# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.117 0.062 0.110 0.104 0.096 0.136 0.088 0.058 0.039 0.019 2 R 0.219 0.131 0.092 0.155 0.119 0.088 0.097 0.049 0.028 0.015 0.007 3 D 0.314 0.197 0.129 0.161 0.082 0.042 0.038 0.019 0.010 0.005 0.002 4 M 0.072 0.078 0.049 0.103 0.105 0.118 0.170 0.118 0.093 0.063 0.033 5 T 0.120 0.215 0.101 0.168 0.120 0.087 0.094 0.049 0.026 0.014 0.005 6 E 0.275 0.148 0.161 0.189 0.103 0.053 0.040 0.018 0.007 0.004 0.002 7 E 0.358 0.148 0.128 0.140 0.085 0.053 0.047 0.024 0.010 0.006 0.002 8 T 0.067 0.117 0.070 0.154 0.125 0.113 0.153 0.101 0.056 0.035 0.010 9 R 0.034 0.057 0.050 0.091 0.109 0.182 0.221 0.120 0.069 0.053 0.014 10 K 0.117 0.156 0.398 0.209 0.071 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 11 D 0.261 0.189 0.137 0.199 0.104 0.049 0.039 0.016 0.004 0.002 0.001 12 L 0.003 0.006 0.005 0.005 0.010 0.018 0.059 0.086 0.206 0.244 0.358 13 P 0.165 0.215 0.125 0.209 0.178 0.055 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 14 P 0.481 0.106 0.211 0.111 0.045 0.020 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 15 E 0.131 0.123 0.116 0.197 0.146 0.090 0.116 0.049 0.020 0.008 0.003 16 A 0.007 0.008 0.011 0.027 0.045 0.086 0.244 0.216 0.185 0.120 0.052 17 L 0.017 0.039 0.397 0.220 0.144 0.087 0.053 0.025 0.010 0.005 0.002 18 R 0.007 0.019 0.283 0.138 0.151 0.132 0.150 0.073 0.027 0.013 0.005 19 A 0.003 0.009 0.055 0.042 0.060 0.071 0.193 0.197 0.174 0.138 0.058 20 L 0.004 0.005 0.040 0.036 0.073 0.158 0.346 0.153 0.111 0.056 0.018 21 A 0.039 0.031 0.723 0.127 0.050 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 22 E 0.004 0.017 0.152 0.065 0.108 0.158 0.315 0.113 0.042 0.020 0.006 23 A 0.003 0.005 0.027 0.017 0.032 0.073 0.272 0.184 0.211 0.130 0.044 24 E 0.094 0.044 0.631 0.122 0.052 0.026 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 25 E 0.004 0.018 0.851 0.089 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.004 0.004 0.057 0.022 0.054 0.098 0.345 0.235 0.102 0.060 0.019 27 R 0.025 0.028 0.340 0.120 0.100 0.107 0.172 0.069 0.025 0.013 0.002 28 R 0.001 0.011 0.930 0.043 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.012 0.025 0.613 0.130 0.100 0.045 0.049 0.020 0.003 0.001 0.001 30 A 0.083 0.042 0.219 0.066 0.063 0.096 0.224 0.125 0.048 0.029 0.005 31 K 0.040 0.084 0.649 0.139 0.050 0.019 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 32 A 0.045 0.074 0.520 0.134 0.089 0.048 0.052 0.025 0.007 0.004 0.001 33 L 0.101 0.057 0.178 0.084 0.097 0.113 0.196 0.093 0.047 0.024 0.010 34 D 0.276 0.263 0.300 0.105 0.032 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 35 L 0.039 0.033 0.066 0.087 0.109 0.130 0.211 0.142 0.092 0.062 0.029 36 P 0.265 0.154 0.103 0.125 0.092 0.067 0.085 0.053 0.031 0.018 0.008 37 K 0.155 0.160 0.197 0.219 0.116 0.064 0.049 0.024 0.010 0.004 0.002 38 E 0.048 0.044 0.070 0.105 0.118 0.128 0.173 0.136 0.082 0.062 0.035 39 I 0.047 0.048 0.030 0.064 0.073 0.114 0.193 0.143 0.138 0.103 0.048 40 G 0.239 0.227 0.104 0.201 0.106 0.045 0.037 0.021 0.011 0.005 0.003 41 G 0.225 0.075 0.044 0.079 0.073 0.068 0.121 0.097 0.089 0.077 0.052 42 R 0.235 0.265 0.059 0.163 0.096 0.061 0.053 0.030 0.020 0.012 0.006 43 N 0.402 0.287 0.042 0.113 0.059 0.035 0.028 0.017 0.009 0.005 0.003 44 G 0.411 0.138 0.029 0.085 0.068 0.055 0.062 0.052 0.043 0.032 0.026 45 P 0.300 0.169 0.037 0.124 0.089 0.071 0.079 0.054 0.039 0.025 0.013 46 E 0.131 0.126 0.051 0.166 0.119 0.122 0.111 0.068 0.056 0.033 0.016 47 P 0.053 0.050 0.029 0.081 0.088 0.100 0.144 0.135 0.135 0.098 0.086 48 V 0.047 0.043 0.031 0.095 0.106 0.102 0.147 0.147 0.129 0.093 0.059 49 R 0.048 0.071 0.052 0.128 0.119 0.118 0.150 0.116 0.098 0.068 0.034 50 F 0.036 0.031 0.029 0.083 0.095 0.097 0.148 0.157 0.142 0.108 0.073 51 G 0.223 0.106 0.054 0.124 0.094 0.079 0.105 0.081 0.066 0.043 0.025 52 D 0.092 0.075 0.050 0.131 0.126 0.096 0.137 0.107 0.090 0.058 0.039 53 W 0.043 0.037 0.030 0.070 0.089 0.088 0.149 0.149 0.147 0.116 0.083 54 E 0.098 0.082 0.079 0.169 0.137 0.099 0.125 0.084 0.064 0.042 0.022 55 K 0.067 0.099 0.102 0.132 0.102 0.123 0.153 0.084 0.069 0.046 0.022 56 K 0.079 0.121 0.086 0.210 0.156 0.102 0.101 0.064 0.043 0.024 0.014 57 G 0.248 0.094 0.053 0.082 0.062 0.064 0.107 0.090 0.089 0.072 0.039 58 I 0.066 0.085 0.060 0.157 0.128 0.120 0.139 0.091 0.078 0.049 0.028 59 A 0.040 0.034 0.038 0.063 0.070 0.081 0.125 0.141 0.159 0.139 0.109 60 I 0.050 0.043 0.048 0.094 0.118 0.121 0.159 0.132 0.111 0.072 0.053 61 D 0.055 0.092 0.073 0.117 0.118 0.096 0.151 0.118 0.088 0.057 0.034 62 F 0.072 0.043 0.035 0.097 0.113 0.108 0.170 0.130 0.113 0.074 0.046