# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.087 0.141 0.011 0.020 0.045 0.068 0.063 0.563 2 R 0.062 0.053 0.026 0.074 0.074 0.087 0.233 0.390 3 R 0.055 0.055 0.027 0.089 0.121 0.087 0.086 0.480 4 A 0.072 0.018 0.027 0.068 0.102 0.086 0.069 0.558 5 V 0.019 0.016 0.022 0.048 0.067 0.132 0.040 0.655 6 S 0.024 0.028 0.018 0.023 0.043 0.104 0.039 0.722 7 K 0.070 0.126 0.011 0.024 0.019 0.117 0.042 0.590 8 P 0.170 0.435 0.008 0.007 0.009 0.055 0.061 0.255 9 A 0.155 0.459 0.012 0.007 0.010 0.058 0.070 0.230 10 D 0.089 0.583 0.013 0.011 0.020 0.034 0.066 0.184 11 A 0.047 0.294 0.044 0.020 0.041 0.079 0.116 0.359 12 L 0.048 0.302 0.052 0.053 0.080 0.095 0.079 0.292 13 R 0.106 0.273 0.040 0.038 0.068 0.066 0.095 0.314 14 V 0.032 0.261 0.048 0.038 0.058 0.085 0.065 0.414 15 G 0.029 0.482 0.055 0.047 0.078 0.057 0.049 0.205 16 F 0.036 0.435 0.045 0.046 0.052 0.046 0.096 0.243 17 Y 0.075 0.588 0.033 0.027 0.025 0.032 0.080 0.139 18 R 0.040 0.121 0.014 0.013 0.015 0.027 0.637 0.133 19 A 0.022 0.412 0.009 0.006 0.007 0.042 0.343 0.160 20 Q 0.019 0.814 0.003 0.003 0.005 0.016 0.042 0.098 21 E 0.016 0.809 0.005 0.007 0.008 0.020 0.024 0.111 22 T 0.019 0.887 0.004 0.004 0.008 0.010 0.030 0.039 23 A 0.039 0.832 0.006 0.006 0.009 0.015 0.047 0.046 24 L 0.063 0.561 0.034 0.027 0.030 0.033 0.124 0.128 25 A 0.058 0.431 0.029 0.047 0.055 0.053 0.099 0.227 26 L 0.080 0.132 0.085 0.034 0.076 0.092 0.139 0.363 27 L 0.029 0.062 0.120 0.111 0.112 0.111 0.125 0.332 28 R 0.083 0.044 0.036 0.027 0.043 0.096 0.047 0.625 29 L 0.191 0.038 0.028 0.024 0.025 0.102 0.079 0.513 30 D 0.050 0.019 0.033 0.020 0.025 0.134 0.049 0.669 31 G 0.207 0.025 0.019 0.007 0.014 0.081 0.055 0.592 32 A 0.127 0.033 0.020 0.015 0.012 0.109 0.070 0.615 33 Q 0.011 0.029 0.019 0.008 0.013 0.113 0.026 0.782 34 G 0.020 0.178 0.013 0.007 0.010 0.082 0.034 0.657 35 W 0.062 0.812 0.004 0.003 0.002 0.017 0.030 0.068 36 P 0.034 0.893 0.003 0.001 0.001 0.005 0.036 0.027 37 E 0.010 0.930 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.022 38 F 0.013 0.929 0.004 0.001 0.001 0.005 0.031 0.016 39 L 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.031 0.010 40 R 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.012 41 R 0.007 0.913 0.004 0.001 0.001 0.004 0.050 0.020 42 A 0.009 0.930 0.007 0.002 0.002 0.005 0.028 0.018 43 L 0.066 0.759 0.021 0.003 0.004 0.015 0.077 0.055 44 L 0.099 0.387 0.072 0.009 0.007 0.038 0.232 0.157 45 R 0.271 0.248 0.030 0.007 0.007 0.045 0.063 0.330 46 A 0.113 0.038 0.029 0.006 0.006 0.087 0.096 0.625 47 F 