# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 427 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.115 0.013 0.046 0.042 0.064 0.097 0.027 0.598 2 L 0.149 0.008 0.078 0.044 0.054 0.142 0.015 0.509 3 Q 0.035 0.006 0.088 0.156 0.153 0.129 0.004 0.430 4 V 0.006 0.002 0.035 0.032 0.094 0.030 0.001 0.801 5 V 0.019 0.005 0.103 0.212 0.324 0.054 0.001 0.282 6 A 0.023 0.009 0.120 0.103 0.207 0.065 0.002 0.471 7 L 0.032 0.011 0.125 0.211 0.296 0.054 0.002 0.269 8 S 0.019 0.013 0.070 0.110 0.193 0.071 0.005 0.518 9 G 0.056 0.006 0.029 0.040 0.077 0.059 0.010 0.724 10 A 0.076 0.006 0.025 0.017 0.041 0.136 0.013 0.686 11 Y 0.109 0.006 0.024 0.027 0.043 0.151 0.013 0.628 12 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 13 A 0.019 0.002 0.029 0.020 0.038 0.061 0.002 0.830 14 E 0.194 0.003 0.150 0.047 0.079 0.100 0.008 0.420 15 L 0.088 0.007 0.365 0.131 0.148 0.047 0.003 0.211 16 A 0.009 0.004 0.653 0.118 0.125 0.027 0.001 0.063 17 V 0.005 0.002 0.725 0.106 0.104 0.014 0.001 0.044 18 G 0.002 0.002 0.690 0.076 0.158 0.015 0.001 0.058 19 F 0.005 0.001 0.689 0.080 0.117 0.041 0.001 0.065 20 D 0.005 0.002 0.326 0.144 0.192 0.047 0.003 0.281 21 A 0.016 0.003 0.272 0.093 0.198 0.067 0.005 0.346 22 G 0.025 0.006 0.093 0.076 0.120 0.331 0.009 0.341 23 G 0.086 0.007 0.047 0.042 0.081 0.111 0.018 0.608 24 R 0.053 0.007 0.036 0.024 0.035 0.089 0.009 0.749 25 E 0.033 0.006 0.021 0.015 0.024 0.130 0.008 0.765 26 S 0.069 0.004 0.011 0.007 0.015 0.067 0.009 0.817 27 F 0.080 0.010 0.027 0.020 0.043 0.086 0.010 0.725 28 R 0.071 0.013 0.050 0.065 0.105 0.222 0.008 0.466 29 F 0.060 0.022 0.078 0.114 0.222 0.076 0.005 0.423 30 G 0.017 0.026 0.083 0.286 0.443 0.036 0.003 0.105 31 G 0.011 0.021 0.079 0.377 0.366 0.035 0.002 0.109 32 A 0.006 0.024 0.051 0.373 0.478 0.020 0.001 0.046 33 A 0.003 0.019 0.024 0.340 0.595 0.003 0.001 0.015 34 C 0.003 0.023 0.036 0.347 0.560 0.003 0.001 0.026 35 A 0.007 0.023 0.026 0.259 0.543 0.010 0.004 0.127 36 V 0.019 0.017 0.031 0.243 0.530 0.023 0.007 0.130 37 G 0.018 0.011 0.025 0.164 0.295 0.059 0.013 0.415 38 G 0.037 0.006 0.034 0.063 0.094 0.131 0.016 0.618 39 D 0.045 0.004 0.018 0.017 0.021 0.219 0.013 0.662 40 G 0.089 0.010 0.025 0.020 0.033 0.177 0.022 0.623 41 G 0.116 0.017 0.045 0.051 0.068 0.314 0.013 0.376 42 H 0.063 0.021 0.054 0.080 0.124 0.262 0.007 0.390 43 L 0.033 0.026 0.067 0.204 0.340 0.073 0.004 0.253 44 L 0.020 0.043 0.073 0.208 0.343 0.059 0.004 0.251 45 W 0.030 0.044 0.062 0.222 0.324 0.052 0.005 0.261 46 T 0.039 0.060 0.053 0.103 0.307 0.053 0.009 0.375 47 L 0.069 0.051 0.058 0.172 0.267 0.068 0.010 0.305 48 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.003 0.001 0.980 49 E 0.021 0.023 0.017 0.080 0.204 0.125 0.004 0.526 50 A 0.184 0.119 0.042 0.080 0.171 0.053 0.012 0.340 51 Q 0.153 0.195 0.022 0.044 0.081 0.063 0.015 0.427 52 A 0.102 0.213 0.026 0.031 0.048 0.082 0.024 0.472 53 G 0.246 0.097 0.022 0.016 0.031 0.034 0.073 0.482 54 E 0.308 0.074 0.061 0.041 0.029 0.098 0.031 0.357 55 R 0.051 0.046 0.053 0.021 0.032 0.070 0.009 0.719 56 I 0.085 0.047 0.075 0.052 0.101 0.106 0.006 0.529 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.990 58 Q 0.021 0.029 0.011 