# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.040 0.050 0.070 0.125 0.034 0.036 0.017 0.076 0.054 0.367 0.131 2 R 0.081 0.210 0.059 0.019 0.172 0.022 0.035 0.156 0.119 0.090 0.038 3 R 0.137 0.161 0.042 0.015 0.212 0.025 0.041 0.134 0.101 0.079 0.054 4 A 0.137 0.138 0.050 0.023 0.215 0.031 0.046 0.118 0.095 0.097 0.050 5 V 0.115 0.159 0.065 0.022 0.204 0.027 0.057 0.114 0.085 0.103 0.050 6 S 0.084 0.228 0.160 0.042 0.162 0.018 0.036 0.074 0.051 0.094 0.050 7 K 0.022 0.364 0.401 0.033 0.067 0.008 0.017 0.035 0.017 0.021 0.015 8 P 0.073 0.344 0.140 0.009 0.139 0.006 0.014 0.123 0.074 0.040 0.037 9 A 0.027 0.101 0.016 0.005 0.070 0.015 0.038 0.448 0.244 0.025 0.011 10 D 0.020 0.037 0.020 0.007 0.033 0.020 0.059 0.493 0.203 0.092 0.015 11 A 0.054 0.025 0.008 0.003 0.074 0.006 0.022 0.432 0.186 0.162 0.028 12 L 0.067 0.121 0.026 0.009 0.153 0.017 0.040 0.406 0.097 0.044 0.019 13 R 0.162 0.062 0.032 0.013 0.139 0.017 0.064 0.315 0.062 0.074 0.061 14 V 0.078 0.196 0.069 0.032 0.144 0.028 0.053 0.253 0.062 0.056 0.030 15 G 0.047 0.067 0.063 0.065 0.058 0.041 0.034 0.329 0.106 0.134 0.056 16 F 0.058 0.059 0.021 0.007 0.076 0.009 0.029 0.513 0.133 0.068 0.029 17 Y 0.035 0.127 0.038 0.010 0.086 0.013 0.035 0.511 0.082 0.042 0.021 18 R 0.046 0.083 0.035 0.010 0.052 0.010 0.029 0.573 0.087 0.047 0.028 19 A 0.020 0.045 0.013 0.004 0.035 0.005 0.013 0.716 0.112 0.029 0.009 20 Q 0.006 0.012 0.006 0.002 0.009 0.004 0.010 0.826 0.106 0.016 0.003 21 E 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.013 0.878 0.075 0.013 0.002 22 T 0.007 0.015 0.004 0.002 0.009 0.002 0.011 0.866 0.066 0.016 0.003 23 A 0.009 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.009 0.857 0.088 0.015 0.003 24 L 0.012 0.008 0.002 0.002 0.016 0.003 0.011 0.839 0.096 0.009 0.003 25 A 0.013 0.013 0.004 0.003 0.023 0.006 0.054 0.780 0.083 0.017 0.003 26 L 0.076 0.017 0.006 0.004 0.058 0.005 0.058 0.633 0.073 0.054 0.016 27 L 0.068 0.175 0.017 0.005 0.339 0.008 0.031 0.250 0.059 0.030 0.019 28 R 0.200 0.087 0.058 0.008 0.184 0.009 0.048 0.243 0.053 0.039 0.072 29 L 0.060 0.110 0.063 0.027 0.109 0.042 0.081 0.327 0.082 0.056 0.042 30 D 0.025 0.253 0.118 0.099 0.060 0.064 0.102 0.102 0.063 0.081 0.030 31 G 0.043 0.041 0.070 0.079 0.031 0.018 0.013 0.067 0.060 0.408 0.169 32 A 0.047 0.122 0.085 0.026 0.088 0.040 0.080 0.234 0.123 0.110 0.045 33 Q 0.033 0.195 0.099 0.066 0.063 0.052 0.090 0.172 0.071 0.120 0.040 34 G 0.015 0.121 0.274 0.177 0.020 0.026 0.019 0.054 0.034 0.224 0.037 35 W 0.023 0.458 0.302 0.011 0.079 0.003 0.003 0.081 0.018 0.013 0.009 36 P 0.004 0.027 0.008 0.001 0.009 0.002 0.004 0.772 0.162 0.008 0.003 37 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.060 0.003 0.001 38 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.048 0.006 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.053 0.006 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.040 0.004 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.976 0.015 0.002 0.001 42 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.014 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.055 0.004 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.897 0.090 0.004 0.001 45 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.036 0.815 0.114 0.022 0.001 46 A 0.014 0.009 0.007 0.004 0.011 0.004 0.182 0.678 0.053 0.034 0.005 47 F 0.026 0.440 0.133 0.022 0.105 0.015 0.041 0.104 0.040 0.054 0.019 48 G 