(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0484 RhR2, Rhodobacter sphaeroides, 62 residues
              10        20                  30                         
              |         |                   |                         
   1 MRDMTEETRKDLPPEALRALAEAEERR....R....R..A.....K....A..L.....DL..P.
   2 -RDMTEETRKDLPPEALRALAEAEERR....R....R..A.....K....A..L.....DL..P.
   3 -RDMTEETRKDLPPEALRALAEAEERR....R....Q..A.....K....A..L.....DL..P.
   4 --SDDTQDMSDLPPAAQRALAEAEARR....K....K..A.....Q....D..I.....NL..P.
   5 --SDDTQDISDLPPAAQRALAEAEARR....K....K..A.....K....D..M.....NM..P.
   6 --NMTDASDTNLPPAAKRALAEAEERR....K....K..A.....K....A..K.....EL..P.
   7 ----PMPMVQELPAAAQRALAEAAERR....K....A..A.....Q....A..L.....DL..P.
   8 ------ETKRDLPPAAIRALAEAEERR....K....K..A.....A....A..L.....KL..P.
   9 -------VRKDLPPAAQRALAEAEERR....R....A..A.....A....A..E.....AL..P.
  10 ---------KDLPAAAQRALAEAEERR....K....K..A.....D....A..Q.....TL..P.
  11 ---PTPTPGPDLPAAAQRALAEAAARR....K....A..E.....A....A..L.....DL..P.
  12 ---------KDLTPEAERALAEAEERR....K....K..A.....K....A..Q.....EM..P.
  13 -------APKDLPPAAQRALAEAAERR....K....A..A.....-....K..L.....DL..P.
  14 -----PTDRKDLPPAAQRALAEAEERR....R....L..A.....E....Ae.A.....PL..P.
  15 ----------KLPPEALRALEEAAARR....R....A..A.....Q....D..T.....PL..P.
  16 ---------PDLPPAAQRALAEAEERR....R....K..A.....E....AetK.....PL..P.
  17 -----------LPEPARRALAEADARK....A....K..E.....K....A..R.....EF..P.
  18 --DDTQTPSRDLPPAAQRALAEAEARR....K....A..A.....E....A..L.....DL..P.
  19 --------ISDLPPAAQRALAEAEERR....R....K..A.....E....A..L.....DL..P.
  20 --------ESDLPPAAQRALAEAAERR....A....KpeA.....E....A..K.....AF..P.
  21 --------AKDLPAAAQRALAEAEERR....K....A..R.....D....Ae.K.....PL..P.
  22 ------TETENLPPAALRALAEAAERR....K....A..A.....Eve..A..A.....NR..P.
  23 ------TETENLPPAAQRALAEAAERR....K....A..A.....Eae..A..A.....NR..P.
  24 -------KPRDLPPAAQRALAEAEERR....K....L..A.....E....T..L.....AL..P.
  25 ----------TLTPAARRALEEAAARR....A....A..E.....A....A..L.....SL..P.
  26 -----KRRFEDLPPAAQRALKEAEARR....A....A..E.....K....A..E.....KL..P.
  27 -------INPDLPPAAQRALAEAAERR....K....A..A.....D....A..Ka....KP..P.
  28 -------RFEDLPPAAQRALKEAEARR....A....A..E.....K....A..E.....KL..P.
  29 -----KRRFEDLPPAAQRALKEAEARR....A....A..E.....K....A..E.....KL..P.
  30 -----------LSPEARRALAEAEERR....K....I..A.....R....Q..A.....EL..A.
  31 ----DKRTFEDLPPAAQRALKEAEARR....A....A..E.....K....A..N.....EA..P.
  32 ----------VLTPAARRALEEAAARR....A....E..A.....H....A..A.....AL..P.
  33 ------PPRKMLSPAARRALAEAEERR....Q....K..Q.....K....P..L.....EL..P.
  34 --------RKMLSAAAQRALAEAEERR....K....N..Q.....K....P..L.....EL..P.
  35 --------DPSLPPAAQRALAEAAARR....K....E..A.....Q....T..Ka....PP..P.