0.009 0.022 0.095 0.002 0.811 59 E 0.066 0.091 0.016 0.003 0.006 0.117 0.003 0.699 60 V 0.123 0.292 0.007 0.002 0.003 0.189 0.006 0.379 61 V 0.098 0.726 0.008 0.001 0.005 0.031 0.004 0.126 62 W 0.094 0.824 0.005 0.001 0.002 0.011 0.004 0.061 63 D 0.019 0.905 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.065 64 L 0.019 0.880 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.082 65 L 0.019 0.930 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.039 66 E 0.043 0.908 0.006 0.001 0.001 0.006 0.004 0.033 67 E 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 68 T 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 69 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 70 W 0.006 0.973 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 71 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 72 F 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 R 0.003 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.006 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 75 K 0.025 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 76 A 0.122 0.705 0.003 0.001 0.001 0.001 0.147 0.021 77 G 0.409 0.156 0.075 0.004 0.001 0.004 0.250 0.100 78 R 0.150 0.045 0.414 0.028 0.007 0.079 0.030 0.246 79 L 0.039 0.010 0.066 0.039 0.026 0.064 0.005 0.753 80 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 81 S 0.021 0.001 0.128 0.044 0.048 0.089 0.001 0.668 82 R 0.089 0.001 0.247 0.099 0.118 0.087 0.004 0.354 83 V 0.035 0.001 0.578 0.098 0.174 0.022 0.002 0.091 84 L 0.002 0.001 0.873 0.058 0.052 0.004 0.001 0.011 85 L 0.001 0.001 0.893 0.045 0.041 0.003 0.001 0.018 86 L 0.001 0.001 0.845 0.049 0.063 0.008 0.001 0.034 87 R 0.001 0.001 0.588 0.109 0.145 0.080 0.001 0.078 88 D 0.003 0.001 0.246 0.062 0.100 0.145 0.003 0.440 89 G 0.036 0.001 0.066 0.015 0.025 0.236 0.014 0.609 90 R 0.130 0.001 0.022 0.008 0.009 0.541 0.015 0.273 91 V 0.043 0.002 0.024 0.016 0.027 0.114 0.004 0.770 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.991 93 Q 0.008 0.003 0.007 0.011 0.043 0.097 0.001 0.830 94 D 0.113 0.025 0.011 0.017 0.037 0.173 0.003 0.621 95 E 0.169 0.133 0.006 0.005 0.016 0.274 0.007 0.390 96 F 0.093 0.556 0.010 0.012 0.030 0.066 0.005 0.228 97 A 0.015 0.630 0.005 0.002 0.005 0.093 0.002 0.248 98 L 0.014 0.843 0.003 0.001 0.002 0.024 0.002 0.112 99 A 0.008 0.963 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 100 L 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 101 E 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 102 A 0.019 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 103 L 0.020 0.959 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 104 A 0.030 0.926 0.005 0.002 0.001 0.002 0.014 0.020 105 R 0.113 0.680 0.007 0.002 0.002 0.004 0.061 0.131 106 E 0.329 0.283 0.018 0.004 0.003 0.013 0.192 0.157 107 G 0.431 0.059 0.066 0.014 0.006 0.031 0.078 0.317 108 I 0.016 0.006 0.088 0.015 0.013 0.011 0.002 0.850 109 A 0.038 0.006 0.098 0.074 0.076 0.118 0.005 0.586 110 Y 0.072 0.003 0.115 0.078 0.102 0.025 0.002 0.602 111 D 0.020 0.003 0.498 0.144 0.187 0.044 0.002 0.102 112 L 0.005 0.001 0.423 0.159 0.217 0.014 0.001 0.180 113 V 0.001 0.001 0.619 0.176 0.186 0.008 0.001 0.009 114 S 0.001 