# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 427 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.570 0.198 0.148 0.049 0.023 0.010 0.002 2 L 0.278 0.231 0.235 0.146 0.069 0.036 0.007 3 Q 0.154 0.194 0.180 0.204 0.153 0.099 0.016 4 V 0.106 0.135 0.192 0.207 0.208 0.127 0.025 5 V 0.085 0.115 0.125 0.191 0.217 0.219 0.049 6 A 0.092 0.158 0.225 0.256 0.179 0.076 0.015 7 L 0.063 0.066 0.097 0.204 0.321 0.220 0.029 8 S 0.232 0.290 0.255 0.146 0.054 0.021 0.002 9 G 0.256 0.289 0.204 0.150 0.071 0.027 0.002 10 A 0.237 0.299 0.227 0.143 0.071 0.021 0.002 11 Y 0.139 0.247 0.221 0.249 0.112 0.028 0.003 12 P 0.338 0.367 0.176 0.086 0.025 0.008 0.001 13 A 0.113 0.250 0.247 0.224 0.122 0.040 0.003 14 E 0.010 0.050 0.160 0.292 0.329 0.141 0.018 15 L 0.001 0.003 0.011 0.037 0.167 0.579 0.202 16 A 0.001 0.002 0.007 0.021 0.071 0.383 0.515 17 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.219 0.762 18 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.041 0.175 0.768 19 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.290 0.665 20 D 0.003 0.018 0.059 0.160 0.245 0.318 0.198 21 A 0.003 0.010 0.027 0.069 0.213 0.531 0.147 22 G 0.018 0.066 0.161 0.265 0.289 0.180 0.021 23 G 0.088 0.203 0.251 0.259 0.150 0.046 0.004 24 R 0.331 0.397 0.147 0.089 0.029 0.006 0.001 25 E 0.469 0.315 0.139 0.054 0.018 0.004 0.001 26 S 0.233 0.396 0.213 0.114 0.032 0.010 0.001 27 F 0.010 0.064 0.152 0.338 0.340 0.091 0.004 28 R 0.004 0.037 0.121 0.292 0.386 0.146 0.013 29 F 0.001 0.001 0.005 0.018 0.109 0.553 0.314 30 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.316 0.659 31 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.170 0.817 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.091 0.903 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.101 0.894 34 C 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.254 0.709 35 A 0.001 0.003 0.010 0.042 0.135 0.385 0.424 36 V 0.005 0.016 0.040 0.108 0.240 0.372 0.219 37 G 0.062 0.136 0.173 0.209 0.186 0.166 0.068 38 G 0.163 0.196 0.187 0.201 0.142 0.088 0.024 39 D 0.298 0.257 0.172 0.124 0.080 0.052 0.016 40 G 0.112 0.114 0.140 0.178 0.206 0.188 0.062 41 G 0.107 0.146 0.156 0.196 0.183 0.155 0.057 42 H 0.082 0.142 0.195 0.213 0.177 0.135 0.056 43 L 0.033 0.042 0.062 0.118 0.227 0.355 0.161 44 L 0.044 0.061 0.112 0.172 0.243 0.242 0.126 45 W 0.044 0.058 0.087 0.139 0.232 0.296 0.146 46 T 0.062 0.136 0.221 0.246 0.186 0.119 0.031 47 L 0.046 0.060 0.103 0.192 0.296 0.265 0.038 48 P 0.148 0.250 0.255 0.193 0.100 0.049 0.005 49 E 0.222 0.286 0.235 0.153 0.077 0.026 0.002 50 A 0.207 0.199 0.227 0.243 0.101 0.022 0.001 51 Q 0.677 0.213 0.080 0.024 0.005 0.001 0.001 52 A 0.744 0.187 0.052 0.014 0.003 0.001 0.001 53 G 0.663 0.215 0.089 0.026 0.006 0.001 0.001 54 E 0.478 0.295 