  36 ----------PLSEAAKRALAEAAERR....Klh..D..A.....Q....H..N.....TL..P.
  37 -------DRRELPPAAQRALAEAAERR....R....L..K.....Ela..H..E.....PR..P.
  38 -----------LSPAAKRALEEAEDRR....K....RraA.....Q....Q..A.....DA..P.
  39 -------PRKDLSPAAQRALAEAEARR....A....Ai.D.....A....A..A.....NL..P.
  40 --------QPSLSPAAQRALKEAEERR....K....D..A.....T....T..K.....EQ..P.
  41 ---------RPLPPAAQRALAEAEARR....T....A..A.....Q....AqaV.....TA..P.
  42 ---------QPLSPAAQRALNEAEERR....K....H..E.....T....N..E.....EK..P.
  43 ---------KPLTPAAQRALAEAEERR....R....I..Aae...Q....A..K.....PM..P.
  44 -----DEPRKPLSEAAKRALAEAEERR....R....Q..A.....E....Ad.A.....ER..E.
  45 -------PKRPLSPAALRALKEAEERR....R....A..E.....A....P..K.....DM..P.
  46 --------QQPLSSEAQRALNEAEERR....K....H..E.....K....N..K.....DK..P.
  47 ---------SSLSPAAQRALQEAAERR....K....R..E.....I....H..E.....KK..P.
  48 ---------KPLTPAAQRALAEAEERR....R....R..A.....A....E..E.....AMprP.
  49 -------SRKMLSPAARRALAEAEERR....K....N..Q.....K....P..L.....EL..P.
  50 --------FEDLPPAAQRALMEAEERR....K....EidA.....R....Q..Q.....NL..P.
  51 --------VRRLSPAAQRALEEAEERR....R....Q..Q.....A....D..L.....QL..P.
  52 --------PKDLTPAARRALAEAEARR....Aay..R..E.....K....E..A.....AL..P.
  53 ---------KELTPAARRALAEAEERR....K....A..A.....D....A..Ap....AR..P.
  54 --------RKPLSEAAKRALAEAEARR....A....AidA.....A....T..K.....AR..P.
  55 -------DRKPLSPAAQRALAEAEARR....Q....A..Aai6edD....A..K.....AT..P.
  56 --------RKMLSPAAQRALAEAEERR....K....N..Q.....K....P..L.....EL..A.
  57 ------HPRRPLSPAALRALKEAEERR....G....A..K.....A....P..K.....EI..P.
  58 --------RKMLSPAAKRALAEAEERR....K....N..Q.....K....P..L.....EL..P.
  59 --------RRRLPPAAERALAEAEARR....A....A..Rt....D....A..S.....AR..P.
  60 ------------KAAAHRALEEAHNRK....K....E..L.....E....E..T.....KL..D.
  61 ---------KALTPAARRALAEAEARR....A....A..A.....Qta..A..S.....AG..P.
  62 -----ETSVKTLSPAAKRALAEAEERR....R....T..R.....T....A..FkvdpdSL..P.
  63 -------DRKDLPPAAQRALAEAAERR....A....A..A.....EeaarE..A.....PT..P.
  64 --------RKDLPEAAKRALAEAEARR....V....E..A.....Akh..A..E.....AR..A.
  65 --------KRELSPAAKRALAEADERR....K....A..R.....D....T..A.....KIstE.
  66 --------RKDLPEAAKRALAEAEARR....V....E..A.....Akh..A..E.....AR..A.
  67 -------PRKELPDAAKRALAEAEARR....A....E..A.....Akh..A..A.....AH..A.
  68 ------PPRRELPDAAKRALAEADARR....V....E..A.....Aqh..A..A.....AR..A.
  69 --------RKTLSPAAQRALAEAQARR....AaidaR..A.....A....E..I.....RR..A.
  70 -------SRKQLSPEARRALAEAEARR....A....A..Q.....T....D..As....AP..P.
  71 -----------LSPAAQRALAEAAERR....AaidaR..A.....A....E..I.....GA..K.
