# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.070 0.072 0.002 0.035 0.032 0.088 0.118 0.012 0.001 0.053 0.516 2 R 0.050 0.031 0.003 0.037 0.091 0.124 0.102 0.006 0.001 0.103 0.451 3 R 0.039 0.016 0.003 0.075 0.104 0.155 0.086 0.003 0.001 0.072 0.447 4 A 0.059 0.007 0.001 0.039 0.056 0.102 0.094 0.003 0.001 0.063 0.575 5 V 0.009 0.005 0.001 0.057 0.072 0.094 0.108 0.001 0.001 0.020 0.633 6 S 0.025 0.036 0.001 0.026 0.040 0.070 0.090 0.002 0.001 0.019 0.689 7 K 0.085 0.150 0.003 0.015 0.040 0.027 0.089 0.010 0.001 0.028 0.553 8 P 0.219 0.441 0.003 0.006 0.011 0.011 0.038 0.025 0.001 0.022 0.223 9 A 0.226 0.269 0.009 0.009 0.014 0.016 0.057 0.014 0.002 0.045 0.339 10 D 0.151 0.270 0.007 0.018 0.024 0.040 0.066 0.008 0.001 0.047 0.368 11 A 0.097 0.155 0.006 0.030 0.030 0.061 0.082 0.007 0.001 0.070 0.461 12 L 0.035 0.176 0.006 0.055 0.044 0.062 0.085 0.004 0.001 0.056 0.476 13 R 0.051 0.273 0.002 0.027 0.033 0.065 0.055 0.007 0.001 0.062 0.425 14 V 0.042 0.264 0.005 0.027 0.052 0.039 0.080 0.004 0.001 0.059 0.428 15 G 0.031 0.485 0.005 0.085 0.030 0.056 0.059 0.008 0.001 0.055 0.184 16 F 0.039 0.541 0.004 0.022 0.016 0.028 0.039 0.010 0.001 0.095 0.205 17 Y 0.029 0.669 0.004 0.026 0.027 0.023 0.028 0.005 0.001 0.059 0.131 18 R 0.005 0.041 0.001 0.004 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.891 0.038 19 A 0.007 0.586 0.004 0.005 0.005 0.005 0.034 0.004 0.001 0.265 0.083 20 Q 0.030 0.913 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.010 0.001 0.007 0.030 21 E 0.013 0.868 0.003 0.003 0.003 0.006 0.010 0.002 0.001 0.021 0.072 22 T 0.012 0.881 0.005 0.003 0.005 0.006 0.013 0.003 0.001 0.019 0.052 23 A 0.062 0.774 0.007 0.010 0.006 0.018 0.019 0.014 0.001 0.037 0.052 24 L 0.060 0.541 0.034 0.011 0.017 0.019 0.038 0.010 0.007 0.104 0.158 25 A 0.086 0.319 0.012 0.046 0.035 0.085 0.071 0.007 0.002 0.064 0.273 26 L 0.096 0.127 0.007 0.043 0.028 0.059 0.091 0.007 0.002 0.078 0.461 27 L 0.023 0.044 0.025 0.102 0.105 0.147 0.084 0.005 0.010 0.077 0.378 28 R 0.089 0.062 0.003 0.034 0.029 0.054 0.075 0.006 0.001 0.048 0.600 29 L 0.264 0.037 0.004 0.025 0.028 0.023 0.087 0.010 0.001 0.047 0.474 30 D 0.049 0.031 0.012 0.040 0.012 0.021 0.111 0.007 0.007 0.045 0.665 31 G 0.238 0.030 0.001 0.011 0.003 0.012 0.067 0.007 0.001 0.033 0.599 32 A 0.204 0.016 0.001 0.013 0.013 0.009 0.072 0.004 0.001 0.043 0.625 33 Q 0.004 0.019 0.001 0.065 0.009 0.020 0.102 0.001 0.001 0.014 0.765 34 G 0.011 0.223 0.002 0.014 0.008 0.008 0.064 0.003 0.001 0.059 0.608 35 W 0.041 0.859 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.017 0.001 