# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.007 0.016 0.309 0.012 0.037 0.114 0.001 0.001 0.006 0.209 0.210 0.036 0.043 2 R 0.024 0.023 0.380 0.014 0.053 0.159 0.003 0.001 0.010 0.103 0.075 0.065 0.091 3 R 0.039 0.026 0.276 0.014 0.075 0.179 0.006 0.002 0.018 0.066 0.083 0.075 0.141 4 A 0.043 0.025 0.279 0.019 0.103 0.157 0.007 0.002 0.020 0.064 0.094 0.074 0.113 5 V 0.032 0.021 0.314 0.012 0.074 0.105 0.006 0.002 0.026 0.087 0.133 0.075 0.114 6 S 0.011 0.027 0.348 0.011 0.047 0.065 0.003 0.001 0.011 0.182 0.150 0.052 0.092 7 K 0.002 0.015 0.484 0.003 0.010 0.026 0.001 0.001 0.005 0.318 0.078 0.039 0.019 8 P 0.001 0.019 0.594 0.004 0.049 0.080 0.001 0.001 0.005 0.112 0.092 0.007 0.036 9 A 0.001 0.011 0.201 0.008 0.216 0.285 0.001 0.001 0.004 0.083 0.174 0.007 0.009 10 D 0.002 0.008 0.127 0.012 0.211 0.328 0.001 0.001 0.005 0.101 0.178 0.013 0.013 11 A 0.013 0.013 0.102 0.008 0.148 0.434 0.004 0.003 0.012 0.047 0.125 0.011 0.082 12 L 0.037 0.020 0.117 0.024 0.087 0.434 0.010 0.006 0.025 0.051 0.086 0.058 0.045 13 R 0.051 0.016 0.118 0.019 0.061 0.395 0.013 0.009 0.042 0.051 0.075 0.050 0.100 14 V 0.051 0.009 0.145 0.037 0.051 0.357 0.010 0.009 0.040 0.061 0.083 0.043 0.103 15 G 0.036 0.007 0.153 0.041 0.031 0.326 0.008 0.005 0.033 0.107 0.129 0.079 0.044 16 F 0.034 0.007 0.127 0.008 0.036 0.494 0.009 0.005 0.036 0.048 0.058 0.024 0.116 17 Y 0.028 0.008 0.103 0.015 0.029 0.596 0.006 0.003 0.020 0.043 0.041 0.071 0.038 18 R 0.016 0.007 0.094 0.006 0.031 0.647 0.003 0.002 0.010 0.037 0.059 0.024 0.065 19 A 0.006 0.005 0.077 0.006 0.032 0.731 0.001 0.001 0.004 0.034 0.069 0.012 0.022 20 Q 0.006 0.004 0.073 0.008 0.043 0.695 0.001 0.001 0.002 0.040 0.093 0.012 0.022 21 E 0.009 0.004 0.068 0.007 0.051 0.679 0.001 0.001 0.002 0.045 0.084 0.014 0.035 22 T 0.015 0.003 0.075 0.010 0.028 0.721 0.001 0.001 0.003 0.040 0.055 0.017 0.033 23 A 0.026 0.002 0.039 0.007 0.021 0.792 0.002 0.001 0.004 0.018 0.028 0.018 0.043 24 L 0.055 0.002 0.023 0.013 0.023 0.777 0.004 0.002 0.004 0.009 0.024 0.021 0.044 25 A 0.094 0.001 0.017 0.010 0.021 0.744 0.007 0.003 0.005 0.006 0.019 0.040 0.032 26 L 0.131 0.001 0.015 0.010 0.022 0.677 0.010 0.004 0.008 0.005 0.025 0.023 0.066 27 L 0.156 0.004 0.039 0.019 0.026 0.541 0.010 0.003 0.009 0.014 0.066 0.064 0.049 28 R 0.120 0.011 0.068 0.011 0.047 0.465 0.008 0.002 0.014 0.028 0.097 0.045 0.084 29 L 0.046 0.014 0.218 0.011 0.035 0.257 0.004 0.002 0.015 0.118 0.114 0.063 0.103 30 D 0.006 0.007 0.223 0.009 0.048 0.127 0.001 0.001 0.007 0.147 0.358 0.027 0.040 31 G 0.001 0.007 0.095 0.002 0.071 0.062 0.001 0.001 0.002 0.130 0.614 0.005 0.011 32 A 0.001 0.010 0.243 0.003 0.162 0.092 0.001 0.001 0.005 0.224 0.235 0.013 0.010 33 Q 0.001 0.019 0.140 0.002 0.106 0.107 