# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.026 0.016 0.022 0.031 0.109 0.080 0.585 2 R 0.042 0.034 0.015 0.026 0.033 0.108 0.037 0.705 3 D 0.068 0.086 0.010 0.020 0.032 0.091 0.041 0.651 4 M 0.057 0.049 0.022 0.023 0.030 0.121 0.091 0.608 5 T 0.146 0.219 0.016 0.023 0.033 0.071 0.106 0.386 6 E 0.164 0.193 0.013 0.012 0.017 0.072 0.057 0.472 7 E 0.072 0.096 0.056 0.021 0.022 0.102 0.070 0.561 8 T 0.250 0.062 0.023 0.010 0.024 0.078 0.070 0.483 9 R 0.468 0.016 0.012 0.005 0.007 0.049 0.068 0.377 10 K 0.037 0.006 0.009 0.006 0.005 0.127 0.014 0.796 11 D 0.004 0.016 0.006 0.003 0.006 0.118 0.012 0.836 12 L 0.008 0.186 0.007 0.004 0.005 0.117 0.017 0.656 13 P 0.102 0.839 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.022 14 P 0.048 0.887 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.029 15 E 0.023 0.870 0.004 0.001 0.001 0.012 0.047 0.042 16 A 0.023 0.909 0.005 0.001 0.001 0.006 0.035 0.020 17 L 0.028 0.905 0.005 0.001 0.001 0.007 0.023 0.031 18 R 0.017 0.901 0.003 0.001 0.002 0.007 0.018 0.051 19 A 0.012 0.931 0.004 0.001 0.001 0.006 0.013 0.033 20 L 0.017 0.922 0.004 0.001 0.001 0.006 0.027 0.023 21 A 0.022 0.904 0.003 0.001 0.001 0.007 0.021 0.042 22 E 0.022 0.878 0.004 0.001 0.001 0.007 0.026 0.061 23 A 0.033 0.880 0.005 0.001 0.001 0.007 0.033 0.041 24 E 0.033 0.841 0.005 0.001 0.001 0.012 0.039 0.068 25 E 0.018 0.818 0.005 0.001 0.001 0.014 0.032 0.113 26 R 0.016 0.923 0.004 0.001 0.001 0.005 0.013 0.036 27 R 0.041 0.851 0.009 0.001 0.002 0.011 0.024 0.062 28 R 0.047 0.819 0.007 0.001 0.001 0.012 0.014 0.099 29 R 0.123 0.697 0.008 0.001 0.002 0.015 0.021 0.133 30 A 0.168 0.265 0.036 0.002 0.003 0.059 0.089 0.378 31 K 0.232 0.093 0.009 0.002 0.003 0.061 0.035 0.565 32 A 0.131 0.031 0.005 0.001 0.002 0.050 0.041 0.738 33 L 0.012 0.016 0.005 0.002 0.002 0.124 0.015 0.826 34 D 0.010 0.063 0.006 0.003 0.006 0.083 0.012 0.817 35 L 0.090 0.188 0.015 0.008 0.012 0.069 0.054 0.564 36 P 0.319 0.104 0.039 0.006 0.008 0.064 0.184 0.275 37 K 0.226 0.037 0.055 0.013 0.018 0.086 0.086 0.479 38 E 0.134 0.012 0.052 0.006 0.013 0.089 0.045 0.648 39 I 0.114 0.005 0.048 0.012 0.016 0.153 0.041 0.612 40 G 0.022 0.003 0.032 0.011 0.028 0.097 0.020 0.787 41 G 0.150 0.006 0.018 0.017 0.019 0.109 0.042 0.640 42 R 0.056 0.005 0.033 0.037 0.039 0.156 0.025 0.648 43 N 0.038 0.007 0.018 0.013 0.025 0.122 0.025 0.753 44 G 0.058 0.014 0.035 0.045 0.086 0.148 0.065 0.549 45 P 0.038 0.022 0.031 0.044 0.054 0.135 0.049 0.627 46 E 0.052 0.038 0.052 0.091 0.126 0.103 0.078 0.461 47 P 0.072 0.023 0.059 0.046 0.111 0.120 0.094 0.474 48 V 0.065 0.012 0.060 0.177 0.211 0.088 0.041 0.346 49 R 0.044 0.015 0.036 0.075 0.135 0.085 0.054 0.556 50 F 0.034 0.020 0.021 0.081 0.102 0.156 0.043 0.544 51 G 0.014 0.031 0.024 0.057 0.132 0.093 0.040 0.607 52 D 0.267 0.105 0.011 0.036 0.034 0.054 0.239 0.254 53 W 0.105 0.027 0.057 0.102 0.097 0.083 0.119 0.409 54 E 0.113 0.010 0.017 0.026 0.051 0.069 0.038 0.676 55 K 0.329 0.010 0.016 0.031 0.045 0.087 0.066 0.415 56 K 0.015 0.006 0.019 0.029 0.082 0.102 0.024 0.723 57 G 0.018 0.008 0.031 0.078 0.144 0.082 0.033 0.606 58 I 0.016 0.007 0.067 0.315 0.155 0.080 0.048 0.311 59 A 0.038 0.007 0.107 0.071 0.126 0.092 0.045 0.514 60 I 0.028 0.004 0.085 0.124 0.256 0.082 0.031 0.391 61 D 0.051 0.006 0.065 0.055 0.086 0.099 0.077 0.560 62 F 0.055 0.007 0.046 0.035 0.043 0.143 0.062 0.609