# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.005 0.013 0.305 0.010 0.043 0.114 0.001 0.001 0.010 0.181 0.261 0.024 0.033 2 R 0.008 0.026 0.350 0.010 0.101 0.166 0.002 0.001 0.013 0.149 0.085 0.028 0.060 3 R 0.010 0.023 0.234 0.011 0.160 0.215 0.003 0.001 0.020 0.083 0.110 0.041 0.090 4 A 0.014 0.022 0.166 0.015 0.215 0.200 0.007 0.002 0.023 0.045 0.156 0.043 0.091 5 V 0.015 0.031 0.271 0.013 0.089 0.141 0.007 0.003 0.030 0.099 0.160 0.052 0.091 6 S 0.008 0.024 0.471 0.006 0.025 0.062 0.002 0.001 0.021 0.201 0.090 0.050 0.039 7 K 0.001 0.014 0.686 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 0.008 0.188 0.028 0.021 0.022 8 P 0.001 0.012 0.635 0.003 0.047 0.080 0.001 0.001 0.005 0.099 0.082 0.005 0.031 9 A 0.001 0.010 0.234 0.013 0.223 0.242 0.001 0.001 0.006 0.093 0.159 0.010 0.009 10 D 0.002 0.005 0.196 0.007 0.283 0.248 0.001 0.001 0.008 0.089 0.131 0.008 0.022 11 A 0.005 0.010 0.152 0.007 0.213 0.370 0.001 0.001 0.011 0.038 0.121 0.008 0.064 12 L 0.024 0.029 0.146 0.016 0.069 0.414 0.008 0.005 0.031 0.059 0.065 0.088 0.047 13 R 0.057 0.017 0.098 0.009 0.045 0.437 0.014 0.008 0.040 0.047 0.060 0.063 0.105 14 V 0.058 0.014 0.127 0.033 0.035 0.417 0.011 0.010 0.034 0.038 0.102 0.031 0.090 15 G 0.043 0.008 0.147 0.028 0.022 0.392 0.009 0.004 0.023 0.076 0.096 0.112 0.039 16 F 0.049 0.012 0.123 0.008 0.028 0.452 0.008 0.005 0.036 0.044 0.070 0.014 0.151 17 Y 0.024 0.011 0.110 0.014 0.026 0.594 0.005 0.002 0.021 0.047 0.038 0.077 0.031 18 R 0.016 0.009 0.119 0.007 0.035 0.592 0.002 0.001 0.012 0.047 0.055 0.022 0.084 19 A 0.004 0.004 0.069 0.005 0.038 0.770 0.001 0.001 0.004 0.023 0.050 0.007 0.024 20 Q 0.002 0.001 0.038 0.003 0.023 0.865 0.001 0.001 0.002 0.018 0.037 0.004 0.007 21 E 0.002 0.001 0.014 0.002 0.024 0.912 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.002 0.006 22 T 0.005 0.001 0.017 0.002 0.021 0.904 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.005 0.009 23 A 0.007 0.001 0.012 0.002 0.012 0.919 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.003 0.015 24 L 0.010 0.002 0.010 0.006 0.022 0.892 0.001 0.001 0.002 0.004 0.028 0.007 0.015 25 A 0.021 0.001 0.009 0.006 0.019 0.865 0.002 0.001 0.003 0.005 0.033 0.016 0.020 26 L 0.039 0.003 0.016 0.008 0.019 0.806 0.003 0.001 0.004 0.007 0.043 0.011 0.041 27 L 0.064 0.007 0.043 0.012 0.023 0.627 0.007 0.004 0.011 0.021 0.070 0.070 0.042 28 R 0.043 0.014 0.114 0.008 0.018 0.513 0.006 0.004 0.014 0.047 0.089 0.040 0.091 29 L 0.023 0.016 0.184 0.013 0.050 0.411 0.004 0.003 0.013 0.077 0.117 0.049 0.041 30 D 0.003 0.005 0.134 0.010 0.047 0.185 0.001 0.001 0.007 0.094 0.483 0.011 0.019 31 G 0.001 0.006 0.107 0.003 0.100 0.148 0.001 0.001 0.003 0.104 0.520 0.003 0.006 32 A 0.002 0.016 0.287 0.002 0.132 0.200 0.001 0.001 0.007 0.174 0.155 0.011 0.014 33 Q 0.001 0.015 