# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.464 0.131 0.036 0.087 0.065 0.046 0.061 0.043 0.032 0.022 0.013 2 R 0.125 0.091 0.054 0.145 0.128 0.118 0.135 0.081 0.061 0.040 0.022 3 R 0.091 0.109 0.089 0.175 0.147 0.133 0.116 0.063 0.041 0.024 0.012 4 A 0.047 0.066 0.053 0.102 0.109 0.123 0.160 0.121 0.102 0.069 0.048 5 V 0.038 0.034 0.034 0.075 0.090 0.097 0.175 0.146 0.138 0.104 0.067 6 S 0.139 0.141 0.114 0.179 0.120 0.092 0.089 0.047 0.037 0.028 0.012 7 K 0.116 0.170 0.123 0.221 0.144 0.094 0.062 0.032 0.020 0.012 0.006 8 P 0.250 0.180 0.056 0.126 0.094 0.074 0.086 0.061 0.036 0.023 0.013 9 A 0.097 0.058 0.035 0.098 0.108 0.123 0.166 0.122 0.092 0.062 0.037 10 D 0.209 0.200 0.144 0.199 0.109 0.057 0.042 0.021 0.010 0.005 0.003 11 A 0.042 0.039 0.053 0.120 0.129 0.133 0.170 0.116 0.093 0.065 0.040 12 L 0.018 0.019 0.025 0.038 0.053 0.088 0.172 0.150 0.180 0.156 0.102 13 R 0.026 0.084 0.123 0.239 0.181 0.125 0.103 0.054 0.036 0.021 0.010 14 V 0.018 0.015 0.039 0.048 0.066 0.112 0.175 0.154 0.159 0.132 0.082 15 G 0.085 0.100 0.078 0.169 0.138 0.112 0.135 0.078 0.055 0.032 0.018 16 F 0.018 0.016 0.029 0.050 0.066 0.086 0.171 0.164 0.171 0.139 0.091 17 Y 0.036 0.034 0.062 0.094 0.109 0.141 0.188 0.121 0.101 0.073 0.040 18 R 0.052 0.090 0.130 0.192 0.151 0.113 0.128 0.065 0.042 0.024 0.012 19 A 0.036 0.040 0.059 0.079 0.095 0.115 0.187 0.136 0.111 0.087 0.054 20 Q 0.084 0.113 0.110 0.186 0.143 0.112 0.120 0.058 0.039 0.024 0.011 21 E 0.133 0.114 0.141 0.187 0.127 0.099 0.095 0.050 0.029 0.018 0.008 22 T 0.064 0.083 0.102 0.156 0.143 0.132 0.139 0.079 0.051 0.034 0.017 23 A 0.023 0.033 0.049 0.087 0.103 0.125 0.198 0.145 0.115 0.083 0.039 24 L 0.010 0.016 0.049 0.069 0.090 0.148 0.196 0.140 0.130 0.105 0.047 25 A 0.009 0.028 0.099 0.113 0.115 0.147 0.194 0.113 0.093 0.063 0.028 26 L 0.003 0.005 0.020 0.030 0.046 0.077 0.150 0.150 0.198 0.190 0.130 27 L 0.004 0.005 0.015 0.018 0.030 0.064 0.139 0.144 0.220 0.215 0.145 28 R 0.014 0.039 0.086 0.161 0.158 0.142 0.167 0.094 0.071 0.045 0.023 29 L 0.008 0.008 0.017 0.020 0.033 0.068 0.155 0.148 0.196 0.189 0.159 30 D 0.140 0.211 0.092 0.195 0.132 0.080 0.069 0.036 0.023 0.013 0.008 31 G 0.290 0.129 0.050 0.116 0.091 0.073 0.096 0.066 0.044 0.027 0.017 32 A 0.204 0.147 0.043 0.106 0.089 0.095 0.112 0.070 0.058 0.045 0.032 33 Q 0.254 0.193 0.067 0.164 0.116 0.073 0.062 0.034 0.020 0.011 0.007 34 G 0.353 0.167 0.052 0.114 0.089 0.067 0.064 0.043 0.025 0.016 0.010 35 W 0.023 0.052 0.025 0.066 0.075 0.100 0.168 0.140 0.153 0.120 0.080 36 P 0.092 0.076 0.049 