# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.070 0.082 0.100 0.126 0.079 0.037 0.028 0.081 0.060 0.244 0.092 2 R 0.098 0.190 0.070 0.019 0.211 0.018 0.023 0.134 0.111 0.084 0.042 3 R 0.101 0.163 0.047 0.011 0.204 0.027 0.044 0.168 0.135 0.058 0.043 4 A 0.145 0.112 0.039 0.013 0.218 0.019 0.045 0.163 0.112 0.085 0.048 5 V 0.113 0.161 0.040 0.013 0.239 0.018 0.047 0.163 0.086 0.072 0.048 6 S 0.101 0.155 0.090 0.026 0.166 0.030 0.044 0.086 0.072 0.172 0.060 7 K 0.030 0.386 0.344 0.019 0.106 0.010 0.014 0.042 0.019 0.019 0.010 8 P 0.110 0.230 0.092 0.015 0.174 0.010 0.025 0.183 0.084 0.044 0.033 9 A 0.021 0.048 0.012 0.007 0.043 0.018 0.043 0.423 0.330 0.043 0.012 10 D 0.029 0.047 0.022 0.012 0.048 0.019 0.054 0.487 0.152 0.105 0.025 11 A 0.076 0.052 0.013 0.005 0.110 0.008 0.030 0.440 0.128 0.108 0.031 12 L 0.076 0.142 0.043 0.008 0.170 0.017 0.036 0.337 0.089 0.055 0.027 13 R 0.150 0.083 0.032 0.010 0.181 0.018 0.041 0.290 0.065 0.068 0.062 14 V 0.071 0.284 0.076 0.021 0.164 0.028 0.045 0.169 0.069 0.043 0.030 15 G 0.078 0.114 0.073 0.041 0.114 0.044 0.074 0.215 0.066 0.121 0.059 16 F 0.145 0.108 0.027 0.012 0.195 0.008 0.019 0.254 0.093 0.081 0.058 17 Y 0.079 0.135 0.039 0.015 0.174 0.029 0.033 0.317 0.089 0.050 0.040 18 R 0.065 0.104 0.048 0.014 0.104 0.022 0.047 0.437 0.085 0.047 0.027 19 A 0.035 0.057 0.026 0.009 0.057 0.010 0.022 0.559 0.143 0.063 0.019 20 Q 0.014 0.028 0.012 0.004 0.026 0.007 0.013 0.744 0.118 0.025 0.008 21 E 0.012 0.014 0.005 0.002 0.017 0.004 0.014 0.796 0.106 0.023 0.007 22 T 0.010 0.019 0.007 0.002 0.016 0.003 0.012 0.841 0.070 0.017 0.005 23 A 0.011 0.008 0.002 0.001 0.012 0.002 0.009 0.869 0.069 0.013 0.005 24 L 0.012 0.008 0.002 0.001 0.019 0.002 0.007 0.843 0.096 0.006 0.003 25 A 0.016 0.013 0.003 0.002 0.030 0.006 0.035 0.804 0.075 0.011 0.005 26 L 0.072 0.027 0.007 0.003 0.078 0.006 0.037 0.628 0.092 0.026 0.024 27 L 0.065 0.114 0.030 0.007 0.156 0.015 0.063 0.394 0.094 0.040 0.023 28 R 0.145 0.093 0.037 0.007 0.177 0.009 0.056 0.280 0.071 0.059 0.065 29 L 0.078 0.130 0.054 0.028 0.116 0.047 0.111 0.217 0.099 0.061 0.058 30 D 0.025 0.144 0.099 0.151 0.044 0.134 0.171 0.093 0.047 0.072 0.020 31 G 0.040 0.028 0.045 0.068 0.029 0.015 0.020 0.110 0.101 0.421 0.121 32 A 0.038 0.109 0.063 0.027 0.090 0.023 0.042 0.264 0.184 0.120 0.039 33 Q 0.024 0.151 0.099 0.046 0.053 0.057 0.107 0.187 0.106 0.141 0.029 34 G 0.026 0.118 0.160 0.067 0.038 0.022 0.027 0.098 0.080 0.315 0.049 35 W 0.059 0.373 0.177 0.007 0.135 0.002 0.003 0.148 0.048 0.030 0.018 36 P 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.735 0.236 0.004 0.001 37 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.880 0.098 0.006 0.001 38 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.043 0.012 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.043 0.005 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.028 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.026 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.048 0.003 0.001 44 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.892 0.089 0.004 0.001 45 R 0.003 0.009 0.005 0.001 0.007 0.004 0.058 0.799 0.102 0.012 0.002 46 A 0.029 0.019 0.013 0.004 0.029 0.010 0.127 0.541 0.101 0.097 0.029 47 F 0.046 0.278 0.091 0.032 0.109 0.033 0.100 0.133 0.057 0.093 0.029 48 G 0.072 0.059 0.068 0.099 0.047 0.039 0.045 0.116 0.048 0.243 0.165 49 A 0.061 0.088 