# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.640 0.142 0.023 0.056 0.039 0.023 0.031 0.021 0.013 0.008 0.004 2 R 0.272 0.135 0.052 0.135 0.104 0.090 0.095 0.051 0.034 0.021 0.009 3 R 0.145 0.125 0.089 0.163 0.128 0.132 0.107 0.055 0.032 0.016 0.007 4 A 0.106 0.218 0.085 0.201 0.140 0.089 0.078 0.045 0.022 0.011 0.006 5 V 0.013 0.010 0.011 0.024 0.038 0.051 0.134 0.161 0.208 0.196 0.153 6 S 0.152 0.153 0.151 0.238 0.141 0.070 0.047 0.024 0.012 0.009 0.003 7 K 0.061 0.149 0.209 0.267 0.140 0.086 0.046 0.024 0.011 0.006 0.002 8 P 0.096 0.094 0.050 0.113 0.120 0.108 0.150 0.123 0.072 0.046 0.029 9 A 0.030 0.015 0.015 0.037 0.054 0.085 0.202 0.186 0.172 0.123 0.082 10 D 0.152 0.193 0.303 0.238 0.080 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 11 A 0.021 0.019 0.039 0.059 0.085 0.099 0.171 0.145 0.143 0.121 0.099 12 L 0.038 0.047 0.043 0.093 0.114 0.113 0.173 0.132 0.112 0.086 0.049 13 R 0.059 0.109 0.159 0.203 0.133 0.116 0.107 0.055 0.033 0.020 0.007 14 V 0.043 0.047 0.100 0.149 0.140 0.166 0.149 0.093 0.059 0.035 0.019 15 G 0.145 0.097 0.054 0.105 0.085 0.082 0.160 0.105 0.083 0.052 0.029 16 F 0.015 0.015 0.025 0.056 0.074 0.093 0.147 0.142 0.167 0.148 0.118 17 Y 0.024 0.028 0.056 0.067 0.085 0.131 0.180 0.132 0.137 0.107 0.053 18 R 0.024 0.084 0.113 0.214 0.171 0.116 0.126 0.071 0.044 0.024 0.014 19 A 0.017 0.013 0.021 0.030 0.045 0.063 0.131 0.154 0.187 0.168 0.172 20 Q 0.137 0.120 0.088 0.181 0.132 0.093 0.110 0.058 0.043 0.025 0.014 21 E 0.012 0.017 0.034 0.069 0.091 0.091 0.162 0.163 0.150 0.118 0.093 22 T 0.016 0.024 0.034 0.058 0.078 0.098 0.156 0.145 0.157 0.143 0.090 23 A 0.017 0.042 0.059 0.128 0.135 0.127 0.191 0.119 0.096 0.056 0.030 24 L 0.004 0.005 0.015 0.027 0.046 0.069 0.126 0.169 0.191 0.201 0.148 25 A 0.004 0.015 0.028 0.054 0.068 0.088 0.167 0.154 0.184 0.157 0.081 26 L 0.003 0.004 0.011 0.027 0.053 0.074 0.132 0.141 0.196 0.192 0.167 27 L 0.004 0.003 0.011 0.013 0.023 0.034 0.072 0.108 0.210 0.268 0.253 28 R 0.007 0.025 0.037 0.118 0.152 0.183 0.235 0.099 0.082 0.043 0.019 29 L 0.003 0.003 0.005 0.007 0.013 0.021 0.069 0.094 0.204 0.226 0.356 30 D 0.159 0.296 0.117 0.224 0.119 0.038 0.024 0.011 0.006 0.003 0.002 31 G 0.374 0.186 0.044 0.111 0.073 0.055 0.070 0.039 0.024 0.015 0.009 32 A 0.373 0.257 0.027 0.102 0.066 0.055 0.053 0.030 0.017 0.012 0.007 33 Q 0.463 0.196 0.048 0.120 0.067 0.041 0.032 0.018 0.009 0.005 0.003 34 G 0.460 0.173 0.049 0.121 0.077 0.050 0.034 0.019 0.008 0.005 0.003 35 W 0.010 0.051 0.017 0.042 0.053 0.082 0.149 0.139 0.185 0.159 0.113 36 P 0.033 0.043 0.024 0.093 0.156 0.188 0.227 