# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.031 0.027 0.028 0.053 0.068 0.008 0.722 2 R 0.038 0.026 0.023 0.030 0.048 0.136 0.008 0.690 3 D 0.085 0.033 0.022 0.025 0.042 0.130 0.015 0.647 4 M 0.127 0.073 0.035 0.025 0.046 0.137 0.014 0.543 5 T 0.065 0.050 0.021 0.027 0.036 0.343 0.014 0.442 6 E 0.105 0.072 0.022 0.022 0.044 0.101 0.017 0.617 7 E 0.075 0.124 0.021 0.026 0.035 0.213 0.013 0.494 8 T 0.141 0.097 0.023 0.024 0.033 0.204 0.026 0.452 9 R 0.155 0.275 0.031 0.026 0.062 0.053 0.019 0.379 10 K 0.104 0.153 0.021 0.026 0.028 0.172 0.021 0.475 11 D 0.245 0.061 0.019 0.014 0.016 0.077 0.053 0.514 12 L 0.286 0.126 0.050 0.011 0.024 0.073 0.028 0.402 13 P 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.969 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.018 0.030 0.005 0.001 0.004 0.091 0.002 0.850 16 A 0.235 0.266 0.008 0.001 0.004 0.168 0.006 0.313 17 L 0.042 0.782 0.006 0.001 0.002 0.042 0.001 0.124 18 R 0.022 0.898 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.069 19 A 0.022 0.926 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.042 20 L 0.019 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 21 A 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 22 E 0.018 0.929 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.037 23 A 0.031 0.935 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.021 24 E 0.022 0.919 0.004 0.001 0.001 0.011 0.006 0.038 25 E 0.023 0.905 0.004 0.001 0.001 0.016 0.007 0.045 26 R 0.022 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.023 27 R 0.011 0.956 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 28 R 0.007 0.933 0.005 0.001 0.001 0.009 0.003 0.042 29 R 0.014 0.938 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.034 30 A 0.022 0.943 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 31 K 0.055 0.864 0.008 0.001 0.001 0.011 0.014 0.045 32 A 0.139 0.727 0.013 0.003 0.002 0.010 0.032 0.074 33 L 0.240 0.534 0.018 0.007 0.006 0.015 0.053 0.127 34 D 0.209 0.245 0.044 0.012 0.011 0.042 0.088 0.349 35 L 0.166 0.113 0.103 0.030 0.025 0.106 0.025 0.432 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 37 K 0.014 0.015 0.021 0.021 0.033 0.163 0.005 0.729 38 E 0.312 0.047 0.039 0.027 0.031 0.103 0.018 0.423 39 I 0.219 0.188 0.039 0.057 0.087 0.042 0.014 0.354 40 G 0.118 0.094 0.053 0.059 0.088 0.059 0.016 0.514 41 G 0.098 0.028 0.038 0.069 0.067 0.075 0.028 0.597 42 R 0.090 0.019 0.076 0.063 0.076 0.103 0.019 0.552 43 N 0.019 0.004 0.013 0.015 0.016 0.073 0.010 0.849 44 G 0.133 0.003 0.077 0.032 0.047 0.164 0.014 0.530 45 P 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 46 E 0.038 0.001 0.069 0.065 0.084 0.240 0.003 0.499 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 48 V 0.008 0.001 0.102 0.227 0.449 0.045 0.001 0.168 49 R 0.015 0.003 0.036 0.054 0.059 0.172 0.003 0.659 50 F 0.039 0.011 0.116 0.075 0.248 0.052 0.005 0.453 51 G 0.016 0.008 0.028 0.036 0.060 0.364 0.005 0.484 52 D 0.106 0.011 0.020 0.047 0.047 0.200 0.025 0.544 53 W 0.073 0.105 0.023 0.047 0.085 0.123 0.008 0.535 54 E 0.047 0.099 0.022 0.095 0.116 0.389 0.008 0.223 55 K 0.110 0.193 0.026 0.061 0.110 0.073 0.024 0.404 56 K 0.142 0.329 0.027 0.036 0.109 0.041 0.027 0.287 57 G 0.304 0.069 0.075 0.070 0.092 0.051 0.050 0.288 58 I 0.060 0.031 0.260 0.138 0.104 0.082 0.018 0.307 59 A 0.018 0.010 0.165 0.173 0.242 0.049 0.006 0.336 60 I 0.020 0.011 0.152 0.154 0.249 0.081 0.005 0.327 61 D 0.022 0.018 0.122 0.059 0.112 0.112 0.006 0.550 62 F 0.041 0.021 0.107 0.044 0.145 0.082 0.008 0.553