  72 ---------KPLSPAAERALAEAQARR....AaidaR..A.....A....E..I.....RR..A.
  73 -----------LSPAAQRALAEAAERR....A....K..A.....A....AeaH.....AA..A.
  74 --------RKELPPAAQRALAEAAARR....A....A..A.....D....A..K.....AL..Ag
  75 -----DETRRPLSPAAQRALAEAAERR....AsidaR..A.....A....K..I.....AE..R.
  76 ---------------------------....-....-..-.....-....-..K.....QL..P.
  77 ---------RELSPAAQRALAEAAERR....AaidaR..A.....A....R..I.....AE..R.
  78 -----------LSPAAQRALAEAAERR....AaidaR..A.....A....K..I.....AE..R.
  79 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  80 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  81 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  82 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  83 ----------ALPETARRALEEAEARK....A....KdaA.....D....A..A.....AL..P.
  84 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  85 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  86 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  87 ---------------------------....-....-..-.....-....K..K.....PL..P.
  88 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....-W..P.
  89 -----------LSPAAQRALAEAAERRaaid-t...R..A.....A....K..I.....AE..R.
  90 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
  91 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....-L..T.
  92 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....-I..T.
  93 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
  94 ---------------------------....-....-..-.....-....-..S.....DM..P.
  95 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..P.
  96 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..P.
  97 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
  98 ---------------------------....-....-..-.....-....-..K.....EM..P.
  99 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..T.
 100 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 101 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..T.
 102 ---------------------------....-....-..A.....A....T..Q.....DL..P.
 103 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..T.
 104 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 105 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 106 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 107 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 108 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 109 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 110 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 111 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 112 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 113 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 114 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..T.
 115 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 116 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 117 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 118 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 119 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 120 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 121 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 122 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 123 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 124 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 125 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 126 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 127 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 128 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 129 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 130 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....PI..T.