0.141 0.153 0.149 0.165 0.085 0.052 0.027 0.013 37 E 0.293 0.149 0.193 0.204 0.083 0.037 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 38 F 0.018 0.018 0.030 0.060 0.082 0.125 0.223 0.155 0.134 0.099 0.058 39 L 0.004 0.008 0.012 0.030 0.048 0.062 0.141 0.168 0.207 0.204 0.114 40 R 0.010 0.038 0.158 0.168 0.163 0.169 0.146 0.067 0.044 0.028 0.009 41 R 0.016 0.035 0.288 0.210 0.160 0.127 0.087 0.039 0.020 0.012 0.005 42 A 0.016 0.018 0.051 0.070 0.084 0.137 0.237 0.164 0.110 0.079 0.034 43 L 0.005 0.008 0.019 0.030 0.041 0.071 0.156 0.153 0.218 0.189 0.111 44 L 0.004 0.005 0.027 0.025 0.041 0.073 0.147 0.138 0.198 0.205 0.136 45 R 0.018 0.047 0.220 0.195 0.164 0.130 0.110 0.049 0.035 0.021 0.010 46 A 0.021 0.025 0.057 0.068 0.084 0.121 0.206 0.150 0.120 0.091 0.056 47 F 0.016 0.016 0.016 0.034 0.046 0.085 0.159 0.159 0.188 0.162 0.119 48 G 0.139 0.107 0.067 0.148 0.125 0.093 0.124 0.081 0.058 0.036 0.023 49 A 0.107 0.087 0.074 0.116 0.110 0.108 0.129 0.089 0.075 0.061 0.046 50 S 0.151 0.164 0.058 0.144 0.126 0.099 0.112 0.063 0.042 0.025 0.016 51 G 0.293 0.147 0.039 0.119 0.096 0.077 0.083 0.059 0.041 0.028 0.018 52 A 0.112 0.075 0.039 0.098 0.099 0.111 0.147 0.109 0.096 0.068 0.045 53 S 0.097 0.125 0.063 0.200 0.153 0.112 0.106 0.060 0.043 0.026 0.015 54 L 0.012 0.010 0.014 0.026 0.040 0.069 0.126 0.137 0.203 0.192 0.171 55 R 0.040 0.091 0.079 0.208 0.186 0.128 0.117 0.066 0.044 0.026 0.015 56 L 0.007 0.008 0.017 0.032 0.045 0.071 0.133 0.144 0.200 0.200 0.142 57 H 0.030 0.038 0.051 0.116 0.130 0.149 0.172 0.113 0.095 0.067 0.037 58 T 0.053 0.073 0.081 0.166 0.130 0.117 0.144 0.090 0.072 0.050 0.024 59 L 0.016 0.014 0.020 0.035 0.048 0.085 0.145 0.138 0.187 0.178 0.132 60 H 0.083 0.089 0.061 0.147 0.134 0.117 0.146 0.089 0.067 0.043 0.023 61 A 0.088 0.079 0.078 0.123 0.107 0.110 0.138 0.096 0.082 0.061 0.038 62 H 0.102 0.122 0.060 0.127 0.119 0.117 0.136 0.082 0.062 0.044 0.029 63 P 0.267 0.159 0.049 0.132 0.097 0.070 0.086 0.058 0.040 0.025 0.015 64 S 0.311 0.183 0.057 0.127 0.087 0.066 0.064 0.041 0.030 0.021 0.013 65 Q 0.122 0.128 0.052 0.156 0.140 0.115 0.121 0.075 0.049 0.028 0.016 66 G 0.183 0.124 0.059 0.143 0.119 0.104 0.116 0.069 0.043 0.027 0.013 67 L 0.042 0.027 0.042 0.075 0.089 0.140 0.204 0.131 0.119 0.082 0.048 68 A 0.047 0.071 0.083 0.169 0.153 0.125 0.143 0.091 0.061 0.038 0.020 69 F 0.004 0.012 0.024 0.034 0.050 0.082 0.181 0.160 0.196 0.166 0.092 70 R 0.024 0.037 0.099 0.153 0.183 0.179 0.184 0.071 0.041 0.020 0.009 71 E 0.175 0.094 0.364 0.204 0.089 0.035 