# TARGET T0487 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0487.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.768 0.142 0.068 0.015 0.005 0.002 0.001 2 R 0.490 0.244 0.152 0.078 0.027 0.008 0.001 3 R 0.377 0.273 0.171 0.114 0.048 0.016 0.001 4 A 0.240 0.205 0.206 0.179 0.120 0.047 0.003 5 V 0.177 0.145 0.181 0.232 0.181 0.079 0.006 6 S 0.320 0.292 0.195 0.122 0.053 0.015 0.002 7 K 0.350 0.281 0.167 0.129 0.054 0.018 0.002 8 P 0.331 0.219 0.184 0.136 0.086 0.040 0.005 9 A 0.226 0.199 0.205 0.221 0.100 0.042 0.006 10 D 0.418 0.281 0.174 0.080 0.032 0.014 0.002 11 A 0.153 0.182 0.205 0.206 0.154 0.085 0.015 12 L 0.091 0.091 0.108 0.178 0.233 0.238 0.061 13 R 0.136 0.190 0.203 0.207 0.139 0.094 0.032 14 V 0.136 0.129 0.152 0.192 0.187 0.150 0.054 15 G 0.107 0.151 0.179 0.200 0.183 0.136 0.044 16 F 0.093 0.084 0.118 0.167 0.226 0.234 0.077 17 Y 0.114 0.124 0.153 0.205 0.213 0.154 0.036 18 R 0.191 0.233 0.227 0.170 0.101 0.063 0.015 19 A 0.169 0.154 0.174 0.211 0.167 0.104 0.022 20 Q 0.295 0.222 0.185 0.139 0.085 0.057 0.016 21 E 0.260 0.231 0.183 0.163 0.094 0.055 0.014 22 T 0.225 0.219 0.194 0.158 0.113 0.073 0.019 23 A 0.096 0.128 0.155 0.202 0.187 0.174 0.058 24 L 0.067 0.085 0.131 0.186 0.227 0.223 0.081 25 A 0.067 0.124 0.156 0.202 0.197 0.189 0.065 26 L 0.051 0.058 0.102 0.161 0.239 0.277 0.113 27 L 0.052 0.068 0.090 0.156 0.238 0.286 0.109 28 R 0.097 0.180 0.240 0.223 0.156 0.084 0.019 29 L 0.097 0.094 0.130 0.241 0.263 0.149 0.025 30 D 0.360 0.297 0.190 0.097 0.035 0.018 0.003 31 G 0.320 0.266 0.187 0.121 0.074 0.028 0.004 32 A 0.265 0.229 0.197 0.182 0.091 0.032 0.003 33 Q 0.541 0.264 0.115 0.055 0.017 0.006 0.001 34 G 0.277 0.287 0.201 0.134 0.075 0.023 0.002 35 W 0.124 0.123 0.166 0.237 0.207 0.130 0.014 36 P 0.188 0.241 0.235 0.203 0.095 0.033 0.005 37 E 0.239 0.325 0.211 0.142 0.057 0.023 0.004 38 F 0.056 0.079 0.158 0.237 0.287 0.162 0.021 39 L 0.047 0.069 0.106 0.185 0.251 0.270 0.072 40 R 0.091 0.183 0.226 0.227 0.154 0.092 0.026 41 R 0.110 0.199 0.224 0.219 0.141 0.081 0.026 42 A 0.063 0.118 0.157 0.205 0.211 0.186 0.058 43 L 0.057 0.071 0.094 0.159 0.229 0.269 0.120 44 L 0.073 0.091 0.114 0.184 0.236 0.219 0.083 45 R 0.134 0.203 0.207 0.203 0.134 0.088 0.032 46 A 0.132 0.137 0.154 0.187 0.181 0.156 0.053 47 F 0.152 0.119 0.127 0.180 0.193 0.170 0.059 48 G 0.267 0.227 0.173 0.148 0.101 0.064 0.019 49 A 0.318 0.192 0.162 0.147 0.103 0.061 0.016 50 S 0.378 0.230 0.156 0.114 0.067 0.042 0.012 51 G 0.335 0.214 0.163 0.125 0.086 0.059 0.018 52 A 0.232 0.173 0.148 0.172 0.146 0.102 0.027 53 S 0.219 0.201 0.201 0.170 0.108 0.077 0.024 54 L 0.115 0.097 0.130 0.179 0.219 0.203 0.058 55 R 0.117 0.161 0.193 0.215 0.160 0.114 0.039 56 L 0.090 0.076 0.103 0.156 0.227 0.251 0.096 57 H 0.136 0.161 0.168 0.201 0.165 0.124 0.045 58 T 0.160 0.203 0.211 0.191 0.125 0.083 0.026 59 L 0.117 0.100 0.124 0.196 0.227 0.191 0.045 60 H 0.207 0.208 0.195 0.177 0.118 0.077 0.016 61 A 0.261 0.232 0.186 0.157 0.100 0.053 0.010 62 H 0.306 0.201 0.179 0.165 0.097 0.046 0.007 63 P 0.458 0.236 0.144 0.092 0.044 0.021 0.004 64 S 0.453 0.228 0.150 0.097 0.046 0.022 0.004 65 Q 0.444 0.224 0.154 0.095 0.051 0.027 0.006 66 G 0.222 0.218 0.205 0.178 0.109 0.058 0.010 67 L 0.156 0.153 0.181 0.207 0.175 0.111 0.017 68 A 0.111 0.166 0.245 0.225 0.159 0.082 0.012 69 F 0.076 0.068 0.094 0.161 0.275 0.276 0.050 70 R 0.126 0.195 0.257 0.240 0.131 