# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.070 0.021 0.071 0.029 0.137 0.010 0.076 0.362 0.008 0.213 0.001 2 R 0.342 0.173 0.318 0.094 0.023 0.022 0.010 0.003 0.010 0.002 0.003 3 R 0.306 0.284 0.225 0.097 0.033 0.020 0.013 0.002 0.016 0.001 0.002 4 A 0.311 0.268 0.224 0.073 0.061 0.023 0.014 0.005 0.017 0.002 0.002 5 V 0.126 0.490 0.220 0.085 0.034 0.019 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 6 S 0.096 0.266 0.313 0.134 0.059 0.062 0.034 0.006 0.022 0.004 0.005 7 K 0.011 0.290 0.390 0.005 0.075 0.020 0.003 0.001 0.202 0.003 0.001 8 P 0.106 0.006 0.811 0.006 0.003 0.034 0.001 0.001 0.004 0.004 0.026 9 A 0.838 0.013 0.093 0.040 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 10 D 0.602 0.059 0.087 0.174 0.017 0.013 0.030 0.008 0.008 0.002 0.001 11 A 0.687 0.069 0.082 0.115 0.018 0.015 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 12 L 0.598 0.136 0.095 0.137 0.008 0.011 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 13 R 0.455 0.258 0.140 0.040 0.033 0.034 0.014 0.002 0.021 0.001 0.001 14 V 0.352 0.317 0.173 0.091 0.015 0.016 0.015 0.001 0.020 0.001 0.001 15 G 0.251 0.049 0.161 0.048 0.199 0.031 0.038 0.134 0.009 0.078 0.002 16 F 0.226 0.319 0.223 0.108 0.057 0.035 0.011 0.002 0.019 0.001 0.001 17 Y 0.310 0.312 0.205 0.061 0.038 0.043 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 18 R 0.417 0.208 0.211 0.061 0.028 0.037 0.013 0.001 0.022 0.002 0.001 19 A 0.678 0.065 0.129 0.056 0.021 0.025 0.009 0.002 0.009 0.003 0.001 20 Q 0.866 0.024 0.045 0.046 0.005 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 21 E 0.943 0.013 0.023 0.013 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.913 0.013 0.012 0.052 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.961 0.007 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.968 0.013 0.006 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.939 0.027 0.012 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 26 L 0.822 0.069 0.043 0.042 0.006 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 27 L 0.483 0.283 0.106 0.054 0.020 0.025 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 28 R 0.365 0.181 0.258 0.052 0.028 0.066 0.021 0.001 0.024 0.002 0.001 29 L 0.509 0.173 0.152 0.093 0.017 0.022 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 30 D 0.221 0.052 0.198 0.351 0.014 0.041 0.091 0.005 0.019 0.004 0.004 31 G 0.047 0.004 0.025 0.019 0.068 0.004 0.048 0.491 0.003 0.291 0.001 32 A 0.456 0.108 0.250 0.122 0.011 0.018 0.012 0.004 0.012 0.004 0.003 33 Q 0.276 0.096 0.173 0.347 0.022 0.013 0.054 0.003 0.009 0.003 0.004 34 G 0.084 0.012 0.072 0.056 0.124 0.016 0.038 0.381 0.006 0.210 0.002 35 W 0.106 0.112 0.569 0.017 0.032 0.029 0.004 0.001 0.125 0.005 0.001 36 P 0.878 0.001 0.105 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 E 0.976 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 F 0.963 0.005 0.008 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.980 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.991 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.980 0.005 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.949 0.006 0.010 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.288 0.018 0.035 0.632 0.003 0.005 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 48 G 0.089 0.005 0.040 0.033 0.054 0.007 0.133 0.370 0.005 0.262 0.001 49 A 0.485 0.074 0.211 0.152 0.015 0.018 0.016 0.006 0.011 0.007 0.003 50 S 0.250 0.086 0.199 0.342 0.020 0.016 0.058 0.006 0.015 0.004 0.004 51 G 0.067 0.014 0.062 0.027 0.126 0.009 0.065 0.418 0.006 0.203 0.001 52 A 0.385 0.175 0.275 0.084 0.038 0.015 0.011 