0.001 0.570 0.168 0.180 0.009 0.001 0.071 115 V 0.001 0.001 0.550 0.160 0.250 0.008 0.001 0.031 116 R 0.001 0.001 0.286 0.153 0.351 0.034 0.001 0.174 117 K 0.004 0.001 0.092 0.173 0.387 0.037 0.002 0.304 118 S 0.023 0.002 0.058 0.065 0.175 0.091 0.008 0.577 119 G 0.096 0.002 0.025 0.035 0.070 0.089 0.022 0.661 120 G 0.155 0.003 0.033 0.041 0.053 0.116 0.025 0.574 121 G 0.051 0.004 0.043 0.062 0.071 0.094 0.009 0.667 122 R 0.053 0.004 0.055 0.108 0.139 0.154 0.006 0.482 123 V 0.024 0.003 0.076 0.064 0.151 0.035 0.002 0.646 124 Y 0.020 0.003 0.157 0.176 0.304 0.061 0.001 0.279 125 P 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.003 0.001 0.971 126 V 0.008 0.001 0.072 0.080 0.213 0.068 0.001 0.558 127 Q 0.013 0.001 0.032 0.021 0.063 0.038 0.002 0.831 128 G 0.114 0.004 0.083 0.068 0.140 0.097 0.022 0.472 129 R 0.335 0.003 0.083 0.075 0.058 0.137 0.009 0.300 130 L 0.017 0.004 0.092 0.083 0.117 0.052 0.003 0.633 131 A 0.016 0.004 0.114 0.271 0.462 0.052 0.002 0.081 132 D 0.014 0.007 0.105 0.212 0.258 0.048 0.002 0.354 133 G 0.027 0.009 0.126 0.138 0.258 0.086 0.010 0.347 134 L 0.161 0.007 0.126 0.140 0.184 0.185 0.016 0.181 135 Y 0.021 0.005 0.191 0.169 0.233 0.022 0.005 0.354 136 V 0.007 0.002 0.279 0.241 0.282 0.066 0.001 0.123 137 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.002 0.001 0.981 138 L 0.004 0.001 0.035 0.088 0.321 0.090 0.001 0.462 139 E 0.034 0.001 0.014 0.035 0.065 0.230 0.004 0.616 140 D 0.127 0.003 0.014 0.022 0.036 0.169 0.024 0.604 141 K 0.337 0.007 0.024 0.031 0.037 0.119 0.041 0.405 142 T 0.074 0.009 0.045 0.054 0.058 0.459 0.014 0.287 143 F 0.049 0.012 0.095 0.245 0.318 0.083 0.007 0.191 144 L 0.013 0.009 0.127 0.288 0.463 0.040 0.002 0.057 145 L 0.005 0.007 0.137 0.359 0.414 0.015 0.001 0.064 146 L 0.004 0.009 0.196 0.254 0.461 0.025 0.001 0.050 147 T 0.007 0.010 0.101 0.324 0.401 0.036 0.002 0.119 148 V 0.005 0.012 0.087 0.114 0.308 0.050 0.004 0.420 149 H 0.031 0.013 0.040 0.085 0.204 0.183 0.010 0.434 150 R 0.084 0.021 0.036 0.070 0.107 0.144 0.018 0.521 151 D 0.104 0.043 0.028 0.051 0.086 0.067 0.021 0.599 152 F 0.132 0.072 0.039 0.070 0.099 0.096 0.017 0.476 153 R 0.099 0.059 0.037 0.095 0.114 0.095 0.023 0.477 154 G 0.186 0.035 0.037 0.056 0.093 0.051 0.041 0.500 155 T 0.169 0.012 0.081 0.136 0.093 0.100 0.010 0.400 156 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 157 R 0.019 0.001 0.055 0.188 0.305 0.104 0.001 0.327 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 159 L 0.010 0.001 0.049 0.213 0.492 0.040 0.001 0.195 160 K 0.088 0.001 0.148 0.131 0.219 0.053 0.002 0.359 161 L 0.013 0.001 0.205 0.189 0.282 0.014 0.001 0.295 162 V 0.003 0.001 0.353 0.208 0.329 0.021 0.001 0.085 163 H 0.004 0.001 0.250 0.155 0.202 0.040 0.001 0.348 164 E 0.004 0.002 0.152 0.183 0.296 0.150 0.002 0.212 165 A 0.015 0.002 0.061 0.022 0.046 0.258 0.007 0.591 166 G 0.078 0.002 0.017 0.007 0.012 0.137 0.033 0.714 167 D 0.287 0.005 0.019 0.005 0.009 0.178 0.055 0.441 168 T 0.148 0.011 0.049 0.021 0.021 0.297 0.008 0.446 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.991 170 L 0.006 0.005 0.004 0.005 0.022 0.106 0.001 0.852 171 E 0.024 0.070 0.009 0.003 0.007 0.237 0.001 0.649 172 