# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.578 0.134 0.033 0.079 0.058 0.037 0.036 0.022 0.013 0.007 0.003 2 R 0.210 0.132 0.054 0.164 0.146 0.102 0.082 0.044 0.034 0.022 0.010 3 R 0.114 0.114 0.069 0.178 0.133 0.117 0.134 0.062 0.045 0.022 0.011 4 A 0.054 0.076 0.060 0.113 0.114 0.114 0.174 0.117 0.091 0.058 0.030 5 V 0.020 0.035 0.041 0.086 0.094 0.119 0.182 0.150 0.124 0.091 0.058 6 S 0.138 0.125 0.128 0.201 0.133 0.082 0.085 0.043 0.032 0.023 0.011 7 K 0.253 0.189 0.099 0.164 0.110 0.067 0.057 0.026 0.017 0.011 0.005 8 P 0.262 0.152 0.049 0.134 0.105 0.083 0.092 0.049 0.036 0.023 0.014 9 A 0.097 0.067 0.037 0.110 0.119 0.145 0.158 0.105 0.079 0.052 0.031 10 D 0.233 0.206 0.146 0.203 0.101 0.049 0.034 0.014 0.008 0.005 0.002 11 A 0.046 0.053 0.060 0.128 0.128 0.129 0.167 0.110 0.087 0.056 0.037 12 L 0.012 0.015 0.022 0.039 0.046 0.077 0.146 0.154 0.191 0.168 0.129 13 R 0.029 0.079 0.129 0.251 0.201 0.117 0.098 0.041 0.028 0.019 0.008 14 V 0.014 0.021 0.055 0.060 0.066 0.092 0.154 0.159 0.164 0.131 0.085 15 G 0.104 0.095 0.096 0.180 0.148 0.101 0.118 0.056 0.050 0.036 0.015 16 F 0.022 0.030 0.041 0.076 0.069 0.090 0.167 0.136 0.163 0.129 0.077 17 Y 0.027 0.033 0.056 0.095 0.098 0.117 0.177 0.124 0.125 0.092 0.057 18 R 0.064 0.111 0.151 0.192 0.153 0.091 0.107 0.054 0.039 0.027 0.011 19 A 0.039 0.057 0.071 0.098 0.093 0.129 0.186 0.123 0.097 0.067 0.039 20 Q 0.137 0.099 0.124 0.173 0.139 0.098 0.108 0.052 0.036 0.025 0.010 21 E 0.151 0.085 0.140 0.179 0.127 0.109 0.105 0.050 0.029 0.017 0.007 22 T 0.053 0.051 0.113 0.163 0.150 0.160 0.150 0.066 0.050 0.030 0.013 23 A 0.012 0.016 0.047 0.063 0.075 0.114 0.213 0.146 0.153 0.100 0.061 24 L 0.006 0.015 0.079 0.082 0.107 0.127 0.178 0.133 0.127 0.097 0.048 25 A 0.005 0.018 0.128 0.126 0.139 0.136 0.187 0.120 0.077 0.044 0.020 26 L 0.003 0.008 0.043 0.039 0.038 0.065 0.160 0.150 0.205 0.165 0.125 27 L 0.003 0.006 0.023 0.023 0.025 0.053 0.153 0.167 0.221 0.186 0.140 28 R 0.012 0.032 0.135 0.215 0.217 0.125 0.126 0.062 0.039 0.026 0.011 29 L 0.007 0.011 0.025 0.035 0.041 0.089 0.175 0.176 0.182 0.144 0.117 30 D 0.177 0.224 0.110 0.187 0.120 0.052 0.055 0.029 0.021 0.017 0.006 31 G 0.384 0.170 0.050 0.109 0.076 0.051 0.065 0.041 0.028 0.018 0.009 32 A 0.155 0.113 0.049 0.124 0.119 0.105 0.107 0.066 0.071 0.054 0.036 33 Q 0.276 0.197 0.067 0.141 0.100 0.068 0.073 0.034 0.024 0.013 0.007 34 G 0.206 0.156 0.070 0.130 0.094 0.085 0.106 0.062 0.044 0.030 0.016 35 W 0.024 0.040 0.025 0.061 0.074 0.106 0.178 0.165 0.145 0.110 0.072 36 