.356 88 D 0.007 0.001 0.011 0.007 0.012 0.111 0.009 0.843 89 G 0.005 0.004 0.026 0.025 0.042 0.147 0.025 0.726 90 R 0.013 0.009 0.022 0.068 0.034 0.120 0.040 0.695 91 V 0.092 0.130 0.037 0.063 0.035 0.086 0.130 0.429 92 P 0.118 0.522 0.006 0.014 0.016 0.029 0.071 0.225 93 Q 0.052 0.725 0.004 0.013 0.010 0.018 0.066 0.112 94 D 0.014 0.799 0.007 0.008 0.015 0.011 0.074 0.071 95 E 0.008 0.944 0.002 0.002 0.003 0.002 0.028 0.011 96 F 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 97 A 0.005 0.938 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.008 98 L 0.010 0.879 0.002 0.001 0.001 0.002 0.092 0.015 99 A 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 100 L 0.033 0.897 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.026 101 E 0.063 0.793 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.111 102 A 0.056 0.602 0.014 0.002 0.002 0.028 0.104 0.192 103 L 0.426 0.064 0.034 0.003 0.001 0.040 0.225 0.207 104 A 0.638 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.332 105 R 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.003 0.940 106 E 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 0.069 0.005 0.903 107 G 0.104 0.002 0.008 0.001 0.001 0.074 0.011 0.799 108 I 0.021 0.001 0.048 0.001 0.002 0.093 0.018 0.816 109 A 0.001 0.001 0.463 0.005 0.013 0.107 0.048 0.361 110 Y 0.001 0.001 0.437 0.011 0.017 0.079 0.025 0.430 111 D 0.001 0.001 0.942 0.021 0.018 0.003 0.009 0.006 112 L 0.001 0.001 0.862 0.040 0.043 0.006 0.016 0.032 113 V 0.001 0.001 0.859 0.057 0.044 0.004 0.018 0.017 114 S 0.004 0.001 0.701 0.087 0.120 0.013 0.020 0.053 115 V 0.008 0.001 0.237 0.204 0.321 0.043 0.069 0.117 116 R 0.017 0.001 0.109 0.140 0.180 0.099 0.062 0.392 117 K 0.275 0.002 0.050 0.033 0.078 0.087 0.095 0.380 118 S 0.113 0.001 0.009 0.020 0.022 0.118 0.027 0.690 119 G 0.007 0.001 0.005 0.010 0.024 0.114 0.008 0.832 120 G 0.016 0.003 0.025 0.144 0.218 0.101 0.061 0.433 121 G 0.008 0.001 0.017 0.103 0.155 0.082 0.025 0.609 122 R 0.004 0.001 0.091 0.298 0.352 0.053 0.035 0.165 123 V 0.003 0.001 0.012 0.089 0.164 0.092 0.013 0.628 124 Y 0.010 0.001 0.069 0.245 0.307 0.077 0.061 0.230 125 P 0.135 0.002 0.027 0.063 0.092 0.106 0.062 0.514 126 V 0.130 0.007 0.035 0.042 0.075 0.123 0.109 0.479 127 Q 0.004 0.002 0.019 0.038 0.060 0.133 0.019 0.726 128 G 0.003 0.003 0.036 0.132 0.364 0.077 0.036 0.349 129 R 0.008 0.002 0.089 0.265 0.292 0.065 0.073 0.207 130 L 0.042 0.001 0.056 0.198 0.201 0.073 0.050 0.379 131 A 0.102 0.002 0.048 0.092 0.213 0.086 0.065 0.392 132 D 0.019 0.001 0.036 0.057 0.109 0.109 0.022 0.646 133 G 0.006 0.002 0.037 