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 72 A 0.018 0.024 0.068 0.088 0.108 0.177 0.262 0.119 0.074 0.044 0.017 73 L 0.006 0.007 0.020 0.025 0.040 0.069 0.206 0.179 0.202 0.173 0.073 74 R 0.021 0.046 0.466 0.179 0.113 0.085 0.058 0.017 0.008 0.004 0.001 75 K 0.015 0.058 0.639 0.180 0.070 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 76 A 0.026 0.022 0.051 0.044 0.067 0.102 0.228 0.202 0.116 0.096 0.046 77 K 0.091 0.151 0.168 0.177 0.131 0.091 0.096 0.052 0.025 0.014 0.005 78 E 0.133 0.141 0.425 0.159 0.070 0.036 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 79 E 0.199 0.138 0.219 0.165 0.110 0.072 0.058 0.023 0.009 0.004 0.002 80 G 0.301 0.183 0.081 0.107 0.074 0.060 0.090 0.054 0.029 0.015 0.007 81 V 0.033 0.027 0.041 0.065 0.084 0.124 0.200 0.148 0.129 0.097 0.051 82 Q 0.061 0.127 0.254 0.241 0.140 0.078 0.051 0.024 0.014 0.008 0.003 83 A 0.013 0.021 0.057 0.085 0.103 0.144 0.212 0.152 0.108 0.071 0.034 84 V 0.009 0.014 0.025 0.043 0.059 0.098 0.169 0.161 0.178 0.147 0.096 85 L 0.011 0.013 0.031 0.057 0.075 0.100 0.178 0.164 0.164 0.130 0.078 86 V 0.014 0.019 0.061 0.078 0.091 0.110 0.161 0.133 0.138 0.118 0.077 87 L 0.008 0.010 0.019 0.030 0.043 0.070 0.159 0.152 0.204 0.176 0.128 88 T 0.055 0.081 0.065 0.145 0.132 0.116 0.141 0.097 0.082 0.054 0.032 89 P 0.093 0.085 0.064 0.131 0.124 0.117 0.150 0.095 0.070 0.042 0.028 90 P 0.184 0.107 0.065 0.146 0.123 0.095 0.112 0.072 0.046 0.030 0.020 91 M 0.095 0.061 0.043 0.090 0.097 0.114 0.170 0.122 0.098 0.066 0.043 92 A 0.095 0.135 0.081 0.156 0.129 0.104 0.124 0.072 0.052 0.033 0.020 93 W 0.057 0.048 0.053 0.088 0.103 0.113 0.188 0.122 0.107 0.074 0.046 94 E 0.286 0.176 0.134 0.186 0.103 0.047 0.035 0.017 0.009 0.005 0.003 95 D 0.083 0.183 0.123 0.181 0.120 0.101 0.102 0.050 0.030 0.019 0.008 96 R 0.072 0.065 0.058 0.143 0.162 0.153 0.158 0.091 0.052 0.031 0.015 97 N 0.361 0.151 0.172 0.136 0.065 0.044 0.039 0.018 0.008 0.004 0.002 98 R 0.027 0.064 0.155 0.242 0.171 0.139 0.110 0.047 0.026 0.014 0.005 99 L 0.005 0.007 0.016 0.017 0.029 0.059 0.146 0.160 0.209 0.226 0.126 100 K 0.015 0.061 0.167 0.242 0.206 0.135 0.090 0.043 0.024 0.013 0.005 101 A 0.018 0.025 0.177 0.121 0.122 0.142 0.169 0.105 0.060 0.044 0.018 102 L 0.009 0.010 0.035 0.049 0.064 0.144 0.232 0.144 0.148 0.110 0.055 103 L 0.008 0.011 0.027 0.038 0.051 0.075 0.171 0.164 0.188 0.158 0.109 104 L 0.005 0.008 0.033 0.035 0.050 0.079 0.150 0.140 0.193 0.187 0.119 105 R 0.024 0.062 0.104 0.137 0.139 0.151 0.182 0.080 0.062 0.040 0.019 106 E 0.120 0.112 0.127 0.197 0.147 0.103 0.094 