# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.012 0.002 0.023 0.019 0.043 0.024 0.001 0.001 0.002 0.849 2 R 0.030 0.015 0.002 0.032 0.039 0.084 0.061 0.001 0.001 0.003 0.732 3 D 0.060 0.018 0.002 0.022 0.032 0.050 0.078 0.002 0.001 0.007 0.730 4 M 0.149 0.041 0.014 0.035 0.026 0.045 0.094 0.002 0.001 0.007 0.588 5 T 0.059 0.035 0.004 0.019 0.026 0.044 0.366 0.003 0.001 0.006 0.439 6 E 0.125 0.030 0.005 0.019 0.015 0.023 0.093 0.001 0.001 0.008 0.680 7 E 0.054 0.112 0.003 0.014 0.016 0.019 0.192 0.002 0.001 0.004 0.583 8 T 0.098 0.107 0.004 0.012 0.013 0.023 0.235 0.006 0.001 0.007 0.496 9 R 0.173 0.286 0.003 0.012 0.013 0.020 0.099 0.006 0.001 0.004 0.385 10 K 0.160 0.284 0.007 0.009 0.011 0.016 0.077 0.011 0.001 0.004 0.420 11 D 0.292 0.118 0.016 0.013 0.006 0.011 0.073 0.032 0.001 0.008 0.431 12 L 0.365 0.121 0.130 0.013 0.007 0.012 0.078 0.015 0.001 0.006 0.254 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.183 0.001 0.001 0.001 0.784 16 A 0.254 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.001 0.001 0.001 0.419 17 L 0.124 0.772 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.083 18 R 0.016 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 19 A 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 20 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 22 E 0.008 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.018 23 A 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 24 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 25 E 0.006 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.022 26 R 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 27 R 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 28 R 0.010 0.939 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.032 29 R 0.029 0.921 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.029 30 A 0.054 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.043 31 K 0.073 0.773 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.001 0.001 0.100 32 A 0.137 0.614 0.017 0.002 0.002 0.002 0.014 0.050 0.001 0.001 0.161 33 L 0.321 0.364 0.018 0.005 0.003 0.005 0.014 0.072 0.001 0.001 0.196 34 D 0.247 0.138 0.052 0.008 0.005 0.007 0.029 0.090 0.001 0.005 0.420 35 L 0.203 0.081 0.208 0.020 0.013 0.018 0.052 0.013 0.001 0.004 0.388 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 K 0.011 0.005 0.002 0.025 0.024 0.050 0.065 0.001 0.001 0.004 0.814 38 E 0.230 0.021 0.002 0.042 0.019 0.028 0.128 0.002 0.001 0.004 0.523 39 I 0.192 0.082 0.003 0.050 0.043 0.051 0.065 0.001 0.001 0.004 0.509 40 G 0.069 0.044 0.002 0.058 0.039 0.046 0.129 0.004 0.001 0.008 0.601 41 G 0.222 0.030 0.012 0.033 0.042 0.040 0.124 0.003 0.001 0.017 0.476 42 R 0.109 0.035 0.009 0.049 0.028 0.032 0.171 0.002 0.001 0.008 0.557 43 N 0.035 0.010 0.004 0.028 0.047 0.049 0.141 0.004 0.001 0.019 0.662 44 G 0.225 0.009 0.016 0.050 0.054 0.092 0.114 0.002 0.001 0.016 0.421 45 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 46 E 0.012 0.002 0.003 0.056 0.171 0.223 0.091 0.001 0.001 0.005 0.437 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 48 V 0.030 0.002 0.001 0.048 0.215 0.411 0.020 0.001 0.001 0.001 0.273 49 R 0.063 0.008 0.001 0.054 0.115 0.145 0.100 0.001 0.001 0.006 0.508 50 F 0.074 0.021 0.004 0.063 0.192 0.263 0.058 0.001 0.001 0.004 0.321 51 G 0.027 0.011 0.002 0.061 0.076 0.153 0.183 0.001 0.001 0.008 0.478 52 D 0.075 0.005 0.004 0.014 0.034 0.041 0.211 0.001 0.001 0.023 0.590 53 W 0.044 0.013 0.003 0.016 0.019 0.023 0.122 0.001 0.001 0.007 0.752 54 E 0.025 0.023 0.001 0.012 0.023 0.049 0.516 0.002 0.001 0.010 0.338 55 K 0.171 0.065 0.002 0.018 0.019 0.036 0.374 0.004 0.001 0.012 0.298 56 K 0.228 0.204 0.003 0.021 0.048 0.073 0.051 0.007 0.001 0.009 0.357 57 G 0.287 0.090 0.026 0.037 0.063 0.068 0.054 0.010 0.001 0.025 0.340 58 I 0.103 0.057 0.141 0.083 0.073 0.069 0.168 0.003 0.001 0.007 0.296 59 A 0.023 0.025 0.011 0.125 0.049 0.142 0.066 0.003 0.001 0.005 0.551 60 I 0.025 0.028 0.006 0.173 0.133 0.256 0.060 0.002 0.001 0.007 0.310 61 D 0.024 0.033 0.004 0.073 0.062 0.124 0.118 0.003 0.001 0.005 0.555 62 F 0.057 0.032 0.006 0.100 0.075 0.149 0.089 0.001 0.001 0.005 0.486