# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.051 0.015 0.055 0.016 0.114 0.012 0.084 0.343 0.005 0.304 0.001 2 R 0.293 0.190 0.284 0.105 0.056 0.039 0.011 0.002 0.016 0.003 0.002 3 R 0.199 0.365 0.206 0.073 0.080 0.031 0.020 0.003 0.019 0.003 0.001 4 A 0.201 0.275 0.280 0.093 0.049 0.057 0.015 0.004 0.022 0.001 0.002 5 V 0.144 0.482 0.210 0.079 0.031 0.029 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 6 S 0.115 0.293 0.269 0.120 0.077 0.064 0.016 0.003 0.037 0.004 0.001 7 K 0.015 0.341 0.330 0.004 0.101 0.023 0.004 0.001 0.178 0.003 0.001 8 P 0.130 0.004 0.800 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 9 A 0.778 0.025 0.133 0.035 0.010 0.008 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 10 D 0.723 0.035 0.080 0.099 0.015 0.023 0.011 0.003 0.008 0.001 0.002 11 A 0.724 0.045 0.055 0.113 0.018 0.018 0.017 0.003 0.005 0.001 0.001 12 L 0.666 0.111 0.113 0.065 0.016 0.013 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 13 R 0.545 0.149 0.141 0.075 0.019 0.042 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 14 V 0.332 0.264 0.159 0.160 0.026 0.031 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 15 G 0.290 0.044 0.080 0.052 0.263 0.025 0.067 0.098 0.007 0.073 0.001 16 F 0.425 0.240 0.121 0.071 0.074 0.042 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 17 Y 0.430 0.290 0.111 0.054 0.037 0.053 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 18 R 0.610 0.120 0.086 0.070 0.034 0.058 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 19 A 0.751 0.051 0.062 0.078 0.021 0.024 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 20 Q 0.855 0.032 0.033 0.039 0.013 0.015 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 21 E 0.909 0.011 0.022 0.030 0.004 0.017 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 22 T 0.908 0.017 0.011 0.047 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.921 0.013 0.012 0.034 0.007 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 24 L 0.934 0.015 0.017 0.021 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 25 A 0.922 0.019 0.014 0.031 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 26 L 0.762 0.058 0.058 0.091 0.006 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 27 L 0.529 0.155 0.111 0.137 0.017 0.029 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 28 R 0.348 0.266 0.175 0.098 0.041 0.036 0.018 0.002 0.017 0.001 0.001 29 L 0.393 0.250 0.186 0.086 0.020 0.031 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 30 D 0.239 0.038 0.145 0.364 0.016 0.074 0.093 0.004 0.025 0.001 0.001 31 G 0.123 0.006 0.028 0.039 0.050 0.008 0.091 0.421 0.003 0.230 0.001 32 A 0.584 0.066 0.134 0.168 0.018 0.013 0.007 0.001 0.007 0.003 0.001 33 Q 0.346 0.050 0.150 0.325 0.039 0.021 0.049 0.004 0.010 0.006 0.002 34 G 0.157 0.012 0.080 0.056 0.098 0.017 0.058 0.278 0.006 0.239 0.001 35 W 0.193 0.100 0.528 0.012 0.034 0.030 0.002 0.001 0.098 0.002 0.001 36 P 0.904 0.001 0.075 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 37 E 0.978 0.002 0.005 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 F 0.974 0.002 0.005 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.989 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.980 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.972 0.003 0.004 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.945 0.004 0.007 0.037 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.868 0.008 0.010 0.101 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.321 0.017 0.047 0.568 0.005 0.008 0.028 0.001 0.006 0.001 0.001 48 G 0.083 0.004 0.031 0.027 0.046 0.005 0.183 0.355 0.002 0.264 0.001 49 A 0.453 0.121 0.222 0.130 0.031 0.023 0.007 0.001 0.010 0.002 0.001 50 S 0.254 