# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.701 0.200 0.061 0.026 0.009 0.002 0.001 2 R 0.443 0.239 0.174 0.103 0.032 0.008 0.001 3 R 0.338 0.294 0.202 0.118 0.037 0.011 0.001 4 A 0.200 0.243 0.220 0.187 0.108 0.039 0.003 5 V 0.106 0.124 0.179 0.253 0.231 0.100 0.008 6 S 0.243 0.268 0.223 0.153 0.084 0.027 0.002 7 K 0.260 0.272 0.227 0.149 0.069 0.021 0.002 8 P 0.305 0.269 0.188 0.143 0.067 0.025 0.003 9 A 0.197 0.191 0.241 0.221 0.101 0.043 0.006 10 D 0.302 0.284 0.214 0.131 0.047 0.020 0.003 11 A 0.132 0.179 0.206 0.228 0.154 0.084 0.016 12 L 0.082 0.074 0.094 0.193 0.277 0.226 0.055 13 R 0.091 0.193 0.211 0.225 0.152 0.108 0.021 14 V 0.088 0.109 0.136 0.197 0.221 0.191 0.057 15 G 0.085 0.146 0.159 0.204 0.201 0.158 0.047 16 F 0.052 0.079 0.105 0.174 0.252 0.255 0.084 17 Y 0.075 0.114 0.163 0.219 0.230 0.156 0.042 18 R 0.150 0.225 0.234 0.200 0.117 0.061 0.012 19 A 0.150 0.139 0.170 0.219 0.190 0.111 0.021 20 Q 0.289 0.260 0.187 0.141 0.076 0.040 0.007 21 E 0.309 0.231 0.188 0.146 0.078 0.040 0.008 22 T 0.202 0.218 0.217 0.193 0.105 0.054 0.012 23 A 0.093 0.136 0.161 0.222 0.212 0.147 0.030 24 L 0.062 0.088 0.136 0.220 0.247 0.200 0.047 25 A 0.059 0.129 0.164 0.213 0.226 0.172 0.037 26 L 0.038 0.067 0.105 0.197 0.259 0.258 0.076 27 L 0.034 0.061 0.097 0.178 0.275 0.283 0.073 28 R 0.063 0.170 0.241 0.257 0.166 0.088 0.015 29 L 0.060 0.085 0.147 0.254 0.270 0.162 0.022 30 D 0.245 0.300 0.221 0.142 0.067 0.023 0.002 31 G 0.340 0.272 0.164 0.129 0.062 0.029 0.004 32 A 0.250 0.198 0.207 0.187 0.112 0.041 0.005 33 Q 0.405 0.291 0.170 0.090 0.031 0.011 0.001 34 G 0.314 0.289 0.171 0.122 0.071 0.029 0.005 35 W 0.116 0.118 0.149 0.224 0.230 0.138 0.025 36 P 0.147 0.211 0.219 0.204 0.135 0.074 0.010 37 E 0.210 0.274 0.212 0.159 0.090 0.046 0.009 38 F 0.058 0.088 0.141 0.228 0.255 0.180 0.049 39 L 0.042 0.063 0.090 0.161 0.259 0.288 0.098 40 R 0.064 0.151 0.213 0.241 0.174 0.122 0.034 41 R 0.103 0.178 0.223 0.238 0.152 0.086 0.019 42 A 0.066 0.110 0.151 0.222 0.238 0.173 0.040 43 L 0.039 0.066 0.092 0.188 0.253 0.272 0.090 44 L 0.064 0.078 0.114 0.195 0.247 0.223 0.079 45 R 0.105 0.188 0.234 0.226 0.142 0.085 0.020 46 A 0.127 0.145 0.151 0.205 0.194 0.142 0.036 47 F 0.119 0.109 0.134 0.205 0.208 0.177 0.047 48 G 0.232 0.222 0.181 0.173 0.107 0.069 0.016 49 A 0.259 0.184 0.174 0.169 0.123 0.072 0.018 50 S 0.370 0.263 0.162 0.114 0.054 0.029 0.006 51 G 0.330 0.229 0.168 0.134 0.079 0.047 0.012 52 A 0.233 0.177 0.168 0.184 0.139 0.080 0.020 53 S 0.217 0.252 0.191 0.161 0.103 0.061 0.015 54 L 0.101 0.094 0.126 0.205 0.233 0.190 0.051 55 R 0.111 0.200 0.207 0.212 0.153 0.096 0.020 56 L 0.074 0.090 0.119 0.201 0.244 0.218 0.055 57 H 0.116 0.170 0.193 0.212 0.181 0.107 0.022 58 T 0.148 0.209 0.197 0.202 0.144 0.084 0.018 59 L 0.101 0.101 0.142 0.211 0.244 0.166 0.035 60 H 0.176 0.225 0.223 0.195 0.115 0.058 0.009 61 A 0.234 0.207 0.194 0.180 0.118 0.059 0.008 62 H 0.286 0.215 0.195 0.164 0.094 0.040 0.005 63 P 0.400 0.243 0.151 0.115 0.061 0.027 0.004 64 S 0.443 0.245 0.153 0.093 0.044 0.018 0.003 65 Q 0.358 0.262 0.184 0.124 0.048 0.020 0.003 66 G 0.248 0.251 0.181 0.151 0.105 0.055 0.008 67 L 0.092 0.119 0.180 0.248 0.221 0.122 0.017 68 A 0.088 0.180 0.237 0.234 0.162 0.086 0.014 69 F 0.046 0.068 0.099 0.177 0.282 0.276 0.051 70 R 0.087 0.192 0.239 0.265 0.154 0.057 0.005 71 E 0.248 0.341 0.189 