0.178 0.002 0.085 0.163 0.001 0.001 0.008 0.191 0.330 0.007 0.018 34 G 0.001 0.032 0.272 0.001 0.032 0.141 0.001 0.001 0.007 0.220 0.275 0.009 0.009 35 W 0.001 0.010 0.696 0.001 0.008 0.083 0.001 0.001 0.003 0.171 0.012 0.003 0.011 36 P 0.001 0.001 0.066 0.001 0.026 0.848 0.001 0.001 0.001 0.023 0.033 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.050 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.001 0.002 47 F 0.001 0.002 0.026 0.001 0.030 0.614 0.001 0.001 0.001 0.023 0.296 0.002 0.003 48 G 0.001 0.005 0.127 0.001 0.031 0.315 0.001 0.001 0.002 0.073 0.437 0.004 0.004 49 A 0.001 0.012 0.300 0.002 0.052 0.252 0.001 0.001 0.005 0.142 0.217 0.006 0.010 50 S 0.001 0.011 0.174 0.004 0.036 0.126 0.001 0.001 0.007 0.189 0.437 0.006 0.009 51 G 0.001 0.009 0.235 0.005 0.052 0.093 0.001 0.001 0.007 0.169 0.411 0.006 0.011 52 A 0.005 0.019 0.435 0.009 0.051 0.132 0.002 0.002 0.022 0.180 0.090 0.020 0.033 53 S 0.024 0.037 0.256 0.013 0.053 0.165 0.011 0.008 0.067 0.104 0.070 0.052 0.138 54 L 0.043 0.032 0.187 0.034 0.049 0.174 0.023 0.021 0.096 0.053 0.053 0.090 0.146 55 R 0.087 0.017 0.160 0.033 0.031 0.160 0.028 0.020 0.071 0.060 0.040 0.173 0.121 56 L 0.120 0.018 0.120 0.035 0.053 0.146 0.029 0.023 0.057 0.045 0.066 0.043 0.248 57 H 0.085 0.014 0.141 0.061 0.048 0.158 0.023 0.016 0.063 0.064 0.067 0.204 0.056 58 T 0.085 0.018 0.172 0.019 0.103 0.145 0.017 0.013 0.057 0.068 0.089 0.044 0.170 59 L 0.047 0.019 0.202 0.031 0.093 0.123 0.018 0.010 0.048 0.071 0.180 0.071 0.087 60 H 0.023 0.025 0.289 0.014 0.054 0.085 0.009 0.005 0.034 0.131 0.181 0.081 0.070 61 A 0.013 0.046 0.367 0.008 0.036 0.068 0.004 0.003 0.022 0.221 0.121 0.029 0.061 62 H 0.002 0.010 0.729 0.002 0.012 0.015 0.001 0.001 0.006 0.152 0.024 0.030 0.017 63 P 0.001 0.011 0.238 0.004 0.155 0.177 0.001 0.001 0.003 0.111 0.280 0.002 0.018 64 S 0.001 0.008 0.131 0.004 0.155 0.195 0.001 0.001 0.002 0.125 0.370 0.006 0.003 65 Q 0.001 0.009 0.141 0.002 0.182 0.240 0.001 0.001 0.002 0.168 0.245 0.002 0.008 66 G 0.001 0.010 0.166 0.002 0.045 0.456 0.001 0.001 0.002 0.117 0.193 0.004 0.005 67 L 0.003 0.017 0.113 0.002 0.032 0.719 0.001 0.001 0.005 0.058 0.037 0.005 0.010 68 A 0.009 0.021 0.069 0.002 0.021 0.745 0.001 0.001 0.006 0.042 0.046 0.010 0.027 69 F 0.005 0.005 0.025 0.001 0.011 0.901 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 0.004 0.015 70 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 71 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 74 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.914 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.001 0.004 76 A 0.001 0.001 0.025 0.001 0.027 0.869 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.001 0.005 77 K 0.001 0.001 0.044 0.001 0.037 0.793 0.001 0.001 0.001 0.019 0.100 0.001 0.003 78 E 0.001 0.001 