# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.017 0.573 0.006 0.038 0.080 0.002 0.001 0.018 0.111 0.068 0.041 0.040 2 R 0.003 0.013 0.483 0.005 0.065 0.131 0.001 0.001 0.013 0.121 0.108 0.018 0.037 3 D 0.002 0.015 0.339 0.003 0.107 0.201 0.001 0.001 0.010 0.126 0.140 0.022 0.034 4 M 0.002 0.020 0.372 0.003 0.090 0.232 0.001 0.001 0.008 0.110 0.107 0.021 0.032 5 T 0.002 0.010 0.411 0.003 0.080 0.294 0.001 0.001 0.009 0.074 0.078 0.016 0.022 6 E 0.001 0.009 0.130 0.002 0.164 0.523 0.001 0.001 0.007 0.041 0.094 0.008 0.021 7 E 0.002 0.016 0.119 0.004 0.148 0.512 0.001 0.001 0.011 0.041 0.104 0.024 0.017 8 T 0.002 0.018 0.161 0.003 0.159 0.435 0.001 0.001 0.012 0.044 0.117 0.018 0.030 9 R 0.001 0.009 0.224 0.004 0.177 0.393 0.001 0.001 0.006 0.055 0.107 0.008 0.015 10 K 0.001 0.004 0.091 0.003 0.183 0.230 0.001 0.001 0.003 0.093 0.380 0.007 0.004 11 D 0.001 0.012 0.250 0.001 0.050 0.079 0.001 0.001 0.006 0.157 0.437 0.003 0.005 12 L 0.001 0.015 0.464 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.002 0.477 0.014 0.004 0.001 13 P 0.001 0.002 0.916 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.058 0.003 0.001 0.001 14 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.147 0.814 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.190 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 18 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.059 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.015 0.020 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.020 0.892 0.001 0.001 0.001 0.005 0.074 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.032 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.028 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.028 0.001 0.034 0.852 0.001 0.001 0.002 0.009 0.073 0.001 0.001 32 A 0.001 0.002 0.086 0.001 0.052 0.688 0.001 0.001 0.003 0.038 0.129 0.001 0.002 33 L 0.001 0.003 0.161 0.001 0.058 0.418 0.001 0.001 0.004 0.099 0.250 0.004 0.001 34 D 0.001 0.013 0.343 0.001 0.025 0.143 0.001 0.001 0.006 0.179 0.279 0.002 0.010 35 L 0.001 0.009 0.687 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 0.004 0.206 0.024 0.020 0.003 36 P 0.001 0.013 0.567 0.002 0.099 0.130 0.001 0.001 0.011 0.078 0.069 0.002 0.029 37 K 0.001 0.009 0.161 0.007 0.291 0.285 0.001 0.001 0.013 0.079 0.131 0.016 0.007 38 E 0.002 0.011 0.174 0.004 0.380 0.184 0.002 0.002 0.029 0.057 0.112 0.009 0.034 39 I 0.004 0.026 0.317 0.007 0.163 0.114 0.004 0.006 0.048 0.110 0.146 0.031 0.024 40 G 0.003 0.025 0.413 0.006 0.026 0.036 0.003 0.002 0.028 0.149 0.282 0.011 0.017 41 G 0.002 0.017 0.516 0.003 0.021 0.022 0.001 0.001 0.009 0.263 0.107 0.014 0.023 42 R 0.001 0.019 0.518 0.002 0.024 0.021 0.001 0.001 0.008 0.235 0.138 0.020 0.012 43 N 0.001 0.026 0.410 0.003 0.036 0.014 0.001 0.001 0.007 0.264 0.200 0.008 0.028 44 G 0.001 0.012 0.599 0.002 0.018 0.009 0.001 0.001 0.006 0.252 0.063 0.029 0.009 45 P 0.002 0.018 0.490 0.007 0.053 0.030 0.001 0.001 0.009 0.217 0.111 0.007 0.054 46 E 0.004 0.024 0.358 0.009 0.068 0.046 0.002 0.001 0.014 0.222 0.115 0.118 0.020 47 P 0.007 0.021 0.346 0.004 0.128 0.083 0.002 0.001 0.023 0.096 0.095 0.015 0.179 48 V 0.008 0.033 0.431 0.012 0.047 0.073 0.002 0.001 0.015 0.126 0.059 0.161 0.031 49 R 0.014 0.025 0.391 0.006 0.074 0.077 0.004 0.001 0.021 0.086 0.116 0.020 0.165 50 F 0.013 0.018 0.396 0.007 0.048 0.079 0.002 0.001 0.015 0.128 0.132 0.106 0.055 51 G 0.010 0.021 0.513 0.007 0.018 0.051 0.002 0.001 0.009 0.144 0.126 0.035 0.065 52 D 0.007 0.014 0.579 0.005 0.021 0.061 0.001 0.001 0.004 0.138 0.049 0.070 0.051 53 W 0.008 0.015 0.115 0.006 0.196 0.326 0.001 0.001 0.005 0.042 0.155 0.021 0.111 54 E 0.024 0.013 0.089 0.022 0.258 0.230 0.002 0.001 0.006 0.037 0.201 0.062 0.055 55 K 0.041 0.012 0.153 0.017 0.181 0.133 0.004 0.002 0.021 0.084 0.149 0.057 0.146 56 K 0.038 0.008 0.337 0.054 0.018 0.027 0.007 0.002 0.031 0.120 0.251 0.050 0.058 57 G 0.073 0.011 0.309 0.041 0.009 0.026 0.013 0.004 0.029 0.128 0.173 0.105 0.077 58 I 0.209 0.011 0.183 0.014 0.011 0.016 0.039 0.010 0.038 0.046 0.023 0.111 0.291 59 A 0.369 0.021 0.043 0.022 0.008 0.012 0.059 0.030 0.053 0.016 0.012 0.178 0.177 60 I 0.232 0.033 0.100 0.024 0.005 0.010 0.091 0.045 0.066 0.018 0.013 0.175 0.189 61 D 0.046 0.022 0.476 0.012 0.006 0.009 0.022 0.012 0.065 0.054 0.017 0.072 0.187 62 F 0.005 0.009 0.620 0.016 0.032 0.023 0.002 0.002 0.026 0.115 0.082 0.025 0.043