# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.012 0.051 0.050 0.091 0.008 0.076 0.108 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.044 0.018 0.146 0.121 0.133 0.112 0.001 2 R 0.006 0.006 0.060 0.049 0.079 0.014 0.089 0.125 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.038 0.012 0.257 0.039 0.066 0.145 0.001 3 D 0.003 0.004 0.022 0.027 0.055 0.015 0.209 0.107 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.013 0.178 0.102 0.107 0.129 0.001 4 M 0.002 0.002 0.031 0.023 0.044 0.007 0.099 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.017 0.263 0.102 0.114 0.165 0.001 5 T 0.002 0.002 0.041 0.024 0.042 0.007 0.072 0.121 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.013 0.212 0.056 0.124 0.254 0.001 6 E 0.001 0.001 0.011 0.009 0.028 0.011 0.085 0.145 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.539 0.038 0.041 0.063 0.001 7 E 0.001 0.001 0.027 0.018 0.019 0.030 0.208 0.248 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.036 0.010 0.242 0.043 0.046 0.057 0.001 8 T 0.001 0.001 0.013 0.010 0.033 0.016 0.152 0.137 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.020 0.125 0.125 0.212 0.119 0.001 9 R 0.001 0.001 0.020 0.010 0.026 0.012 0.095 0.088 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.022 0.251 0.105 0.144 0.160 0.001 10 K 0.001 0.001 0.012 0.007 0.013 0.022 0.288 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 0.306 0.055 0.067 0.159 0.001 11 D 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.006 0.517 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.065 0.165 0.099 0.096 0.001 12 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.006 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.054 0.044 0.115 0.240 0.479 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.036 0.004 0.151 0.771 0.001 14 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.832 0.005 0.012 0.039 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 18 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.936 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.837 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.004 0.005 0.005 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.850 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.006 0.004 0.005 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.883 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.009 0.010 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.843 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.007 0.013 0.011 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.002 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.003 0.002 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.003 0.003 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.006 0.004 0.003 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.903 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 0.003 0.003 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.864 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.005 0.005 0.005 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.048 0.789 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.012 0.013 0.007 0.001 31 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 0.125 0.624 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.139 0.023 0.022 0.016 0.001 32 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.029 0.281 0.231 0.027 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.179 0.092 0.070 0.053 0.001 33 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.009 0.014 0.240 0.075 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.264 0.079 0.129 0.147 0.001 34 D 0.001 0.001 0.013 0.007 0.023 0.008 0.173 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.242 0.167 0.118 0.179 0.001 35 L 0.001 0.001 0.015 0.010 0.010 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.036 0.057 0.038 0.309 0.491 0.001 36 P 0.001 0.001 0.007 0.009 0.017 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.045 0.257 0.029 0.177 0.419 0.001 37 K 0.001 0.001 0.025 0.021 0.034 0.011 0.163 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.041 0.059 0.285 0.086 0.096 0.095 0.001 38 E 0.003 0.004 0.050 0.033 0.059 0.016 0.216 0.052 0.005 0.002 0.004 0.003 0.006 0.017 0.067 0.044 0.123 0.076 0.129 0.090 0.001 39 I 0.003 0.003 0.059 0.052 0.051 0.005 0.101 0.018 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.044 0.056 0.163 0.035 0.127 0.264 0.001 40 G 0.003 0.004 0.034 0.026 0.095 0.003 0.153 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.040 0.044 0.297 0.120 0.052 0.099 0.001 41 G 0.006 0.008 0.086 0.036 0.082 0.006 0.120 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.046 0.045 0.085 0.085 0.155 0.211 0.001 42 R 0.003 0.003 0.052 0.044 0.073 0.002 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 0.029 0.235 0.084 0.166 0.223 0.001 43 N 0.004 0.004 0.051 0.022 0.092 0.004 0.166 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.040 0.032 0.178 0.062 0.095 0.228 0.001 44 G 0.003 0.003 0.059 0.054 0.037 0.001 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 0.023 0.084 0.090 0.189 0.348 0.001 45 P 0.003 0.005 0.026 0.013 0.188 0.001 0.053 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.028 0.047 0.291 0.058 0.073 0.194 0.002 46 E 0.007 0.006 0.178 0.071 0.032 0.003 0.055 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.088 0.021 0.075 0.040 0.115 0.280 0.002 47 P 0.006 0.009 0.016 0.019 0.369 0.003 0.042 0.015 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.009 0.026 0.087 0.151 0.043 0.094 0.088 0.002 48 V 0.016 0.016 0.171 0.122 0.036 0.004 0.047 0.024 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.009 0.154 0.021 0.065 0.048 0.109 0.133 0.004 49 R 0.014 0.016 0.040 0.046 0.298 0.004 0.046 0.017 0.003 0.001 0.011 0.009 0.023 0.009 0.018 0.053 0.160 0.032 0.084 0.115 0.002 50 F 0.026 0.022 0.081 0.180 0.075 0.003 0.074 0.016 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.005 0.039 0.022 0.156 0.035 0.097 0.153 0.003 51 G 0.021 0.026 0.040 0.038 0.273 0.005 0.065 0.018 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.004 0.029 0.027 0.101 0.126 0.064 0.145 0.001 52 D 0.012 0.009 0.044 0.075 0.044 0.003 0.026 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.092 0.026 0.208 0.379 0.002 53 W 0.006 0.013 0.039 0.033 0.167 0.005 0.060 0.056 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.003 0.028 0.021 0.438 0.055 0.024 0.033 0.001 54 E 0.028 0.034 0.095 0.067 0.056 0.012 0.368 0.094 0.003 0.003 0.004 0.003 0.008 0.003 0.032 0.007 0.066 0.022 0.055 0.035 0.002 55 K 0.025 0.021 0.107 0.151 0.147 0.005 0.123 0.023 0.008 0.004 0.006 0.006 0.010 0.007 0.034 0.012 0.119 0.057 0.051 0.083 0.002 56 K 0.024 0.030 0.039 0.060 0.156 0.003 0.273 0.010 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.007 0.022 0.030 0.120 0.055 0.044 0.103 0.004 57 G 0.043 0.054 0.099 0.063 0.101 0.004 0.111 0.013 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.008 0.067 0.038 0.050 0.139 0.072 0.105 0.006 58 I 0.061 0.085 0.085 0.065 0.279 0.003 0.021 0.014 0.002 0.001 0.012 0.010 0.027 0.014 0.040 0.076 0.047 0.035 0.056 0.052 0.015 59 A 0.061 0.071 0.128 0.077 0.161 0.004 0.026 0.019 0.006 0.001 0.019 0.018 0.041 0.048 0.124 0.043 0.035 0.017 0.052 0.038 0.012 60 I 0.057 0.060 0.086 0.111 0.182 0.005 0.035 0.015 0.006 0.001 0.020 0.027 0.055 0.061 0.098 0.036 0.036 0.017 0.034 0.044 0.014 61 D 0.066 0.066 0.047 0.077 0.212 0.004 0.031 0.019 0.003 0.001 0.012 0.016 0.029 0.037 0.062 0.069 0.037 0.040 0.070 0.091 0.010 62 F 0.035 0.035 0.090 0.092 0.126 0.003 0.023 0.018 0.002 0.001 0.006 0.007 0.013 0.015 0.121 0.041 0.153 0.036 0.074 0.103 0.003