0.085 0.205 0.333 0.040 0.025 0.036 0.003 0.011 0.006 0.001 51 G 0.104 0.016 0.052 0.033 0.147 0.013 0.088 0.368 0.004 0.175 0.001 52 A 0.387 0.183 0.239 0.087 0.052 0.026 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 53 S 0.237 0.290 0.207 0.106 0.062 0.050 0.020 0.002 0.024 0.002 0.002 54 L 0.195 0.396 0.198 0.061 0.065 0.050 0.014 0.002 0.018 0.001 0.001 55 R 0.134 0.558 0.147 0.034 0.061 0.041 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 56 L 0.236 0.323 0.248 0.050 0.040 0.068 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 57 H 0.298 0.303 0.118 0.086 0.083 0.063 0.019 0.002 0.027 0.001 0.001 58 T 0.215 0.415 0.111 0.059 0.120 0.040 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 59 L 0.337 0.283 0.176 0.095 0.042 0.039 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 60 H 0.272 0.241 0.184 0.117 0.069 0.057 0.025 0.002 0.030 0.002 0.001 61 A 0.285 0.134 0.191 0.215 0.057 0.053 0.027 0.007 0.023 0.007 0.001 62 H 0.027 0.182 0.447 0.010 0.045 0.030 0.006 0.001 0.249 0.003 0.001 63 P 0.516 0.002 0.424 0.017 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 64 S 0.709 0.041 0.070 0.132 0.014 0.010 0.010 0.006 0.005 0.003 0.001 65 Q 0.510 0.027 0.090 0.300 0.015 0.017 0.029 0.003 0.008 0.001 0.001 66 G 0.330 0.011 0.054 0.039 0.074 0.011 0.151 0.199 0.004 0.127 0.001 67 L 0.811 0.047 0.090 0.026 0.006 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 A 0.865 0.026 0.038 0.027 0.007 0.029 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 69 F 0.919 0.018 0.016 0.025 0.009 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 R 0.985 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.974 0.002 0.002 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.966 0.004 0.005 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 R 0.970 0.002 0.007 0.015 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.898 0.004 0.006 0.082 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.770 0.012 0.046 0.157 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 77 K 0.840 0.012 0.053 0.059 0.005 0.006 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 78 E 0.753 0.036 0.063 0.103 0.006 0.014 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 79 E 0.366 0.032 0.101 0.423 0.013 0.011 0.041 0.002 0.009 0.001 0.001 80 G 0.041 0.005 0.021 0.018 0.061 0.005 0.137 0.605 0.002 0.105 0.001 81 V 0.212 0.255 0.420 0.050 0.022 0.026 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 82 Q 0.216 0.464 0.168 0.037 0.065 0.033 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 83 A 0.126 0.554 0.131 0.039 0.095 0.035 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 84 V 0.033 0.815 0.067 0.007 0.046 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 85 L 0.074 0.568 0.197 0.017 0.036 0.065 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 86 V 0.052 0.656 0.154 0.027 0.023 0.050 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 87 L 0.085 0.366 0.267 0.102 0.029 0.106 0.007 0.001 0.035 0.001 0.002 88 T 0.017 0.352 0.311 0.008 0.113 0.021 0.004 0.001 0.171 0.003 0.001 89 P 0.020 0.005 0.943 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 90 P 0.305 0.004 0.633 0.018 0.001 0.013 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 91 M 0.346 0.165 0.260 0.145 0.039 0.020 0.005 0.005 0.013 0.002 0.001 92 A 0.279 0.201 0.281 0.104 0.068 0.038 0.009 0.002 0.014 0.003 0.001 93 W 0.530 0.115 0.179 0.080 0.038 0.032 0.009 0.002 0.011 0.003 0.001 94 E 0.704 0.066 0.088 0.077 0.021 0.024 0.006 0.002 0.010 0.002 0.001 95 D 0.522 0.048 0.092 0.195 0.019 0.063 0.032 0.005 0.019 0.003 0.001 96 R 0.801 0.024 0.041 0.086 0.008 0.011 0.017 0.002 0.005 0.002 0.001 97 N 0.709 0.016 0.036 0.145 