0.148 0.062 0.014 0.003 0.001 55 R 0.263 0.309 0.213 0.144 0.060 0.012 0.001 56 I 0.086 0.141 0.239 0.267 0.196 0.068 0.003 57 P 0.091 0.148 0.187 0.246 0.210 0.107 0.011 58 Q 0.201 0.288 0.263 0.170 0.060 0.017 0.002 59 E 0.238 0.347 0.222 0.120 0.052 0.019 0.002 60 V 0.031 0.088 0.219 0.293 0.251 0.107 0.011 61 V 0.012 0.025 0.041 0.117 0.291 0.429 0.085 62 W 0.029 0.143 0.289 0.319 0.167 0.046 0.006 63 D 0.079 0.351 0.284 0.182 0.072 0.027 0.005 64 L 0.008 0.031 0.118 0.264 0.332 0.223 0.023 65 L 0.005 0.012 0.025 0.090 0.295 0.456 0.117 66 E 0.032 0.210 0.335 0.280 0.111 0.028 0.004 67 E 0.067 0.316 0.319 0.188 0.079 0.027 0.004 68 T 0.006 0.029 0.086 0.218 0.371 0.261 0.029 69 L 0.006 0.017 0.052 0.155 0.375 0.334 0.060 70 W 0.068 0.315 0.346 0.181 0.069 0.019 0.002 71 A 0.045 0.253 0.318 0.263 0.098 0.020 0.002 72 F 0.016 0.029 0.057 0.164 0.424 0.296 0.015 73 R 0.073 0.185 0.276 0.282 0.148 0.034 0.002 74 R 0.396 0.396 0.131 0.060 0.013 0.003 0.001 75 K 0.362 0.284 0.202 0.103 0.042 0.007 0.001 76 A 0.261 0.252 0.214 0.184 0.068 0.020 0.001 77 G 0.593 0.275 0.096 0.028 0.006 0.002 0.001 78 R 0.282 0.355 0.195 0.109 0.049 0.011 0.001 79 L 0.050 0.123 0.205 0.302 0.235 0.080 0.005 80 P 0.049 0.164 0.229 0.299 0.169 0.080 0.011 81 S 0.078 0.204 0.279 0.243 0.138 0.052 0.007 82 R 0.006 0.037 0.117 0.287 0.358 0.165 0.032 83 V 0.001 0.003 0.007 0.022 0.116 0.609 0.242 84 L 0.002 0.007 0.016 0.048 0.108 0.425 0.394 85 L 0.002 0.005 0.009 0.029 0.083 0.406 0.466 86 L 0.005 0.014 0.034 0.114 0.250 0.335 0.248 87 R 0.012 0.040 0.084 0.184 0.246 0.296 0.138 88 D 0.062 0.145 0.224 0.226 0.163 0.150 0.030 89 G 0.080 0.161 0.191 0.239 0.189 0.126 0.013 90 R 0.115 0.261 0.293 0.184 0.098 0.043 0.005 91 V 0.036 0.060 0.093 0.233 0.348 0.207 0.022 92 P 0.102 0.196 0.243 0.274 0.124 0.055 0.006 93 Q 0.385 0.312 0.205 0.071 0.020 0.007 0.001 94 D 0.121 0.260 0.327 0.186 0.081 0.023 0.003 95 E 0.012 0.027 0.048 0.138 0.361 0.358 0.056 96 F 0.013 0.053 0.165 0.297 0.309 0.146 0.018 97 A 0.125 0.373 0.324 0.126 0.039 0.012 0.002 98 L 0.009 0.070 0.251 0.375 0.234 0.057 0.005 99 A 0.003 0.005 0.008 0.031 0.229 0.633 0.092 100 L 0.010 0.068 0.256 0.383 0.223 0.054 0.005 101 E 0.087 0.500 0.290 0.092 0.023 0.007 0.001 102 A 0.012 0.076 0.271 0.407 0.189 0.044 0.001 103 L 0.014 0.023 0.059 0.230 0.522 0.144 0.008 104 A 0.310 0.473 0.165 0.044 0.007 0.001 0.001 105 R 0.643 0.281 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 106 E 0.216 0.290 0.319 0.121 0.046 0.008 0.001 107 G 0.259 0.468 0.157 0.094 0.017 0.005 0.001 108 I 0.025 0.089 0.172 0.250 0.364 0.095 0.005 109 A 0.026 0.147 0.221 0.336 0.166 0.089 0.015 110 Y 0.002 0.008 0.030 0.081 0.328 0.469 0.081 111 D 0.004 0.022 0.060 0.158 0.275 0.324 0.157 112 L 0.001 0.001 0.004 