0.119 0.066 0.035 0.015 37 E 0.557 0.111 0.188 0.106 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 F 0.028 0.031 0.037 0.136 0.168 0.185 0.241 0.099 0.043 0.021 0.011 39 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.011 0.036 0.092 0.218 0.298 0.323 40 R 0.002 0.007 0.033 0.072 0.166 0.258 0.273 0.105 0.049 0.028 0.007 41 R 0.005 0.019 0.754 0.151 0.045 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 42 A 0.002 0.003 0.014 0.030 0.065 0.212 0.388 0.156 0.073 0.042 0.015 43 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.024 0.057 0.229 0.336 0.340 44 L 0.001 0.001 0.017 0.020 0.055 0.140 0.263 0.149 0.161 0.134 0.059 45 R 0.003 0.026 0.640 0.193 0.084 0.030 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 46 A 0.002 0.002 0.013 0.010 0.024 0.072 0.190 0.166 0.189 0.187 0.145 47 F 0.002 0.003 0.004 0.010 0.017 0.048 0.106 0.120 0.237 0.270 0.182 48 G 0.040 0.080 0.135 0.206 0.171 0.110 0.130 0.066 0.035 0.019 0.010 49 A 0.052 0.085 0.178 0.176 0.158 0.133 0.101 0.055 0.027 0.021 0.014 50 S 0.098 0.108 0.047 0.099 0.100 0.130 0.202 0.112 0.058 0.032 0.016 51 G 0.337 0.163 0.033 0.124 0.091 0.068 0.070 0.049 0.030 0.021 0.014 52 A 0.020 0.012 0.011 0.019 0.029 0.055 0.109 0.115 0.208 0.204 0.218 53 S 0.073 0.177 0.086 0.295 0.197 0.080 0.051 0.020 0.011 0.006 0.004 54 L 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.016 0.041 0.074 0.192 0.240 0.422 55 R 0.047 0.150 0.077 0.310 0.236 0.077 0.051 0.028 0.013 0.006 0.004 56 L 0.002 0.002 0.004 0.009 0.016 0.029 0.071 0.115 0.212 0.248 0.293 57 H 0.054 0.078 0.087 0.225 0.211 0.130 0.090 0.056 0.034 0.021 0.014 58 T 0.031 0.042 0.043 0.106 0.096 0.120 0.194 0.129 0.117 0.082 0.041 59 L 0.013 0.016 0.014 0.035 0.044 0.086 0.128 0.115 0.194 0.192 0.163 60 H 0.144 0.118 0.060 0.154 0.135 0.103 0.130 0.067 0.048 0.026 0.013 61 A 0.239 0.115 0.098 0.170 0.114 0.084 0.079 0.046 0.028 0.017 0.010 62 H 0.064 0.093 0.031 0.083 0.089 0.126 0.175 0.109 0.103 0.078 0.048 63 P 0.109 0.137 0.028 0.106 0.098 0.092 0.151 0.111 0.082 0.056 0.030 64 S 0.443 0.266 0.070 0.114 0.051 0.025 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 65 Q 0.364 0.165 0.066 0.147 0.094 0.062 0.055 0.026 0.012 0.006 0.003 66 G 0.229 0.222 0.064 0.169 0.104 0.072 0.071 0.037 0.018 0.010 0.004 67 L 0.020 0.010 0.014 0.028 0.050 0.124 0.213 0.142 0.174 0.136 0.090 68 A 0.063 0.189 0.235 0.283 0.136 0.043 0.027 0.014 0.005 0.003 0.001 69 F 0.001 0.005 0.018 0.029 0.051 0.148 0.257 0.165 0.167 0.124 0.034 70 R 0.021 0.029 0.115 0.138 0.157 0.194 0.213 0.079 0.034 0.016 0.005 71 E 0.023 0.036 