# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.007 0.021 0.018 0.037 0.002 0.021 0.007 0.006 0.350 0.209 0.017 0.013 0.017 0.002 0.004 0.266 2 R 0.797 0.024 0.059 0.053 0.001 0.008 0.001 0.003 0.006 0.002 0.007 0.017 0.010 0.001 0.005 0.007 3 R 0.031 0.040 0.611 0.178 0.003 0.044 0.002 0.004 0.007 0.003 0.020 0.025 0.018 0.001 0.003 0.010 4 A 0.026 0.105 0.207 0.495 0.014 0.089 0.008 0.002 0.003 0.001 0.007 0.012 0.019 0.001 0.001 0.011 5 V 0.011 0.014 0.049 0.282 0.029 0.472 0.020 0.011 0.001 0.002 0.065 0.010 0.030 0.003 0.001 0.001 6 S 0.002 0.722 0.024 0.188 0.001 0.006 0.001 0.013 0.009 0.001 0.009 0.011 0.005 0.001 0.002 0.006 7 K 0.024 0.004 0.028 0.741 0.002 0.083 0.006 0.002 0.018 0.011 0.009 0.044 0.020 0.001 0.001 0.006 8 P 0.039 0.049 0.445 0.190 0.021 0.119 0.005 0.012 0.002 0.001 0.048 0.022 0.041 0.002 0.002 0.003 9 A 0.005 0.041 0.015 0.635 0.007 0.058 0.002 0.013 0.006 0.002 0.075 0.087 0.046 0.002 0.003 0.002 10 D 0.008 0.082 0.039 0.224 0.008 0.204 0.003 0.009 0.008 0.004 0.022 0.146 0.221 0.002 0.002 0.015 11 A 0.014 0.028 0.034 0.159 0.026 0.104 0.041 0.007 0.004 0.003 0.220 0.023 0.301 0.016 0.004 0.015 12 L 0.012 0.201 0.114 0.128 0.007 0.034 0.011 0.032 0.009 0.002 0.055 0.132 0.196 0.003 0.042 0.022 13 R 0.009 0.026 0.055 0.098 0.147 0.033 0.274 0.004 0.013 0.017 0.016 0.037 0.099 0.127 0.003 0.041 14 V 0.078 0.030 0.222 0.123 0.003 0.023 0.016 0.150 0.004 0.001 0.031 0.009 0.106 0.002 0.191 0.011 15 G 0.012 0.049 0.105 0.170 0.003 0.071 0.006 0.004 0.122 0.100 0.029 0.037 0.111 0.002 0.003 0.177 16 F 0.470 0.023 0.048 0.244 0.007 0.026 0.005 0.002 0.002 0.001 0.038 0.058 0.064 0.006 0.002 0.004 17 Y 0.008 0.091 0.280 0.364 0.006 0.047 0.003 0.012 0.003 0.001 0.019 0.058 0.097 0.001 0.005 0.005 18 R 0.005 0.020 0.071 0.362 0.083 0.232 0.027 0.003 0.003 0.006 0.020 0.023 0.127 0.006 0.001 0.012 19 A 0.019 0.034 0.043 0.188 0.010 0.132 0.005 0.077 0.002 0.002 0.243 0.048 0.178 0.001 0.018 0.002 20 Q 0.002 0.224 0.027 0.319 0.003 0.022 0.003 0.004 0.056 0.013 0.030 0.115 0.126 0.001 0.002 0.053 21 E 0.109 0.018 0.108 0.462 0.004 0.022 0.010 0.001 0.004 0.002 0.010 0.026 0.205 0.001 0.001 0.015 22 T 0.010 0.028 0.516 0.193 0.003 0.065 0.005 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.148 0.001 0.002 0.006 23 A 0.007 0.073 0.051 0.620 0.012 0.074 0.005 0.004 0.003 0.002 0.026 0.020 0.091 0.005 0.002 0.006 24 L 0.008 0.055 0.048 0.778 0.003 0.012 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 0.017 0.055 0.001 0.003 0.005 25 A 0.006 0.018 0.092 0.759 0.004 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.070 0.001 0.001 0.013 26 L 0.014 0.016 0.140 0.750 0.015 0.017 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.025 0.004 0.001 0.003 27 L 0.003 0.024 0.041 0.864 0.013 0.023 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.003 0.002 28 R 0.005 0.029 0.025 0.342 0.376 0.149 0.010 0.010 0.008 0.005 0.007 0.004 0.015 0.005 0.001 0.008 29 L 0.006 0.014 0.009 0.067 0.602 0.039 0.104 0.049 0.001 0.004 0.048 0.002 0.005 0.047 0.002 0.001 30 D 0.001 0.036 0.004 0.015 0.003 0.034 0.001 0.737 0.010 0.006 0.009 0.011 0.003 0.001 0.128 0.001 31 G 0.006 0.015 0.003 0.010 0.007 0.021 0.002 0.003 0.472 0.190 0.072 0.025 0.013 0.001 0.002 0.157 32 A 0.658 0.014 0.027 0.008 0.019 