0.046 0.022 36 P 0.022 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.033 0.020 37 E 0.008 0.915 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.039 0.028 38 F 0.011 0.914 0.004 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.026 0.031 39 L 0.006 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.018 0.010 40 R 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.013 41 R 0.008 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.023 0.030 42 A 0.012 0.896 0.010 0.003 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.032 0.026 43 L 0.054 0.802 0.014 0.005 0.001 0.003 0.017 0.014 0.003 0.044 0.042 44 L 0.079 0.399 0.096 0.010 0.006 0.006 0.045 0.027 0.034 0.130 0.168 45 R 0.274 0.232 0.007 0.012 0.007 0.010 0.049 0.015 0.002 0.037 0.357 46 A 0.108 0.069 0.009 0.020 0.007 0.013 0.090 0.008 0.002 0.141 0.534 47 F 0.018 0.040 0.015 0.048 0.011 0.023 0.162 0.006 0.006 0.126 0.545 48 G 0.200 0.064 0.003 0.014 0.009 0.015 0.083 0.012 0.002 0.060 0.537 49 A 0.101 0.032 0.003 0.013 0.017 0.012 0.102 0.005 0.001 0.079 0.636 50 S 0.028 0.068 0.003 0.044 0.009 0.022 0.121 0.005 0.001 0.045 0.655 51 G 0.087 0.125 0.004 0.022 0.014 0.030 0.121 0.012 0.001 0.074 0.509 52 A 0.049 0.122 0.005 0.042 0.068 0.064 0.110 0.008 0.001 0.066 0.464 53 S 0.044 0.097 0.003 0.078 0.042 0.111 0.096 0.005 0.001 0.099 0.424 54 L 0.020 0.042 0.004 0.089 0.075 0.117 0.095 0.003 0.001 0.246 0.308 55 R 0.028 0.115 0.005 0.098 0.098 0.153 0.077 0.007 0.001 0.113 0.306 56 L 0.072 0.098 0.007 0.061 0.083 0.090 0.076 0.013 0.002 0.085 0.415 57 H 0.058 0.070 0.014 0.107 0.103 0.152 0.076 0.011 0.006 0.071 0.332 58 T 0.126 0.042 0.005 0.063 0.051 0.126 0.080 0.014 0.002 0.079 0.412 59 L 0.096 0.012 0.003 0.068 0.063 0.083 0.093 0.004 0.001 0.085 0.492 60 H 0.013 0.011 0.002 0.089 0.054 0.105 0.136 0.002 0.001 0.070 0.519 61 A 0.017 0.026 0.002 0.053 0.022 0.042 0.131 0.002 0.001 0.039 0.665 62 H 0.290 0.065 0.021 0.023 0.028 0.019 0.090 0.022 0.011 0.161 0.272 63 P 0.281 0.091 0.001 0.015 0.005 0.009 0.083 0.010 0.001 0.030 0.474 64 S 0.151 0.173 0.001 0.010 0.003 0.008 0.072 0.004 0.001 0.041 0.536 65 Q 0.019 0.310 0.001 0.026 0.012 0.014 0.078 0.003 0.001 0.037 0.500 66 G 0.032 0.528 0.001 0.014 0.006 0.017 0.051 0.004 0.001 0.056 0.290 67 L 0.019 0.581 0.002 0.023 0.059 0.032 0.044 0.002 0.001 0.024 0.213 68 A 0.009 0.829 0.002 0.012 0.007 0.007 0.013 0.001 0.001 0.016 0.104 69 F 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.009 70 R 0.023 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.017 0.017 71 E 0.016 0.885 0.006 0.002 