0.072 0.034 0.053 0.047 0.038 0.020 0.017 0.133 0.084 0.295 0.206 49 A 0.064 0.089 0.076 0.029 0.081 0.035 0.069 0.302 0.127 0.093 0.037 50 S 0.020 0.196 0.101 0.066 0.046 0.076 0.158 0.174 0.079 0.064 0.021 51 G 0.061 0.044 0.066 0.082 0.045 0.029 0.019 0.126 0.100 0.312 0.117 52 A 0.047 0.230 0.058 0.015 0.157 0.024 0.044 0.247 0.111 0.048 0.020 53 S 0.189 0.111 0.036 0.009 0.248 0.011 0.027 0.171 0.062 0.074 0.063 54 L 0.168 0.169 0.025 0.011 0.306 0.013 0.024 0.143 0.060 0.040 0.041 55 R 0.137 0.191 0.041 0.009 0.342 0.015 0.034 0.143 0.036 0.022 0.032 56 L 0.243 0.075 0.016 0.008 0.238 0.010 0.024 0.177 0.075 0.077 0.056 57 H 0.114 0.167 0.035 0.021 0.254 0.028 0.062 0.159 0.068 0.053 0.038 58 T 0.175 0.143 0.045 0.013 0.290 0.015 0.028 0.124 0.059 0.051 0.055 59 L 0.119 0.105 0.027 0.015 0.177 0.028 0.055 0.214 0.134 0.080 0.044 60 H 0.116 0.133 0.047 0.018 0.228 0.021 0.055 0.163 0.080 0.088 0.049 61 A 0.082 0.185 0.069 0.022 0.166 0.025 0.063 0.121 0.070 0.139 0.057 62 H 0.068 0.305 0.272 0.015 0.223 0.005 0.007 0.038 0.015 0.016 0.036 63 P 0.029 0.072 0.029 0.006 0.045 0.012 0.044 0.493 0.221 0.034 0.015 64 S 0.025 0.081 0.051 0.015 0.036 0.032 0.086 0.436 0.132 0.085 0.020 65 Q 0.019 0.195 0.096 0.043 0.031 0.029 0.043 0.310 0.087 0.119 0.027 66 G 0.026 0.047 0.045 0.026 0.032 0.012 0.009 0.447 0.106 0.181 0.069 67 L 0.015 0.077 0.017 0.003 0.047 0.006 0.013 0.691 0.107 0.017 0.008 68 A 0.024 0.066 0.018 0.003 0.025 0.003 0.016 0.773 0.044 0.021 0.008 69 F 0.008 0.014 0.004 0.001 0.008 0.002 0.004 0.880 0.056 0.020 0.003 70 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.919 0.063 0.003 0.001 71 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.953 0.035 0.002 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.922 0.058 0.011 0.001 73 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.862 0.111 0.015 0.001 74 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.872 0.098 0.009 0.001 75 K 0.004 0.007 0.003 0.001 0.006 0.002 0.049 0.844 0.048 0.035 0.002 76 A 0.028 0.060 0.016 0.003 0.071 0.005 0.029 0.658 0.080 0.040 0.009 77 K 0.029 0.017 0.015 0.005 0.025 0.009 0.030 0.682 0.132 0.040 0.017 78 E 0.012 0.015 0.010 0.008 0.013 0.017 0.071 0.714 0.101 0.030 0.008 79 E 0.009 0.358 0.172 0.054 0.025 0.038 0.097 0.157 0.042 0.038 0.011 80 G 0.041 0.017 0.021 0.032 0.018 0.012 0.008 0.068 0.048 0.448 0.287 81 V 0.102 0.269 0.035 0.010 0.291 0.014 0.020 0.136 0.068 0.027 0.027 82 Q 0.167 0.092 0.029 0.021 0.254 0.046 0.105 0.166 0.054 0.033 0.032 83 A 0.335 0.080 0.013 0.013 0.398 0.010 0.030 0.045 0.020 0.027 0.029 84 V 0.254 0.081 0.003 0.002 0.626 0.002 0.006 0.008 0.003 0.004 0.010 85 L 0.232 0.093 0.011 0.001 0.620 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.033 86 V 0.250 0.143 0.023 0.005 0.449 0.007 0.010 0.011 0.008 0.012 0.080 87 L 0.149 0.225 0.085 0.026 0.275 0.022 0.041 0.028 0.029 0.051 0.068 88 T 0.043 0.340 0.379 0.045 0.096 0.009 0.016 0.013 0.016 0.022 0.023 89 P 0.022 0.409 0.399 0.017 0.073 0.005 0.014 0.021 0.017 0.008 0.014 90 P 0.056 0.299 0.093 0.012 0.112 0.014 0.041 0.158 0.143 0.041 0.030 91 M 0.032 0.157 0.043 0.010 0.090 0.018 0.078 0.300 0.201 0.052 0.019 92 A 0.064 0.125 0.050 0.009 0.112 0.014 0.045 0.310 0.124 0.109 0.037 93 W 0.049 0.068 0.023 0.008 0.072 0.013 0.028 0.419 0.177 0.111 0.033 94 E 0.022 0.066 0.036 0.015 0.055 0.036 0.067 0.467 0.137 0.083 0.017 95 D 0.091 0.083 0.038 0.008 