# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.216 0.276 0.261 0.101 0.051 0.045 0.015 0.002 0.027 0.002 0.002 2 R 0.324 0.216 0.238 0.102 0.040 0.033 0.015 0.002 0.024 0.003 0.001 3 D 0.237 0.142 0.272 0.139 0.054 0.067 0.046 0.005 0.032 0.005 0.002 4 M 0.356 0.155 0.230 0.142 0.036 0.033 0.018 0.004 0.021 0.004 0.002 5 T 0.330 0.166 0.254 0.121 0.034 0.041 0.018 0.002 0.027 0.003 0.001 6 E 0.595 0.080 0.173 0.071 0.025 0.021 0.014 0.002 0.014 0.003 0.002 7 E 0.612 0.072 0.142 0.103 0.021 0.022 0.013 0.002 0.010 0.002 0.001 8 T 0.443 0.125 0.171 0.174 0.024 0.028 0.013 0.003 0.017 0.002 0.001 9 R 0.528 0.117 0.174 0.088 0.026 0.019 0.019 0.003 0.022 0.003 0.001 10 K 0.671 0.052 0.127 0.099 0.010 0.013 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 11 D 0.278 0.054 0.126 0.439 0.016 0.040 0.028 0.004 0.010 0.002 0.002 12 L 0.057 0.128 0.667 0.017 0.018 0.027 0.014 0.001 0.065 0.005 0.001 13 P 0.166 0.005 0.762 0.003 0.002 0.034 0.001 0.001 0.014 0.005 0.008 14 P 0.977 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.977 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.950 0.003 0.003 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 R 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.936 0.004 0.004 0.049 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 27 R 0.963 0.004 0.007 0.019 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.956 0.004 0.006 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.897 0.009 0.013 0.068 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 30 A 0.923 0.008 0.020 0.039 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 31 K 0.891 0.013 0.018 0.063 0.003 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 32 A 0.750 0.026 0.035 0.150 0.007 0.009 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 33 L 0.503 0.061 0.089 0.280 0.006 0.013 0.036 0.001 0.010 0.001 0.001 34 D 0.202 0.085 0.228 0.228 0.019 0.062 0.148 0.008 0.015 0.003 0.002 35 L 0.018 0.285 0.473 0.008 0.019 0.018 0.009 0.001 0.166 0.003 0.001 36 P 0.210 0.003 0.683 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001 0.004 0.002 0.066 37 K 0.700 0.043 0.130 0.087 0.014 0.010 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 38 E 0.345 0.117 0.307 0.123 0.026 0.045 0.007 0.001 0.025 0.002 0.002 39 I 0.136 0.188 0.424 0.159 0.016 0.017 0.019 0.001 0.034 0.001 0.004 40 G 0.013 0.007 0.058 0.018 0.033 0.005 0.073 0.354 0.002 0.436 0.001 41 G 0.012 0.008 0.059 0.013 0.069 0.008 0.018 0.243 0.003 0.568 0.001 42 R 0.239 0.170 0.373 0.135 0.028 0.019 0.006 0.001 0.015 0.010 0.005 43 N 0.042 0.083 0.332 0.274 0.049 0.031 0.107 0.018 0.014 0.048 0.002 44 G 0.005 0.016 0.076 0.004 0.121 0.004 0.039 0.118 0.014 0.601 0.001 45 P 0.286 0.025 0.548 0.052 0.018 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.052 46 E 0.036 0.317 0.448 0.012 0.046 0.023 0.004 0.001 0.111 0.002 0.001 47 P 0.086 0.016 0.797 0.010 0.004 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 48 V 0.093 0.471 0.300 0.036 0.043 0.025 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 49 R 0.087 0.444 0.292 0.036 0.068 0.034 0.003 0.001 0.032 0.001 0.002 50 F 0.076 0.387 0.259 0.104 0.099 0.016 0.024 0.002 0.030 0.002 0.001 51 G 0.028 0.040 0.083 0.018 0.225 0.015 0.032 0.228 0.007 0.323 0.001 52 D 0.101 0.159 0.463 0.075 0.090 0.065 0.010 0.001 0.026 0.006 0.002 53 W 0.529 0.126 0.180 0.088 0.029 0.020 0.006 0.002 0.014 0.005 0.003 54 E 0.587 0.088 0.133 0.109 0.035 0.022 0.010 0.002 0.010 0.003 0.001 55 K 0.362 0.180 0.162 0.174 0.036 0.028 0.017 0.002 0.034 0.002 0.003 56 K 0.164 0.095 0.319 0.235 0.028 0.016 0.114 0.008 0.016 0.006 0.001 57 G 0.018 0.013 0.037 0.010 0.062 0.005 0.060 0.582 0.002 0.211 0.001 58 I 0.165 0.352 0.348 0.055 0.041 0.022 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 59 A 0.127 0.370 0.292 0.070 0.054 0.055 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 60 I 0.125 0.576 0.139 0.053 0.051 0.024 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 61 D 0.073 0.166 0.375 0.071 0.071 0.160 0.039 0.001 0.041 0.002 0.002 62 F 0.398 0.182 0.140 0.157 0.052 0.023 0.010 0.004 0.026 0.004 0.003