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.019 0.058 72 A 0.033 0.843 0.008 0.002 0.002 0.002 0.013 0.007 0.001 0.024 0.065 73 L 0.036 0.879 0.006 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 0.001 0.020 0.030 74 R 0.060 0.801 0.004 0.002 0.003 0.002 0.010 0.006 0.001 0.014 0.098 75 K 0.068 0.692 0.010 0.004 0.002 0.003 0.024 0.006 0.002 0.032 0.157 76 A 0.066 0.130 0.275 0.008 0.006 0.006 0.058 0.029 0.078 0.166 0.178 77 K 0.671 0.057 0.004 0.003 0.002 0.003 0.034 0.014 0.002 0.021 0.188 78 E 0.113 0.041 0.002 0.004 0.003 0.004 0.043 0.003 0.001 0.016 0.771 79 E 0.018 0.028 0.004 0.021 0.007 0.010 0.104 0.001 0.001 0.014 0.792 80 G 0.046 0.062 0.003 0.021 0.013 0.044 0.124 0.008 0.001 0.076 0.602 81 V 0.034 0.038 0.003 0.025 0.078 0.054 0.134 0.007 0.001 0.048 0.578 82 Q 0.016 0.031 0.003 0.217 0.069 0.125 0.071 0.003 0.001 0.083 0.380 83 A 0.018 0.018 0.002 0.147 0.082 0.271 0.055 0.003 0.001 0.110 0.293 84 V 0.008 0.007 0.002 0.293 0.134 0.204 0.040 0.002 0.001 0.093 0.216 85 L 0.009 0.002 0.001 0.198 0.241 0.258 0.030 0.001 0.001 0.064 0.197 86 V 0.005 0.001 0.001 0.168 0.171 0.234 0.047 0.001 0.001 0.045 0.327 87 L 0.003 0.003 0.001 0.161 0.128 0.183 0.088 0.001 0.001 0.020 0.412 88 T 0.065 0.035 0.002 0.041 0.058 0.055 0.097 0.006 0.001 0.033 0.606 89 P 0.269 0.183 0.002 0.012 0.012 0.014 0.077 0.027 0.001 0.041 0.361 90 P 0.138 0.239 0.002 0.015 0.006 0.012 0.088 0.010 0.001 0.034 0.457 91 M 0.066 0.263 0.007 0.018 0.025 0.029 0.068 0.007 0.001 0.068 0.449 92 A 0.112 0.316 0.003 0.026 0.017 0.030 0.068 0.009 0.001 0.061 0.359 93 W 0.065 0.173 0.005 0.020 0.018 0.023 0.075 0.005 0.001 0.352 0.263 94 E 0.028 0.334 0.004 0.014 0.017 0.016 0.074 0.004 0.001 0.091 0.417 95 D 0.086 0.703 0.002 0.003 0.003 0.004 0.021 0.010 0.001 0.019 0.148 96 R 0.045 0.762 0.002 0.003 0.004 0.004 0.023 0.007 0.001 0.026 0.123 97 N 0.014 0.855 0.002 0.003 0.003 0.005 0.014 0.002 0.001 0.018 0.085 98 R 0.019 0.879 0.002 0.003 0.004 0.008 0.011 0.003 0.001 0.015 0.055 99 L 0.022 0.842 0.005 0.004 0.008 0.006 0.016 0.005 0.001 0.026 0.065 100 K 0.020 0.891 0.002 0.003 0.005 0.007 0.009 0.003 0.001 0.019 0.040 101 A 0.026 0.837 0.002 0.007 0.007 0.016 0.015 0.004 0.001 0.029 0.057 102 L 0.049 0.653 0.010 0.028 0.016 0.038 0.029 0.007 0.005 0.066 0.100 103 L 0.064 0.134 0.226 0.031 0.033 0.048 0.043 0.017 0.101 0.110 0.191 104 L 0.515 0.029 0.005 0.013 0.016 0.019 0.042 0.015 0.003 0.033 0.309 105 R 0.340 0.007 0.001 0.012 0.006 0.009 0.044 0.004 0.001 0.031 0.546 106 E 0.004 0.003 0.001 0.022 0.003 0.008 0.093 0.001 0.001 0.009 0.859 107 G 0.007 