0.003 0.009 0.003 0.003 53 S 0.265 0.308 0.227 0.088 0.053 0.029 0.010 0.002 0.017 0.001 0.002 54 L 0.188 0.443 0.210 0.056 0.046 0.028 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 55 R 0.181 0.449 0.211 0.023 0.059 0.037 0.011 0.001 0.025 0.001 0.001 56 L 0.240 0.317 0.302 0.054 0.019 0.043 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 57 H 0.323 0.232 0.147 0.115 0.101 0.039 0.016 0.007 0.017 0.003 0.001 58 T 0.172 0.398 0.220 0.064 0.070 0.030 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 59 L 0.355 0.270 0.165 0.136 0.017 0.031 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 60 H 0.205 0.241 0.198 0.139 0.078 0.035 0.063 0.007 0.028 0.005 0.002 61 A 0.247 0.185 0.271 0.141 0.053 0.028 0.036 0.008 0.022 0.005 0.004 62 H 0.024 0.180 0.445 0.006 0.054 0.031 0.007 0.001 0.245 0.006 0.001 63 P 0.587 0.002 0.344 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 64 S 0.674 0.044 0.074 0.143 0.012 0.013 0.012 0.012 0.013 0.003 0.001 65 Q 0.442 0.033 0.087 0.393 0.009 0.007 0.022 0.001 0.006 0.001 0.001 66 G 0.243 0.013 0.053 0.038 0.068 0.009 0.076 0.379 0.004 0.116 0.001 67 L 0.756 0.084 0.103 0.032 0.004 0.009 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 68 A 0.783 0.063 0.089 0.025 0.012 0.019 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 69 F 0.877 0.020 0.035 0.047 0.004 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 R 0.983 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.979 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.953 0.002 0.008 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.976 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.917 0.008 0.010 0.057 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 76 A 0.837 0.010 0.057 0.075 0.003 0.006 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 77 K 0.854 0.013 0.069 0.041 0.002 0.005 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 78 E 0.843 0.031 0.058 0.050 0.002 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 79 E 0.445 0.033 0.078 0.410 0.003 0.004 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 80 G 0.026 0.006 0.018 0.015 0.062 0.005 0.155 0.644 0.003 0.067 0.001 81 V 0.112 0.246 0.554 0.031 0.009 0.038 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 82 Q 0.293 0.344 0.190 0.120 0.024 0.016 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 83 A 0.032 0.529 0.089 0.028 0.295 0.009 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 84 V 0.015 0.829 0.057 0.003 0.077 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 85 L 0.012 0.729 0.188 0.005 0.025 0.027 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 86 V 0.031 0.760 0.108 0.011 0.025 0.037 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 87 L 0.042 0.468 0.304 0.052 0.038 0.059 0.014 0.001 0.020 0.001 0.002 88 T 0.015 0.330 0.324 0.008 0.039 0.034 0.009 0.001 0.238 0.003 0.001 89 P 0.034 0.005 0.906 0.004 0.007 0.015 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 90 P 0.510 0.009 0.393 0.045 0.005 0.017 0.003 0.002 0.003 0.003 0.010 91 M 0.356 0.162 0.300 0.101 0.032 0.018 0.011 0.003 0.017 0.001 0.001 92 A 0.336 0.184 0.304 0.057 0.035 0.050 0.009 0.004 0.017 0.003 0.003 93 W 0.476 0.145 0.169 0.114 0.030 0.039 0.006 0.002 0.015 0.001 0.002 94 E 0.677 0.122 0.090 0.068 0.012 0.014 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 95 D 0.453 0.055 0.095 0.260 0.042 0.045 0.020 0.005 0.019 0.004 0.001 96 R 0.825 0.010 0.037 0.107 0.004 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 97 N 0.660 0.020 0.040 0.173 0.010 0.008 0.069 0.015 0.003 0.002 0.001 98 R 0.674 0.040 0.074 0.151 