0.010 0.048 0.312 0.624 113 V 0.001 0.003 0.006 0.014 0.048 0.335 0.592 114 S 0.004 0.015 0.044 0.142 0.206 0.286 0.304 115 V 0.002 0.005 0.012 0.039 0.170 0.455 0.317 116 R 0.017 0.059 0.124 0.191 0.250 0.260 0.099 117 K 0.050 0.119 0.165 0.250 0.216 0.160 0.041 118 S 0.179 0.225 0.211 0.181 0.115 0.071 0.018 119 G 0.163 0.164 0.152 0.201 0.158 0.128 0.034 120 G 0.274 0.225 0.202 0.131 0.094 0.058 0.017 121 G 0.171 0.184 0.166 0.188 0.144 0.113 0.034 122 R 0.146 0.145 0.170 0.188 0.168 0.151 0.032 123 V 0.102 0.093 0.124 0.181 0.219 0.232 0.049 124 Y 0.130 0.143 0.185 0.219 0.189 0.115 0.019 125 P 0.175 0.186 0.198 0.200 0.156 0.071 0.013 126 V 0.264 0.266 0.191 0.174 0.071 0.029 0.005 127 Q 0.511 0.259 0.135 0.059 0.021 0.012 0.002 128 G 0.170 0.201 0.210 0.230 0.132 0.051 0.005 129 R 0.160 0.261 0.276 0.173 0.086 0.041 0.004 130 L 0.042 0.084 0.158 0.258 0.268 0.172 0.018 131 A 0.044 0.091 0.130 0.227 0.259 0.204 0.044 132 D 0.087 0.208 0.223 0.240 0.137 0.084 0.021 133 G 0.089 0.175 0.235 0.246 0.164 0.074 0.018 134 L 0.051 0.150 0.216 0.255 0.197 0.110 0.021 135 Y 0.023 0.039 0.075 0.158 0.288 0.351 0.066 136 V 0.035 0.076 0.120 0.231 0.305 0.207 0.027 137 P 0.107 0.254 0.270 0.216 0.109 0.040 0.005 138 L 0.153 0.207 0.215 0.238 0.137 0.044 0.005 139 E 0.341 0.326 0.176 0.102 0.036 0.015 0.002 140 D 0.324 0.297 0.189 0.111 0.053 0.023 0.003 141 K 0.132 0.206 0.234 0.233 0.141 0.047 0.007 142 T 0.123 0.257 0.231 0.222 0.106 0.053 0.010 143 F 0.013 0.024 0.051 0.113 0.293 0.417 0.088 144 L 0.015 0.025 0.043 0.105 0.191 0.387 0.234 145 L 0.008 0.010 0.018 0.035 0.083 0.371 0.476 146 L 0.019 0.024 0.039 0.084 0.141 0.297 0.395 147 T 0.025 0.033 0.047 0.100 0.176 0.299 0.320 148 V 0.051 0.071 0.101 0.146 0.210 0.258 0.164 149 H 0.098 0.110 0.136 0.186 0.195 0.195 0.079 150 R 0.189 0.209 0.185 0.171 0.119 0.095 0.032 151 D 0.194 0.164 0.162 0.167 0.152 0.120 0.041 152 F 0.189 0.143 0.142 0.177 0.165 0.136 0.048 153 R 0.260 0.200 0.174 0.156 0.098 0.081 0.032 154 G 0.198 0.158 0.164 0.155 0.150 0.132 0.043 155 T 0.093 0.109 0.121 0.175 0.193 0.216 0.092 156 P 0.089 0.109 0.136 0.159 0.197 0.218 0.092 157 R 0.060 0.128 0.150 0.223 0.196 0.164 0.080 158 P 0.044 0.092 0.127 0.185 0.206 0.219 0.127 159 L 0.016 0.035 0.066 0.148 0.267 0.343 0.125 160 K 0.036 0.123 0.239 0.290 0.182 0.097 0.033 161 L 0.014 0.025 0.049 0.109 0.241 0.437 0.125 162 V 0.026 0.053 0.089 0.166 0.307 0.299 0.060 163 H 0.074 0.145 0.207 0.293 0.185 0.084 0.012 164 E 0.245 0.272 0.244 0.151 0.067 0.020 0.002 165 A 0.371 0.310 0.182 0.095 0.030 0.011 0.001 166 G 0.454 0.264 0.169 0.074 0.032 0.006 0.001 167 D 0.622 0.292 0.058 0.023 0.004 0.001 0.001 168 T 0.315 0.260 0.206 0.142 0.066 0.011 0.001 169 P 0.337 0.379 0.165 0.086 0.027 0.007 0.001 170 L 0.105 