0.071 0.066 0.098 0.036 0.056 0.191 0.134 0.135 0.063 50 S 0.033 0.138 0.092 0.106 0.061 0.121 0.107 0.136 0.079 0.099 0.027 51 G 0.082 0.051 0.054 0.086 0.072 0.027 0.025 0.087 0.078 0.328 0.110 52 A 0.068 0.196 0.101 0.022 0.193 0.023 0.029 0.147 0.101 0.084 0.037 53 S 0.189 0.171 0.038 0.009 0.272 0.016 0.033 0.110 0.052 0.053 0.058 54 L 0.212 0.160 0.037 0.009 0.364 0.014 0.016 0.069 0.045 0.032 0.043 55 R 0.147 0.158 0.039 0.015 0.377 0.027 0.046 0.106 0.029 0.024 0.032 56 L 0.295 0.102 0.020 0.010 0.275 0.012 0.020 0.095 0.051 0.037 0.083 57 H 0.092 0.165 0.089 0.031 0.217 0.049 0.065 0.130 0.056 0.066 0.039 58 T 0.219 0.160 0.035 0.008 0.343 0.007 0.020 0.083 0.047 0.036 0.042 59 L 0.155 0.131 0.029 0.018 0.247 0.032 0.039 0.111 0.078 0.071 0.088 60 H 0.120 0.136 0.062 0.028 0.243 0.033 0.075 0.126 0.058 0.077 0.043 61 A 0.087 0.180 0.087 0.025 0.158 0.025 0.041 0.083 0.085 0.178 0.050 62 H 0.100 0.289 0.177 0.014 0.321 0.009 0.009 0.034 0.015 0.016 0.015 63 P 0.036 0.087 0.038 0.011 0.053 0.023 0.084 0.383 0.217 0.045 0.023 64 S 0.046 0.070 0.071 0.034 0.066 0.041 0.104 0.287 0.109 0.131 0.042 65 Q 0.029 0.226 0.094 0.053 0.064 0.039 0.049 0.202 0.095 0.119 0.030 66 G 0.033 0.045 0.034 0.051 0.032 0.023 0.024 0.264 0.095 0.315 0.086 67 L 0.058 0.167 0.046 0.009 0.163 0.010 0.017 0.357 0.089 0.056 0.027 68 A 0.051 0.108 0.032 0.007 0.082 0.014 0.026 0.550 0.067 0.039 0.025 69 F 0.034 0.039 0.012 0.004 0.038 0.004 0.007 0.702 0.113 0.034 0.013 70 R 0.004 0.007 0.002 0.001 0.010 0.002 0.003 0.828 0.134 0.006 0.002 71 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.906 0.073 0.005 0.001 72 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.904 0.061 0.015 0.001 73 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.857 0.119 0.010 0.002 74 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.881 0.099 0.003 0.001 75 K 0.003 0.007 0.004 0.001 0.005 0.002 0.033 0.830 0.088 0.023 0.003 76 A 0.023 0.032 0.012 0.003 0.034 0.006 0.056 0.659 0.115 0.048 0.011 77 K 0.017 0.045 0.017 0.004 0.022 0.007 0.033 0.617 0.160 0.060 0.019 78 E 0.029 0.023 0.015 0.008 0.031 0.020 0.092 0.505 0.149 0.090 0.038 79 E 0.021 0.354 0.202 0.040 0.056 0.046 0.092 0.097 0.044 0.037 0.011 80 G 0.087 0.026 0.025 0.033 0.048 0.019 0.019 0.073 0.047 0.421 0.203 81 V 0.214 0.173 0.029 0.008 0.366 0.009 0.017 0.069 0.041 0.035 0.040 82 Q 0.189 0.121 0.016 0.010 0.363 0.057 0.095 0.060 0.026 0.023 0.038 83 A 0.259 0.069 0.009 0.004 0.600 0.006 0.018 0.010 0.006 0.006 0.013 84 V 0.199 0.059 0.004 0.001 0.714 0.002 0.003 0.005 0.004 0.002 0.008 85 L 0.245 0.065 0.003 0.001 0.645 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.027 86 V 0.265 0.097 0.009 0.003 0.475 0.004 0.012 0.008 0.005 0.018 0.105 87 L 0.166 0.156 0.045 0.020 0.248 0.014 0.035 0.012 0.017 0.142 0.146 88 T 0.044 0.369 0.360 0.022 0.169 0.006 0.005 0.003 0.004 0.010 0.010 89 P 0.034 0.475 0.234 0.022 0.113 0.012 0.016 0.032 0.044 0.009 0.009 90 P 0.073 0.177 0.058 0.016 0.119 0.018 0.087 0.177 0.171 0.064 0.038 91 M 0.072 0.119 0.042 0.011 0.113 0.018 0.050 0.217 0.170 0.126 0.062 92 A 0.080 0.168 0.050 0.012 0.129 0.015 0.036 0.259 0.085 0.106 0.060 93 W 0.071 0.087 0.034 0.012 0.110 0.018 0.029 0.374 0.122 0.103 0.040 94 E 0.030 0.070 0.038 0.020 0.054 0.033 0.061 0.517 0.105 0.051 0.021 95 D 0.055 0.077 0.035 0.015 0.082 0.012 0.025 0.391 0.106 0.163 0.038 96 R 0.021 