# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.024 0.004 0.002 0.014 0.010 0.021 0.050 0.001 0.001 0.003 0.871 2 R 0.006 0.001 0.002 0.005 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.965 3 R 0.035 0.006 0.003 0.043 0.069 0.081 0.136 0.001 0.001 0.006 0.620 4 A 0.055 0.007 0.001 0.029 0.034 0.039 0.070 0.001 0.001 0.003 0.762 5 V 0.095 0.035 0.001 0.075 0.067 0.141 0.051 0.001 0.001 0.002 0.532 6 S 0.064 0.038 0.004 0.060 0.050 0.101 0.160 0.004 0.001 0.010 0.508 7 K 0.107 0.032 0.010 0.034 0.035 0.047 0.145 0.002 0.001 0.005 0.585 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 A 0.022 0.011 0.002 0.034 0.074 0.199 0.127 0.001 0.001 0.008 0.522 10 D 0.115 0.063 0.002 0.025 0.036 0.041 0.088 0.001 0.001 0.006 0.624 11 A 0.167 0.270 0.005 0.033 0.061 0.069 0.053 0.001 0.001 0.002 0.341 12 L 0.097 0.421 0.002 0.040 0.038 0.084 0.083 0.004 0.001 0.005 0.225 13 R 0.179 0.342 0.003 0.027 0.027 0.039 0.083 0.010 0.001 0.005 0.284 14 V 0.163 0.418 0.015 0.033 0.027 0.041 0.025 0.014 0.001 0.005 0.260 15 G 0.134 0.196 0.030 0.061 0.056 0.086 0.071 0.019 0.001 0.011 0.336 16 F 0.070 0.150 0.078 0.053 0.038 0.066 0.082 0.006 0.001 0.007 0.449 17 Y 0.044 0.113 0.015 0.108 0.169 0.266 0.045 0.002 0.001 0.004 0.235 18 R 0.038 0.105 0.005 0.048 0.051 0.074 0.112 0.004 0.001 0.007 0.556 19 A 0.089 0.202 0.006 0.077 0.077 0.118 0.049 0.002 0.001 0.003 0.378 20 Q 0.036 0.176 0.003 0.049 0.076 0.157 0.079 0.005 0.001 0.006 0.412 21 E 0.142 0.113 0.016 0.043 0.046 0.084 0.115 0.005 0.001 0.009 0.428 22 T 0.068 0.225 0.005 0.029 0.087 0.126 0.070 0.004 0.001 0.007 0.379 23 A 0.087 0.120 0.015 0.044 0.175 0.277 0.063 0.005 0.001 0.011 0.202 24 L 0.040 0.235 0.020 0.052 0.140 0.214 0.048 0.004 0.001 0.006 0.241 25 A 0.041 0.051 0.005 0.098 0.325 0.416 0.009 0.001 0.001 0.001 0.053 26 L 0.023 0.180 0.003 0.049 0.211 0.269 0.026 0.005 0.001 0.003 0.231 27 L 0.031 0.031 0.001 0.088 0.350 0.409 0.005 0.001 0.001 0.001 0.084 28 R 0.013 0.049 0.002 0.067 0.223 0.414 0.042 0.008 0.001 0.003 0.179 29 L 0.031 0.047 0.010 0.086 0.244 0.415 0.043 0.003 0.001 0.004 0.117 30 D 0.012 0.029 0.002 0.039 0.070 0.136 0.199 0.005 0.001 0.006 0.501 31 G 0.160 0.007 0.016 0.014 0.027 0.030 0.138 0.004 0.001 0.096 0.509 32 A 0.328 0.015 0.015 0.008 0.004 0.004 0.149 0.001 0.001 0.015 0.461 33 Q 0.009 0.007 0.002 0.005 0.003 0.007 0.367 0.001 0.001 0.004 0.595 34 G 0.109 0.015 0.006 0.014 0.010 0.033 0.210 0.003 0.001 0.036 0.565 35 W 0.084 0.060 0.019 0.006 0.011 0.021 0.269 0.001 0.001 0.003 0.524 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 E 0.006 0.034 0.001 0.003 0.006 0.017 0.098 0.001 0.001 0.001 0.834 38 F 0.062 0.379 0.001 0.002 0.002 0.002 0.136 0.001 0.001 0.001 0.414 39 L 0.061 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.083 40 R 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 41 R 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 42 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 45 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 46 A 0.013 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 47 F 0.010 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 48 G 0.034 0.876 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.041 0.001 0.001 0.037 49 A 0.107 0.681 0.038 0.004 0.003 0.005 0.007 0.053 0.001 0.001 0.101 50 S 0.180 0.284 