0.045 0.007 71 E 0.340 0.343 0.184 0.091 0.028 0.012 0.002 72 A 0.112 0.172 0.246 0.249 0.168 0.050 0.003 73 L 0.091 0.094 0.153 0.249 0.283 0.123 0.007 74 R 0.311 0.364 0.204 0.092 0.024 0.005 0.001 75 K 0.493 0.345 0.108 0.041 0.011 0.002 0.001 76 A 0.268 0.223 0.224 0.196 0.076 0.013 0.001 77 K 0.591 0.238 0.118 0.043 0.009 0.001 0.001 78 E 0.730 0.190 0.058 0.017 0.004 0.001 0.001 79 E 0.663 0.223 0.079 0.026 0.007 0.001 0.001 80 G 0.346 0.275 0.223 0.098 0.045 0.013 0.001 81 V 0.124 0.162 0.213 0.273 0.164 0.059 0.005 82 Q 0.214 0.259 0.245 0.162 0.081 0.033 0.005 83 A 0.086 0.124 0.161 0.207 0.223 0.164 0.036 84 V 0.062 0.076 0.117 0.178 0.241 0.249 0.078 85 L 0.067 0.093 0.116 0.172 0.212 0.239 0.102 86 V 0.085 0.106 0.141 0.186 0.204 0.198 0.080 87 L 0.092 0.092 0.109 0.175 0.225 0.220 0.087 88 T 0.186 0.184 0.185 0.191 0.133 0.089 0.030 89 P 0.293 0.218 0.176 0.141 0.097 0.059 0.015 90 P 0.321 0.233 0.187 0.137 0.073 0.041 0.008 91 M 0.268 0.192 0.176 0.170 0.121 0.064 0.010 92 A 0.271 0.267 0.212 0.139 0.076 0.031 0.003 93 W 0.237 0.155 0.183 0.216 0.147 0.057 0.004 94 E 0.475 0.273 0.146 0.074 0.024 0.007 0.001 95 D 0.494 0.279 0.128 0.062 0.027 0.009 0.001 96 R 0.355 0.243 0.188 0.143 0.055 0.014 0.001 97 N 0.471 0.293 0.128 0.077 0.022 0.007 0.001 98 R 0.238 0.255 0.244 0.155 0.082 0.024 0.002 99 L 0.075 0.091 0.147 0.264 0.262 0.146 0.015 100 K 0.155 0.243 0.272 0.192 0.089 0.042 0.007 101 A 0.102 0.177 0.209 0.228 0.172 0.096 0.016 102 L 0.087 0.128 0.170 0.217 0.207 0.162 0.029 103 L 0.083 0.111 0.161 0.218 0.230 0.162 0.034 104 L 0.106 0.114 0.151 0.217 0.236 0.152 0.025 105 R 0.216 0.245 0.232 0.182 0.087 0.033 0.005 106 E 0.472 0.290 0.139 0.065 0.023 0.010 0.001 107 G 0.354 0.271 0.179 0.112 0.060 0.021 0.002 108 L 0.185 0.162 0.180 0.234 0.165 0.067 0.007 109 P 0.396 0.286 0.169 0.098 0.036 0.014 0.002 110 S 0.417 0.254 0.165 0.105 0.044 0.013 0.001 111 Q 0.323 0.281 0.197 0.123 0.054 0.020 0.002 112 I 0.182 0.136 0.178 0.215 0.186 0.093 0.011 113 L 0.199 0.171 0.186 0.211 0.155 0.070 0.008 114 N 0.336 0.290 0.213 0.105 0.042 0.015 0.001 115 V 0.252 0.206 0.193 0.197 0.111 0.037 0.002 116 P 0.377 0.335 0.183 0.070 0.026 0.010 0.001 117 L 0.227 0.199 0.221 0.219 0.111 0.023 0.001 118 R 0.546 0.302 0.101 0.041 0.008 0.001 0.001 119 E 0.716 0.214 0.052 0.014 0.003 0.001 0.001 120 E 0.724 0.201 0.054 0.018 0.003 0.001 0.001 121 E 0.639 0.230 0.095 0.029 0.006 0.001 0.001 122 R 0.505 0.301 0.126 0.056 0.010 0.001 0.001 123 H 0.441 0.260 0.180 0.089 0.027 0.003 0.001 124 R 0.412 0.325 0.180 0.061 0.018 0.004 0.001 125 W 0.125 0.140 0.214 0.265 0.195 0.058 0.003 126 E 0.253 0.256 0.232 0.165 0.066 0.026 0.003 127 N 0.322 0.268 0.206 0.115 0.060 0.025 0.004 128 A 0.149 0.174 0.197 0.198 0.164 0.096 0.022 129 L 0.080 0.092 0.105 0.160 0.215 0.253 0.095 130 L 0.088 0.101 0.126 0.189 0.210 0.202 0.083 131 G 0.139 0.181 0.196 0.196 0.142 0.104 0.042 132 L 0.094 0.100 0.140 0.192 0.221 0.190 0.064 133 L 0.110 0.086 0.104 0.157 0.232 0.229 0.083 134 A 0.191 0.190 0.183 0.181 0.144 0.086 0.024 135 K 0.344 0.246 0.178 0.129 0.063 0.032 0.009 136 A 0.330 0.211 0.160 0.147 0.092 0.049 0.011 137 G 0.391 0.261 0.152 0.101 0.056 0.032 0.006 138 L 0.300 0.155 0.159 0.173 0.138 0.065 0.010 139 Q 0.432 0.256 0.152 0.097 0.042 0.018 0.003 140 V 0.333 0.185 0.168 0.142 0.107 0.057 0.008 141 V 0.395 0.204 0.155 0.131 0.075 0.034 0.005