0.015 0.025 0.007 0.002 0.002 0.065 0.090 0.029 0.028 0.004 0.005 33 Q 0.015 0.081 0.283 0.020 0.002 0.066 0.011 0.143 0.007 0.003 0.044 0.065 0.070 0.002 0.177 0.010 34 G 0.015 0.092 0.116 0.085 0.001 0.037 0.005 0.004 0.078 0.032 0.022 0.027 0.089 0.001 0.005 0.392 35 W 0.222 0.009 0.145 0.067 0.001 0.137 0.003 0.001 0.003 0.005 0.042 0.148 0.206 0.001 0.001 0.010 36 P 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.599 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.037 0.222 0.001 0.001 0.001 37 E 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.628 0.208 0.145 0.001 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.371 0.622 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.007 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.666 0.002 0.015 47 F 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.015 0.696 0.006 48 G 0.002 0.008 0.009 0.002 0.006 0.008 0.020 0.001 0.009 0.010 0.002 0.005 0.227 0.030 0.008 0.652 49 A 0.053 0.001 0.003 0.001 0.027 0.002 0.099 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.012 0.774 0.005 0.003 50 S 0.001 0.025 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.116 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.822 0.002 51 G 0.006 0.022 0.014 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.181 0.023 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.731 52 A 0.879 0.001 0.092 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.002 0.010 0.916 0.061 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.002 0.008 0.017 0.961 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.001 0.018 0.026 0.802 0.030 0.116 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.004 0.016 0.006 0.698 0.043 0.126 0.001 0.027 0.002 0.001 0.065 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 57 H 0.001 0.223 0.012 0.467 0.015 0.111 0.001 0.036 0.018 0.007 0.026 0.068 0.010 0.001 0.001 0.003 58 T 0.033 0.100 0.025 0.445 0.016 0.127 0.009 0.017 0.032 0.012 0.075 0.049 0.037 0.002 0.004 0.018 59 L 0.032 0.055 0.302 0.199 0.028 0.094 0.030 0.012 0.013 0.007 0.069 0.045 0.084 0.005 0.010 0.016 60 H 0.024 0.105 0.103 0.325 0.018 0.137 0.022 0.029 0.007 0.005 0.044 0.059 0.090 0.009 0.010 0.012 61 A 0.018 0.215 0.114 0.438 0.004 0.021 0.009 0.013 0.023 0.004 0.020 0.016 0.040 0.002 0.009 0.054 62 H 0.052 0.018 0.131 0.285 0.014 0.230 0.032 0.005 0.012 0.009 0.022 0.056 0.104 0.007 0.005 0.016 63 P 0.023 0.067 0.061 0.050 0.084 0.230 0.020 0.030 0.002 0.002 0.255 0.035 0.121 0.011 0.005 0.006 64 S 0.004 0.037 0.007 0.040 0.197 0.027 0.080 0.036 0.004 0.005 0.199 0.129 0.026 0.199 0.007 0.002 65 Q 0.005 0.018 0.019 0.018 0.001 0.023 0.003 0.252 0.014 0.005 0.025 0.123 0.085 0.001 0.398 0.009 66 G 0.012 0.010 0.019 0.011 0.001 0.020 0.007 0.001 0.166 0.059 0.039 0.039 0.217 0.002 0.002 0.396 67 L 0.489 0.007 0.033 0.015 0.001 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.077 0.098 0.254 0.001 0.002 0.003 68 A 0.001 0.034 0.058 0.011 0.002 0.176 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 0.276 0.390 0.002 0.001 0.004 69 F 0.001 0.006 0.005 0.013 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.079 0.732 0.001 0.001 0.002 70 R 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.093 0.884 0.001 0.001 0.002 71 