0.106 0.331 0.082 0.039 0.399 134 L 0.004 0.001 0.084 0.261 0.353 0.063 0.018 0.216 135 Y 0.002 0.001 0.023 0.196 0.169 0.079 0.011 0.519 136 V 0.006 0.001 0.115 0.178 0.245 0.071 0.031 0.352 137 P 0.341 0.012 0.030 0.058 0.092 0.062 0.113 0.292 138 L 0.152 0.002 0.014 0.022 0.022 0.120 0.090 0.578 139 E 0.061 0.011 0.016 0.021 0.040 0.117 0.043 0.691 140 D 0.110 0.013 0.010 0.017 0.055 0.117 0.044 0.633 141 K 0.015 0.021 0.021 0.102 0.120 0.168 0.038 0.514 142 T 0.016 0.031 0.026 0.121 0.440 0.076 0.061 0.229 143 F 0.005 0.013 0.041 0.218 0.427 0.053 0.053 0.190 144 L 0.003 0.020 0.100 0.353 0.394 0.021 0.069 0.039 145 L 0.005 0.015 0.069 0.353 0.329 0.034 0.059 0.135 146 L 0.012 0.028 0.114 0.335 0.293 0.037 0.061 0.120 147 T 0.050 0.035 0.066 0.175 0.220 0.078 0.092 0.284 148 V 0.073 0.056 0.071 0.099 0.143 0.098 0.100 0.361 149 H 0.122 0.057 0.035 0.053 0.079 0.117 0.104 0.432 150 R 0.084 0.034 0.033 0.052 0.070 0.108 0.090 0.530 151 D 0.137 0.019 0.023 0.035 0.059 0.100 0.067 0.560 152 F 0.056 0.008 0.030 0.033 0.065 0.127 0.057 0.624 153 R 0.015 0.004 0.039 0.038 0.083 0.128 0.034 0.658 154 G 0.022 0.003 0.027 0.040 0.079 0.144 0.037 0.649 155 T 0.025 0.006 0.042 0.078 0.085 0.159 0.066 0.539 156 P 0.044 0.003 0.022 0.025 0.044 0.124 0.035 0.704 157 R 0.034 0.017 0.070 0.069 0.102 0.143 0.089 0.477 158 P 0.005 0.005 0.055 0.043 0.115 0.134 0.038 0.605 159 L 0.002 0.008 0.094 0.214 0.325 0.063 0.064 0.230 160 K 0.001 0.006 0.122 0.370 0.348 0.022 0.053 0.077 161 L 0.003 0.003 0.184 0.317 0.333 0.019 0.026 0.114 162 V 0.007 0.002 0.116 0.365 0.358 0.022 0.044 0.087 163 H 0.052 0.001 0.149 0.171 0.218 0.055 0.048 0.305 164 E 0.395 0.002 0.042 0.030 0.038 0.063 0.032 0.397 165 A 0.091 0.002 0.030 0.004 0.011 0.094 0.055 0.713 166 G 0.008 0.003 0.016 0.009 0.013 0.110 0.014 0.828 167 D 0.005 0.003 0.003 0.008 0.007 0.097 0.010 0.867 168 T 0.009 0.050 0.026 0.025 0.020 0.093 0.027 0.751 169 P 0.058 0.839 0.002 0.002 0.002 0.007 0.054 0.036 170 L 0.025 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.011 171 E 0.010 0.728 0.004 0.002 0.002 0.004 0.232 0.019 172 A 0.005 0.874 0.003 0.002 0.005 0.005 0.077 0.029 173 L 0.012 0.945 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 0.005 174 A 0.007 0.907 0.004 0.004 0.002 0.005 0.052 0.018 175 H 0.014 0.811 0.006 0.004 0.005 0.009 0.105 0.046 176 Q 0.023 0.863 0.009 0.004 0.007 0.008 0.053 0.032 177 I 0.058 0.124 0.055 0.010 0.010 0.034 0.629 0.079 178 F 0.035 0.259 0.043 0.042 0.021 0.086 0.225 0.289 179 H 0.090 0.155 0.089 0.010 0.025 0.096 0.092 0.443 180 L 0.053 0.122 0.155 0.039 