0.017 0.023 0.043 0.010 0.014 0.150 0.079 0.665 48 G 0.191 0.030 0.018 0.006 0.010 0.090 0.037 0.619 49 A 0.090 0.021 0.016 0.011 0.008 0.101 0.067 0.685 50 S 0.035 0.071 0.024 0.008 0.019 0.128 0.043 0.670 51 G 0.068 0.108 0.025 0.012 0.025 0.101 0.055 0.606 52 A 0.040 0.185 0.054 0.078 0.062 0.094 0.056 0.431 53 S 0.057 0.192 0.062 0.031 0.081 0.072 0.114 0.391 54 L 0.027 0.077 0.076 0.102 0.101 0.073 0.298 0.245 55 R 0.034 0.175 0.097 0.099 0.130 0.065 0.168 0.232 56 L 0.054 0.122 0.077 0.060 0.104 0.075 0.104 0.404 57 H 0.061 0.092 0.085 0.147 0.197 0.073 0.064 0.281 58 T 0.119 0.070 0.060 0.069 0.160 0.069 0.086 0.366 59 L 0.096 0.041 0.040 0.055 0.076 0.120 0.051 0.521 60 H 0.020 0.017 0.052 0.098 0.116 0.105 0.070 0.522 61 A 0.017 0.013 0.017 0.016 0.023 0.120 0.041 0.754 62 H 0.175 0.078 0.053 0.036 0.035 0.124 0.132 0.369 63 P 0.298 0.093 0.010 0.008 0.010 0.072 0.028 0.481 64 S 0.170 0.146 0.010 0.006 0.009 0.061 0.050 0.550 65 Q 0.032 0.327 0.015 0.010 0.023 0.093 0.034 0.465 66 G 0.050 0.465 0.017 0.012 0.027 0.064 0.065 0.300 67 L 0.031 0.655 0.023 0.036 0.022 0.042 0.037 0.155 68 A 0.012 0.836 0.014 0.007 0.011 0.015 0.023 0.081 69 F 0.015 0.938 0.005 0.002 0.002 0.003 0.018 0.017 70 R 0.017 0.932 0.007 0.003 0.002 0.003 0.025 0.012 71 E 0.019 0.931 0.006 0.002 0.002 0.003 0.012 0.026 72 A 0.037 0.903 0.006 0.001 0.001 0.005 0.017 0.029 73 L 0.050 0.822 0.008 0.002 0.001 0.009 0.050 0.058 74 R 0.046 0.707 0.007 0.004 0.002 0.012 0.059 0.162 75 K 0.087 0.498 0.010 0.003 0.003 0.030 0.087 0.282 76 A 0.125 0.093 0.030 0.007 0.004 0.059 0.387 0.296 77 K 0.381 0.098 0.005 0.003 0.002 0.039 0.121 0.350 78 E 0.064 0.053 0.003 0.001 0.001 0.038 0.033 0.807 79 E 0.008 0.041 0.021 0.008 0.017 0.201 0.028 0.675 80 G 0.045 0.083 0.034 0.018 0.039 0.105 0.153 0.522 81 V 0.079 0.110 0.049 0.058 0.038 0.126 0.140 0.399 82 Q 0.020 0.060 0.163 0.057 0.111 0.070 0.130 0.389 83 A 0.020 0.024 0.130 0.130 0.245 0.075 0.128 0.248 84 V 0.011 0.005 0.270 0.157 0.249 0.046 0.096 0.168 85 L 0.012 0.005 0.167 0.243 0.337 0.042 0.044 0.151 86 V 0.010 0.005 0.109 0.162 0.273 0.074 0.033 0.336 87 L 0.007 0.006 0.097 0.123 0.179 0.112 0.027 0.448 88 T 0.084 0.050 0.039 0.071 0.088 0.110 0.042 0.515 89 P 0.191 0.167 0.031 0.029 0.032 0.089 0.079 0.382 90 P 0.133 0.283 0.022 0.016 0.021 0.082 0.038 0.407 91 M 0.099 0.252 0.036 0.021 0.024 0.071 0.105 0.392 92 A 0.111 0.372 0.018 0.011 0.014 0.070 0.074 0.330 93 W 0.158 0.210 0.024 0.013 0.018 0.060 0.222 0.297 94 E 0.064 0.218 0.013 0.011 0.011 0.081 0.133 0.470 