A 0.035 0.217 0.001 0.001 0.001 0.384 0.002 0.359 173 L 0.020 0.906 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.054 174 A 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 175 H 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 176 Q 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 177 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 178 F 0.006 0.976 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 179 H 0.014 0.954 0.007 0.002 0.001 0.002 0.007 0.012 180 L 0.026 0.928 0.009 0.002 0.002 0.001 0.015 0.017 181 T 0.055 0.830 0.036 0.009 0.007 0.004 0.022 0.037 182 R 0.047 0.597 0.118 0.043 0.028 0.024 0.019 0.124 183 L 0.061 0.395 0.098 0.067 0.094 0.035 0.027 0.222 184 Y 0.111 0.249 0.108 0.084 0.101 0.055 0.023 0.269 185 P 0.006 0.019 0.014 0.006 0.012 0.007 0.002 0.934 186 A 0.056 0.123 0.077 0.073 0.142 0.143 0.021 0.364 187 S 0.449 0.068 0.039 0.036 0.044 0.042 0.042 0.280 188 G 0.221 0.069 0.059 0.036 0.043 0.052 0.035 0.485 189 F 0.089 0.029 0.072 0.047 0.047 0.190 0.014 0.512 190 A 0.063 0.018 0.046 0.039 0.064 0.087 0.010 0.675 191 F 0.086 0.017 0.062 0.048 0.075 0.096 0.010 0.606 192 P 0.003 0.001 0.005 0.004 0.006 0.005 0.001 0.976 193 R 0.025 0.005 0.050 0.035 0.081 0.052 0.004 0.747 194 L 0.136 0.006 0.091 0.128 0.122 0.060 0.004 0.453 195 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 196 A 0.030 0.004 0.075 0.140 0.238 0.133 0.002 0.379 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 198 L 0.019 0.012 0.025 0.045 0.111 0.076 0.001 0.711 199 H 0.072 0.114 0.123 0.043 0.071 0.154 0.002 0.423 200 L 0.061 0.232 0.023 0.015 0.037 0.132 0.003 0.496 201 A 0.046 0.790 0.025 0.008 0.029 0.026 0.003 0.074 202 D 0.037 0.833 0.005 0.002 0.005 0.010 0.005 0.103 203 R 0.015 0.891 0.002 0.001 0.001 0.018 0.003 0.069 204 L 0.010 0.904 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.047 205 V 0.018 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 206 K 0.006 0.972 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 207 E 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 208 V 0.015 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 209 G 0.020 0.945 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 210 R 0.064 0.840 0.018 0.004 0.003 0.006 0.024 0.041 211 L 0.083 0.775 0.021 0.003 0.003 0.007 0.034 0.074 212 G 0.093 0.634 0.066 0.011 0.012 0.014 0.033 0.138 213 I 0.070 0.288 0.228 0.034 0.030 0.046 0.014 0.291 214 R 0.060 0.201 0.069 0.050 0.046 0.078 0.014 0.482 215 H 0.101 0.154 0.039 0.019 0.035 0.077 0.016 0.560 216 L 0.096 0.153 0.042 0.015 0.026 0.135 0.016 0.516 217 K 0.083 0.107 0.024 0.016 0.023 0.203 0.021 0.523 218 E 0.201 0.094 0.018 0.014 0.022 0.100 0.027 0.524 219 V 0.162 0.144 0.035 0.017 0.023 0.098 0.020 0.500 220 D 0.063 0.170 0.025 0.022 0.029 0.154 0.015 0.522 221 R 0.093 0.158 0.022 0.015 0.027 0.099 0.016 0.572 222 E 0.105 0.160 0.024 0.015 0.019 0.273 0.025 0.380 223 K 0.297 0.176 0.032 0.025 0.023 0.135 0.052 0.259 224 L 0.160 0.262 0.116 0.040 0.047 0.054 0.030 0.292 225 F 0.059 0.150 0.187 0.165 0.140 0.076 0.011 0.212 226 F 0.061 0.089 0.134 0.119 0.186 0.053 0.009 0.349 227 V 0.034 0.066 0.135 0.208 0.279 0.040 0.005 0.232