0.466 0.241 0.115 0.055 0.041 0.017 0.004 0.002 0.001 72 A 0.001 0.003 0.025 0.017 0.032 0.142 0.246 0.131 0.176 0.168 0.059 73 L 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.048 0.174 0.144 0.256 0.252 0.093 74 R 0.005 0.017 0.571 0.143 0.095 0.080 0.057 0.018 0.008 0.004 0.001 75 K 0.006 0.034 0.625 0.189 0.087 0.033 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 76 A 0.005 0.005 0.012 0.010 0.020 0.045 0.144 0.197 0.197 0.209 0.154 77 K 0.051 0.065 0.075 0.126 0.152 0.124 0.198 0.118 0.050 0.030 0.011 78 E 0.049 0.112 0.579 0.152 0.058 0.027 0.014 0.005 0.002 0.002 0.001 79 E 0.087 0.102 0.177 0.135 0.122 0.156 0.145 0.046 0.018 0.009 0.004 80 G 0.432 0.210 0.055 0.100 0.053 0.036 0.057 0.031 0.016 0.007 0.003 81 V 0.015 0.008 0.016 0.020 0.029 0.057 0.142 0.129 0.212 0.210 0.160 82 Q 0.012 0.093 0.266 0.274 0.173 0.089 0.049 0.021 0.013 0.007 0.003 83 A 0.002 0.007 0.026 0.031 0.051 0.086 0.170 0.186 0.182 0.156 0.103 84 V 0.001 0.003 0.006 0.010 0.021 0.047 0.102 0.152 0.223 0.232 0.203 85 L 0.002 0.003 0.007 0.017 0.028 0.032 0.087 0.165 0.223 0.246 0.190 86 V 0.002 0.003 0.013 0.020 0.041 0.047 0.095 0.152 0.204 0.231 0.192 87 L 0.002 0.003 0.010 0.015 0.028 0.033 0.088 0.134 0.227 0.238 0.221 88 T 0.006 0.010 0.018 0.040 0.066 0.083 0.157 0.169 0.193 0.151 0.108 89 P 0.060 0.074 0.072 0.148 0.154 0.115 0.160 0.099 0.064 0.032 0.022 90 P 0.109 0.089 0.066 0.119 0.111 0.100 0.163 0.100 0.068 0.044 0.030 91 M 0.180 0.114 0.055 0.123 0.115 0.099 0.136 0.075 0.052 0.030 0.020 92 A 0.335 0.363 0.072 0.106 0.048 0.027 0.027 0.011 0.006 0.003 0.002 93 W 0.177 0.122 0.060 0.128 0.123 0.108 0.133 0.064 0.044 0.025 0.016 94 E 0.678 0.147 0.056 0.068 0.028 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 95 D 0.070 0.243 0.139 0.208 0.115 0.085 0.077 0.035 0.017 0.009 0.003 96 R 0.021 0.027 0.041 0.088 0.137 0.182 0.216 0.138 0.081 0.050 0.018 97 N 0.238 0.134 0.324 0.159 0.057 0.037 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 98 R 0.010 0.039 0.290 0.288 0.164 0.109 0.064 0.023 0.008 0.004 0.001 99 L 0.002 0.002 0.007 0.005 0.012 0.023 0.080 0.135 0.205 0.301 0.227 100 K 0.005 0.040 0.163 0.232 0.238 0.138 0.095 0.051 0.023 0.012 0.003 101 A 0.018 0.016 0.278 0.104 0.105 0.140 0.165 0.096 0.041 0.027 0.008 102 L 0.025 0.034 0.189 0.200 0.149 0.160 0.157 0.052 0.021 0.009 0.004 103 L 0.002 0.004 0.014 0.012 0.019 0.033 0.103 0.124 0.224 0.223 0.242 104 L 0.001 0.002 0.007 0.010 0.024 0.044 0.101 0.107 0.215 0.252 0.238 105 R 0.026 0.094 0.363 0.203 0.130 0.073 0.062 0.023 0.015 0.008 0.004 106 E 0.037 0.053 0.154 