0.050 0.027 0.013 0.008 107 G 0.354 0.165 0.060 0.110 0.077 0.065 0.074 0.043 0.025 0.017 0.010 108 L 0.036 0.047 0.019 0.047 0.056 0.085 0.149 0.138 0.166 0.148 0.110 109 P 0.267 0.244 0.065 0.154 0.101 0.058 0.049 0.028 0.017 0.010 0.006 110 S 0.267 0.125 0.087 0.149 0.103 0.085 0.079 0.045 0.031 0.019 0.011 111 Q 0.151 0.142 0.070 0.187 0.142 0.105 0.102 0.053 0.027 0.014 0.008 112 I 0.023 0.029 0.024 0.061 0.074 0.092 0.146 0.154 0.157 0.143 0.097 113 L 0.016 0.023 0.030 0.062 0.086 0.145 0.202 0.150 0.137 0.097 0.051 114 N 0.101 0.177 0.166 0.234 0.124 0.071 0.062 0.029 0.019 0.011 0.005 115 V 0.035 0.019 0.031 0.055 0.077 0.119 0.213 0.155 0.140 0.096 0.060 116 P 0.285 0.219 0.101 0.184 0.094 0.043 0.037 0.019 0.010 0.005 0.003 117 L 0.027 0.028 0.038 0.055 0.074 0.100 0.202 0.161 0.142 0.104 0.069 118 R 0.108 0.179 0.159 0.200 0.144 0.083 0.067 0.031 0.016 0.009 0.004 119 E 0.233 0.200 0.184 0.175 0.084 0.052 0.044 0.016 0.008 0.003 0.001 120 E 0.264 0.129 0.154 0.180 0.115 0.062 0.052 0.026 0.011 0.006 0.003 121 E 0.150 0.152 0.142 0.169 0.109 0.087 0.101 0.050 0.023 0.013 0.004 122 R 0.044 0.076 0.201 0.207 0.155 0.124 0.099 0.049 0.025 0.014 0.005 123 H 0.082 0.067 0.270 0.139 0.107 0.115 0.117 0.056 0.026 0.015 0.005 124 R 0.039 0.121 0.321 0.239 0.122 0.071 0.048 0.022 0.010 0.005 0.002 125 W 0.022 0.024 0.059 0.055 0.079 0.107 0.206 0.181 0.124 0.096 0.047 126 E 0.137 0.122 0.199 0.204 0.127 0.079 0.068 0.034 0.017 0.009 0.003 127 N 0.092 0.080 0.239 0.194 0.131 0.096 0.088 0.042 0.021 0.012 0.006 128 A 0.030 0.034 0.069 0.090 0.114 0.140 0.196 0.135 0.094 0.063 0.035 129 L 0.013 0.025 0.034 0.052 0.069 0.093 0.183 0.160 0.168 0.130 0.073 130 L 0.008 0.012 0.034 0.050 0.073 0.116 0.194 0.160 0.160 0.121 0.072 131 G 0.080 0.077 0.154 0.195 0.152 0.105 0.109 0.055 0.037 0.022 0.013 132 L 0.010 0.009 0.021 0.033 0.050 0.073 0.167 0.171 0.186 0.155 0.124 133 L 0.006 0.009 0.014 0.033 0.049 0.065 0.125 0.150 0.201 0.196 0.152 134 A 0.012 0.016 0.036 0.062 0.086 0.116 0.212 0.147 0.146 0.104 0.061 135 K 0.049 0.125 0.209 0.225 0.149 0.103 0.070 0.030 0.021 0.013 0.008 136 A 0.051 0.046 0.044 0.087 0.102 0.126 0.199 0.136 0.101 0.066 0.041 137 G 0.364 0.188 0.054 0.130 0.075 0.047 0.054 0.036 0.026 0.016 0.010 138 L 0.037 0.022 0.025 0.045 0.057 0.081 0.152 0.138 0.171 0.145 0.126 139 Q 0.111 0.185 0.155 0.223 0.143 0.077 0.049 0.025 0.016 0.009 0.006 140 V 0.040 0.048 0.052 0.085 0.103 0.115 0.176 0.139 0.111 0.072 0.057 141 V 0.090 0.067 0.054 0.104 0.113 0.100 0.144 0.124 0.092 0.064 0.049