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.976 0.001 0.001 0.002 72 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.978 0.001 0.001 0.002 73 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.003 75 K 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.004 0.001 0.015 76 A 0.001 0.002 0.010 0.005 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.927 0.014 0.004 0.008 77 K 0.002 0.020 0.008 0.003 0.002 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.022 0.863 0.007 0.013 0.031 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.940 0.001 0.001 79 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.937 0.001 80 G 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 81 V 0.982 0.001 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 Q 0.001 0.805 0.169 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 A 0.007 0.002 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 V 0.001 0.001 0.700 0.297 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 V 0.001 0.006 0.003 0.930 0.027 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.047 0.001 0.927 0.002 0.015 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.001 0.038 0.006 0.645 0.008 0.280 0.001 0.003 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 P 0.013 0.081 0.030 0.495 0.037 0.193 0.001 0.011 0.002 0.003 0.124 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 90 P 0.003 0.272 0.027 0.432 0.013 0.108 0.002 0.014 0.007 0.002 0.026 0.087 0.003 0.001 0.001 0.001 91 M 0.009 0.083 0.056 0.276 0.034 0.285 0.018 0.011 0.008 0.007 0.090 0.061 0.042 0.005 0.006 0.009 92 A 0.014 0.103 0.048 0.075 0.009 0.252 0.008 0.037 0.004 0.004 0.200 0.111 0.103 0.004 0.012 0.014 93 W 0.014 0.083 0.022 0.036 0.009 0.114 0.011 0.010 0.018 0.005 0.312 0.175 0.151 0.008 0.011 0.022 94 E 0.023 0.046 0.035 0.027 0.002 0.028 0.006 0.008 0.003 0.002 0.173 0.397 0.216 0.005 0.016 0.014 95 D 0.007 0.041 0.036 0.012 0.004 0.070 0.011 0.005 0.005 0.002 0.043 0.244 0.470 0.013 0.011 0.025 96 R 0.007 0.005 0.018 0.008 0.001 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.105 0.039 0.760 0.005 0.011 0.009 97 N 0.005 0.026 0.022 0.007 0.001 0.014 0.001 0.003 0.002 0.001 0.029 0.140 0.726 0.001 0.006 0.017 98 R 0.011 0.015 0.037 0.031 0.001 0.012 0.008 0.001 0.003 0.001 0.023 0.034 0.764 0.001 0.002 0.056 99 L 0.006 0.003 0.101 0.017 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.798 0.001 0.001 0.002 100 K 0.001 0.012 0.019 0.022 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.032 0.871 0.001 0.001 0.002 101 A 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.025 0.932 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.954 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.974 0.002 0.001 0.009 104 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.957 0.005 0.006 0.010 105 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.103 0.812 0.002 0.004 106 E 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 0.004 0.002 0.070 0.002 0.854 0.008 107 G 0.002 0.007 0.014 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.049 0.023 0.001 0.006 0.031 0.004 0.001 0.849 108 L 0.873 0.002 0.039 0.010 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.041 0.001 0.003 0.003 109 P 0.004 0.183 0.382 0.050 0.002 0.149 0.005 0.006 0.002 0.002 