0.192 0.169 0.151 0.136 0.062 0.025 0.012 0.008 107 G 0.161 0.093 0.053 0.082 0.071 0.084 0.155 0.111 0.088 0.062 0.040 108 L 0.013 0.017 0.014 0.035 0.045 0.066 0.137 0.149 0.206 0.171 0.146 109 P 0.044 0.065 0.076 0.130 0.136 0.121 0.133 0.102 0.087 0.063 0.044 110 S 0.032 0.038 0.061 0.096 0.100 0.123 0.183 0.122 0.115 0.080 0.050 111 Q 0.005 0.009 0.014 0.031 0.056 0.076 0.180 0.213 0.180 0.137 0.099 112 I 0.003 0.005 0.011 0.023 0.031 0.034 0.069 0.127 0.214 0.261 0.222 113 L 0.004 0.006 0.014 0.024 0.040 0.066 0.132 0.148 0.225 0.202 0.139 114 N 0.019 0.037 0.054 0.125 0.141 0.124 0.172 0.123 0.101 0.067 0.036 115 V 0.012 0.009 0.015 0.025 0.040 0.062 0.134 0.164 0.209 0.188 0.143 116 P 0.133 0.108 0.068 0.162 0.145 0.090 0.119 0.076 0.051 0.029 0.019 117 L 0.031 0.032 0.028 0.047 0.061 0.079 0.173 0.142 0.167 0.134 0.104 118 R 0.178 0.252 0.094 0.178 0.123 0.064 0.055 0.025 0.016 0.009 0.006 119 E 0.415 0.310 0.063 0.101 0.044 0.025 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 120 E 0.437 0.169 0.044 0.122 0.080 0.049 0.044 0.026 0.014 0.009 0.005 121 E 0.344 0.194 0.072 0.131 0.077 0.060 0.063 0.032 0.015 0.009 0.003 122 R 0.083 0.113 0.132 0.263 0.166 0.109 0.071 0.035 0.016 0.009 0.004 123 H 0.016 0.016 0.033 0.032 0.042 0.111 0.192 0.144 0.175 0.160 0.079 124 R 0.016 0.092 0.154 0.271 0.186 0.107 0.083 0.045 0.026 0.014 0.007 125 W 0.011 0.012 0.047 0.050 0.070 0.105 0.181 0.179 0.147 0.125 0.072 126 E 0.060 0.086 0.177 0.221 0.146 0.109 0.101 0.049 0.029 0.014 0.007 127 N 0.013 0.017 0.046 0.069 0.084 0.099 0.196 0.172 0.134 0.094 0.076 128 A 0.005 0.009 0.025 0.030 0.047 0.075 0.133 0.129 0.196 0.185 0.166 129 L 0.006 0.015 0.041 0.053 0.084 0.089 0.196 0.149 0.168 0.120 0.081 130 L 0.002 0.004 0.016 0.021 0.036 0.055 0.127 0.174 0.214 0.204 0.146 131 G 0.009 0.021 0.039 0.067 0.083 0.097 0.182 0.147 0.161 0.120 0.076 132 L 0.002 0.003 0.009 0.013 0.026 0.028 0.095 0.185 0.224 0.217 0.198 133 L 0.002 0.004 0.013 0.022 0.041 0.039 0.081 0.150 0.195 0.225 0.228 134 A 0.002 0.003 0.014 0.016 0.029 0.038 0.092 0.128 0.218 0.231 0.229 135 K 0.005 0.014 0.048 0.062 0.106 0.097 0.180 0.155 0.151 0.108 0.076 136 A 0.007 0.011 0.035 0.048 0.068 0.078 0.174 0.180 0.179 0.134 0.086 137 G 0.170 0.146 0.146 0.188 0.095 0.070 0.081 0.040 0.035 0.018 0.012 138 L 0.057 0.040 0.052 0.082 0.092 0.087 0.174 0.136 0.120 0.078 0.082 139 Q 0.050 0.062 0.063 0.104 0.125 0.102 0.139 0.137 0.096 0.068 0.055 140 V 0.139 0.148 0.106 0.135 0.114 0.082 0.109 0.069 0.049 0.030 0.020 141 V 0.176 0.084 0.072 0.119 0.120 0.085 0.130 0.094 0.059 0.035 0.026