# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.046 0.120 0.202 0.025 0.135 0.048 0.011 0.007 0.003 0.128 0.032 0.161 0.013 0.013 0.019 2 R 0.021 0.154 0.129 0.197 0.006 0.075 0.012 0.041 0.007 0.004 0.057 0.116 0.132 0.005 0.021 0.022 3 D 0.027 0.085 0.070 0.209 0.006 0.194 0.013 0.009 0.033 0.007 0.047 0.063 0.151 0.005 0.008 0.072 4 M 0.056 0.072 0.235 0.169 0.005 0.046 0.015 0.006 0.006 0.003 0.127 0.055 0.159 0.006 0.008 0.030 5 T 0.015 0.050 0.084 0.082 0.004 0.372 0.010 0.009 0.003 0.002 0.027 0.131 0.192 0.005 0.009 0.007 6 E 0.012 0.069 0.057 0.084 0.004 0.060 0.007 0.008 0.005 0.002 0.307 0.034 0.312 0.004 0.009 0.028 7 E 0.021 0.082 0.057 0.120 0.004 0.039 0.012 0.004 0.005 0.002 0.047 0.325 0.240 0.011 0.008 0.025 8 T 0.012 0.032 0.108 0.057 0.006 0.073 0.021 0.008 0.003 0.002 0.031 0.057 0.547 0.009 0.015 0.019 9 R 0.008 0.023 0.048 0.042 0.023 0.087 0.062 0.006 0.004 0.002 0.085 0.039 0.480 0.056 0.014 0.020 10 K 0.020 0.035 0.028 0.055 0.001 0.033 0.005 0.042 0.004 0.002 0.113 0.119 0.474 0.003 0.048 0.017 11 D 0.017 0.100 0.076 0.084 0.002 0.033 0.024 0.002 0.036 0.006 0.017 0.060 0.224 0.011 0.004 0.304 12 L 0.099 0.013 0.423 0.116 0.001 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.024 0.029 0.249 0.001 0.010 0.013 13 P 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.110 0.001 0.001 0.001 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.039 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 18 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.002 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.989 0.002 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.983 0.002 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.002 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.005 23 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.002 0.001 0.003 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.007 0.001 0.009 30 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.960 0.011 0.008 0.007 31 K 0.002 0.007 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.887 0.010 0.025 0.035 32 A 0.012 0.010 0.023 0.010 0.004 0.008 0.054 0.001 0.003 0.001 0.009 0.011 0.497 0.213 0.019 0.124 33 L 0.045 0.018 0.187 0.038 0.001 0.019 0.037 0.010 0.001 0.001 0.014 0.013 0.385 0.013 0.190 0.028 34 D 0.014 0.197 0.193 0.098 0.001 0.010 0.014 0.002 0.014 0.002 0.003 0.004 0.070 0.003 0.008 0.366 35 L 0.185 0.011 0.277 0.369 0.001 0.047 0.011 0.002 0.004 0.002 0.004 0.007 0.061 0.002 0.004 0.014 36 P 0.009 0.035 0.407 0.149 0.009 0.288 0.006 0.004 0.001 0.001 0.024 0.007 0.052 0.004 0.002 0.003 37 K 0.005 0.119 0.015 0.632 0.017 0.030 0.002 0.011 0.003 0.001 0.117 0.023 0.020 0.001 0.002 0.002 38 E 0.005 0.032 0.032 0.143 0.374 0.065 0.115 0.010 0.006 0.004 0.010 0.072 0.030 0.096 0.001 0.005 39 I 0.007 0.017 0.048 0.090 0.086 0.023 0.098 0.398 0.003 0.002 0.033 0.004 0.033 0.018 0.136 0.002 40 G 0.006 0.053 0.028 0.122 0.004 0.017 0.007 0.120 0.270 0.157 0.017 0.012 0.016 0.001 0.037 0.133 41 G 0.295 0.013 0.032 0.063 0.055 0.095 0.016 0.004 0.116 0.141 0.032 0.031 0.033 0.008 0.004 0.062 42 R 0.105 0.068 0.132 0.072 0.168 0.044 0.055 0.050 0.003 0.003 0.171 0.039 0.021 0.055 0.012 0.003 43 N 0.014 0.430 0.112 0.223 0.002 0.012 0.011 0.042 0.035 0.005 0.007 0.017 0.010 0.001 0.040 0.039 44 G 0.068 0.007 0.118 0.204 0.055 0.134 0.045 0.005 0.050 0.184 0.028 0.025 0.041 0.006 0.002 0.026 45 P 0.184 0.137 0.166 0.347 0.006 0.012 0.004 0.051 0.004 0.001 0.041 0.017 0.014 0.001 0.008 0.005 46 E 0.011 0.024 0.066 0.676 0.006 0.067 0.004 0.004 0.045 0.019 0.008 0.045 0.018 0.001 0.001 0.005 47 P 0.057 0.030 0.131 0.548 0.023 0.094 0.007 0.009 0.003 0.002 0.035 0.019 0.035 0.002 0.001 0.004 48 V 0.011 0.086 0.043 0.617 0.028 0.054 0.004 0.022 0.006 0.003 0.056 0.035 0.026 0.001 0.004 0.004 49 R 0.004 0.010 0.025 0.204 0.499 0.065 0.079 0.007 0.004 0.007 0.014 0.031 0.018 0.030 0.001 0.003 50 F 0.017 0.040 0.049 0.257 0.011 0.047 0.009 0.371 0.006 0.003 0.062 0.013 0.032 0.001 0.080 0.003 51 G 0.004 0.059 0.033 0.161 0.003 0.037 0.003 0.007 0.233 0.209 0.023 0.058 0.046 0.001 0.002 0.120 52 D 0.300 0.022 0.028 0.077 0.002 0.296 0.003 0.003 0.007 0.003 0.033 0.058 0.154 0.002 0.002 0.010 53 W 0.011 0.141 0.159 0.057 0.003 0.029 0.006 0.003 0.002 0.001 0.429 0.037 0.102 0.002 0.003 0.014 54 E 0.015 0.115 0.101 0.148 0.040 0.047 0.030 0.005 0.003 0.002 0.019 0.352 0.095 0.014 0.006 0.008 55 K 0.007 0.010 0.094 0.083 0.119 0.033 0.292 0.025 0.001 0.002 0.029 0.012 0.122 0.148 0.016 0.007 56 K 0.017 0.108 0.066 0.177 0.002 0.018 0.008 0.191 0.029 0.005 0.021 0.016 0.065 0.001 0.227 0.049 57 G 0.065 0.021 0.072 0.249 0.003 0.024 0.006 0.002 0.176 0.093 0.014 0.028 0.062 0.002 0.002 0.179 58 I 0.305 0.020 0.290 0.269 0.002 0.037 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.013 0.042 0.001 0.002 0.005 59 A 0.005 0.038 0.205 0.387 0.023 0.224 0.004 0.003 0.003 0.002 0.029 0.015 0.054 0.003 0.001 0.004 60 I 0.008 0.168 0.034 0.538 0.020 0.067 0.004 0.014 0.002 0.001 0.035 0.041 0.060 0.002 0.002 0.004 61 D 0.006 0.050 0.032 0.224 0.070 0.280 0.054 0.020 0.009 0.007 0.048 0.052 0.119 0.017 0.004 0.009 62 F 0.017 0.068 0.063 0.101 0.032 0.054 0.045 0.066 0.009 0.006 0.292 0.035 0.145 0.012 0.039 0.017