0.001 0.001 0.005 0.214 0.384 0.007 0.014 34 G 0.001 0.046 0.244 0.002 0.025 0.085 0.001 0.001 0.003 0.335 0.243 0.006 0.009 35 W 0.001 0.019 0.641 0.001 0.011 0.164 0.001 0.001 0.002 0.133 0.016 0.005 0.006 36 P 0.001 0.003 0.045 0.001 0.060 0.846 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.001 0.003 37 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 0.928 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.001 0.002 47 F 0.001 0.002 0.036 0.001 0.027 0.622 0.001 0.001 0.001 0.041 0.260 0.002 0.004 48 G 0.001 0.007 0.187 0.002 0.037 0.232 0.001 0.001 0.004 0.120 0.395 0.007 0.007 49 A 0.002 0.009 0.345 0.003 0.051 0.204 0.001 0.001 0.008 0.172 0.184 0.010 0.012 50 S 0.001 0.007 0.134 0.004 0.052 0.154 0.001 0.001 0.005 0.191 0.437 0.005 0.009 51 G 0.001 0.008 0.171 0.006 0.046 0.098 0.001 0.001 0.006 0.253 0.393 0.006 0.009 52 A 0.006 0.018 0.366 0.012 0.054 0.155 0.002 0.002 0.023 0.191 0.112 0.029 0.029 53 S 0.028 0.031 0.258 0.019 0.058 0.142 0.013 0.012 0.062 0.097 0.086 0.046 0.149 54 L 0.061 0.024 0.218 0.052 0.056 0.154 0.021 0.024 0.076 0.076 0.045 0.087 0.105 55 R 0.093 0.019 0.169 0.071 0.043 0.145 0.025 0.014 0.078 0.061 0.057 0.102 0.123 56 L 0.121 0.013 0.123 0.056 0.067 0.125 0.033 0.020 0.079 0.041 0.045 0.054 0.223 57 H 0.080 0.010 0.135 0.109 0.047 0.111 0.025 0.021 0.079 0.070 0.066 0.177 0.071 58 T 0.096 0.013 0.150 0.015 0.054 0.091 0.023 0.020 0.087 0.052 0.070 0.061 0.269 59 L 0.063 0.013 0.225 0.040 0.078 0.101 0.016 0.012 0.071 0.083 0.085 0.109 0.103 60 H 0.031 0.025 0.254 0.010 0.050 0.077 0.009 0.006 0.061 0.124 0.157 0.119 0.076 61 A 0.012 0.077 0.339 0.005 0.028 0.041 0.005 0.005 0.029 0.233 0.095 0.024 0.107 62 H 0.001 0.018 0.728 0.003 0.006 0.012 0.001 0.001 0.010 0.164 0.015 0.027 0.016 63 P 0.001 0.013 0.230 0.003 0.112 0.141 0.001 0.001 0.003 0.126 0.347 0.003 0.020 64 S 0.001 0.006 0.099 0.004 0.129 0.120 0.001 0.001 0.001 0.093 0.540 0.004 0.002 65 Q 0.001 0.005 0.089 0.003 0.185 0.268 0.001 0.001 0.001 0.126 0.312 0.003 0.007 66 G 0.002 0.017 0.140 0.002 0.079 0.468 0.001 0.001 0.003 0.096 0.173 0.006 0.012 67 L 0.005 0.014 0.122 0.003 0.036 0.713 0.001 0.001 0.004 0.044 0.027 0.013 0.017 68 A 0.008 0.012 0.095 0.005 0.022 0.725 0.001 0.001 0.006 0.032 0.032 0.017 0.043 69 F 0.004 0.002 0.028 0.002 0.016 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.004 0.015 70 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 71 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.033 0.001 0.019 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.027 0.001 0.042 0.780 0.001 0.001 0.001 0.021 0.124 0.002 0.003 79 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.027 0.330 0.001 0.001 0.001 0.031 0.583 0.001 0.002 80 G 0.001 0.003 