0.030 0.100 0.133 0.368 181 T 0.058 0.064 0.074 0.025 0.057 0.117 0.087 0.518 182 R 0.012 0.031 0.142 0.053 0.096 0.137 0.039 0.490 183 L 0.011 0.016 0.152 0.045 0.104 0.104 0.049 0.519 184 Y 0.114 0.048 0.110 0.080 0.070 0.092 0.271 0.216 185 P 0.313 0.023 0.030 0.016 0.020 0.091 0.088 0.419 186 A 0.091 0.015 0.035 0.012 0.029 0.108 0.052 0.657 187 S 0.028 0.012 0.028 0.012 0.026 0.126 0.026 0.744 188 G 0.039 0.009 0.013 0.034 0.043 0.154 0.035 0.673 189 F 0.040 0.013 0.037 0.060 0.084 0.136 0.058 0.571 190 A 0.090 0.009 0.023 0.039 0.068 0.092 0.033 0.645 191 F 0.079 0.007 0.023 0.041 0.060 0.122 0.067 0.602 192 P 0.025 0.008 0.063 0.051 0.074 0.121 0.041 0.616 193 R 0.051 0.012 0.035 0.027 0.054 0.106 0.067 0.649 194 L 0.020 0.038 0.053 0.071 0.043 0.141 0.050 0.585 195 P 0.039 0.033 0.024 0.021 0.028 0.099 0.036 0.720 196 A 0.026 0.247 0.065 0.066 0.048 0.066 0.140 0.343 197 P 0.039 0.577 0.052 0.012 0.036 0.027 0.077 0.180 198 L 0.024 0.663 0.037 0.035 0.022 0.022 0.108 0.091 199 H 0.018 0.782 0.024 0.018 0.015 0.011 0.082 0.051 200 L 0.028 0.899 0.006 0.002 0.005 0.004 0.035 0.022 201 A 0.014 0.947 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 0.009 202 D 0.021 0.869 0.003 0.002 0.002 0.006 0.073 0.025 203 R 0.020 0.878 0.002 0.001 0.002 0.007 0.037 0.053 204 L 0.024 0.873 0.005 0.001 0.001 0.007 0.061 0.028 205 V 0.046 0.565 0.015 0.006 0.002 0.030 0.246 0.089 206 K 0.088 0.615 0.005 0.003 0.002 0.022 0.058 0.207 207 E 0.169 0.325 0.017 0.003 0.004 0.045 0.077 0.361 208 V 0.111 0.318 0.039 0.008 0.006 0.075 0.109 0.333 209 G 0.125 0.229 0.024 0.005 0.011 0.080 0.049 0.475 210 R 0.087 0.127 0.027 0.010 0.016 0.089 0.049 0.596 211 L 0.051 0.176 0.073 0.027 0.048 0.091 0.119 0.416 212 G 0.100 0.185 0.074 0.026 0.035 0.090 0.086 0.405 213 I 0.188 0.161 0.032 0.025 0.026 0.073 0.071 0.424 214 R 0.096 0.152 0.034 0.022 0.034 0.070 0.042 0.550 215 H 0.187 0.188 0.020 0.014 0.023 0.064 0.047 0.456 216 L 0.208 0.148 0.016 0.018 0.023 0.074 0.090 0.423 217 K 0.124 0.093 0.014 0.021 0.029 0.066 0.047 0.606 218 E 0.127 0.047 0.019 0.019 0.040 0.087 0.092 0.569 219 V 0.069 0.031 0.024 0.040 0.039 0.099 0.055 0.643 220 D 0.453 0.032 0.013 0.010 0.024 0.055 0.042 0.372 221 R 0.162 0.035 0.015 0.024 0.028 0.093 0.040 0.604 222 E 0.044 0.019 0.027 0.026 0.075 0.115 0.035 0.659 223 K 0.031 0.022 0.055 0.113 0.223 0.100 0.071 0.386 224 L 0.017 0.010 0.079 0.151 0.296 0.076 0.048 0.324 225 F 0.013 0.012 0.128 0.226 0.335 0.056 0.041 0.188 226 F 0.016 0.010 0.089 0.188 0.250 0.075 0.047 0.326 227 V 0.037 0.012 0.087 0.225 0.212 0.068 0.068 0.290