# TARGET T0484 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 75 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.005 0.003 0.009 0.008 0.970 2 R 0.052 0.084 0.023 0.015 0.052 0.053 0.721 3 D 0.036 0.067 0.020 0.017 0.230 0.056 0.573 4 M 0.018 0.014 0.051 0.028 0.128 0.187 0.575 5 T 0.017 0.021 0.050 0.028 0.172 0.281 0.433 6 E 0.013 0.025 0.045 0.026 0.383 0.122 0.386 7 E 0.012 0.015 0.019 0.025 0.374 0.047 0.508 8 T 0.016 0.031 0.032 0.040 0.139 0.068 0.674 9 R 0.020 0.038 0.093 0.033 0.172 0.109 0.534 10 K 0.020 0.009 0.107 0.032 0.243 0.223 0.366 11 D 0.018 0.051 0.065 0.023 0.146 0.127 0.571 12 L 0.003 0.028 0.005 0.012 0.168 0.006 0.778 13 P 0.001 0.002 0.001 0.012 0.028 0.002 0.955 14 P 0.001 0.001 0.018 0.952 0.005 0.020 0.005 15 E 0.001 0.001 0.009 0.977 0.003 0.009 0.002 16 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.002 0.005 0.002 17 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 18 R 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.018 0.005 19 A 0.001 0.001 0.001 0.969 0.002 0.025 0.004 20 L 0.001 0.001 0.001 0.960 0.010 0.020 0.008 21 A 0.001 0.001 0.001 0.958 0.007 0.026 0.007 22 E 0.001 0.001 0.001 0.943 0.009 0.029 0.017 23 A 0.001 0.001 0.001 0.946 0.011 0.021 0.020 24 E 0.001 0.001 0.002 0.927 0.012 0.044 0.015 25 E 0.001 0.001 0.003 0.895 0.010 0.072 0.020 26 R 0.001 0.001 0.002 0.894 0.021 0.042 0.040 27 R 0.001 0.002 0.004 0.897 0.023 0.038 0.035 28 R 0.001 0.001 0.006 0.881 0.022 0.057 0.032 29 R 0.001 0.001 0.010 0.831 0.025 0.069 0.064 30 A 0.001 0.001 0.020 0.776 0.037 0.084 0.080 31 K 0.001 0.001 0.066 0.750 0.018 0.129 0.036 32 A 0.001 0.002 0.162 0.587 0.027 0.183 0.038 33 L 0.001 0.001 0.118 0.373 0.030 0.458 0.020 34 D 0.001 0.002 0.091 0.232 0.038 0.593 0.043 35 L 0.001 0.010 0.024 0.055 0.333 0.053 0.524 36 P 0.002 0.006 0.039 0.017 0.073 0.075 0.788 37 K 0.006 0.010 0.206 0.062 0.143 0.349 0.224 38 E 0.013 0.025 0.307 0.069 0.105 0.223 0.259 39 I 0.025 0.029 0.159 0.051 0.221 0.173 0.343 40 G 0.029 0.064 0.073 0.038 0.218 0.275 0.302 41 G 0.011 0.034 0.041 0.004 0.157 0.067 0.686 42 R 0.014 0.024 0.067 0.005 0.133 0.511 0.247 43 N 0.012 0.019 0.030 0.002 0.143 0.426 0.367 44 G 0.010 0.041 0.008 0.002 0.188 0.033 0.719 45 P 0.020 0.052 0.004 0.002 0.147 0.030 0.745 46 E 0.025 0.012 0.003 0.003 0.349 0.011 0.598 47 P 0.135 0.043 0.004 0.006 0.044 0.010 0.758 48 V 0.406 0.078 0.003 0.006 0.040 0.010 0.455 49 R 0.435 0.118 0.007 0.011 0.047 0.026 0.355 50 F 0.190 0.025 0.040 0.036 0.166 0.274 0.269 51 G 0.085 0.012 0.050 0.030 0.296 0.301 0.226 52 D 0.100 0.012 0.065 0.035 0.160 0.142 0.486 53 W 0.174 0.028 0.095 0.077 0.157 0.281 0.188 54 E 0.219 0.032 0.082 0.120 0.137 0.211 0.199 55 K 0.239 0.027 0.074 0.078 0.135 0.208 0.239 56 K 0.228 0.024 0.034 0.086 0.141 0.272 0.215 57 G 0.343 0.014 0.019 0.040 0.192 0.150 0.241 58 I 0.583 0.037 0.014 0.028 0.081 0.032 0.225 59 A 0.681 0.017 0.012 0.022 0.036 0.019 0.214 60 I 0.552 0.029 0.029 0.041 0.063 0.056 0.231 61 D 0.362 0.028 0.012 0.031 0.070 0.046 0.451 62 F 0.060 0.011 0.010 0.022 0.041 0.035 0.822