0.142 0.003 0.028 0.154 0.001 0.001 0.003 0.107 0.544 0.005 0.009 81 V 0.009 0.006 0.678 0.008 0.011 0.068 0.001 0.001 0.020 0.094 0.025 0.029 0.052 82 Q 0.048 0.008 0.366 0.044 0.010 0.057 0.009 0.004 0.064 0.097 0.039 0.119 0.135 83 A 0.183 0.005 0.098 0.044 0.012 0.058 0.059 0.040 0.145 0.041 0.024 0.099 0.191 84 V 0.355 0.002 0.030 0.043 0.005 0.036 0.120 0.118 0.112 0.009 0.006 0.078 0.087 85 L 0.430 0.001 0.010 0.019 0.004 0.020 0.189 0.104 0.084 0.003 0.004 0.061 0.071 86 V 0.382 0.003 0.030 0.015 0.005 0.023 0.142 0.081 0.118 0.007 0.015 0.086 0.093 87 L 0.250 0.012 0.155 0.016 0.008 0.018 0.063 0.042 0.103 0.050 0.030 0.088 0.164 88 T 0.016 0.011 0.563 0.006 0.002 0.006 0.005 0.003 0.061 0.176 0.021 0.064 0.065 89 P 0.002 0.009 0.613 0.003 0.008 0.023 0.001 0.001 0.014 0.195 0.103 0.008 0.021 90 P 0.001 0.012 0.391 0.005 0.093 0.104 0.001 0.001 0.008 0.150 0.215 0.008 0.010 91 M 0.002 0.013 0.254 0.003 0.232 0.220 0.001 0.001 0.008 0.123 0.114 0.013 0.017 92 A 0.005 0.022 0.223 0.002 0.252 0.300 0.001 0.001 0.006 0.065 0.089 0.007 0.027 93 W 0.003 0.019 0.110 0.003 0.168 0.532 0.001 0.001 0.004 0.050 0.088 0.009 0.011 94 E 0.002 0.016 0.122 0.003 0.121 0.476 0.001 0.001 0.002 0.057 0.179 0.006 0.015 95 D 0.001 0.008 0.126 0.002 0.112 0.522 0.001 0.001 0.001 0.055 0.153 0.005 0.014 96 R 0.001 0.004 0.079 0.003 0.084 0.632 0.001 0.001 0.001 0.057 0.127 0.006 0.007 97 N 0.001 0.004 0.070 0.003 0.062 0.613 0.001 0.001 0.001 0.057 0.176 0.006 0.007 98 R 0.001 0.003 0.049 0.002 0.027 0.811 0.001 0.001 0.001 0.026 0.070 0.002 0.008 99 L 0.003 0.002 0.060 0.002 0.013 0.859 0.001 0.001 0.002 0.020 0.023 0.005 0.010 100 K 0.009 0.002 0.056 0.008 0.029 0.825 0.001 0.001 0.003 0.013 0.022 0.016 0.016 101 A 0.019 0.001 0.012 0.003 0.029 0.885 0.002 0.001 0.004 0.005 0.011 0.009 0.019 102 L 0.023 0.001 0.005 0.005 0.020 0.903 0.003 0.001 0.003 0.004 0.017 0.006 0.010 103 L 0.027 0.002 0.012 0.004 0.025 0.841 0.003 0.001 0.004 0.006 0.050 0.009 0.015 104 L 0.018 0.004 0.051 0.004 0.062 0.719 0.002 0.001 0.005 0.015 0.082 0.008 0.027 105 R 0.007 0.003 0.123 0.007 0.139 0.441 0.001 0.001 0.004 0.074 0.167 0.019 0.015 106 E 0.001 0.002 0.046 0.001 0.102 0.137 0.001 0.001 0.001 0.052 0.649 0.003 0.006 107 G 0.001 0.010 0.072 0.001 0.037 0.029 0.001 0.001 0.002 0.160 0.683 0.002 0.003 108 L 0.001 0.010 0.772 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.190 0.007 0.004 0.002 109 P 0.001 0.016 0.682 0.004 0.073 0.039 0.001 0.001 0.015 0.086 0.068 0.002 0.015 110 S 0.001 0.013 0.105 0.025 0.518 0.074 0.001 0.002 0.011 0.076 0.159 0.008 0.007 111 Q 0.007 0.011 0.107 0.014 0.408 0.134 0.006 0.009 0.064 0.077 0.101 0.022 0.039 112 I 0.033 0.025 0.119 0.020 0.253 0.121 0.029 0.028 0.128 0.036 0.070 