0.043 0.001 0.064 0.758 0.001 0.001 0.001 0.022 0.104 0.002 0.003 79 E 0.001 0.003 0.048 0.004 0.049 0.410 0.001 0.001 0.003 0.053 0.418 0.003 0.008 80 G 0.003 0.007 0.165 0.007 0.035 0.220 0.001 0.001 0.008 0.109 0.414 0.019 0.014 81 V 0.014 0.013 0.524 0.018 0.025 0.101 0.003 0.002 0.045 0.073 0.048 0.021 0.113 82 Q 0.045 0.015 0.203 0.079 0.021 0.080 0.022 0.010 0.116 0.079 0.043 0.176 0.113 83 A 0.131 0.009 0.048 0.067 0.014 0.035 0.114 0.085 0.187 0.019 0.022 0.085 0.185 84 V 0.240 0.005 0.024 0.033 0.004 0.013 0.198 0.194 0.129 0.008 0.005 0.079 0.069 85 L 0.377 0.003 0.012 0.009 0.003 0.004 0.173 0.185 0.109 0.003 0.002 0.070 0.050 86 V 0.252 0.004 0.028 0.013 0.003 0.005 0.146 0.181 0.199 0.006 0.007 0.070 0.084 87 L 0.108 0.014 0.206 0.047 0.006 0.008 0.077 0.063 0.176 0.049 0.034 0.079 0.134 88 T 0.010 0.009 0.574 0.014 0.003 0.005 0.003 0.004 0.068 0.200 0.017 0.065 0.027 89 P 0.001 0.004 0.774 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.008 0.159 0.014 0.007 0.019 90 P 0.001 0.011 0.403 0.006 0.135 0.104 0.001 0.001 0.009 0.144 0.161 0.007 0.017 91 M 0.003 0.013 0.222 0.005 0.214 0.166 0.001 0.001 0.007 0.128 0.214 0.009 0.017 92 A 0.004 0.012 0.236 0.003 0.278 0.230 0.001 0.001 0.007 0.072 0.098 0.010 0.048 93 W 0.003 0.016 0.108 0.002 0.138 0.523 0.001 0.001 0.005 0.054 0.110 0.009 0.030 94 E 0.003 0.016 0.091 0.003 0.096 0.589 0.001 0.001 0.005 0.065 0.097 0.015 0.019 95 D 0.002 0.008 0.124 0.002 0.057 0.626 0.001 0.001 0.002 0.073 0.083 0.005 0.018 96 R 0.001 0.002 0.034 0.002 0.044 0.806 0.001 0.001 0.001 0.018 0.089 0.001 0.003 97 N 0.001 0.002 0.029 0.001 0.031 0.761 0.001 0.001 0.001 0.029 0.142 0.001 0.002 98 R 0.001 0.002 0.037 0.001 0.036 0.855 0.001 0.001 0.001 0.015 0.043 0.002 0.006 99 L 0.001 0.003 0.045 0.002 0.014 0.887 0.001 0.001 0.002 0.011 0.021 0.002 0.011 100 K 0.001 0.001 0.012 0.002 0.011 0.932 0.001 0.001 0.002 0.008 0.021 0.005 0.004 101 A 0.005 0.002 0.010 0.002 0.019 0.907 0.001 0.001 0.004 0.006 0.020 0.002 0.020 102 L 0.014 0.002 0.009 0.004 0.011 0.907 0.002 0.001 0.003 0.006 0.016 0.016 0.009 103 L 0.027 0.006 0.014 0.004 0.038 0.796 0.004 0.005 0.011 0.006 0.039 0.010 0.040 104 L 0.009 0.004 0.025 0.008 0.049 0.798 0.002 0.002 0.006 0.009 0.066 0.010 0.012 105 R 0.013 0.007 0.063 0.008 0.112 0.577 0.002 0.002 0.007 0.039 0.130 0.022 0.019 106 E 0.002 0.005 0.067 0.005 0.053 0.272 0.001 0.001 0.004 0.069 0.502 0.005 0.015 107 G 0.001 0.013 0.184 0.003 0.027 0.085 0.001 0.001 0.003 0.195 0.474 0.008 0.005 108 L 0.001 0.010 0.725 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 0.003 0.192 0.021 0.011 0.011 109 P 0.001 0.009 0.632 0.004 0.033 0.057 0.001 0.001 0.007 0.124 0.095 0.005 0.032 110 S 0.003 0.016 0.243 0.024 0.197 0.151 0.001 0.001 0.017 0.124 0.184 0.020 0.019 111 Q 0.009 0.012 0.242 