# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.34599 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.051 0.012 0.016 0.014 0.021 0.068 0.011 0.807 2 R 0.104 0.012 0.032 0.027 0.044 0.078 0.016 0.686 3 R 0.089 0.013 0.059 0.052 0.060 0.104 0.010 0.615 4 A 0.032 0.009 0.026 0.038 0.039 0.092 0.004 0.759 5 V 0.046 0.015 0.094 0.104 0.224 0.072 0.005 0.440 6 S 0.027 0.022 0.043 0.042 0.079 0.108 0.006 0.672 7 K 0.078 0.013 0.036 0.049 0.062 0.107 0.006 0.649 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 A 0.016 0.010 0.050 0.076 0.201 0.160 0.003 0.484 10 D 0.074 0.067 0.033 0.051 0.065 0.121 0.007 0.583 11 A 0.071 0.243 0.046 0.048 0.113 0.054 0.006 0.417 12 L 0.084 0.230 0.119 0.109 0.123 0.134 0.011 0.189 13 R 0.133 0.244 0.051 0.048 0.071 0.090 0.033 0.330 14 V 0.122 0.288 0.073 0.042 0.102 0.043 0.034 0.297 15 G 0.142 0.080 0.115 0.058 0.064 0.148 0.033 0.359 16 F 0.045 0.040 0.127 0.074 0.080 0.120 0.012 0.501 17 Y 0.020 0.025 0.185 0.206 0.259 0.052 0.005 0.247 18 R 0.022 0.063 0.061 0.084 0.127 0.129 0.005 0.508 19 A 0.031 0.114 0.135 0.067 0.158 0.076 0.006 0.413 20 Q 0.033 0.149 0.088 0.109 0.232 0.070 0.009 0.310 21 E 0.065 0.117 0.082 0.128 0.149 0.101 0.016 0.342 22 T 0.034 0.158 0.061 0.156 0.196 0.087 0.013 0.295 23 A 0.032 0.174 0.069 0.151 0.333 0.041 0.007 0.193 24 L 0.015 0.185 0.067 0.195 0.382 0.023 0.007 0.127 25 A 0.023 0.077 0.103 0.331 0.355 0.024 0.010 0.078 26 L 0.022 0.078 0.074 0.294 0.383 0.011 0.007 0.131 27 L 0.010 0.035 0.058 0.432 0.406 0.006 0.004 0.048 28 R 0.015 0.031 0.060 0.225 0.433 0.028 0.010 0.198 29 L 0.044 0.027 0.077 0.240 0.380 0.043 0.014 0.174 30 D 0.020 0.012 0.025 0.055 0.084 0.114 0.011 0.677 31 G 0.062 0.007 0.023 0.021 0.052 0.096 0.023 0.716 32 A 0.211 0.018 0.024 0.016 0.030 0.314 0.015 0.371 33 Q 0.044 0.006 0.012 0.008 0.011 0.123 0.006 0.789 34 G 0.059 0.018 0.024 0.011 0.025 0.218 0.009 0.635 35 W 0.091 0.019 0.019 0.008 0.014 0.243 0.004 0.602 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 E 0.003 0.022 0.003 0.001 0.005 0.103 0.001 0.861 38 F 0.109 0.248 0.005 0.001 0.004 0.193 0.004 0.437 39 L 0.033 0.867 0.003 0.001 0.002 0.025 0.001 0.069 40 R 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 41 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 42 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 43 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 44 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 45 R 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 46 A 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 47 F 0.017 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 48 G 0.072 0.757 0.043 0.012 0.008 0.009 0.042 0.056 49 A 0.124 0.446 0.108 0.022 0.017 0.027 0.098 0.158 50 S 0.169 0.122 0.063 0.021 0.012 0.084 0.144 0.384 51 G 0.282 0.019 0.184 0.018 0.014 0.077 0.085 0.320 52 A 0.082 0.008 0.523 0.061 0.023 0.141 0.008 0.153 53 S 0.008 0.002 0.315 0.122 0.160 0.112 0.002 0.278 54 L 0.005 0.001 0.234 0.269 0.294 0.034 0.001 0.161 55 R 0.002 0.001 0.388 0.124 0.261 0.060 0.001 0.163 56 L 0.005 0.003 0.222 0.163 0.290 0.058 0.002 0.258 57 H 0.007 0.005 0.220 0.118 0.199 0.164 0.005 0.281 58 T 0.034 0.008 0.081 0.081 0.115 0.151 0.015 0.514 59 L 0.072 0.033 0.099 0.085 0.166 0.135 0.010 0.400 60 H 0.045 0.034 0.039 0.079 0.129 0.215 0.010 0.449 61 A 0.075 0.037 0.017 0.028 0.060 0.079 0.017 0.688 62 H 0.176 0.046 0.035 0.053 0.094 0.103 0.009 0.485 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 64 S 0.023 0.015 0.022 0.016 0.045 0.171 0.006 0.703 65 Q 0.312 0.025 0.015 0.006 0.009 0.062 0.015 0.554 66 G 0.241 0.044 0.031 0.010 0.017 0.103 0.021 0.534 67 L 0.187 0.053 0.085 0.021 0.026 0.197 0.011 0.421 68 A 0.043 0.066 0.047 0.020 0.028 0.245 0.005 0.546 69 F 0.037 0.150 0.038 0.017 0.063 0.122 0.006 0.568 70 R 0.043 0.364 0.031 0.013 0.044 0.099 0.004 0.402 71 E 0.021 0.431 0.010 0.005 0.012 