# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.102 0.040 0.015 0.198 0.016 0.027 0.158 0.096 0.123 0.070 2 R 0.065 0.165 0.072 0.047 0.134 0.052 0.070 0.197 0.087 0.073 0.037 3 D 0.133 0.129 0.072 0.021 0.197 0.014 0.030 0.166 0.065 0.120 0.054 4 M 0.084 0.128 0.047 0.012 0.149 0.015 0.030 0.252 0.128 0.111 0.044 5 T 0.075 0.175 0.067 0.017 0.146 0.019 0.034 0.256 0.099 0.075 0.036 6 E 0.060 0.084 0.030 0.011 0.086 0.013 0.036 0.408 0.157 0.083 0.032 7 E 0.048 0.118 0.043 0.011 0.097 0.016 0.044 0.391 0.118 0.093 0.022 8 T 0.074 0.123 0.040 0.008 0.124 0.012 0.039 0.310 0.131 0.104 0.035 9 R 0.061 0.070 0.028 0.011 0.093 0.020 0.034 0.337 0.217 0.098 0.032 10 K 0.020 0.149 0.054 0.018 0.056 0.041 0.116 0.271 0.198 0.060 0.017 11 D 0.046 0.084 0.085 0.018 0.074 0.014 0.058 0.121 0.064 0.348 0.086 12 L 0.027 0.555 0.219 0.006 0.081 0.005 0.007 0.012 0.008 0.062 0.018 13 P 0.003 0.561 0.389 0.005 0.018 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.002 14 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.756 0.232 0.001 0.001 15 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.872 0.097 0.023 0.001 16 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.077 0.015 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.002 0.001 18 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.001 0.001 19 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.032 0.017 0.001 20 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.867 0.117 0.008 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.928 0.064 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.907 0.047 0.025 0.001 23 A 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.805 0.157 0.014 0.002 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.904 0.085 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.929 0.043 0.014 0.001 26 R 0.003 0.025 0.003 0.001 0.008 0.001 0.007 0.877 0.044 0.030 0.002 27 R 0.007 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.845 0.103 0.016 0.004 28 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.858 0.098 0.017 0.001 29 R 0.005 0.012 0.004 0.001 0.007 0.002 0.032 0.746 0.136 0.052 0.004 30 A 0.011 0.022 0.007 0.002 0.016 0.004 0.026 0.648 0.192 0.066 0.007 31 K 0.012 0.030 0.012 0.004 0.018 0.006 0.055 0.541 0.263 0.050 0.009 32 A 0.033 0.023 0.014 0.004 0.035 0.006 0.079 0.397 0.220 0.170 0.019 33 L 0.037 0.263 0.072 0.008 0.113 0.013 0.063 0.218 0.125 0.064 0.024 34 D 0.108 0.061 0.042 0.018 0.096 0.021 0.082 0.109 0.055 0.305 0.103 35 L 0.047 0.491 0.189 0.012 0.162 0.007 0.009 0.024 0.013 0.032 0.016 36 P 0.152 0.179 0.065 0.010 0.315 0.010 0.024 0.095 0.079 0.036 0.034 37 K 0.047 0.081 0.048 0.013 0.089 0.016 0.049 0.273 0.294 0.061 0.030 38 E 0.108 0.099 0.053 0.012 0.160 0.018 0.084 0.184 0.079 0.146 0.058 39 I 0.071 0.255 0.095 0.037 0.137 0.037 0.058 0.103 0.052 0.100 0.055 40 G 0.063 0.072 0.084 0.173 0.070 0.069 0.043 0.047 0.040 0.236 0.103 41 G 0.056 0.168 0.260 0.114 0.112 0.036 0.022 0.053 0.056 0.089 0.034 42 R 0.068 0.123 0.097 0.046 0.112 0.031 0.093 0.150 0.163 0.083 0.035 43 N 0.064 0.082 0.060 0.058 0.085 0.051 0.081 0.075 0.101 0.282 0.061 44 G 0.047 0.231 0.226 0.107 0.128 0.030 0.026 0.036 0.034 0.095 0.042 45 P 0.099 0.123 0.117 0.061 0.130 0.043 0.058 0.091 0.098 0.130 0.049 46 E 0.040 0.395 0.235 0.024 0.163 0.011 0.016 0.041 0.037 0.026 0.013 47 P 0.314 0.063 0.007 0.001 0.491 0.003 0.012 0.039 0.033 0.019 0.018 48 V 0.118 0.266 0.084 0.011 0.338 0.013 0.020 0.051 0.028 0.029 0.042 49 R 0.186 0.127 0.057 0.027 0.229 0.029 0.037 0.089 0.038 0.060 0.122 50 F 0.067 0.128 0.058 0.068 0.098 0.054 0.086 0.171 0.080 0.130 0.060 51 G 0.030 0.059 0.074 0.202 0.050 0.074 0.039 0.086 0.053 0.283 0.050 52 D 0.126 0.218 0.103 0.012 0.325 0.006 0.008 0.066 0.051 0.058 0.026 53 W 0.067 0.082 0.026 0.005 0.123 0.011 0.039 0.312 0.273 0.037 0.024 54 E 0.109 0.086 0.044 0.011 0.141 0.022 0.119 0.248 0.095 0.083 0.043 55 K 0.142 0.152 0.070 0.027 0.162 0.034 0.045 0.172 0.061 0.078 0.056 56 K 0.037 0.120 0.081 0.153 0.053 0.129 0.136 0.120 0.052 0.076 0.042 57 G 0.067 0.102 0.106 0.138 0.087 0.037 0.019 0.053 0.036 0.259 0.096 58 I 0.155 0.226 0.045 0.007 0.404 0.006 0.013 0.046 0.027 0.041 0.029 59 A 0.263 0.102 0.020 0.008 0.416 0.010 0.019 0.046 0.027 0.037 0.054 60 I 0.171 0.189 0.044 0.023 0.363 0.031 0.035 0.047 0.025 0.028 0.043 61 D 0.254 0.111 0.046 0.014 0.389 0.014 0.019 0.037 0.019 0.045 0.053 62 F 0.161 0.177 0.065 0.014 0.283 0.015 0.025 0.079 0.065 0.058 0.057