0.010 0.231 0.194 0.003 0.003 0.029 0.091 0.085 0.025 0.065 112 I 0.026 0.021 0.226 0.016 0.176 0.170 0.018 0.010 0.063 0.039 0.066 0.025 0.144 113 L 0.035 0.019 0.181 0.015 0.067 0.146 0.022 0.013 0.112 0.052 0.058 0.233 0.046 114 N 0.045 0.024 0.283 0.013 0.025 0.091 0.012 0.008 0.084 0.079 0.077 0.026 0.234 115 V 0.017 0.019 0.442 0.012 0.011 0.050 0.003 0.002 0.039 0.168 0.027 0.181 0.031 116 P 0.004 0.009 0.669 0.003 0.007 0.036 0.001 0.001 0.019 0.070 0.022 0.011 0.149 117 L 0.004 0.017 0.421 0.010 0.081 0.226 0.001 0.001 0.016 0.078 0.071 0.032 0.044 118 R 0.003 0.006 0.352 0.008 0.113 0.311 0.001 0.001 0.010 0.063 0.063 0.021 0.048 119 E 0.001 0.003 0.075 0.003 0.262 0.523 0.001 0.001 0.003 0.025 0.072 0.004 0.028 120 E 0.001 0.003 0.064 0.003 0.135 0.682 0.001 0.001 0.003 0.021 0.070 0.006 0.012 121 E 0.001 0.005 0.070 0.002 0.082 0.713 0.001 0.001 0.003 0.033 0.069 0.006 0.017 122 R 0.002 0.005 0.081 0.002 0.041 0.715 0.001 0.001 0.003 0.037 0.094 0.007 0.013 123 H 0.002 0.006 0.103 0.002 0.028 0.692 0.001 0.001 0.004 0.048 0.089 0.011 0.014 124 R 0.002 0.007 0.087 0.002 0.028 0.735 0.001 0.001 0.002 0.029 0.078 0.007 0.021 125 W 0.001 0.004 0.037 0.002 0.024 0.863 0.001 0.001 0.002 0.013 0.042 0.003 0.009 126 E 0.001 0.001 0.015 0.002 0.025 0.907 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.003 0.003 127 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.031 0.900 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.001 0.003 128 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.023 0.934 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.002 0.001 129 L 0.001 0.005 0.014 0.001 0.010 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.006 130 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 131 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.923 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 0.001 0.002 132 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.941 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.003 133 L 0.001 0.002 0.009 0.001 0.053 0.882 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.001 0.004 134 A 0.001 0.002 0.009 0.001 0.065 0.859 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.002 0.003 135 K 0.002 0.003 0.023 0.002 0.119 0.708 0.001 0.001 0.002 0.018 0.112 0.004 0.007 136 A 0.002 0.004 0.038 0.009 0.057 0.304 0.001 0.001 0.004 0.054 0.516 0.004 0.006 137 G 0.002 0.004 0.101 0.005 0.019 0.065 0.001 0.001 0.006 0.095 0.691 0.006 0.005 138 L 0.007 0.012 0.665 0.007 0.021 0.043 0.003 0.003 0.024 0.111 0.052 0.011 0.041 139 Q 0.017 0.024 0.293 0.010 0.012 0.044 0.014 0.017 0.186 0.167 0.033 0.145 0.036 140 V 0.025 0.031 0.234 0.008 0.017 0.025 0.032 0.064 0.255 0.037 0.021 0.022 0.231 141 V 0.015 0.011 0.489 0.029 0.008 0.018 0.012 0.030 0.191 0.064 0.008 0.092 0.033