0.098 0.004 0.419 72 A 0.021 0.783 0.004 0.002 0.006 0.041 0.004 0.139 73 L 0.027 0.891 0.004 0.002 0.006 0.017 0.004 0.051 74 R 0.007 0.934 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.042 75 K 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.047 76 A 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 77 K 0.015 0.952 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.021 78 E 0.017 0.930 0.003 0.001 0.002 0.003 0.009 0.036 79 E 0.122 0.780 0.005 0.002 0.003 0.003 0.039 0.046 80 G 0.470 0.251 0.047 0.008 0.007 0.014 0.107 0.095 81 V 0.072 0.058 0.513 0.080 0.021 0.032 0.017 0.207 82 Q 0.010 0.006 0.410 0.261 0.135 0.021 0.005 0.154 83 A 0.012 0.007 0.404 0.119 0.107 0.039 0.004 0.309 84 V 0.002 0.001 0.908 0.022 0.029 0.012 0.001 0.027 85 L 0.001 0.001 0.924 0.035 0.031 0.003 0.001 0.006 86 V 0.001 0.001 0.918 0.028 0.043 0.002 0.001 0.008 87 L 0.001 0.001 0.904 0.025 0.038 0.006 0.001 0.025 88 T 0.001 0.001 0.678 0.050 0.088 0.056 0.001 0.125 89 P 0.001 0.001 0.011 0.002 0.003 0.010 0.001 0.974 90 P 0.002 0.001 0.044 0.007 0.021 0.068 0.001 0.857 91 M 0.045 0.002 0.034 0.012 0.037 0.132 0.004 0.735 92 A 0.078 0.006 0.007 0.008 0.013 0.095 0.004 0.790 93 W 0.172 0.016 0.010 0.013 0.029 0.078 0.005 0.677 94 E 0.157 0.030 0.007 0.009 0.009 0.220 0.006 0.562 95 D 0.166 0.071 0.005 0.009 0.015 0.163 0.011 0.560 96 R 0.169 0.249 0.010 0.009 0.025 0.067 0.009 0.462 97 N 0.049 0.235 0.006 0.007 0.011 0.236 0.008 0.449 98 R 0.062 0.316 0.011 0.005 0.009 0.241 0.010 0.347 99 L 0.027 0.821 0.005 0.002 0.005 0.028 0.003 0.108 100 K 0.011 0.877 0.005 0.002 0.007 0.026 0.002 0.070 101 A 0.003 0.950 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.031 102 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 103 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 104 L 0.006 0.982 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 105 R 0.012 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 106 E 0.047 0.893 0.003 0.001 0.001 0.003 0.029 0.022 107 G 0.316 0.382 0.028 0.003 0.003 0.008 0.202 0.057 108 L 0.131 0.325 0.262 0.024 0.015 0.045 0.025 0.173 109 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 110 S 0.027 0.053 0.041 0.020 0.069 0.147 0.009 0.633 111 Q 0.406 0.135 0.038 0.023 0.029 0.059 0.015 0.294 112 I 0.211 0.198 0.074 0.070 0.081 0.043 0.010 0.314 113 L 0.109 0.164 0.080 0.173 0.203 0.043 0.018 0.209 114 N 0.224 0.122 0.028 0.061 0.109 0.037 0.054 0.365 115 V 0.251 0.071 0.058 0.108 0.120 0.052 0.023 0.315 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 117 L 0.013 0.005 0.034 0.042 0.116 0.164 0.003 0.623 118 R 0.060 0.015 0.011 0.011 0.021 0.098 0.004 0.779 119 E 0.040 0.031 0.013 0.009 0.026 0.109 0.005 0.768 120 E 0.056 0.048 0.016 0.005 0.010 0.288 0.009 0.567 121 E 0.232 0.122 0.014 0.007 0.011 0.214 0.019 0.382 122 R 0.081 0.342 0.008 0.004 0.009 0.101 0.008 0.446 123 H 0.058 0.419 0.010 0.007 0.013 0.141 0.009 0.343 124 R 0.094 0.429 0.016 0.009 0.016 0.102 0.011 0.324 125 W 0.036 0.751 0.007 0.005 0.010 0.029 0.004 0.159 126 E 0.022 0.844 0.007 0.004 0.008 0.021 0.003 0.091 127 N 0.019 0.896 0.006 0.002 0.004 0.010 0.004 0.059 128 A 0.029 0.898 0.012 0.002 0.003 0.009 0.004 0.042 129 L 0.011 0.910 0.014 0.003 0.005 0.015 0.004 0.038 130 L 0.009 0.933 0.012 0.004 0.006 0.006 0.003 0.027 131 G 0.019 0.912 0.012 0.003 0.007 0.006 0.006 0.035 132 L 0.022 0.883 0.028 0.007 0.008 0.007 0.004 0.041 133 L 0.009 0.915 0.013 0.007 0.010 0.004 0.004 0.038 134 A 0.025 0.825 0.021 0.019 0.030 0.009 0.008 0.063 135 K 0.037 0.754 0.035 0.018 0.029 0.019 0.015 0.093 136 A 0.064 0.727 0.034 0.021 0.027 0.018 0.017 0.091 137 G 0.147 0.561 0.029 0.026 0.035 0.029 0.039 0.133 138 L 0.163 0.358 0.080 0.040 0.052 0.028 0.039 0.240 139 Q 0.096 0.206 0.118 0.111 0.129 0.065 0.017 0.259 140 V 0.018 0.035 0.015 0.018 0.018 0.033 0.006 0.858 141 V 0.038 0.070 0.100 0.087 0.266 0.040 0.007 0.392