0.053 0.033 0.113 0.002 0.004 0.011 110 S 0.019 0.169 0.029 0.414 0.004 0.059 0.005 0.003 0.005 0.001 0.059 0.074 0.141 0.002 0.002 0.015 111 Q 0.019 0.039 0.219 0.282 0.007 0.036 0.009 0.005 0.003 0.001 0.031 0.088 0.239 0.003 0.007 0.013 112 I 0.011 0.036 0.195 0.207 0.082 0.044 0.099 0.007 0.003 0.002 0.016 0.025 0.094 0.153 0.009 0.016 113 L 0.014 0.084 0.089 0.451 0.003 0.039 0.004 0.089 0.006 0.002 0.009 0.008 0.056 0.002 0.130 0.014 114 N 0.013 0.081 0.131 0.347 0.003 0.014 0.006 0.001 0.065 0.010 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.310 115 V 0.301 0.006 0.240 0.426 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 116 P 0.003 0.047 0.281 0.351 0.027 0.271 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 117 L 0.005 0.084 0.009 0.628 0.035 0.132 0.003 0.015 0.002 0.001 0.074 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 118 R 0.002 0.063 0.010 0.103 0.010 0.563 0.002 0.034 0.005 0.005 0.058 0.129 0.013 0.001 0.003 0.001 119 E 0.007 0.088 0.009 0.036 0.004 0.089 0.003 0.010 0.015 0.005 0.567 0.092 0.057 0.001 0.004 0.013 120 E 0.025 0.053 0.032 0.041 0.003 0.030 0.007 0.005 0.008 0.002 0.134 0.535 0.107 0.003 0.006 0.010 121 E 0.023 0.061 0.156 0.051 0.003 0.055 0.025 0.007 0.005 0.002 0.047 0.165 0.354 0.006 0.018 0.024 122 R 0.016 0.046 0.223 0.101 0.004 0.022 0.017 0.006 0.005 0.002 0.046 0.047 0.393 0.004 0.015 0.051 123 H 0.021 0.016 0.083 0.116 0.006 0.104 0.012 0.005 0.003 0.003 0.026 0.087 0.490 0.006 0.004 0.018 124 R 0.010 0.040 0.062 0.087 0.011 0.045 0.009 0.005 0.003 0.001 0.095 0.033 0.570 0.003 0.004 0.022 125 W 0.005 0.011 0.012 0.035 0.024 0.111 0.025 0.005 0.001 0.004 0.065 0.180 0.455 0.059 0.003 0.004 126 E 0.003 0.057 0.013 0.011 0.001 0.032 0.002 0.049 0.002 0.001 0.073 0.085 0.603 0.003 0.058 0.006 127 N 0.004 0.014 0.010 0.020 0.001 0.010 0.005 0.001 0.023 0.007 0.048 0.079 0.656 0.001 0.004 0.118 128 A 0.046 0.003 0.094 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.055 0.759 0.001 0.002 0.008 129 L 0.001 0.003 0.034 0.010 0.008 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 0.024 0.077 0.770 0.019 0.001 0.001 130 L 0.001 0.008 0.005 0.016 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.047 0.877 0.001 0.004 0.001 131 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.963 0.001 0.001 0.008 132 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 133 L 0.001 0.002 0.008 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.962 0.002 0.001 0.002 134 A 0.001 0.002 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.004 135 K 0.001 0.002 0.008 0.007 0.029 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.520 0.383 0.002 0.010 136 A 0.008 0.009 0.009 0.012 0.002 0.009 0.007 0.036 0.001 0.001 0.016 0.012 0.360 0.033 0.480 0.008 137 G 0.004 0.047 0.016 0.021 0.002 0.009 0.012 0.003 0.032 0.023 0.008 0.023 0.261 0.043 0.027 0.470 138 L 0.517 0.024 0.115 0.060 0.001 0.003 0.010 0.002 0.005 0.001 0.006 0.007 0.114 0.004 0.038 0.094 139 Q 0.019 0.008 0.812 0.061 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.042 0.001 0.002 0.024 140 V 0.029 0.035 0.231 0.311 0.092 0.180 0.025 0.007 0.001 0.001 0.014 0.006 0.044 0.019 0.002 0.005 141 V 0.005 0.103 0.035 0.559 0.054 0.074 0.014 0.046 0.005 0.002 0.051 0.015 0.023 0.003 0.008 0.003