0.029 0.010 0.008 0.035 0.011 0.017 0.602 0.207 0.049 0.011 97 N 0.010 0.020 0.017 0.006 0.017 0.012 0.029 0.706 0.123 0.051 0.008 98 R 0.013 0.020 0.008 0.002 0.018 0.002 0.014 0.770 0.082 0.062 0.008 99 L 0.026 0.019 0.005 0.002 0.026 0.003 0.007 0.791 0.090 0.023 0.010 100 K 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.894 0.079 0.005 0.001 101 A 0.010 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.874 0.075 0.007 0.002 102 L 0.012 0.009 0.003 0.001 0.024 0.002 0.015 0.864 0.060 0.006 0.003 103 L 0.035 0.019 0.004 0.002 0.046 0.005 0.035 0.737 0.087 0.020 0.011 104 L 0.026 0.045 0.014 0.004 0.040 0.006 0.031 0.558 0.218 0.040 0.019 105 R 0.022 0.047 0.040 0.011 0.040 0.030 0.188 0.407 0.129 0.062 0.025 106 E 0.021 0.287 0.126 0.022 0.062 0.029 0.179 0.115 0.068 0.074 0.017 107 G 0.038 0.040 0.042 0.040 0.031 0.019 0.020 0.026 0.039 0.596 0.107 108 L 0.055 0.424 0.207 0.016 0.174 0.004 0.005 0.036 0.022 0.033 0.023 109 P 0.049 0.125 0.041 0.011 0.094 0.021 0.036 0.307 0.255 0.036 0.025 110 S 0.019 0.054 0.021 0.007 0.045 0.022 0.066 0.429 0.276 0.052 0.009 111 Q 0.050 0.060 0.018 0.004 0.091 0.006 0.031 0.386 0.180 0.139 0.033 112 I 0.145 0.055 0.016 0.006 0.147 0.015 0.026 0.284 0.140 0.112 0.054 113 L 0.042 0.347 0.061 0.017 0.180 0.048 0.076 0.123 0.050 0.040 0.016 114 N 0.107 0.038 0.030 0.015 0.091 0.011 0.019 0.052 0.043 0.415 0.177 115 V 0.014 0.560 0.258 0.006 0.113 0.003 0.006 0.017 0.011 0.008 0.003 116 P 0.142 0.320 0.081 0.008 0.284 0.007 0.017 0.050 0.022 0.019 0.050 117 L 0.096 0.179 0.048 0.018 0.130 0.017 0.033 0.191 0.165 0.069 0.055 118 R 0.043 0.182 0.084 0.021 0.122 0.030 0.045 0.330 0.079 0.040 0.024 119 E 0.045 0.077 0.034 0.008 0.081 0.011 0.028 0.463 0.166 0.066 0.022 120 E 0.037 0.057 0.024 0.008 0.066 0.013 0.031 0.559 0.131 0.055 0.020 121 E 0.041 0.057 0.024 0.009 0.070 0.012 0.030 0.511 0.132 0.086 0.026 122 R 0.046 0.076 0.025 0.010 0.075 0.013 0.032 0.543 0.098 0.054 0.028 123 H 0.043 0.129 0.054 0.010 0.094 0.017 0.038 0.457 0.075 0.063 0.021 124 R 0.032 0.053 0.024 0.005 0.043 0.007 0.020 0.657 0.090 0.051 0.017 125 W 0.026 0.026 0.010 0.004 0.032 0.005 0.010 0.743 0.109 0.024 0.012 126 E 0.004 0.015 0.005 0.004 0.009 0.010 0.015 0.843 0.083 0.010 0.003 127 N 0.010 0.007 0.004 0.002 0.013 0.004 0.018 0.833 0.065 0.037 0.008 128 A 0.003 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 0.883 0.078 0.012 0.002 129 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.915 0.053 0.008 0.002 130 L 0.002 0.008 0.003 0.002 0.005 0.003 0.006 0.901 0.066 0.004 0.001 131 G 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.007 0.914 0.049 0.011 0.003 132 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.909 0.063 0.007 0.002 133 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.013 0.839 0.116 0.007 0.002 134 A 0.004 0.017 0.007 0.002 0.008 0.006 0.053 0.766 0.126 0.008 0.002 135 K 0.032 0.012 0.014 0.007 0.024 0.017 0.134 0.490 0.105 0.118 0.047 136 A 0.021 0.515 0.180 0.020 0.080 0.022 0.060 0.042 0.020 0.030 0.011 137 G 0.087 0.023 0.016 0.041 0.039 0.024 0.025 0.039 0.030 0.331 0.345 138 L 0.153 0.261 0.049 0.013 0.369 0.006 0.010 0.031 0.024 0.035 0.050 139 Q 0.146 0.188 0.026 0.006 0.500 0.017 0.026 0.036 0.014 0.012 0.029 140 V 0.343 0.103 0.017 0.005 0.449 0.005 0.008 0.019 0.009 0.008 0.034 141 V 0.186 0.185 0.048 0.018 0.394 0.025 0.021 0.037 0.016 0.020 0.050