# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.020 0.005 0.025 0.033 0.040 0.116 0.005 0.002 0.143 0.513 2 R 0.026 0.028 0.002 0.032 0.033 0.044 0.126 0.003 0.001 0.052 0.654 3 D 0.065 0.063 0.002 0.016 0.015 0.028 0.096 0.007 0.001 0.048 0.661 4 M 0.028 0.030 0.004 0.023 0.022 0.023 0.142 0.007 0.002 0.149 0.570 5 T 0.089 0.173 0.006 0.014 0.023 0.034 0.084 0.013 0.002 0.070 0.494 6 E 0.159 0.151 0.003 0.012 0.016 0.018 0.066 0.007 0.001 0.067 0.501 7 E 0.074 0.060 0.018 0.018 0.012 0.019 0.103 0.011 0.006 0.070 0.609 8 T 0.200 0.064 0.013 0.030 0.018 0.032 0.084 0.016 0.004 0.069 0.470 9 R 0.351 0.017 0.002 0.017 0.003 0.004 0.057 0.013 0.002 0.045 0.490 10 K 0.017 0.005 0.001 0.007 0.009 0.012 0.166 0.001 0.001 0.020 0.763 11 D 0.001 0.006 0.001 0.009 0.001 0.004 0.085 0.001 0.001 0.022 0.872 12 L 0.004 0.107 0.002 0.016 0.004 0.003 0.147 0.004 0.001 0.080 0.633 13 P 0.086 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.019 0.031 14 P 0.118 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.011 15 E 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.019 16 A 0.021 0.911 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.003 0.019 0.023 17 L 0.079 0.836 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.031 0.033 18 R 0.015 0.843 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.041 0.080 19 A 0.010 0.908 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.002 0.016 0.043 20 L 0.038 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.033 0.016 21 A 0.008 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.048 0.059 22 E 0.010 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.029 0.020 23 A 0.010 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.021 0.013 24 E 0.020 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.032 0.027 25 E 0.012 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.031 0.041 26 R 0.015 0.900 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.002 0.020 0.036 27 R 0.067 0.783 0.016 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.007 0.054 0.045 28 R 0.081 0.705 0.018 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.012 0.024 0.130 29 R 0.172 0.536 0.018 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.013 0.026 0.188 30 A 0.278 0.142 0.072 0.002 0.001 0.001 0.034 0.053 0.080 0.034 0.302 31 K 0.405 0.047 0.016 0.010 0.002 0.003 0.046 0.027 0.012 0.027 0.405 32 A 0.149 0.012 0.003 0.003 0.001 0.002 0.043 0.008 0.002 0.012 0.766 33 L 0.004 0.003 0.001 0.005 0.008 0.008 0.170 0.001 0.001 0.023 0.778 34 D 0.005 0.027 0.001 0.006 0.003 0.007 0.075 0.001 0.001 0.013 0.861 35 L 0.163 0.127 0.002 0.020 0.007 0.009 0.117 0.022 0.002 0.040 0.492 36 P 0.368 0.073 0.016 0.024 0.003 0.006 0.056 0.064 0.026 0.054 0.309 37 K 0.289 0.019 0.007 0.040 0.015 0.033 0.068 0.007 0.003 0.039 0.479 38 E 0.167 0.011 0.002 0.035 0.004 0.011 0.052 0.002 0.001 0.022 0.694 39 I 0.055 0.007 0.003 0.056 0.013 0.014 0.148 0.002 0.001 0.044 0.658 40 G 0.024 0.007 0.005 0.034 0.017 0.024 0.126 0.003 0.001 0.035 0.725 41 G 0.171 0.004 0.002 0.012 0.030 0.027 0.112 0.003 0.001 0.038 0.601 42 R 0.025 0.002 0.001 0.023 0.061 0.060 0.143 0.001 0.001 0.039 0.646 43 N 0.018 0.002 0.001 0.013 0.019 0.042 0.116 0.001 0.001 0.022 0.766 44 G 0.026 0.002 0.001 0.028 0.045 0.077 0.167 0.001 0.001 0.037 0.615 45 P 0.011 0.003 0.001 0.017 0.025 0.043 0.128 0.001 0.001 0.022 0.751 46 E 0.011 0.005 0.001 0.071 0.098 0.166 0.114 0.001 0.001 0.033 0.501 47 P 0.019 0.007 0.001 0.113 0.025 0.054 0.098 0.002 0.001 0.045 0.635 48 V 0.013 0.006 0.001 0.222 0.086 0.095 0.110 0.002 0.001 0.042 0.423 49 R 0.055 0.023 0.001 0.144 0.049 0.084 0.075 0.004 0.001 0.076 0.488 50 F 0.029 0.029 0.001 0.057 0.060 0.065 0.129 0.002 0.001 0.063 0.566 51 G 0.030 0.127 0.002 0.029 0.030 0.058 0.095 0.005 0.001 0.024 0.598 52 D 0.365 0.148 0.007 0.021 0.022 0.050 0.053 0.025 0.004 0.060 0.244 53 W 0.152 0.044 0.033 0.037 0.037 0.068 0.101 0.018 0.010 0.095 0.405 54 E 0.275 0.038 0.006 0.017 0.041 0.082 0.060 0.006 0.001 0.036 0.438 55 K 0.291 0.032 0.002 0.021 0.028 0.047 0.072 0.005 0.001 0.034 0.468 56 K 0.010 0.016 0.002 0.017 0.043 0.060 0.117 0.001 0.001 0.026 0.707 57 G 0.028 0.016 0.004 0.037 0.136 0.221 0.079 0.003 0.001 0.046 0.429 58 I 0.032 0.007 0.001 0.060 0.270 0.212 0.072 0.003 0.001 0.038 0.305 59 A 0.034 0.004 0.002 0.047 0.183 0.177 0.066 0.002 0.001 0.051 0.435 60 I 0.018 0.003 0.001 0.053 0.170 0.210 0.080 0.001 0.001 0.026 0.438 61 D 0.057 0.006 0.001 0.038 0.035 0.062 0.089 0.002 0.001 0.028 0.682 62 F 0.025 0.004 0.001 0.025 0.065 0.065 0.149 0.001 0.001 0.025 0.639