0.118 0.010 0.024 0.358 0.099 0.139 0.033 96 R 0.009 0.019 0.010 0.003 0.016 0.005 0.012 0.639 0.242 0.038 0.007 97 N 0.003 0.015 0.008 0.003 0.005 0.007 0.016 0.807 0.103 0.029 0.004 98 R 0.011 0.013 0.004 0.001 0.012 0.002 0.008 0.815 0.084 0.042 0.008 99 L 0.013 0.013 0.004 0.002 0.014 0.003 0.005 0.866 0.068 0.010 0.004 100 K 0.004 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.010 0.911 0.052 0.006 0.001 101 A 0.014 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.906 0.037 0.008 0.002 102 L 0.017 0.013 0.002 0.001 0.017 0.001 0.019 0.900 0.024 0.004 0.002 103 L 0.019 0.018 0.004 0.001 0.045 0.002 0.016 0.816 0.057 0.012 0.010 104 L 0.021 0.022 0.012 0.003 0.026 0.008 0.025 0.654 0.146 0.069 0.014 105 R 0.009 0.025 0.025 0.015 0.017 0.039 0.123 0.579 0.110 0.047 0.011 106 E 0.009 0.640 0.142 0.015 0.041 0.012 0.055 0.042 0.023 0.016 0.005 107 G 0.031 0.023 0.047 0.050 0.019 0.012 0.011 0.021 0.025 0.537 0.224 108 L 0.026 0.417 0.362 0.032 0.062 0.007 0.015 0.023 0.015 0.022 0.018 109 P 0.086 0.284 0.088 0.016 0.134 0.016 0.024 0.134 0.102 0.058 0.057 110 S 0.036 0.217 0.027 0.011 0.127 0.036 0.065 0.231 0.209 0.028 0.014 111 Q 0.125 0.090 0.025 0.006 0.238 0.013 0.043 0.217 0.115 0.100 0.029 112 I 0.223 0.047 0.017 0.010 0.179 0.018 0.033 0.134 0.105 0.169 0.064 113 L 0.069 0.219 0.065 0.029 0.231 0.055 0.097 0.109 0.058 0.038 0.030 114 N 0.236 0.075 0.029 0.015 0.200 0.014 0.027 0.049 0.043 0.213 0.098 115 V 0.067 0.430 0.109 0.011 0.285 0.007 0.013 0.020 0.015 0.015 0.027 116 P 0.130 0.304 0.121 0.007 0.269 0.007 0.015 0.054 0.022 0.021 0.052 117 L 0.092 0.232 0.047 0.011 0.150 0.016 0.048 0.207 0.096 0.060 0.041 118 R 0.053 0.263 0.142 0.024 0.147 0.021 0.031 0.194 0.057 0.041 0.027 119 E 0.044 0.057 0.019 0.007 0.061 0.012 0.030 0.542 0.162 0.047 0.019 120 E 0.021 0.027 0.017 0.007 0.035 0.013 0.031 0.608 0.172 0.054 0.014 121 E 0.022 0.036 0.015 0.007 0.032 0.013 0.039 0.627 0.128 0.069 0.013 122 R 0.044 0.059 0.024 0.010 0.055 0.011 0.034 0.551 0.100 0.084 0.028 123 H 0.034 0.087 0.032 0.014 0.062 0.014 0.033 0.571 0.080 0.052 0.022 124 R 0.035 0.069 0.026 0.005 0.044 0.005 0.019 0.682 0.067 0.032 0.015 125 W 0.013 0.017 0.007 0.002 0.014 0.003 0.008 0.799 0.110 0.021 0.006 126 E 0.003 0.009 0.004 0.002 0.005 0.004 0.013 0.861 0.089 0.009 0.002 127 N 0.004 0.004 0.003 0.001 0.005 0.002 0.009 0.850 0.091 0.025 0.004 128 A 0.005 0.016 0.003 0.001 0.011 0.001 0.011 0.882 0.057 0.010 0.002 129 L 0.011 0.005 0.003 0.002 0.007 0.003 0.016 0.861 0.061 0.027 0.004 130 L 0.007 0.020 0.010 0.005 0.011 0.004 0.013 0.851 0.061 0.014 0.003 131 G 0.005 0.011 0.007 0.004 0.008 0.003 0.007 0.870 0.068 0.014 0.003 132 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.905 0.063 0.005 0.001 133 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.012 0.870 0.075 0.016 0.002 134 A 0.006 0.006 0.005 0.002 0.010 0.006 0.023 0.766 0.138 0.034 0.005 135 K 0.013 0.010 0.008 0.007 0.012 0.014 0.101 0.716 0.076 0.035 0.007 136 A 0.007 0.523 0.221 0.031 0.032 0.021 0.064 0.058 0.021 0.015 0.006 137 G 0.046 0.011 0.013 0.021 0.017 0.010 0.006 0.029 0.026 0.489 0.331 138 L 0.095 0.375 0.030 0.007 0.328 0.009 0.013 0.059 0.035 0.023 0.025 139 Q 0.169 0.176 0.030 0.007 0.408 0.014 0.040 0.078 0.026 0.018 0.033 140 V 0.324 0.105 0.026 0.012 0.315 0.012 0.025 0.060 0.031 0.036 0.054 141 V 0.145 0.186 0.048 0.019 0.341 0.027 0.032 0.086 0.039 0.032 0.045