0.015 0.013 0.010 0.008 0.035 0.192 0.001 0.004 0.258 51 G 0.550 0.022 0.079 0.018 0.008 0.007 0.023 0.036 0.001 0.019 0.240 52 A 0.098 0.019 0.520 0.080 0.024 0.019 0.095 0.002 0.001 0.005 0.137 53 S 0.007 0.003 0.007 0.390 0.070 0.069 0.109 0.001 0.001 0.006 0.338 54 L 0.009 0.003 0.004 0.443 0.105 0.112 0.046 0.001 0.001 0.005 0.272 55 R 0.004 0.003 0.001 0.688 0.059 0.139 0.029 0.001 0.001 0.001 0.076 56 L 0.007 0.003 0.001 0.392 0.067 0.143 0.048 0.001 0.001 0.001 0.337 57 H 0.003 0.004 0.001 0.479 0.107 0.155 0.051 0.001 0.001 0.005 0.195 58 T 0.019 0.006 0.002 0.134 0.043 0.069 0.144 0.001 0.001 0.006 0.576 59 L 0.041 0.013 0.001 0.227 0.050 0.108 0.172 0.001 0.001 0.005 0.382 60 H 0.076 0.008 0.002 0.078 0.034 0.074 0.228 0.002 0.001 0.009 0.487 61 A 0.041 0.007 0.003 0.022 0.006 0.013 0.025 0.002 0.001 0.004 0.879 62 H 0.114 0.022 0.008 0.041 0.036 0.053 0.133 0.002 0.001 0.005 0.586 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 S 0.015 0.012 0.001 0.016 0.017 0.065 0.209 0.001 0.001 0.004 0.661 65 Q 0.334 0.018 0.002 0.009 0.005 0.008 0.082 0.002 0.001 0.006 0.534 66 G 0.512 0.039 0.003 0.007 0.004 0.009 0.038 0.002 0.001 0.005 0.381 67 L 0.230 0.077 0.041 0.020 0.016 0.020 0.147 0.002 0.001 0.006 0.442 68 A 0.031 0.061 0.003 0.010 0.012 0.017 0.191 0.001 0.001 0.003 0.670 69 F 0.050 0.134 0.005 0.013 0.011 0.025 0.163 0.002 0.001 0.003 0.593 70 R 0.038 0.375 0.001 0.005 0.008 0.018 0.109 0.001 0.001 0.001 0.445 71 E 0.019 0.578 0.001 0.001 0.002 0.003 0.124 0.001 0.001 0.001 0.271 72 A 0.007 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.062 73 L 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 74 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 75 K 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 76 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 K 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 78 E 0.031 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 0.021 79 E 0.282 0.503 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.155 0.001 0.001 0.049 80 G 0.672 0.076 0.032 0.003 0.002 0.002 0.007 0.123 0.001 0.002 0.081 81 V 0.056 0.024 0.755 0.014 0.007 0.005 0.016 0.008 0.001 0.002 0.113 82 Q 0.013 0.007 0.019 0.319 0.348 0.111 0.061 0.002 0.001 0.003 0.118 83 A 0.003 0.001 0.001 0.159 0.023 0.022 0.026 0.001 0.001 0.001 0.765 84 V 0.002 0.001 0.001 0.851 0.043 0.061 0.013 0.001 0.001 0.001 0.030 85 L 0.001 0.001 0.001 0.898 0.032 0.037 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 86 V 0.001 0.001 0.001 0.898 0.028 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 87 L 0.001 0.001 0.001 0.830 0.024 0.083 0.012 0.001 0.001 0.001 0.049 88 T 0.001 0.001 0.001 0.507 0.065 0.110 0.081 0.001 0.001 0.003 0.231 89 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 90 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.958 91 M 0.127 0.001 0.001 0.016 0.006 0.014 0.122 0.001 0.001 0.009 0.705 92 A 0.118 0.006 0.001 0.007 0.005 0.008 0.082 0.001 0.001 0.002 0.770 93 W 0.110 0.043 0.001 0.011 0.012 0.024 0.150 0.001 0.001 0.005 0.644 94 E 0.180 0.096 0.002 0.008 0.012 0.020 0.155 0.002 0.001 0.005 0.521 95 D 0.072 0.197 0.002 0.004 0.007 0.011 0.144 0.003 0.001 0.003 0.557 96 R 0.100 0.278 0.006 0.006 0.010 0.016 0.116 0.005 0.001 0.004 0.458 97 N 0.084 0.439 0.004 0.004 0.008 0.013 0.101 0.006 0.001 