 131 ---------------------------....-....E..K.....E....N..L.....PK..E.
 132 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..T.
 133 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 134 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 135 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 136 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 137 ---------------------------....-....-..-.....-....-..-.....--..-.
 138 ---------------------------....-....E..K.....E....N..L.....PK..E.
 139 ---------------------------....-....-..-.....E....N..L.....PK..E.


             40         50        60  
             |          |         |  
   1 ....K.EIGGR.NGPEPVRFGDWEKKGIAIDF
   2 ....K.EIGGR.NGPEPVRFGDWEKKGIAIDF
   3 ....K.EIGGR.NGPEPVRFGDWEKKGIAIDF
   4 ....P.ELGGR.EGPEPVRYGDWERKGIAVDF
   5 ....P.ELGGR.EGPEPVRYGDWERKGIAVDF
   6 ....L.ELGGR.EGPEPVRYGDWEKKGIAVDF
   7 ....T.ELGGR.DGPEPVRYGDWEKKGIAVDF
   8 ....E.ELGGR.DGPEPVRYGDWEKKGLAIDF
   9 ....P.ELGGR.DGPEPVRYGDWEKKGIAVDF
  10 ....P.ELGGR.DGPEPVRYGDWEKKGLAIDF
  11 ....A.ELGGR.DGPEPVRYGDWEKKGIAVDF
  12 ....I.ELGGR.DGPEPVRYGDWERKGIAVDF
  13 ....P.ELGGR.DGPEPVRFGDWEKKGIAIDF
  14 ....K.ELGGR.KGPEPVRYGDWEKKGIAVDF
  15 ....T.ELGGR.DGPEPVRYGDWERKGIAVDF
  16 ....K.ELGGR.DGPDPARYGDWEKKGIAIDF
  17 ....P.ELGGR.NGPEPVRYGDWEKKGIAIDF
  18 ....R.ELGGRrEGLEPVRYGDWEKKGLAIDF
  19 ....K.ELGGRrEGLEPVRYGDWEKKGLAIDF
  20 ....K.EYGGR.DGPEPVRYGDWEKKGLAIDF
  21 ....T.ELGGR.DGPDPARYGDWEKKGIAIDF
  22 ....V.ELGGR.DGPDPARYGDWEKKGIAIDF
  23 ....V.ELGGR.DGPDPARYGDWEKKGIAIDF
  24 ....K.ELGGRqEGLEPVRYGDWEKKGLAIDF
  25 ....P.EEGGR.DGPEPTRFGDWEKKGVAVDF
  26 ....R.EIGGR.GGKDPARYGDWEIKGRTIDF
  27 ....V.ELGGR.DGLDPARYGDWEKKGIAIDF
  28 ....R.EIGGR.GGKDPARYGDWEIKGRTIDF
  29 ....R.EIGGR.GGKDPARYGDWEIKGRTIDF
  30 ....P.ETGGR.KGPEPTRFGDWEKKGIICDF
  31 ....R.EIGGR.GGKDPARFGDWEIKGRSIDF
  32 ....T.EEGGR.DGPEPTRFGDWERKGVAVDF
  33 ....P.EIGGR.GGAEPARFGDYEINGRAIDF
  34 ....P.EIGGR.GGAEPARFGDYEINGRAIDF
  35 ....T.EYGGR.DGLDPARYGDWEKKGIAIDF
  36 ....K.EINGR.DGPEPVRYGDWEKNGIASDF
  37 ....K.EINGR.DGPEPARYGDWEVKGIASDF
  38 ....R.EIGGR.DGPDPARYGDWEVKGIATDF
  39 ....K.EINGR.GGKEPVRYGDWEVGGIASDF
  40 ....L.ENGGR.GGKDPSRYGDWEIKGRAIDF
  41 ....K.EVNGP.KGPEPTRYGDWENKGIASDF
  42 ....L.ENGGR.GGKDPSRYGDWEIKGRAIDF
  43 ....K.ELQGP.KGPEPTRYGDWENKGIISDF
  44 ....K.ELGGP.KGPEPTRFGDWEKKGITYDF
  45 ....A.ELGGR.GGLDPARFGDWEIKGRAIDF
  46 ....L.ENGGR.GGKDPSRYGDWEIKGRAIDF
  47 ....L.ESGGR.GGKDPARYGDWEIKGRAIDF
  48 ....K.ELQGP.KGPEPTRYGDWENKGIISDF
  49 ....P.EIGGR.GGAEPARFGDYEINGRAIDF
  50 ....E.EVNGR.GGLEPTRYDDWEIKGLTSDF
  51 ....P.ETGGR.GGAEPVRFGDYEIKGRAIDF
  52 ....K.EVGGR.GGKEPGRYGDWEVKGLTSDF
  53 ....R.EIAGR.GGNEPTRYGDWEVKGITSDF
  54 ....K.EINGR.DGPEPVRYGDWEVGGIASDF
  55 ....K.ELQGP.KGPEPTRYGDWERKGIASDF
  56 ....P.EIGGR.GGAEPARFGDYEINGRAIDF
  57 ....A.EVGGR.GGLDPARFGDWEIKGRAIDF
  58 ....P.ETGGR.GGAEPARFGDYEINGRAIDF
  59 ....K.EILGP.KGPEPTRFGDWERNGVASDF
  60 ....L.ELGGP.KGLEPTRFGDWERKGIASDF
  61 ....K.EIQGP.KGPEPTRFGDWERNGIASDF
  62 ....S.EVDGRkSGVEPVRYGDWEKDGIVSDF
  63 ....K.EYGGR.DGLDPARYGDWEKKGIAIDF
  64 ....K.EVQGP.KGPEPTRYGDWEVKGIASDF
  65 ....K.EIGGR.GGADPARFGDWEIDGRAIDF
  66 ....K.EVQGP.KGPEPTRYGDWEVKGIASDF
  67 ....K.EYQGP.KGPEPTRYGDWEVKGIASDF
  68 ....K.EYQGP.KGPEPTRYGDWEVKGIASDF
  69 ....R.EIDGR.GGLEPVRYDDWEVKGLATDF