0.010 0.001 0.007 0.004 0.009 0.081 0.001 0.001 0.020 0.860 108 L 0.224 0.054 0.002 0.006 0.069 0.009 0.094 0.014 0.001 0.039 0.488 109 P 0.284 0.195 0.001 0.022 0.006 0.011 0.068 0.024 0.001 0.032 0.356 110 S 0.121 0.052 0.024 0.017 0.010 0.024 0.086 0.010 0.008 0.077 0.571 111 Q 0.238 0.016 0.004 0.051 0.030 0.060 0.093 0.006 0.001 0.050 0.450 112 I 0.113 0.005 0.001 0.025 0.013 0.024 0.090 0.003 0.001 0.043 0.682 113 L 0.006 0.004 0.001 0.114 0.034 0.047 0.115 0.001 0.001 0.012 0.667 114 N 0.015 0.024 0.001 0.024 0.014 0.043 0.069 0.002 0.001 0.020 0.789 115 V 0.038 0.039 0.002 0.026 0.086 0.031 0.113 0.004 0.001 0.020 0.640 116 P 0.108 0.245 0.002 0.053 0.025 0.035 0.078 0.010 0.001 0.032 0.410 117 L 0.126 0.320 0.003 0.019 0.014 0.021 0.064 0.011 0.001 0.027 0.395 118 R 0.113 0.545 0.004 0.015 0.010 0.012 0.035 0.011 0.001 0.028 0.227 119 E 0.152 0.513 0.004 0.010 0.010 0.015 0.034 0.009 0.001 0.043 0.211 120 E 0.067 0.525 0.007 0.018 0.011 0.011 0.051 0.006 0.001 0.046 0.257 121 E 0.062 0.564 0.004 0.010 0.011 0.014 0.034 0.008 0.001 0.046 0.247 122 R 0.042 0.665 0.002 0.007 0.006 0.010 0.032 0.005 0.001 0.025 0.206 123 H 0.022 0.349 0.004 0.015 0.014 0.020 0.054 0.003 0.001 0.280 0.238 124 R 0.012 0.806 0.004 0.005 0.006 0.006 0.019 0.004 0.001 0.044 0.094 125 W 0.035 0.908 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.001 0.008 0.030 126 E 0.022 0.888 0.003 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.022 0.048 127 N 0.011 0.851 0.005 0.002 0.002 0.003 0.012 0.002 0.001 0.050 0.060 128 A 0.024 0.892 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.026 0.036 129 L 0.020 0.908 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.004 0.001 0.023 0.029 130 L 0.006 0.910 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.020 0.044 131 G 0.013 0.913 0.002 0.003 0.002 0.004 0.007 0.003 0.001 0.016 0.038 132 L 0.035 0.858 0.006 0.005 0.003 0.005 0.012 0.006 0.002 0.032 0.037 133 L 0.053 0.138 0.344 0.014 0.007 0.006 0.033 0.014 0.143 0.153 0.095 134 A 0.678 0.042 0.005 0.006 0.004 0.006 0.039 0.015 0.004 0.027 0.175 135 K 0.131 0.020 0.003 0.012 0.003 0.006 0.056 0.007 0.002 0.024 0.735 136 A 0.042 0.008 0.005 0.038 0.007 0.012 0.129 0.001 0.001 0.021 0.737 137 G 0.023 0.008 0.001 0.027 0.006 0.023 0.100 0.003 0.001 0.051 0.758 138 L 0.023 0.004 0.001 0.028 0.054 0.026 0.110 0.002 0.001 0.033 0.719 139 Q 0.014 0.007 0.001 0.284 0.041 0.067 0.074 0.001 0.001 0.050 0.460 140 V 0.026 0.009 0.001 0.086 0.030 0.044 0.089 0.003 0.001 0.064 0.648 141 V 0.037 0.012 0.002 0.236 0.043 0.047 0.095 0.004 0.001 0.064 0.460