0.005 0.336 98 R 0.181 0.402 0.021 0.006 0.008 0.010 0.097 0.004 0.001 0.003 0.268 99 L 0.027 0.722 0.017 0.006 0.010 0.012 0.030 0.002 0.001 0.002 0.173 100 K 0.023 0.748 0.018 0.015 0.012 0.023 0.022 0.003 0.001 0.002 0.135 101 A 0.018 0.810 0.004 0.007 0.015 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.115 102 L 0.011 0.903 0.002 0.003 0.007 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.056 103 L 0.011 0.950 0.003 0.001 0.006 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.018 104 L 0.026 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.023 105 R 0.040 0.886 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.028 0.001 0.001 0.021 106 E 0.178 0.698 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.001 0.001 0.051 107 G 0.417 0.221 0.026 0.002 0.002 0.003 0.007 0.246 0.001 0.003 0.073 108 L 0.062 0.061 0.775 0.005 0.003 0.004 0.018 0.005 0.001 0.002 0.066 109 P 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.978 110 S 0.020 0.023 0.008 0.044 0.048 0.075 0.120 0.002 0.001 0.014 0.646 111 Q 0.175 0.117 0.006 0.114 0.047 0.054 0.132 0.004 0.001 0.005 0.345 112 I 0.202 0.098 0.002 0.086 0.068 0.081 0.056 0.002 0.001 0.002 0.401 113 L 0.068 0.154 0.006 0.212 0.119 0.159 0.045 0.003 0.001 0.006 0.228 114 N 0.081 0.074 0.008 0.080 0.043 0.078 0.099 0.022 0.001 0.006 0.509 115 V 0.178 0.055 0.011 0.128 0.071 0.136 0.045 0.004 0.001 0.003 0.368 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 117 L 0.017 0.005 0.004 0.028 0.063 0.150 0.073 0.001 0.001 0.005 0.654 118 R 0.066 0.015 0.002 0.021 0.014 0.027 0.076 0.001 0.001 0.003 0.775 119 E 0.077 0.027 0.002 0.011 0.013 0.024 0.228 0.001 0.001 0.003 0.614 120 E 0.174 0.109 0.002 0.010 0.008 0.017 0.153 0.002 0.001 0.008 0.517 121 E 0.154 0.181 0.001 0.006 0.006 0.011 0.173 0.003 0.001 0.004 0.461 122 R 0.092 0.254 0.006 0.005 0.003 0.006 0.099 0.003 0.001 0.004 0.528 123 H 0.105 0.443 0.015 0.010 0.012 0.018 0.091 0.005 0.001 0.004 0.296 124 R 0.052 0.494 0.008 0.009 0.010 0.015 0.049 0.003 0.001 0.002 0.357 125 W 0.012 0.776 0.007 0.005 0.011 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 0.153 126 E 0.029 0.830 0.003 0.006 0.008 0.012 0.026 0.002 0.001 0.001 0.082 127 N 0.005 0.969 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 128 A 0.015 0.936 0.002 0.003 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.030 129 L 0.012 0.952 0.004 0.002 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 130 L 0.011 0.959 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 131 G 0.013 0.903 0.006 0.004 0.005 0.009 0.003 0.009 0.001 0.001 0.047 132 L 0.077 0.752 0.041 0.012 0.007 0.012 0.017 0.009 0.001 0.001 0.072 133 L 0.023 0.891 0.005 0.006 0.015 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.036 134 A 0.045 0.782 0.014 0.013 0.019 0.025 0.009 0.009 0.001 0.002 0.082 135 K 0.039 0.791 0.008 0.013 0.012 0.020 0.017 0.013 0.001 0.001 0.086 136 A 0.117 0.643 0.008 0.018 0.019 0.033 0.014 0.014 0.001 0.002 0.130 137 G 0.173 0.370 0.010 0.035 0.024 0.043 0.048 0.053 0.001 0.004 0.239 138 L 0.121 0.193 0.085 0.030 0.026 0.042 0.022 0.021 0.001 0.006 0.454 139 Q 0.097 0.112 0.069 0.148 0.100 0.112 0.072 0.006 0.001 0.006 0.279 140 V 0.004 0.009 0.004 0.020 0.009 0.016 0.019 0.001 0.001 0.001 0.917 141 V 0.032 0.045 0.005 0.156 0.122 0.264 0.048 0.001 0.001 0.005 0.323