0.013 0.021 0.018 0.003 0.006 0.001 0.001 99 L 0.864 0.026 0.051 0.050 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 K 0.928 0.030 0.018 0.014 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.852 0.057 0.036 0.023 0.020 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 102 L 0.853 0.071 0.038 0.019 0.004 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 103 L 0.621 0.153 0.120 0.030 0.016 0.033 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 104 L 0.697 0.079 0.107 0.072 0.006 0.023 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 105 R 0.707 0.075 0.084 0.072 0.016 0.012 0.006 0.002 0.021 0.003 0.001 106 E 0.432 0.044 0.111 0.333 0.006 0.007 0.055 0.001 0.008 0.001 0.004 107 G 0.028 0.005 0.030 0.031 0.038 0.007 0.123 0.657 0.003 0.079 0.001 108 L 0.020 0.209 0.563 0.006 0.038 0.012 0.005 0.001 0.141 0.005 0.001 109 P 0.215 0.003 0.660 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.003 0.081 110 S 0.449 0.139 0.152 0.141 0.050 0.021 0.014 0.018 0.014 0.002 0.001 111 Q 0.290 0.250 0.210 0.161 0.033 0.027 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 112 I 0.176 0.460 0.208 0.074 0.019 0.034 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 113 L 0.171 0.451 0.179 0.096 0.047 0.021 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 114 N 0.047 0.199 0.292 0.074 0.048 0.186 0.116 0.014 0.019 0.003 0.003 115 V 0.025 0.549 0.275 0.006 0.062 0.022 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 116 P 0.036 0.011 0.864 0.003 0.003 0.061 0.001 0.001 0.007 0.003 0.009 117 L 0.489 0.063 0.296 0.088 0.013 0.031 0.004 0.002 0.010 0.001 0.003 118 R 0.514 0.136 0.203 0.058 0.026 0.023 0.013 0.005 0.017 0.004 0.001 119 E 0.722 0.062 0.125 0.058 0.009 0.014 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 120 E 0.819 0.041 0.063 0.055 0.006 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 121 E 0.799 0.035 0.042 0.105 0.005 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 122 R 0.735 0.039 0.044 0.140 0.011 0.008 0.015 0.003 0.004 0.001 0.001 123 H 0.604 0.062 0.099 0.150 0.024 0.016 0.027 0.008 0.008 0.002 0.001 124 R 0.667 0.076 0.125 0.071 0.012 0.023 0.013 0.002 0.009 0.001 0.001 125 W 0.762 0.051 0.089 0.054 0.013 0.017 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 126 E 0.947 0.007 0.017 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 N 0.895 0.010 0.014 0.049 0.007 0.004 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 128 A 0.950 0.006 0.015 0.021 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.961 0.007 0.009 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.959 0.007 0.007 0.021 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 131 G 0.903 0.004 0.010 0.017 0.023 0.002 0.011 0.023 0.001 0.006 0.001 132 L 0.945 0.016 0.016 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 133 L 0.939 0.012 0.021 0.017 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 134 A 0.937 0.009 0.022 0.024 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 135 K 0.903 0.016 0.018 0.047 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 136 A 0.495 0.023 0.050 0.377 0.008 0.003 0.035 0.001 0.006 0.001 0.001 137 G 0.056 0.005 0.025 0.021 0.040 0.004 0.224 0.566 0.003 0.055 0.001 138 L 0.103 0.282 0.446 0.087 0.023 0.032 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 139 Q 0.099 0.382 0.371 0.043 0.029 0.054 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 140 V 0.041 0.579 0.239 0.023 0.018 0.081 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 141 V 0.066 0.653 0.159 0.020 0.038 0.043 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001