P 0.091 0.090 0.063 0.143 0.131 0.157 0.160 0.080 0.046 0.028 0.012 37 E 0.381 0.122 0.174 0.177 0.067 0.036 0.022 0.010 0.006 0.004 0.002 38 F 0.017 0.020 0.035 0.081 0.092 0.141 0.219 0.155 0.115 0.074 0.051 39 L 0.003 0.007 0.018 0.024 0.031 0.049 0.135 0.154 0.221 0.210 0.148 40 R 0.006 0.019 0.156 0.133 0.145 0.167 0.181 0.077 0.060 0.040 0.015 41 R 0.012 0.023 0.295 0.215 0.195 0.110 0.086 0.028 0.020 0.011 0.004 42 A 0.008 0.012 0.049 0.063 0.081 0.144 0.282 0.150 0.113 0.064 0.032 43 L 0.003 0.007 0.025 0.026 0.029 0.045 0.140 0.161 0.223 0.190 0.151 44 L 0.002 0.006 0.054 0.034 0.038 0.065 0.146 0.151 0.195 0.180 0.128 45 R 0.007 0.017 0.213 0.226 0.276 0.095 0.090 0.037 0.022 0.013 0.004 46 A 0.015 0.028 0.073 0.078 0.080 0.152 0.254 0.123 0.101 0.062 0.032 47 F 0.024 0.018 0.025 0.034 0.034 0.062 0.163 0.172 0.189 0.168 0.111 48 G 0.191 0.127 0.096 0.131 0.098 0.084 0.109 0.070 0.048 0.031 0.015 49 A 0.100 0.095 0.088 0.124 0.098 0.100 0.110 0.081 0.084 0.071 0.047 50 S 0.234 0.203 0.063 0.132 0.105 0.079 0.082 0.043 0.030 0.018 0.010 51 G 0.332 0.158 0.046 0.113 0.090 0.065 0.070 0.046 0.037 0.026 0.017 52 A 0.111 0.091 0.054 0.117 0.117 0.127 0.133 0.085 0.075 0.054 0.037 53 S 0.097 0.125 0.077 0.223 0.171 0.104 0.095 0.046 0.033 0.019 0.011 54 L 0.013 0.012 0.018 0.033 0.038 0.067 0.134 0.151 0.202 0.184 0.148 55 R 0.046 0.088 0.097 0.252 0.201 0.116 0.094 0.044 0.033 0.021 0.010 56 L 0.012 0.019 0.035 0.054 0.050 0.072 0.129 0.141 0.187 0.172 0.129 57 H 0.039 0.042 0.065 0.137 0.142 0.125 0.157 0.102 0.088 0.067 0.035 58 T 0.058 0.086 0.099 0.177 0.135 0.109 0.130 0.076 0.066 0.044 0.021 59 L 0.022 0.020 0.029 0.054 0.055 0.084 0.158 0.145 0.177 0.150 0.106 60 H 0.105 0.095 0.081 0.182 0.155 0.101 0.117 0.064 0.051 0.033 0.015 61 A 0.090 0.088 0.076 0.129 0.103 0.102 0.136 0.086 0.089 0.062 0.037 62 H 0.123 0.131 0.064 0.133 0.125 0.105 0.125 0.072 0.056 0.040 0.024 63 P 0.235 0.146 0.058 0.128 0.107 0.085 0.101 0.062 0.039 0.025 0.014 64 S 0.388 0.188 0.072 0.123 0.078 0.047 0.040 0.025 0.018 0.013 0.007 65 Q 0.161 0.175 0.061 0.160 0.138 0.106 0.099 0.047 0.028 0.016 0.007 66 G 0.207 0.101 0.057 0.143 0.133 0.095 0.110 0.062 0.048 0.029 0.015 67 L 0.052 0.045 0.070 0.117 0.130 0.142 0.175 0.100 0.083 0.057 0.031 68 A 0.021 0.059 0.119 0.178 0.147 0.120 0.158 0.086 0.058 0.037 0.016 69 F 0.002 0.008 0.021 0.021 0.027 0.049 0.156 0.175 0.219 0.197 0.123 70 R 0.017 0.026 0.099 0.170 0.192 0.178 0.170 0.070 0.041 0.028 0.009 71 E 0.159 0.063 0.409 0.202 0.080 0.037 0.027 