95 D 0.104 0.524 0.005 0.003 0.006 0.033 0.063 0.262 96 R 0.060 0.519 0.006 0.004 0.006 0.057 0.032 0.316 97 N 0.020 0.722 0.006 0.006 0.008 0.031 0.030 0.175 98 R 0.019 0.863 0.003 0.003 0.004 0.013 0.022 0.074 99 L 0.024 0.892 0.005 0.004 0.005 0.009 0.028 0.033 100 K 0.024 0.827 0.008 0.009 0.011 0.013 0.056 0.052 101 A 0.026 0.735 0.029 0.011 0.016 0.020 0.076 0.087 102 L 0.055 0.597 0.062 0.031 0.035 0.034 0.077 0.108 103 L 0.069 0.088 0.222 0.060 0.061 0.057 0.227 0.216 104 L 0.466 0.055 0.029 0.018 0.019 0.055 0.059 0.298 105 R 0.424 0.007 0.009 0.005 0.005 0.041 0.067 0.443 106 E 0.005 0.002 0.004 0.003 0.005 0.099 0.015 0.865 107 G 0.004 0.002 0.004 0.002 0.003 0.092 0.014 0.878 108 L 0.186 0.045 0.012 0.016 0.006 0.116 0.042 0.578 109 P 0.358 0.095 0.010 0.005 0.009 0.069 0.049 0.404 110 S 0.078 0.034 0.038 0.009 0.020 0.097 0.110 0.614 111 Q 0.097 0.033 0.129 0.050 0.099 0.110 0.086 0.395 112 I 0.054 0.008 0.074 0.035 0.048 0.092 0.051 0.637 113 L 0.010 0.009 0.135 0.056 0.100 0.140 0.022 0.527 114 N 0.021 0.016 0.070 0.028 0.083 0.084 0.030 0.668 115 V 0.057 0.052 0.057 0.088 0.057 0.118 0.039 0.532 116 P 0.058 0.160 0.064 0.044 0.055 0.103 0.041 0.475 117 L 0.088 0.237 0.029 0.023 0.027 0.073 0.059 0.464 118 R 0.119 0.439 0.030 0.023 0.021 0.044 0.092 0.232 119 E 0.149 0.438 0.013 0.012 0.015 0.037 0.096 0.239 120 E 0.098 0.432 0.010 0.014 0.016 0.052 0.066 0.313 121 E 0.044 0.474 0.009 0.013 0.018 0.051 0.043 0.349 122 R 0.040 0.520 0.005 0.007 0.013 0.056 0.037 0.323 123 H 0.025 0.380 0.012 0.019 0.021 0.063 0.232 0.248 124 R 0.029 0.736 0.004 0.006 0.006 0.028 0.096 0.096 125 W 0.030 0.879 0.002 0.002 0.002 0.006 0.047 0.032 126 E 0.018 0.903 0.002 0.002 0.003 0.008 0.023 0.041 127 N 0.025 0.759 0.010 0.006 0.007 0.015 0.095 0.084 128 A 0.026 0.865 0.004 0.006 0.005 0.017 0.022 0.056 129 L 0.043 0.842 0.006 0.003 0.006 0.013 0.031 0.056 130 L 0.016 0.848 0.005 0.004 0.005 0.016 0.033 0.071 131 G 0.021 0.785 0.023 0.012 0.013 0.013 0.061 0.072 132 L 0.064 0.674 0.024 0.020 0.017 0.026 0.078 0.098 133 L 0.115 0.117 0.203 0.032 0.027 0.041 0.323 0.140 134 A 0.400 0.101 0.021 0.013 0.013 0.044 0.065 0.343 135 K 0.151 0.017 0.016 0.003 0.005 0.042 0.041 0.725 136 A 0.019 0.011 0.019 0.010 0.019 0.131 0.020 0.770 137 G 0.033 0.010 0.027 0.017 0.057 0.094 0.056 0.707 138 L 0.021 0.006 0.031 0.060 0.051 0.099 0.047 0.685 139 Q 0.012 0.007 0.122 0.169 0.195 0.078 0.061 0.357 140 V 0.013 0.005 0.052 0.071 0.106 0.072 0.057 0.624 141 V 0.036 0.009 0.153 0.157 0.128 0.071 0.081 0.365