  70 ....K.EIQGP.EGPEPTRFGDWERGGIASDF
  71 ....P.ERQGR.GGLEPVRYDDWEVKGLAVDF
  72 ....R.EIDGR.GGLEPVRYDDWEVKGLATDF
  73 ....K.EVDGP.KGLEPTRYGDWERKGIASDF
  74 s7ptQ.EVNGP.KGPEPTRYGDWETKGIASDF
  75 ....R.ETLGR.GGLEPVRYEDWEVKGLASDF
  76 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  77 ....P.ESLGR.GGLEPVRYEDWEVKGLASDF
  78 ....P.ETLGR.GGLEPVRYEDWEVKGLASDF
  79 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  80 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  81 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  82 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  83 ....KdEFGGP.KSIEPTRYGDWERKGIAYDF
  84 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  85 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  86 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCIDF
  87 ....K.EIGGR.DGPEPTRYGDWEKNGRCVDF
  88 ....K.EIGGP.KGPEPTRYGDWERNGRCTDF
  89 ....P.ETLGR.GGLEPVRYEDWEVKGLASDF
  90 ....-.EIGGP.RGPEPTRYGDWERKGRVTDF
  91 ....K.EKGGP.KGPEPTRYGDWERKGRCVDF
  92 ....K.EKGGP.KGPEPTRYGDWERKGRCVDF
  93 ....G.EIGGP.AGPEPTRFGDWERKGRCIDF
  94 ....R.EYNGP.KGPEPTRYGDWERKGRVSDF
  95 ....V.EHGGP.KGPEPTRFGDWERNGRCIDF
  96 ....K.EIGGP.KGPEPTRYGDWERNGRCSDF
  97 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
  98 ....K.EIGGA.KGLEPTRYGDWQHKGKVTDF
  99 ....K.EKGGP.KGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 100 ....K.EKGGP.KGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 101 ....K.EKGGP.KGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 102 ....P.ERGGY.TGPEPTRFGDWEHKGRCTDF
 103 ....K.EKGGP.KGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 104 ....G.EIGGQ.AGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 105 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 106 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 107 ....-.ERGGP.KGPEPTRFGDWERKGRCIDF
 108 ....-.EVGGP.RGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 109 ....-.EIGGP.KGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 110 ....G.EIGGQ.AGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 111 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 112 ....-.EIGGP.SGPEPTRYGDWERKGRVSDF
 113 ....-.ERGGP.KGPEPTRFGDWERKGRCIDF
 114 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 115 ....-.EIGGP.AGPEPTRYGDWERKGRVSDF
 116 ....-.EIGGP.AGPEPTRYGDWERKGRVSDF
 117 ....-.EIGGP.KGPEPTRYGDWERNGRCSDF
 118 ....-.EVGGP.AGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 119 ....-.EVGGP.AGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 120 ....-.EVGGP.AGPEPTRYGDWERKGRVTDF
 121 ....-.EIGGP.KGPEPTRYGDWERNGRCSDF
 122 ....-.EVGGP.AGPEPTRYGDWERKGRVSDF
 123 ....-.-KGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 124 ....-.-KGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 125 ....-.-KGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 126 ....E.EIGGP.AGPEPTRFGDWEKAGRCSDF
 127 ....E.EIGGR.GGLDPVRYGDWEKDGRCIDF
 128 ....-.-KGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 129 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCVDF
 130 ....K.EIGGP.KGPEPTRYNDWERNGRVSDF
 131 ....K.EIGGV.KGLEPTRYGDWQHKGKVTDF
 132 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 133 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 134 ....E.EVGGR.GGLDPVRYGDWEKDGRCIDF
 135 ....E.EVGGR.GGLDPVRYGDWEKDGRCIDF
 136 ....K.EKGGP.RGPEPTRYGDWERKGRCIDF
 137 ....E.EVGGR.GGLDPVRYGDWEKDGRCIDF
 138 ....K.EIGGV.KGLEPTRYGDWQHKGKVTDF
 139 ....K.EIGGV.KGLEPTRYGDWQHKGKVTDF