0.010 0.006 0.005 0.001 72 A 0.008 0.021 0.050 0.078 0.082 0.156 0.291 0.138 0.095 0.057 0.025 73 L 0.003 0.009 0.024 0.023 0.027 0.057 0.193 0.185 0.214 0.169 0.096 74 R 0.049 0.034 0.456 0.179 0.120 0.073 0.054 0.019 0.008 0.006 0.001 75 K 0.049 0.051 0.546 0.182 0.093 0.042 0.025 0.006 0.003 0.002 0.001 76 A 0.012 0.020 0.032 0.030 0.037 0.099 0.259 0.173 0.152 0.119 0.067 77 K 0.070 0.116 0.158 0.148 0.143 0.114 0.145 0.057 0.026 0.017 0.006 78 E 0.266 0.104 0.451 0.102 0.038 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 79 E 0.294 0.133 0.213 0.134 0.082 0.071 0.048 0.014 0.006 0.003 0.001 80 G 0.273 0.143 0.073 0.119 0.090 0.093 0.112 0.042 0.031 0.016 0.009 81 V 0.010 0.013 0.032 0.046 0.073 0.146 0.197 0.149 0.153 0.099 0.082 82 Q 0.045 0.087 0.337 0.231 0.148 0.072 0.043 0.017 0.011 0.007 0.003 83 A 0.008 0.020 0.067 0.087 0.100 0.146 0.206 0.141 0.114 0.069 0.041 84 V 0.006 0.011 0.025 0.041 0.048 0.065 0.136 0.153 0.201 0.172 0.140 85 L 0.004 0.012 0.033 0.048 0.053 0.085 0.166 0.166 0.185 0.150 0.098 86 V 0.007 0.021 0.085 0.088 0.077 0.089 0.144 0.129 0.143 0.136 0.081 87 L 0.010 0.013 0.027 0.043 0.050 0.076 0.175 0.184 0.176 0.149 0.098 88 T 0.073 0.110 0.077 0.149 0.122 0.102 0.123 0.088 0.071 0.059 0.027 89 P 0.154 0.111 0.052 0.122 0.109 0.108 0.128 0.085 0.061 0.047 0.023 90 P 0.302 0.143 0.058 0.147 0.107 0.077 0.066 0.040 0.030 0.021 0.009 91 M 0.128 0.094 0.050 0.108 0.104 0.105 0.134 0.096 0.085 0.062 0.032 92 A 0.093 0.153 0.075 0.154 0.137 0.104 0.118 0.062 0.050 0.036 0.017 93 W 0.050 0.044 0.045 0.076 0.089 0.108 0.180 0.151 0.119 0.083 0.054 94 E 0.197 0.175 0.168 0.182 0.113 0.057 0.047 0.027 0.017 0.013 0.004 95 D 0.131 0.164 0.108 0.152 0.099 0.100 0.123 0.053 0.036 0.023 0.009 96 R 0.077 0.058 0.052 0.142 0.153 0.173 0.173 0.086 0.048 0.025 0.012 97 N 0.424 0.104 0.173 0.121 0.058 0.045 0.039 0.017 0.010 0.007 0.002 98 R 0.038 0.073 0.143 0.240 0.186 0.139 0.109 0.037 0.021 0.010 0.004 99 L 0.003 0.004 0.015 0.016 0.022 0.051 0.136 0.159 0.237 0.191 0.164 100 K 0.015 0.034 0.176 0.245 0.259 0.121 0.091 0.027 0.018 0.011 0.003 101 A 0.008 0.026 0.231 0.165 0.146 0.147 0.136 0.058 0.046 0.025 0.012 102 L 0.005 0.010 0.047 0.050 0.064 0.092 0.212 0.167 0.165 0.116 0.072 103 L 0.005 0.012 0.049 0.038 0.040 0.056 0.160 0.195 0.190 0.165 0.090 104 L 0.002 0.011 0.090 0.069 0.066 0.088 0.161 0.151 0.147 0.141 0.075 105 R 0.014 0.035 0.144 0.182 0.217 0.121 0.150 0.062 0.041 0.026 0.009 106 E 0.136 0.095 0.128 0.160 0.161 0.106 0.117 0.045 0.027 0.017 