0.016 0.122 113 L 0.021 0.022 0.208 0.023 0.043 0.074 0.015 0.021 0.203 0.074 0.076 0.197 0.024 114 N 0.011 0.033 0.319 0.007 0.026 0.035 0.006 0.007 0.078 0.112 0.161 0.011 0.193 115 V 0.002 0.014 0.628 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.029 0.207 0.018 0.076 0.009 116 P 0.001 0.011 0.832 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.018 0.059 0.013 0.006 0.042 117 L 0.002 0.023 0.504 0.006 0.066 0.184 0.001 0.001 0.014 0.096 0.060 0.019 0.024 118 R 0.002 0.010 0.307 0.010 0.091 0.387 0.001 0.001 0.009 0.069 0.080 0.014 0.019 119 E 0.002 0.006 0.078 0.002 0.114 0.675 0.001 0.001 0.002 0.024 0.072 0.006 0.017 120 E 0.002 0.007 0.084 0.003 0.088 0.664 0.001 0.001 0.003 0.020 0.103 0.009 0.015 121 E 0.003 0.005 0.072 0.002 0.074 0.716 0.001 0.001 0.002 0.023 0.079 0.009 0.015 122 R 0.003 0.006 0.083 0.003 0.043 0.738 0.001 0.001 0.002 0.028 0.070 0.008 0.018 123 H 0.003 0.005 0.082 0.002 0.028 0.746 0.001 0.001 0.002 0.036 0.069 0.012 0.016 124 R 0.002 0.006 0.099 0.002 0.023 0.731 0.001 0.001 0.002 0.033 0.072 0.009 0.019 125 W 0.001 0.002 0.038 0.001 0.013 0.892 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.003 0.006 126 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.014 0.907 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 0.002 0.002 127 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.016 0.920 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.003 128 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.018 0.939 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.002 0.003 129 L 0.004 0.001 0.009 0.001 0.017 0.932 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.002 0.010 130 L 0.003 0.001 0.007 0.003 0.023 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.002 0.002 131 G 0.002 0.001 0.007 0.001 0.016 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.002 0.002 132 L 0.002 0.001 0.006 0.001 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.002 0.003 133 L 0.003 0.001 0.009 0.001 0.018 0.922 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.002 0.005 134 A 0.003 0.002 0.025 0.003 0.045 0.850 0.001 0.001 0.001 0.012 0.051 0.004 0.003 135 K 0.003 0.002 0.030 0.006 0.088 0.650 0.001 0.001 0.002 0.028 0.179 0.004 0.008 136 A 0.002 0.002 0.049 0.012 0.084 0.261 0.001 0.001 0.002 0.089 0.489 0.004 0.005 137 G 0.002 0.003 0.123 0.008 0.047 0.090 0.001 0.001 0.008 0.114 0.586 0.008 0.009 138 L 0.012 0.010 0.616 0.010 0.021 0.036 0.002 0.002 0.040 0.121 0.039 0.027 0.065 139 Q 0.015 0.014 0.403 0.008 0.005 0.022 0.008 0.007 0.142 0.112 0.024 0.201 0.039 140 V 0.023 0.043 0.265 0.004 0.006 0.016 0.022 0.023 0.269 0.041 0.023 0.014 0.251 141 V 0.007 0.018 0.601 0.016 0.003 0.006 0.004 0.007 0.181 0.040 0.003 0.099 0.016