0.126 0.071 0.024 0.002 72 A 0.074 0.167 0.239 0.282 0.174 0.060 0.004 73 L 0.051 0.084 0.165 0.269 0.308 0.118 0.005 74 R 0.215 0.344 0.258 0.122 0.051 0.010 0.001 75 K 0.379 0.337 0.180 0.081 0.020 0.003 0.001 76 A 0.349 0.227 0.204 0.149 0.061 0.009 0.001 77 K 0.575 0.276 0.096 0.039 0.011 0.002 0.001 78 E 0.692 0.224 0.057 0.020 0.006 0.001 0.001 79 E 0.576 0.282 0.098 0.035 0.007 0.001 0.001 80 G 0.304 0.308 0.219 0.117 0.040 0.011 0.001 81 V 0.094 0.101 0.201 0.280 0.230 0.084 0.009 82 Q 0.145 0.268 0.268 0.182 0.092 0.039 0.005 83 A 0.056 0.111 0.158 0.230 0.231 0.177 0.038 84 V 0.036 0.061 0.093 0.187 0.248 0.282 0.093 85 L 0.031 0.053 0.081 0.154 0.242 0.315 0.125 86 V 0.039 0.069 0.107 0.184 0.218 0.247 0.135 87 L 0.038 0.058 0.091 0.179 0.247 0.276 0.112 88 T 0.085 0.149 0.179 0.213 0.186 0.142 0.046 89 P 0.136 0.175 0.179 0.199 0.170 0.113 0.028 90 P 0.238 0.244 0.180 0.159 0.104 0.061 0.013 91 M 0.167 0.154 0.169 0.202 0.180 0.109 0.018 92 A 0.195 0.222 0.185 0.173 0.138 0.076 0.010 93 W 0.158 0.156 0.206 0.221 0.172 0.079 0.009 94 E 0.356 0.287 0.174 0.113 0.051 0.018 0.002 95 D 0.400 0.264 0.167 0.102 0.047 0.018 0.002 96 R 0.326 0.233 0.201 0.158 0.059 0.021 0.003 97 N 0.433 0.291 0.143 0.082 0.037 0.013 0.001 98 R 0.162 0.249 0.243 0.209 0.090 0.040 0.006 99 L 0.067 0.077 0.131 0.228 0.291 0.178 0.028 100 K 0.090 0.229 0.245 0.234 0.130 0.066 0.008 101 A 0.077 0.144 0.178 0.235 0.219 0.129 0.018 102 L 0.031 0.075 0.125 0.215 0.279 0.237 0.037 103 L 0.036 0.083 0.148 0.238 0.261 0.195 0.038 104 L 0.048 0.083 0.144 0.254 0.266 0.171 0.033 105 R 0.172 0.244 0.227 0.192 0.119 0.042 0.004 106 E 0.346 0.316 0.169 0.104 0.048 0.016 0.001 107 G 0.371 0.312 0.161 0.100 0.041 0.014 0.001 108 L 0.168 0.137 0.204 0.242 0.176 0.066 0.007 109 P 0.362 0.269 0.179 0.114 0.054 0.020 0.002 110 S 0.494 0.271 0.130 0.068 0.027 0.010 0.001 111 Q 0.339 0.291 0.176 0.121 0.051 0.018 0.002 112 I 0.155 0.152 0.181 0.209 0.182 0.106 0.015 113 L 0.122 0.130 0.177 0.240 0.211 0.106 0.013 114 N 0.285 0.325 0.205 0.108 0.054 0.021 0.002 115 V 0.154 0.161 0.202 0.244 0.170 0.064 0.005 116 P 0.309 0.332 0.185 0.104 0.053 0.016 0.001 117 L 0.124 0.138 0.242 0.288 0.162 0.043 0.002 118 R 0.492 0.309 0.120 0.051 0.023 0.004 0.001 119 E 0.607 0.285 0.067 0.028 0.010 0.002 0.001 120 E 0.622 0.251 0.082 0.034 0.010 0.001 0.001 121 E 0.512 0.270 0.140 0.059 0.016 0.003 0.001 122 R 0.386 0.272 0.218 0.098 0.022 0.004 0.001 123 H 0.339 0.245 0.214 0.137 0.054 0.010 0.001 124 R 0.350 0.333 0.175 0.095 0.035 0.011 0.001 125 W 0.138 0.135 0.197 0.254 0.182 0.085 0.008 126 E 0.245 0.271 0.238 0.154 0.066 0.024 0.003 127 N 0.273 0.277 0.226 0.142 0.058 0.021 0.003 128 A 0.105 0.144 0.181 0.233 0.209 0.105 0.023 129 L 0.057 0.076 0.097 0.180 0.247 0.263 0.080 130 L 0.050 0.087 0.129 0.206 0.226 0.231 0.070 131 G 0.100 0.180 0.204 0.214 0.163 0.109 0.031 132 L 0.042 0.067 0.104 0.191 0.265 0.256 0.076 133 L 0.047 0.073 0.102 0.176 0.246 0.266 0.089 134 A 0.091 0.148 0.198 0.237 0.186 0.115 0.025 135 K 0.212 0.260 0.250 0.172 0.067 0.032 0.006 136 A 0.283 0.220 0.177 0.170 0.096 0.048 0.007 137 G 0.291 0.262 0.174 0.142 0.080 0.043 0.008 138 L 0.160 0.106 0.149 0.226 0.218 0.122 0.020 139 Q 0.366 0.336 0.150 0.082 0.043 0.021 0.003 140 V 0.228 0.160 0.161 0.200 0.141 0.091 0.018 141 V 0.343 0.192 0.153 0.144 0.096 0.059 0.012