0.006 107 G 0.428 0.144 0.074 0.110 0.065 0.055 0.057 0.027 0.020 0.015 0.007 108 L 0.046 0.049 0.027 0.056 0.051 0.096 0.167 0.153 0.156 0.114 0.084 109 P 0.218 0.258 0.087 0.167 0.108 0.055 0.050 0.027 0.016 0.009 0.005 110 S 0.370 0.165 0.098 0.121 0.086 0.056 0.044 0.026 0.017 0.011 0.005 111 Q 0.159 0.131 0.073 0.184 0.153 0.126 0.091 0.037 0.025 0.014 0.007 112 I 0.025 0.031 0.032 0.068 0.060 0.078 0.152 0.131 0.164 0.152 0.107 113 L 0.013 0.027 0.046 0.078 0.102 0.135 0.202 0.166 0.112 0.074 0.046 114 N 0.068 0.170 0.221 0.255 0.138 0.057 0.045 0.019 0.014 0.010 0.003 115 V 0.027 0.021 0.028 0.052 0.076 0.126 0.228 0.166 0.135 0.087 0.054 116 P 0.395 0.245 0.099 0.137 0.064 0.020 0.018 0.009 0.006 0.005 0.002 117 L 0.027 0.037 0.034 0.078 0.077 0.135 0.222 0.135 0.119 0.087 0.049 118 R 0.159 0.276 0.157 0.167 0.105 0.047 0.043 0.023 0.013 0.008 0.003 119 E 0.343 0.233 0.138 0.119 0.066 0.040 0.038 0.015 0.005 0.003 0.001 120 E 0.426 0.125 0.161 0.114 0.056 0.047 0.036 0.019 0.008 0.005 0.002 121 E 0.177 0.114 0.151 0.154 0.094 0.117 0.122 0.040 0.018 0.010 0.003 122 R 0.061 0.063 0.197 0.178 0.137 0.141 0.134 0.051 0.023 0.011 0.004 123 H 0.125 0.054 0.323 0.119 0.092 0.113 0.099 0.038 0.021 0.012 0.004 124 R 0.081 0.083 0.382 0.187 0.113 0.073 0.051 0.014 0.008 0.005 0.001 125 W 0.014 0.020 0.077 0.054 0.071 0.138 0.230 0.150 0.123 0.075 0.050 126 E 0.059 0.070 0.247 0.180 0.170 0.102 0.094 0.034 0.023 0.015 0.005 127 N 0.095 0.075 0.342 0.174 0.131 0.075 0.061 0.022 0.014 0.007 0.003 128 A 0.019 0.027 0.088 0.097 0.106 0.162 0.217 0.113 0.090 0.054 0.027 129 L 0.009 0.018 0.043 0.047 0.052 0.081 0.184 0.147 0.185 0.147 0.087 130 L 0.004 0.010 0.041 0.047 0.069 0.113 0.201 0.189 0.153 0.112 0.061 131 G 0.047 0.069 0.263 0.233 0.147 0.088 0.071 0.033 0.025 0.018 0.006 132 L 0.005 0.008 0.025 0.036 0.041 0.079 0.192 0.181 0.186 0.141 0.105 133 L 0.007 0.012 0.026 0.030 0.026 0.037 0.102 0.123 0.209 0.228 0.202 134 A 0.006 0.013 0.060 0.082 0.084 0.152 0.208 0.132 0.118 0.090 0.055 135 K 0.039 0.080 0.247 0.255 0.170 0.088 0.061 0.027 0.017 0.011 0.005 136 A 0.041 0.036 0.049 0.074 0.089 0.135 0.222 0.144 0.100 0.073 0.036 137 G 0.310 0.194 0.081 0.149 0.087 0.052 0.052 0.027 0.023 0.018 0.009 138 L 0.028 0.020 0.029 0.043 0.044 0.080 0.142 0.144 0.180 0.166 0.124 139 Q 0.163 0.199 0.152 0.219 0.129 0.053 0.040 0.020 0.014 0.008 0.004 140 V 0.046 0.045 0.044 0.067 0.063 0.086 0.152 0.128 0.150 0.130 0.088 141 V 0.082 0.061 0.057 0.106 0.105 0.125 0.144 0.095 0.099 0.075 0.052