0.012 0.022 0.046 0.007 0.006 0.001 0.001 98 R 0.724 0.029 0.045 0.138 0.011 0.023 0.021 0.003 0.006 0.001 0.001 99 L 0.875 0.026 0.049 0.031 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 100 K 0.935 0.014 0.022 0.017 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.916 0.024 0.021 0.020 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 L 0.872 0.040 0.032 0.028 0.006 0.014 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 103 L 0.710 0.077 0.086 0.068 0.005 0.036 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 104 L 0.632 0.100 0.123 0.094 0.011 0.023 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 105 R 0.638 0.119 0.090 0.097 0.019 0.014 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 106 E 0.396 0.035 0.148 0.317 0.014 0.015 0.062 0.003 0.008 0.001 0.001 107 G 0.032 0.003 0.023 0.026 0.036 0.007 0.090 0.647 0.003 0.132 0.001 108 L 0.019 0.148 0.638 0.004 0.021 0.014 0.002 0.001 0.153 0.001 0.001 109 P 0.244 0.003 0.653 0.011 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.068 110 S 0.557 0.083 0.165 0.101 0.047 0.012 0.009 0.018 0.006 0.002 0.001 111 Q 0.372 0.216 0.187 0.106 0.039 0.044 0.015 0.003 0.016 0.001 0.001 112 I 0.191 0.377 0.290 0.073 0.015 0.028 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 113 L 0.228 0.444 0.149 0.074 0.060 0.024 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 114 N 0.080 0.184 0.202 0.180 0.058 0.143 0.070 0.009 0.071 0.003 0.002 115 V 0.012 0.576 0.232 0.004 0.043 0.010 0.002 0.001 0.120 0.001 0.001 116 P 0.069 0.008 0.852 0.007 0.002 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.019 117 L 0.260 0.166 0.369 0.096 0.029 0.047 0.006 0.003 0.018 0.002 0.002 118 R 0.451 0.167 0.220 0.055 0.056 0.025 0.005 0.001 0.016 0.003 0.001 119 E 0.645 0.061 0.149 0.069 0.031 0.025 0.008 0.002 0.007 0.002 0.002 120 E 0.724 0.063 0.075 0.080 0.018 0.023 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 121 E 0.720 0.077 0.061 0.087 0.015 0.024 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 122 R 0.672 0.071 0.054 0.118 0.024 0.023 0.024 0.002 0.010 0.001 0.001 123 H 0.591 0.070 0.084 0.137 0.026 0.034 0.032 0.003 0.019 0.001 0.001 124 R 0.714 0.045 0.074 0.093 0.017 0.036 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 125 W 0.852 0.028 0.037 0.049 0.008 0.018 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 126 E 0.943 0.007 0.012 0.027 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 N 0.910 0.004 0.008 0.055 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.959 0.007 0.010 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.971 0.005 0.007 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.954 0.004 0.005 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 G 0.925 0.002 0.006 0.016 0.021 0.002 0.013 0.010 0.001 0.004 0.001 132 L 0.958 0.008 0.010 0.009 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 133 L 0.944 0.010 0.010 0.017 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 134 A 0.931 0.008 0.011 0.041 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.855 0.017 0.016 0.087 0.004 0.011 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 136 A 0.392 0.019 0.037 0.509 0.007 0.005 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 137 G 0.084 0.005 0.020 0.051 0.064 0.003 0.196 0.478 0.002 0.097 0.001 138 L 0.182 0.267 0.402 0.069 0.033 0.019 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 139 Q 0.130 0.489 0.228 0.036 0.043 0.049 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 140 V 0.094 0.475 0.291 0.038 0.027 0.054 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 141 V 0.128 0.540 0.163 0.047 0.053 0.040 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001