0.163 0.239 0.293 0.171 0.028 0.001 171 E 0.388 0.399 0.122 0.071 0.016 0.004 0.001 172 A 0.060 0.173 0.296 0.270 0.164 0.035 0.002 173 L 0.016 0.025 0.062 0.164 0.343 0.347 0.042 174 A 0.026 0.127 0.231 0.315 0.199 0.088 0.013 175 H 0.069 0.215 0.258 0.216 0.145 0.076 0.021 176 Q 0.012 0.036 0.065 0.135 0.250 0.360 0.142 177 I 0.010 0.029 0.057 0.130 0.216 0.342 0.216 178 F 0.014 0.046 0.079 0.148 0.247 0.302 0.164 179 H 0.020 0.068 0.124 0.218 0.229 0.195 0.147 180 L 0.005 0.009 0.017 0.039 0.115 0.377 0.438 181 T 0.009 0.019 0.028 0.064 0.152 0.347 0.381 182 R 0.030 0.065 0.090 0.170 0.182 0.212 0.251 183 L 0.022 0.027 0.032 0.064 0.136 0.304 0.415 184 Y 0.036 0.051 0.054 0.104 0.151 0.262 0.342 185 P 0.081 0.085 0.074 0.123 0.170 0.223 0.244 186 A 0.145 0.126 0.118 0.152 0.156 0.158 0.145 187 S 0.122 0.109 0.089 0.119 0.149 0.199 0.213 188 G 0.118 0.097 0.085 0.112 0.147 0.218 0.222 189 F 0.117 0.110 0.114 0.149 0.170 0.184 0.156 190 A 0.084 0.093 0.111 0.149 0.176 0.208 0.180 191 F 0.038 0.035 0.058 0.088 0.160 0.301 0.320 192 P 0.025 0.029 0.043 0.077 0.155 0.322 0.349 193 R 0.027 0.049 0.083 0.135 0.184 0.244 0.278 194 L 0.010 0.014 0.024 0.050 0.112 0.307 0.482 195 P 0.008 0.014 0.023 0.044 0.103 0.320 0.487 196 A 0.006 0.014 0.023 0.058 0.128 0.299 0.472 197 P 0.004 0.007 0.011 0.029 0.080 0.277 0.591 198 L 0.004 0.008 0.018 0.040 0.096 0.325 0.510 199 H 0.008 0.029 0.054 0.109 0.182 0.304 0.314 200 L 0.004 0.011 0.026 0.071 0.171 0.343 0.374 201 A 0.002 0.004 0.009 0.026 0.102 0.397 0.461 202 D 0.008 0.041 0.115 0.198 0.249 0.252 0.137 203 R 0.010 0.062 0.146 0.249 0.256 0.185 0.093 204 L 0.002 0.005 0.013 0.039 0.148 0.477 0.317 205 V 0.002 0.008 0.026 0.076 0.238 0.412 0.238 206 K 0.020 0.141 0.249 0.283 0.168 0.099 0.041 207 E 0.012 0.053 0.122 0.248 0.295 0.206 0.065 208 V 0.006 0.012 0.022 0.062 0.211 0.475 0.212 209 G 0.034 0.121 0.191 0.260 0.221 0.137 0.036 210 R 0.084 0.214 0.224 0.234 0.150 0.076 0.018 211 L 0.064 0.102 0.152 0.239 0.230 0.181 0.033 212 G 0.137 0.174 0.173 0.180 0.180 0.127 0.028 213 I 0.201 0.232 0.213 0.201 0.110 0.039 0.004 214 R 0.458 0.287 0.146 0.073 0.026 0.009 0.001 215 H 0.288 0.261 0.202 0.148 0.074 0.025 0.002 216 L 0.232 0.207 0.217 0.192 0.119 0.031 0.002 217 K 0.507 0.314 0.110 0.054 0.012 0.003 0.001 218 E 0.499 0.321 0.102 0.057 0.018 0.003 0.001 219 V 0.255 0.225 0.220 0.193 0.087 0.020 0.001 220 D 0.374 0.255 0.201 0.119 0.042 0.009 0.001 221 R 0.470 0.276 0.146 0.083 0.022 0.004 0.001 222 E 0.656 0.227 0.082 0.026 0.007 0.002 0.001 223 K 0.292 0.251 0.197 0.153 0.077 0.027 0.002 224 L 0.194 0.170 0.203 0.211 0.150 0.064 0.007 225 F 0.190 0.200 0.193 0.198 0.139 0.070 0.010 226 F 0.265 0.204 0.179 0.161 0.112 0.067 0.013 227 V 0.207 0.133 0.131 0.167 0.182 0.145 0.034